guix repl: Add script execution.

* guix/scripts/repl.scm: Add filename options for script execution.
* doc/guix.texi (Invoking guix repl): Document it.
* tests/guix-repl.sh: Test it.
* Makefile.am: (SH_TESTS): Add it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add augustus.

* gnu/packages/games.scm (augustus): New variable.

gnu: diffoscope: Update to 147.

* gnu/packages/diffoscope (diffoscope): Update to 147.

services: Add 'hurd-vm service-type'.

* gnu/services/virtualization.scm (hurd-vm-shepherd-service,
hurd-vm-disk-image): New procedures.
(%hurd-vm-operating-system, hurd-vm-service-type): New variables.
(<hurd-vm-configuration>): New record type.
* doc/guix.texi (Virtualization Services): Document it.
* gnu/services/shepherd.scm (scm->go): Use let-system, remove FIXME.  Fixes
fixes cross-building of shepherd modules for the Hurd image.

system: image: Make sure target is set.

* gnu/system/image.scm (system-image): Move "with-parameters" call so that it
encapsulates "operating-system-bootcfg".

system: image: Remove left-over.

* gnu/system/image.scm: Remove a left-over since maybe-with-target procedure
was removed.

scripts: system: Fix "init" command.

This is a follow-up of 7ca533c7237622d70b423033c4506217d9ce4014. The
introduced "target" variable is shadowing the target argument.

* guix/scripts/system.scm (perform-action): Rename "target" variable to
"target*".

installer: final: Make sure 'bold' font files are loaded.

* gnu/installer/newt/final.scm (run-install-shell): Force kmscon to open
'bold' font files, before the cow-store overlay is mounted.

gnu: qtox: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/messaging.scm (tox)[source]: Don't use autogenerated
tarball.

gnu: qtox: Update to 1.17.2.

* gnu/packages/messaging.scm (qtox): Update to 1.17.2.
[arguments]: Add phase to disable network tests.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: c-toxcore: Update to 0.2.12.

*  gnu/packages/messaging.scm (c-toxcore): Update to 0.2.12.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: pagekite: Update to 1.5.2.200603.

* gnu/packages/networking.scm (pagekite): Update to 1.5.2.200603.

gnu: python-socksipychain: Update to 2.1.2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-socksipychain): Update to 2.1.2.

lint: Add 'check-for-collisions' checker.

Suggested by Edouard Klein <edk@beaver-labs.com>.

* guix/profiles.scm (check-for-collisions): Export.
* guix/lint.scm (check-profile-collisions): New procedure.
(%local-checkers): Add 'profile-collisions' checker.
* tests/lint.scm ("profile-collisions: no warnings")
("profile-collisions: propagated inputs collide")
("profile-collisions: propagated inputs collide, store items"): New tests.
* doc/guix.texi (Invoking guix lint): Document it.

profiles: Fix pathological performance of 'manifest-transitive-entries'.

For packages with lots of propagated inputs,
'manifest-transitive-entries', as called from 'check-for-collisions',
would exhibit pathological behavior.  For example, "guix install cl-ana"
wouldn't complete in 1mn; now, it's down to 20s.

The issue was that manifest entries would never be 'equal?' due to the
delayed field in <manifest-entry>.

* guix/profiles.scm (manifest-transitive-entries): Use a vhash instead
of a set.  Use 'manifest-entry=?' instead of 'equal?' when checking for
equality.

doc: Mention 'guix lint -c derivation'.

* doc/guix.texi (Invoking guix lint): Mention the 'derivation' checker.

ui: Set 'LESS' environment variable unconditionally.

Fixes <https://bugs.gnu.org/41811>.
Reported by Lars-Dominik Braun <lars@6xq.net>.

* guix/ui.scm (call-with-paginated-output-port): Remove (getenv "LESS")
call.

gnu: zsh: Set default '$fpath'.

* gnu/packages/shells.scm (zsh)[arguments]: Add configure-flags
'disable-site-dir' and 'enable-additional-fpath'.

gnu: kdeconnect: Update to 20.04.1.

