gnu: rxvt-unicode: Remove extraneous input.

libX11 is propagated by libXt.

This is a followup to commits cbdac3ce88d97dac03a26bccc6e25df35b332086
and 8d5986a503574a6deffe1c07846886d055642306.

* gnu/packages/xdisorg.scm (rxvt-unicode)[inputs]: Remove libx11.

gnu: sbcl-cl-webkit: Update to 20210518.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-webkit): Update to 20210518.

gnu: julia-zygote: Update to 0.6.10.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-zygote): Update to 0.6.10.

gnu: julia-unitful: Update to 1.7.0.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-unitful): Update to 1.7.0.

gnu: julia-uris: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-uris): Update to 1.3.0.

gnu: julia-staticarrays: Update to 1.2.0.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-staticarrays): Update to 1.2.0.

gnu: julia-parsers: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-parsers): Update to 1.1.0.

gnu: julia-offsetarrays: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-offsetarrays): Update to 1.8.0.

gnu: julia-orderedcollections: Update to 1.4.1.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-orderedcollections): Update to 1.4.1.

gnu: julia-jllwrappers: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-jllwrappers): Update to 1.3.0.

gnu: julia-forwarddiff: Update to 0.10.18.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-forwarddiff): Update to 0.10.18.

gnu: julia-finitedifferences: Update to 0.12.6.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-finitedifferences): Update to 0.12.6.

gnu: julia-constructionbase: Update to 1.2.1.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-constructionbase): Update to 1.2.1.

gnu: julia-compat: Update to 3.29.0.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-compat): Update to 3.29.0.

gnu: julia-colortypes: Update to 0.11.0.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-colortypes): Update to 0.11.0.

gnu: julia-colors: Update to 0.12.8.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-colors): Update to 0.12.8.

gnu: julia-chainrulestestutils: Update to 0.6.11.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-chainrulestestutils): Update to 0.6.11.

gnu: julia-chainrulescore: Update to 0.9.43.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-chainrulescore): Update to 0.9.43.

gnu: julia-chainrules: Update to 0.7.65.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-chainrules): Update to 0.7.65.

gnu: julia-benchmarktools: Update to 0.7.0.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-benchmarktools): Update to 0.7.0.

gnu: julia-adapt: Update to 3.3.0.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-adapt): Update to 3.3.0.

gnu: hunspell-dict-en & variants: Make reproducible.

* gnu/packages/aspell.scm (aspell-word-list)[arguments]: Add a new
'make-reproducible phase.

Fixes <http://issues.guix.gnu.org/48499>.

gnu: rxvt-unicode: Add libXt input.

I found an unstaged hunk after pushing commit
8d5986a503574a6deffe1c07846886d055642306.

(I was a bit too eager to push
5fa46ca96da90ec19e32cc4d726f099d0979d60b...)

* gnu/packages/xdisorg.scm (rxvt-unicode)[inputs]: Add libXt.

gnu: jose: Update to 11.

* gnu/packages/jose.scm (jose): Update to 11.
[build-system]: Switch to Meson.

gnu: python-pdftotext: Update to 2.1.6.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pdftotext): Update to 2.1.6.

gnu: python-pyprind: Update to 2.11.3.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pyprind): Update to 2.11.3.

gnu: python-libvirt: Update to 7.3.0.

* gnu/packages/virtualization.scm (python-libvirt): Update to 7.3.0.
[arguments]: Remove obsolete 'patch-nosetests-path phase.
Replace the default 'check phase.
[native-inputs]: Switch from python-nose to python-pytest, like upstream
has done.

gnu: libvirt: Update to 7.3.0.

* gnu/packages/virtualization.scm (libvirt): Update to 7.3.0.

gnu: herbstluftwm: Update to 0.9.3.

* gnu/packages/wm.scm (herbstluftwm): Update to 0.9.3.

gnu: rxvt-unicode: Update to 9.26.

* gnu/packages/xdisorg.scm (rxvt-unicode): Update to 9.26.
[source]: Remove upstreamed patch.
* gnu/packages/patches/rxvt-unicode-escape-sequences.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: nix: Update to 2.3.11.

* gnu/packages/package-management.scm (nix): Update to 2.3.11.

gnu: youtube-dl: Update to 2021.05.16.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2021.05.16.

gnu: qtractor: Update to 0.9.22.

* gnu/packages/music.scm (qtractor): Update to 0.9.22.

gnu: btrfs-progs: Update to 5.12.1.

* gnu/packages/linux.scm (btrfs-progs): Update to 5.12.1.

gnu: padthv1: Update to 0.9.22.

* gnu/packages/music.scm (padthv1): Update to 0.9.22.

gnu: samplv1: Update to 0.9.22.

* gnu/packages/music.scm (samplv1): Update to 0.9.22.

gnu: drumkv1: Update to 0.9.22.

* gnu/packages/music.scm (drumkv1): Update to 0.9.22.

gnu: samplv1: Update to 0.9.22.

