gnu: pari-gp: Use patched texlive-amsfonts.

* gnu/packages/algebra.scm (pari-gp)[native-inputs]: Use
texlive-amsfonts/patched.

gnu: sbcl-cmd: Update to 20210531.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cmd): Update to 20210531.

gnu: r-sushi: Update to 1.30.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-sushi): Update to 1.30.0.

gnu: r-guitar: Update to 2.8.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-guitar): Update to 2.8.0.

gnu: r-chromstar: Update to 1.18.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-chromstar): Update to 1.18.0.

gnu: r-snpstats: Update to 1.42.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-snpstats): Update to 1.42.0.

gnu: r-pathview: Update to 1.32.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-pathview): Update to 1.32.0.

gnu: r-ldblock: Update to 1.22.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-ldblock): Update to 1.22.0.

gnu: r-kegggraph: Update to 1.52.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-kegggraph): Update to 1.52.0.
[propagated-inputs]: Add r-rgraphviz.

gnu: r-gwascat: Update to 2.24.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-gwascat): Update to 2.24.0.
[propagated-inputs]: Add r-annotationhub.

gnu: r-gviz: Update to 1.36.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-gviz): Update to 1.36.0.

gnu: r-ggbio: Update to 1.40.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-ggbio): Update to 1.40.0.

gnu: r-erma: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-erma): Update to 1.8.0.

gnu: r-catalyst: Update to 1.16.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-catalyst): Update to 1.16.0.

gnu: r-msmstests: Update to 1.30.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-msmstests): Update to 1.30.0.

gnu: r-msmseda: Update to 1.30.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-msmseda): Update to 1.30.0.

gnu: r-biocio: Update to 1.2.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biocio): Update to 1.2.0.
[propagated-inputs]: Remove r-genomicranges and r-rcurl.

gnu: r-mscoreutils: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-mscoreutils): Update to 1.4.0.
[propagated-inputs]: Add r-clue.

gnu: r-delayedmatrixstats: Update to 1.14.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-delayedmatrixstats): Update to 1.14.0.
[propagated-inputs]: Remove r-biocparallel and r-hdf5array.

gnu: r-sparsematrixstats: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-sparsematrixstats): Update to 1.4.0.

gnu: r-scran: Update to 1.20.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-scran): Update to 1.20.1.
[propagated-inputs]: Remove r-biocneighbors; add r-metapod.

gnu: r-scater: Update to 1.20.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-scater): Update to 1.20.0.
[propagated-inputs]: Add r-beachmat, r-rcolorbrewer, and r-rtsne.

gnu: r-scuttle: Update to 1.2.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-scuttle): Update to 1.2.0.

gnu: r-singlecellexperiment: Update to 1.14.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-singlecellexperiment): Update to 1.14.1.
[propagated-inputs]: Add r-delayedarray and r-genomicranges.

gnu: r-chromvar: Update to 1.14.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-chromvar): Update to 1.14.0.

gnu: r-motifmatchr: Update to 1.14.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-motifmatchr): Update to 1.14.0.

gnu: r-tfbstools: Update to 1.30.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-tfbstools): Update to 1.30.0.

gnu: r-cner: Update to 1.28.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-cner): Update to 1.28.0.

gnu: r-beachmat: Update to 2.8.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-beachmat): Update to 2.8.0.
[propagated-inputs]: Add r-rcpp.

gnu: r-hitc: Update to 1.36.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-hitc): Update to 1.36.0.

gnu: r-fithic: Update to 1.18.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-fithic): Update to 1.18.0.

gnu: r-rgraphviz: Update to 2.36.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-rgraphviz): Update to 2.36.0.

gnu: r-s4vectors: Update to 0.30.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-s4vectors): Update to 0.30.0.

gnu: r-preprocesscore: Update to 1.54.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-preprocesscore): Update to 1.54.0.

gnu: r-icens: Update to 1.64.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-icens): Update to 1.64.0.

gnu: r-m3c: Update to 1.14.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-m3c): Update to 1.14.0.

gnu: r-rgreat: Update to 1.24.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-rgreat): Update to 1.24.0.

gnu: r-pcatools: Update to 2.4.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-pcatools): Update to 2.4.0.

gnu: r-biodist: Update to 1.64.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biodist): Update to 1.64.0.

gnu: r-biocworkflowtools: Update to 1.18.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biocworkflowtools): Update to 1.18.0.

gnu: r-biocset: Update to 1.6.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biocset): Update to 1.6.0.

gnu: r-biocpkgtools: Update to 1.10.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biocpkgtools): Update to 1.10.1.
[propagated-inputs]: Remove r-rappdirs.

gnu: r-biocor: Update to 1.16.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biocor): Update to 1.16.0.

gnu: r-bioconcotk: Update to 1.12.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bioconcotk): Update to 1.12.0.

gnu: r-multiassayexperiment: Update to 1.18.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-multiassayexperiment): Update to 1.18.0.

gnu: r-grohmm: Update to 1.26.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-grohmm): Update to 1.26.0.

gnu: r-experimenthub: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-experimenthub): Update to 2.0.0.

gnu: r-biocviews: Update to 1.60.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biocviews): Update to 1.60.0.

gnu: r-biocstyle: Update to 2.20.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biocstyle): Update to 2.20.0.

gnu: r-biocgraph: Update to 1.54.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biocgraph): Update to 1.54.0.