* gnu/packages/kde.scm (kdeconnect): Update to 20.04.1.
[source]: Update source URI.
[arguments]: Adjust configure flags.

gnu: Add bbswitch-module.

* gnu/packages/linux.scm (bbswitch-module): New variable.

gnu: busybox: Update to 1.31.1.

* gnu/packages/patches/busybox-1.31.1-fix-build-with-glibc-2.31.patch: New file
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/busybox.scm (busybox): Update to 1.31.1.
[source]: Use patch.
[arguments]<#:phases>[check]: Fix test.

gnu: busybox: Make build reproducible.

* gnu/packages/busybox.scm (busybox)[arguments]<#:phases>[disable-timestamps]:
New phase.

gnu: Use ‘license:’ prefix in (gnu packages perl).

* gnu/packages/perl.scm: Import (guix licenses) with a #:prefix
and adjust all callers.

gnu: Add perl-text-patch.

* gnu/packages/perl.scm (perl-text-patch): New variable.

gnu: Add perl-locale-maketext-lexicon.

* gnu/packages/perl.scm (perl-locale-maketext-lexicon): New variable.

gnu: Add perl-ppi.

* gnu/packages/perl.scm (perl-ppi): New variable.

gnu: Add perl-compress-bzip2.

* gnu/packages/perl-compression.scm (perl-compress-bzip2): New variable.

gnu: Add perl-lingua-en-sentence.

* gnu/packages/perl.scm (perl-lingua-en-sentence): New variable.

gnu: Add perl-text-haml.

* gnu/packages/perl.scm (perl-text-haml): New variable.

gnu: Add perl-tie-simple.

* gnu/packages/perl.scm (perl-tie-simple): New variable.

gnu: Add perl-data-section-simple.

* gnu/packages/perl.scm (perl-data-section-simple): New variable.

gnu: Add perl-test-subcalls.

* gnu/packages/perl-check.scm (perl-test-subcalls): New variable.

gnu: Add perl-test-object.

* gnu/packages/perl-check.scm (perl-test-object): New variable.

gnu: Add perl-hook-lexwrap.

* gnu/packages/perl.scm (perl-hook-lexwrap): New variable.

gnu: xl2tpd: Add pppd support.

* gnu/packages/vpn.scm (xl2tpd)[inputs]: Add "linux-libre-headers" and "ppp",
[arguments]: add a 'setup-environment phase to set "PPPD" and "KERNELSRC"
variables.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: r-survival: Update to 3.2-3.

* gnu/packages/statistics.scm (r-survival): Update to 3.2-3.

gnu: r-sf: Update to 0.9-4.

* gnu/packages/cran.scm (r-sf): Update to 0.9-4.

gnu: r-units: Update to 0.6-7.

* gnu/packages/cran.scm (r-units): Update to 0.6-7.

gnu: r-calibrate: Update to 1.7.6.

* gnu/packages/cran.scm (r-calibrate): Update to 1.7.6.

gnu: r-flowworkspace: Update to 4.0.6.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-flowworkspace): Update to 4.0.6.

gnu: starfighter: Update to 2.2.

* gnu/packages/games.scm (starfighter): Update to 2.2.

gnu: wesnoth: Update to 1.14.12.

* gnu/packages/games.scm (wesnoth): Update to 1.14.12.

gnu: snd: Update to 20.4.

* gnu/packages/audio.scm (snd): Update to 20.4.

gnu: progress: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/admin.scm (progress)[arguments]: Use CC-FOR-TARGET and a
target-specific pkg-config when cross-compiling.

gnu: s6-portable-utils: Update to 2.2.2.4.

* gnu/packages/skarnet.scm (s6-portable-utils): Update to 2.2.2.4.

gnu: gnome-boxes: Update to 3.36.5.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-boxes): Update to 3.36.5.

gnu: evince: Update to 3.36.5.

