Merge branch 'master' into core-updates-frozen

 Conflicts:
gnu/packages/algebra.scm
gnu/packages/games.scm
gnu/packages/golang.scm
gnu/packages/kerberos.scm
gnu/packages/mail.scm
gnu/packages/python.scm
gnu/packages/ruby.scm
gnu/packages/scheme.scm
gnu/packages/tex.scm
gnu/packages/tls.scm
gnu/packages/version-control.scm

gnu: mit-krb5: Replace with 1.19.2 [fixes CVE-2021-36222].

This is an adaptation of fdd2f57359, for the 1.19 branch of mit-krb5.

* gnu/packages/kerberos.scm (mit-krb5)[replacement]: New field.
(mit-krb5-1.19.2): New variable.

gnu: ruby@2.7: Inherit source snippet from ruby@2.6.

This is a follow-up to 507472b036f8cdd3d1a88c401017d2e43620bc20.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-2.7)[source]: Inherit fields from RUBY.

gnu: rapidjson: Remove unused configure flag.

* gnu/packages/web.scm (rapidjson)[arguments]: Remove #:configure-flags, as
the entry is not honored by the build system and would only affect tests and
examples, which are not installed.
[source](snippet): Remove trailing #t.

gnu: rapidjson: Adjust for GCC 10.

* gnu/packages/patches/rapidjson-gcc-compat.patch: Add additional patch.

gnu: python-testtools: Honor #:tests? in check phase.

* gnu/packages/check.scm (python-testtools)[arguments]: Adjust custom
'check phase to honor #:tests.

gnu: python-testtools: Update to 2.5.0.

* gnu/packages/check.scm (python-testtools): Update to 2.5.0.
[propagated-inputs]: Remove python-mimeparse, python-pbr, python-six,
python-traceback2, python-unittest2.
(python-testtools-bootstrap)[source]: Remove patch.
* gnu/packages/patches/python-testtools.patch: Remove file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: python-fixtures: Honor tests? in the check phase.

* gnu/packages/check.scm (python-fixtures)[arguments]: Adjust 'check
phase to honor #:tests.

gnu: python-fixtures: Fix building.

* gnu/packages/check.scm (python-fixtures-bootstrap)[source]: Add patch.
* gnu/packages/patches/python-fixtures-remove-monkeypatch-test.patch:
New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.

gnu: xf86-video-freedreno: Fix building.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-freedreno)[arguments]: Override the
'boostrap phase.

gnu: xf86-video-ati: Update to 19.1.0-1.5eba006.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-ati): Update to 19.1.0-1.5eba006.
[native-inputs]: Add autoconf, automake, and libtool.

gnu: xf86-input-libinput: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-input-libinput): Update to 1.1.0.

gnu: xf86-video-amdgpu: Update to 21.0.0.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-amdgpu): Update to 21.0.0.

gnu: virt-manager: Fix building.

* gnu/packages/virtualization.scm (virt-manager)[arguments]: Move the
'glib-or-gtk-wrap phase to after the 'wrap phase.

gnu: pcsc-lite: Update to 1.9.3.

* gnu/packages/security-token.scm (pcsc-lite): Update to 1.9.3.

gnu: libcacard: Fix building.

* gnu/packages/spice.scm (libcacard)[arguments]: Remove field.
[native-inputs]: Remove softhsm.

gnu: audit: Update to 3.0.4.

* gnu/packages/admin.scm (audit): Update to 3.0.4.

gnu: kdeconnect: Fix build.

* gnu/packages/kde.scm (kdeconnect)[arguments]: Replace custom
'extend-CPLUS_INCLUDE_PATH with 'adjust-include-header to fix finding
all header files.

gnu: pre-commit: Update to 2.14.0.

* gnu/packages/version-control.scm (pre-commit): Update to 2.14.0.

gnu: python-identify: Honor #:tests in check phase.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-identify)[arguments]: Honor tests?.

gnu: python-identify: Fix building.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-identify)[arguments]: Skip the
'ensure-no-mtimes-pre-1980 phase.

gnu: Remove python-distutils/next.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-distutils/next): Remove variable.
(python-virtualenv)[propagated-inputs]: Switch from
python-distutils/next to python-distutils.
* gnu/packages/version-control.scm (pre-commit)[inputs]: Same.

gnu: Remove python-setuptools-scm/next.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-setuptools-scm/next): Remove
variable.
(python-pikepdf) [native-inputs]: Swap for python-setuptools-scm.
* gnu/packages/python-compression.scm (python-multivolumefile,
python-bcj-cffi, python-ppmd-cffi, python-p77zr)[native-inputs]: Same.
* gnu/packages/pep.scm (python-pep-adapter)[native-inputs]: Same.

gnu: mesa: Build with swrast vulkan drivers for powerpc.