gnu: r-ebarrays: Update to 2.56.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-ebarrays): Update to 2.56.0.

gnu: r-reactomepa: Update to 1.36.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-reactomepa): Update to 1.36.0.

gnu: r-graphite: Update to 1.38.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-graphite): Update to 1.38.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-biobroom: Update to 1.24.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biobroom): Update to 1.24.0.

gnu: r-bioassayr: Update to 1.30.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bioassayr): Update to 1.30.0.

gnu: r-chemminer: Update to 3.44.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-chemminer): Update to 3.44.0.

gnu: r-bigpint: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bigpint): Update to 1.8.0.

gnu: r-biggr: Update to 1.28.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biggr): Update to 1.28.0.

gnu: r-hyperdraw: Update to 1.44.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-hyperdraw): Update to 1.44.0.

gnu: r-hypergraph: Update to 1.64.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-hypergraph): Update to 1.64.0.

gnu: r-rsbml: Update to 2.50.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-rsbml): Update to 2.50.0.
[inputs]: Remove zlib.

gnu: r-bifet: Update to 1.12.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bifet): Update to 1.12.0.

gnu: r-bicare: Update to 1.50.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bicare): Update to 1.50.0.

gnu: r-bhc: Update to 1.44.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bhc): Update to 1.44.0.

gnu: r-bgx: Update to 1.58.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bgx): Update to 1.58.0.

gnu: r-bgmix: Update to 1.52.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bgmix): Update to 1.52.0.

gnu: r-universalmotif: Update to 1.10.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-universalmotif): Update to 1.10.1.
[propagated-inputs]: Remove r-ggseqlogo and r-rdpack.

gnu: r-unifiedwmwqpcr: Update to 1.28.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-unifiedwmwqpcr): Update to 1.28.0.

gnu: r-htqpcr: Update to 1.46.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-htqpcr): Update to 1.46.0.

gnu: r-variancepartition: Update to 1.22.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-variancepartition): Update to 1.22.0.

gnu: r-variantfiltering: Update to 1.28.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-variantfiltering): Update to 1.28.0.

gnu: r-timeseriesexperiment: Update to 1.10.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-timeseriesexperiment): Update to 1.10.0.

gnu: r-wavcluster: Update to 2.26.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-wavcluster): Update to 2.26.0.

gnu: r-reqon: Update to 1.38.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-reqon): Update to 1.38.0.

gnu: r-seqbias: Update to 1.40.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-seqbias): Update to 1.40.0.

gnu: r-bigmelon: Update to 1.18.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bigmelon): Update to 1.18.0.

gnu: r-gdsfmt: Update to 1.28.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-gdsfmt): Update to 1.28.0.

gnu: r-watermelon: Update to 1.36.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-watermelon): Update to 1.36.0.

gnu: r-roc: Update to 1.68.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-roc): Update to 1.68.0.

gnu: r-genie3: Update to 1.14.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-genie3): Update to 1.14.0.
[propagated-inputs]: Add r-dplyr.

gnu: r-circrnaprofiler: Update to 1.6.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-circrnaprofiler): Update to 1.6.0.

gnu: r-cicero: Update to 1.10.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-cicero): Update to 1.10.0.

gnu: r-rcistarget: Update to 1.12.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-rcistarget): Update to 1.12.0.
[propagated-inputs]: Add r-arrow, r-dplyr, r-genomeinfodb, r-genomicranges, and r-tibble.

gnu: r-depecher: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-depecher): Update to 1.8.0.

gnu: r-mixomics: Update to 6.16.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-mixomics): Update to 6.16.0.

gnu: r-flowsom: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-flowsom): Update to 2.0.0.
[propagated-inputs]: Remove r-tsne; add r-colorramps, r-dplyr, r-ggforce, r-ggnewscale,
r-ggplot2, r-ggpointdensity, r-ggpubr, r-ggrepel, r-magrittr,
r-pheatmap, r-rlang, r-rtsne, r-scattermore, and r-tidyr.

gnu: r-opencyto: Update to 2.4.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-opencyto): Update to 2.4.0.

gnu: r-flowstats: Update to 4.4.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-flowstats): Update to 4.4.0.

gnu: r-rprotobuflib: Update to 2.4.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-rprotobuflib): Update to 2.4.0.
[arguments]: Adjust build phase "unpack-bundled-sources".

gnu: r-flowclust: Update to 3.30.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-flowclust): Update to 3.30.0.

gnu: r-flowviz: Update to 1.56.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-flowviz): Update to 1.56.0.

gnu: r-ggcyto: Update to 1.20.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-ggcyto): Update to 1.20.0.

gnu: r-flowmeans: Update to 1.52.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-flowmeans): Update to 1.52.0.

gnu: r-flowcore: Update to 2.4.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-flowcore): Update to 2.4.0.

gnu: r-consensusclusterplus: Update to 1.56.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-consensusclusterplus): Update to 1.56.0.

gnu: r-flowutils: Update to 1.56.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-flowutils): Update to 1.56.0.

gnu: r-rsubread: Update to 2.6.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-rsubread): Update to 2.6.1.

gnu: r-annotatr: Update to 1.18.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-annotatr): Update to 1.18.0.

gnu: r-biosigner: Update to 1.20.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biosigner): Update to 1.20.0.

gnu: r-ropls: Update to 1.24.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-ropls): Update to 1.24.0.