* gnu/packages/gnome.scm (evince): Update to 3.36.5.

gnu: python-shellingham: Update to 1.3.2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-shellingham): Update to 1.3.2.
[arguments]: Add ‘restore-setup.py’ phase.

gnu: xapian: Update to 1.4.16.

* gnu/packages/search.scm (xapian): Update to 1.4.16.
(python-xapian-bindings)[source]: Update content hash.

gnu: rclone: Update to 1.52.1.

* gnu/packages/sync.scm (rclone): Update to 1.52.1.

gnu: cogl: Update to 1.22.8.

* gnu/packages/gnome.scm (cogl): Update to 1.22.8.

gnu: gimp: Update to 2.10.20.

* gnu/packages/gimp.scm (gimp): Update to 2.10.20.

gnu: gegl: Update to 0.4.24.

* gnu/packages/gimp.scm (gegl): Update to 0.4.24.

gnu: babl: Update to 0.1.78.

* gnu/packages/gimp.scm (babl): Update to 0.1.78.

gnu: libtextstyle: Update to 0.20.2.

* gnu/packages/gettext.scm (libtextstyle): Update to 0.20.2.

gnu: ltris: Update to 1.0.20.

* gnu/packages/games.scm (ltris): Update to 1.0.20.

gnu: julius: Update to 1.4.1.

* gnu/packages/games.scm (julius): Update to 1.4.1.

gnu: angband: Use HTTPS.

* gnu/packages/games.scm (angband)[source, home-page]: Use HTTPS.

gnu: angband: Update to 4.2.1.

* gnu/packages/games.scm (angband): Update to 4.2.1.

gnu: libolm: Update to 3.1.5.

* gnu/packages/crypto.scm (libolm): Update to 3.1.5.

gnu: gnome-chess: Update to 3.36.1.

* gnu/packages/games.scm (gnome-chess): Update to 3.36.1.

gnu: gnome-chess: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/games.scm (gnome-chess)[source]: Hard-code NAME.

gnu: facter: Update to 4.0.26.

* gnu/packages/admin.scm (facter): Update to 4.0.26.

gnu: rust-tokio: Update to 0.2.21.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-tokio): Update to 0.2.21.

gnu: rust-serde-bytes: Fix typo in synopsis.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-serde-bytes)[synopsis]: Remove ‘of’.

gnu: rust-serde-bytes: Update to 0.11.5.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-serde-bytes): Update to 0.11.5.

gnu: alsa-modular-synth: Hide default GCC.

* gnu/packages/audio.scm (alsa-modular-synth)[native-inputs]: Distinguish
GCC-5.
[arguments]: Add build phase "hide-default-gcc".

gnu: alsa-modular-synth: Add patch to fix vocoder build error.

* gnu/packages/patches/alsa-modular-synth-fix-vocoder.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/audio.scm (alsa-modular-synth)[source]: Add it.

gnu: check@0.12: Do not inherit replacements from check.

* gnu/packages/check.scm (check-0.12): Use INHERIT instead of PACKAGE/INHERIT.

gnu: libnet: Update home page.

* gnu/packages/networking.scm (libnet)[home-page]: Adjust to current, as
referred to from the previous.

gnu: libnet: Update to 1.2.

* gnu/packages/networking.scm (libnet): Update to 1.2.
[source]: Switch to URL-FETCH.
[arguments]: Remove chdir phase.
[native-inputs]: Remove AUTOCONF, AUTOMAKE, and LIBTOOL.  Add PERL.

gnu: jucipp: Build with Clang 10.

* gnu/packages/text-editors.scm (jucipp)[inputs]: Change from CLANG to CLANG-10.

gnu: ghc-regex-pcre-builtin: Update home page.

* gnu/packages/haskell-xyz.scm (ghc-regex-pcre-builtin)[home-page]: Set to the
correct home page, not the alternative 'ghc-regex-pcre' library.

gnu: perl-net-dns-resolver-programmable: Remove "v" prefix from version string.

* gnu/packages/networking.scm (perl-net-dns-resolver-programmable)[version]:
Remove "v" prefix.
[source](uri): Adjust accordingly.