* gnu/packages/gl.scm (mesa)[arguments]: Adjust configure-flags to add
swrast vulkan drivers for powerpc- and powerpc64le-linux.

gnu: mesa: Skip additional test on powerpc-linux.

* gnu/packages/gl.scm (mesa)[arguments]: Add another substitution for
powerpc-linux to custom 'disable-failing-test phase.

gnu: mesa: Fix architecture matching when disabling tests.

* gnu/packages/gl.scm (mesa)[arguments]: Adjust architecture names in
custom 'disable-failing-test phase.

gnu: python-pylint: Update to 2.9.6.

* gnu/packages/check.scm (python-pylint): Update to 2.9.6.
[arguments]: Remove field.
[native-inputs]: Remove python-tox.
[propagated-inputs]: Remove python-six.

gnu: python-astroid: Update to 2.6.6.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-astroid): Update to 2.6.6.
[propagated-inputs]: Remove python-six.
[native-inputs]: Remove python-dateutil.

gnu: ruby-sequel: Update to 5.47.0.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-sequel): Update to 5.47.0.

gnu: ruby-minitest-hooks: Skip tests.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-minitest-hooks)[arguments]: Skip test
suite.

gnu: ruby-minitest-hooks: Update to 1.5.0.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-minitest-hooks): Update to 1.5.0.

gnu: ruby-minitest: Update to 5.14.4.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-minitest): Update to 5.14.4.

gnu: python-pytest-isort: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/python-check.scm (python-pytest-isort): Update to 2.0.0.
[native-inputs]: Add python-mock.

gnu: python-pytest-isort: Honor #:tests in check phase.

* gnu/packages/python-check.scm (python-pytest-isort)[arguments]: Honor
 #:tests flag.

gnu: python-jinja2: Update to 3.0.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-jinja2): Update to 3.0.1.

gnu: python-markupsafe: Update to 2.0.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-markupsafe): Update to 2.0.1.

gnu: python-itsdangerous: Update to 2.0.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-itsdangerous): Update to 2.0.1.

gnu: python-flask: Update to 2.0.1.

* gnu/packages/python-web.scm (python-flask): Update to 2.0.1.

gnu: python-markupsafe: Honor #:tests in check phase.

* gnu/pacakges/python-xyz.scm (python-markupsafe)[arguments]: Honor #:tests flag.

gnu: python-flask: Honor #:tests in check phase.

* gnu/packages/python-web.scm (python-flask)[arguments]: Honor #:tests flag.

gnu: python-yarl: Update to 1.6.3.

* gnu/packages/python-web.scm (python-yarl): Update to 1.6.3.
[source]: Add snippet to remove cythonized code.
[arguments]: Skip tests. Add custom 'check phase. Add phase to cythonize
code.
[native-inputs]: Add python-cython.

gnu: python-werkzeug: Update to 2.0.1.

* gnu/packages/python-web.scm (python-werkzeug): Update to 2.0.1.
[arguments]: Actually replace check phase. Honor #:tests.
[native-inputs]: Add python-xprocess.

gnu: python-pytest-xprocess: Update to 0.18.1.

* gnu/packages/check.scm (python-pytest-xprocess): Update to 0.18.1.
[propagated-inputs]: Remove python-pytest-cache.
[native-inputs]: Add python-setuptools-scm.
[home-page]: Update to new home-page.

gnu: python-soupsieve: Fix building.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-soupsieve)[arguments]: Skip sanity
check. Convert to gexp.

gnu: python-pyicu: Update to 2.7.4.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pyicu): Update to 2.7.4.

gnu: python-ruamel.yaml: Update to 0.16.13.

* gnu/packages/serialization.scm (python-ruamel.yaml): Update to 0.16.13.
[propagated-inputs]: Add python-ruamel.yaml.clib.
[home-page]: Update to new home-page.
(python2-ruamel.yaml): Remove variable.

gnu: Add python-ruamel.yaml.clib.

* gnu/packages/serialization.scm (python-ruamel.yaml.clib): New variable.

gnu: python-docopt: Honor #:tests? in check phase.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-docopt)[arguments]: In custom
'check phase honor #:tests?.

gnu: python-docopt: Fix test suite for pytest-6.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-docopt)[source]: Add patch.
* gnu/packages/patches/python-docopt-pytest6-compat.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.

gnu: VDE 2: Update to 2.3.2-0.8c65ebc.

Updating to this unreleased revision allows us to package VDE 2 with
wolfSSL instead of the obsolete OpenSSL 1.0:

https://github.com/virtualsquare/vde-2/issues/2

* gnu/packages/networking.scm (vde2): Update to 2.3.2-0.8c65ebc.
[source]: Use git-fetch.
[native-inputs]: Add autoconf, automake, and libtool
[inputs]: Replace openssl-1.0 with wolfssl.

gnu: OpenImageIO: Update to 2.2.11.1.

* gnu/packages/graphics.scm (openimageio): Update to 2.2.11.1.
[inputs]: Add libheif, for AV1 decoding support.

gnu: vigra: Update to 1.11.1-0.9b514fa.

* gnu/packages/image.scm (vigra): Update to 1.11.1-0.9b514fa.
[source]: Use git-fetch. Remove obsolete patch.
* gnu/packages/patches/vigra-python-compat.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: libantlr3c: Simplify configure.

* gnu/packages/java.scm (libantlr3c)[arguments]: Remove custom
'configure phase. Move '--enable-64bit' to configure-flags, conditional
on being for a 64-bit platform.

gnu: go-1.14: Fix test failure with GCC 9+.

With GCC 9+, go-1.14 fails a test when the gold linker is not
available (https://github.com/golang/go/issues/39157). Backport the fix
for that from https://github.com/golang/go/commit/4ec4a79.

* gnu/packages/golang.scm (go-1.14)[arguments]<#:phases>{prebuild}:
Fix test failure with GCC 9+.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: libmspub: Add missing include.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libmspub)[source]: Add snippet to add
missing include header.

gnu: libfreehand: Fix compiling with gcc-10.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libfreehand)[arguments]: Add
configure-flag to not treat warnings as errors.

gnu: libcss: Fix building with gcc-10.

* gnu/packages/web.scm (libcss)[source]: Add snippet to initialize the
value of a variable.

gnu: libe-book: Fix building with icu4c-69.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libe-book)[source]: Add snippet to work
around changes in icu4c's code.

gnu: gnupg-1: Fix build with gcc-10.

* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg-1)[source]: Add patch.
* gnu/packages/patches/gnupg-1-build-with-gcc10.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.

gnu: cpputest: Update to 4.0.

* gnu/packages/check.scm (cpputest): Update to 4.0.

gnu: Remove redundant icu4c-69.

* gnu/packages/icu4c.scm (icu4c-69): Remove variable.
* gnu/packages/chromium.scm (ungoogled-chromium)[inputs]: Replace
icu4c-69 with icu4c.

gnu: p7zip: Remove input labels.

* gnu/packages/compression.scm (p7zip)[native-inputs]: Rewrite using
target macros and remove labels.

gnu: p7zip: Adjust custom configure phase.

* gnu/packages/compression.scm (p7zip)[arguments]: Use new target macros
to simplify custom 'configure phase.

gnu: p7zip: Honor #:tests? flag.

* gnu/packages/compression.scm (p7zip)[arguments]: Only run test suite
when #:tests? is true.

gnu: p7zip: Fix building with gcc-10.

* gnu/packages/compresson.scm (p7zip)[source]: Adjust snippet to fix
compilation error using gcc-10.

gnu: python-sphinx: Update to 4.0.3.

This fixes a build failure of MPD (Music Player Daemon), that looks like this:

"RuntimeError: File 'doc/mpd.1' could not be found"

https://github.com/MusicPlayerDaemon/MPD/issues/1183

* gnu/packages/sphinx.scm (python-sphinx): Update to 4.0.3.

download: Remove defunct GNOME mirrors.

* guix/download.scm (%mirrors): Remove defunct GNOME mirrors, and try
the canonical site first.

gnu: glib-networking: Update to 2.68.2.

* gnu/packages/gnome.scm (glib-networking): Update to 2.68.2.

gnu: ocaml@4.09: Fix link failure.

* gnu/packages/patches/ocaml-4.09-multiple-definitions.patch: New file.
* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-4.09)[source]: Use it.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: ocaml-boot: Change package name to "ocaml-boot".

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-4.07-boot, ocaml-4.07)[name]: New
field.

gnu: ocaml@4.07: Fix link failure.