Merge branch 'staging'

gnu: Add r-pcatools.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-pcatools): New variable.

gnu: libnode: Delete unused phase.

This is a follow-up to commit bb310a1976198eacdc67e0712e19735cd656b21d.

* gnu/packages/node.scm (libnode)[arguments]: Delete phase
"patch-npm-shebang".

gnu: Add meshlab.

* gnu/packages/engineering.scm (meshlab): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: perf: Set 'CC'.

* gnu/packages/linux.scm (perf)[arguments]: Add "CC=gcc" to #:make-flags.
This fixes a (harmless?) error message during the 'configure' phase.

gnu: perf: Restore use of dependencies.

* gnu/packages/linux.scm (perf)[arguments]: Remove C_INCLUDE_PATH from
 #:make-flags.  It is no longer needed since the switch to C_INCLUDE_PATH
in 2073b55e6b964cb8ca15e8c74cb32dac00f05f0d and would prevent
dependencies from being found.

gnu: guile-sqlite3: Update to 0.1.2.

* gnu/packages/guile.scm (guile-sqlite3): Update to 0.1.2.

Revert "gnu: node: Build shared library."

This reverts commit f9311eaa7cb7849e9b17162c93b874c74d8fcbbd.
Adding "--shared" replaces the executable with the shared library, breaking
all users of the nodejs executable.

gnu: r-v8: Use libnode instead of node.

* gnu/packages/cran.scm (r-v8)[inputs]: Replace node with libnode.

gnu: Add libnode.

* gnu/packages/node.scm (libnode): New variable.

image: Remove 'maybe-with-target'.

* gnu/system/image.scm (maybe-with-target): Remove,
(system-image): adapt accordingly.

install: final: Add some logging.

* gnu/installer/final.scm (umount-cow-store): Add some logging.

image: Add 'target' support.

* gnu/image.scm (<image>)[target]: New field,
(image-target): new public method.
* gnu/system/image.scm (hurd-disk-image): Set "i586-pc-gnu" as image 'target'
field,
(maybe-with-target): new procedure,
(system-image): honor image 'target' field using the above procedure.

image: Make 'find-image' non-monadic.

* gnu/system/image.scm (find-image): Make non-monadic.  Add 'target'
parameter.
* gnu/tests/install.scm (run-install): Update caller,
passing (%current-target-system).
* guix/scripts/system.scm (perform-action): Likewise.

gnome: gnome-desktop: Add bubblewrap as an input.

This is expected to be available, oddly as libseccomp is available.  These
changes fix thumbnails for Nautilus.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-desktop)[arguments]: Add 'patch-bubblewrap
phase.
[inputs]: Add bubblewrap.

gnu: emacs-debbugs: Update to 0.23.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-debbugs): Update to 0.23.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>

services: hurd: Remove deprecated 'hurd-getty-service' wrapper.

* gnu/services/hurd.scm (hurd-getty-service): Remove.

system: hurd: Remove 'cross-hurd-image' hack.

The initial

    guix build -f gnu/system/hurd.scm

hack has been superseded by regular guix system (cross) build.

* gnu/system/hurd.scm (compile-manifest, cross-hurd-image): Remove.

system: bare-hurd.tmpl: Add openssh-sans-x client and service.

* gnu/system/examples/bare-hurd.tmpl (%hurd-os)[packages]: Add openssh-sans-x.
[services]: Add openssh-service.  Add example usage.

gnu: r-mzr: Update to 2.22.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-mzr): Update to 2.22.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-biodist: Update to 1.60.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biodist): Update to 1.60.0.

gnu: r-biocworkflowtools: Update to 1.14.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biocworkflowtools): Update to 1.14.0.

gnu: r-biocset: Update to 1.2.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biocset): Update to 1.2.1.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-biocpkgtools: Update to 1.6.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biocpkgtools): Update to 1.6.0.

gnu: r-biocor: Update to 1.12.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biocor): Update to 1.12.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-bioconcotk: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bioconcotk): Update to 1.8.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.