The link failure shows up when using ld from GNU Binutils 2.37, and not
with 2.34.

* gnu/packages/patches/ocaml-multiple-definitions.patch: New file.
* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-4.07-boot)[source]: Use it.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: mesa: Build more vulkan drivers on aarch64-linux.

* gnu/packages/gl.scm (mesa)[arguments]: Adjust the configure-flags to
also build vulkan drivers on aarch64-linux for broadcom and swrast.

gnu: mesa: Fix building on aarch64-linux.

* gnu/packages/gl.scm (mesa)[arguments]: Adjust custom
'disable-failing-test phase to skip test failing on aarch64-linux.

gnu: mesa-opencl, mesa-opencl-icd: Build all the LLVM targets again.

Reported by John Kehayias <john.kehayias@protonmail.com>
in <https://issues.guix.gnu.org/49794>.

* gnu/packages/patches/mesa-opencl-all-targets.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/gl.scm (mesa-opencl)[source]: Use it.

gnu: texlive-latex-base: Propagate ‘texlive-latex-l3backend’

Some packages need files from ‘texlive-latex-l3backend’ – which is a
supporting package of LaTeX3 – so propagate it from ‘texlive-latex-base’.

* gnu/packages/statistics.scm (r-with-tests)[native-inputs]: Remove
‘texlive-latex-l3backend’ from the texlive union.
* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-base)[propagated-inputs]: Add
‘texlive-latex-l3backend’.
(texlive-latex-xkeyval)[native-inputs]: Remove ‘texlive-latex-l3backend’.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: python-django: Fix test failure.

* gnu/packages/django.scm (python-django)[arguments]: Set PYTHONPATH.

gnu: mg: Update style.

* gnu/packages/text-editors.scm (mg)[native-inputs, inputs]: Remove labels.
[arguments]: Use SEARCH-INPUT-FILE and #$OUTPUT in phases.

gnu: mg: Convert arguments to gexp.

* gnu/packages/text-editors.scm (mg)[arguments]: Turn into gexp.

Merge branch 'master' into core-updates-frozen

gnu: zathura: Update to 0.4.8.

* gnu/packages/pdf.scm (zathura): Update to 0.4.8.

gnu: girara: Update to 0.3.6.

* gnu/packages/gtk.scm (girara): Update to 0.3.6.

gnu: sbcl-cl-libxml2: Remove duplicate input.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-libxml2)[native-inputs]: Remove SBCL-LIFT.

gnu: python-django: Update to 3.2.5 [fixes CVE-2021-35042].

* gnu/packages/django.scm (python-django): Update to 3.2.5.

gnu: mg: Update to 20210609.

* gnu/packages/text-editors.scm (mg): Update to 20210609.
[source](snippet): Remove trailing #t.

gnu: emacs-ts: Update to 0.2.2.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ts): Update to 0.2.2.

gnu: emacs-magit: Update to 3.2.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-magit): Update to 3.2.0.

gnu: emacs-eacl: Update to 2.1.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-eacl): Update to 2.1.0.

gnu: Add go-github-com-klauspost-compress.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-klauspost-compress): New variable.

gnu: Add go-github-com-flynn-noise.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-flynn-noise): New variable.

gnu: Add go-golang-org-x-term.

* gnu/packages/golang.scm (go-golang-org-x-term): New variable.

gnu: Add go-lukechampine-com-blake3.

* gnu/packages/golang.scm (go-lukechampine-com-blake3): New variable.

gnu: Add go-github-com-dustin-go-humanize.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-dustin-go-humanize): New variable.

gnu: Add go-github-com-davecgh-go-xdr.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-davecgh-go-xdr): New variable.

gnu: Add emacs-autocrypt.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-autocrypt): New variable.

Signed-off-by: Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net>

gnu: Add libpst.

* gnu/packages/mail.scm (libpst): New variable.

gnu: scintilla: Update to 5.1.1.

* gnu/packages/text-editors.scm (scintilla): Update to 5.1.1.

gnu: emacs-evil-nerd-commenter: Update to 3.5.5.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-evil-nerd-commenter): Update to 3.5.5.

gnu: emacs-evil-matchit: Update to 2.3.13.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-evil-matchit): Update to 2.3.13.

gnu: emacs-evil-collection: Update to 0.0.6.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-evil-collection): Update to 0.0.6.

gnu: emacs-perspective: Update to 2.16.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-perspective): Update to 2.16.