* gnu/packages/music.scm (samplv1): Update to 0.9.22.

gnu: libmwaw: Update to 0.3.19.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libmwaw): Update to 0.3.19.

gnu: Add libeatmydata.

* gnu/packages/file-systems.scm (libeatmydata): New public variable.

Revert "vm: Autoload (gnu build vm)."

This reverts commit a67c00f4f7ee0a70fce14a7e1907cce332c85813 in an
attempt to fix <http://issues.guix.gnu.org/48496>.

gnu: fc-host-tools: Make installation path patcher more self-maintaining.

* gnu/packages/embedded.scm (fc-host-tools)[arguments]<#:phases>
[patch-installation-paths]: Make phase more self-maintaining.

gnu: fc-host-tools: Update to 15.

* gnu/packages/embedded.scm (fc-host-tools): Update to 15.
[description]: Add fc-simint.
[arguments]<#:phases>[patch-installation-paths]: Add files.

gnu: cl-common-lisp-jupyter: Update to 0.1.0-3.ba9f0e7.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-common-lisp-jupyter): Update to
  0.1.0-3.ba9f0e7.
  [inputs]: Add dissect, replace jsown by shasht.
  [license]: The license is expat/MIT, not zlib.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add cl-shasht.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-shasht, ecl-shasht, cl-shasht): New
  variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: disarchive: Fix build when cross-compiling.

This follows commit 0b1f70d1a7, which inadvertently broke the build of Guix
for i586-pc-gnu (Hurd).

* gnu/packages/patches/disarchive-cross-compilation.patch: New patch.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.
* gnu/packages/backup.scm (disarchive)[source]: Apply it.
[phases]{delete-configure}: New phase.
[native-inputs]: Add guile-3.0 and guile-gcrypt.

services: Add a service for opendht.

* gnu/services/networking.scm (maybe-number?, maybe-string?): New procedures.
(<opendht-configuration>): New configuration record.
(%opendht-accounts): New variable.
(opendht-configuration->command-line-arguments): New procedure.
(opendht-shepherd-service, opendht-service-type): New variables.
* doc/guix.texi (Networking Services): Document the new service.

gnu: opendht: Add Python bindings, tools.

* gnu/packages/networking.scm (opendht)
[outputs]: Add tools and debug outputs.
[native-inputs]: Add python and python-cython.
[imported-modules, modules, phases]: New arguments.
[configure-flags]: Disable static compilation.  Enable Python support and the
tools.
[synopsis]: Update synopsis.
[description]: Expound description.

gnu: opendht: Update to 2.2.0rc7.

* gnu/packages/networking.scm (opendht): Update to 2.2.0rc7.

services: configuration: Add a define-configuration/no-serialization syntax.

This is added for convenience and for uniformity with the
define-maybe/no-serialization syntax introduced in the previous commit.

* gnu/services/configuration.scm
(define-configuration/no-serialization): New syntax.

services: configuration: Add a define-maybe/no-serialization syntax.

Before this change, using define-maybe along define-configuration with the
no-serialization syntactic keyword would result in the following warning:

  warning: possibly unbound variable `VARIABLE-NAME'

This change introduces the define-maybe/no-serialization variant that does
away with defining a serialization helper procedure, which makes it possible
to avoid the above warning.

* gnu/services/configuration.scm (define-maybe/no-serialization): New syntax.
(define-maybe-helper): New procedure.
(define-maybe): Define syntax using the above procedure.
* tests/services/configuration.scm (tests): Fix module name.
(custom-number-serializer): Do not print to standard output.
(maybe-number?, serialize-maybe-number): New procedures defined via the
define-maybe macro.
(config-with-maybe-number): New configuration.
(serialize-number): New procedure.
("maybe value serialization"): New test.
(maybe-string?): New procedure defined via the define-maybe/no-serialization
macro.
(config-with-maybe-string/no-serialization): New configuration.
("maybe value without serialization no procedure bound"): New test.

gnu: Add python-tappy.

* gnu/packages/python-check.scm (python-tappy): New variable.

vm: Remove unused imports.

* gnu/system/vm.scm (gnu): Remove unused imports.

vm: Autoload (gnu build vm).

* gnu/system/vm.scm: Autoload (gnu build vm), which was pulling in (sqlite3).

gnu: Remove unneeded import.

* gnu/packages/hurd.scm: Remove unneeded (gnu build hurd-boot) that was
pulling in (system base compile).

ui: 'load*' compiles with '-O1'.

With this change, the wall-clock time of:

  guix system build --no-grafts -d gnu/system/install.scm

goes from 5.0s to 2.3s on Guile 3.0.5.

* guix/ui.scm (without-compiler-optimizations): New macro.
(load*): Use it.

ui: Remove Guile 2.2.3 workaround.

This became dead code with commit
4f621a2b003e85d480999e4d0630e9dc3de85bc3.

* guix/ui.scm (load*): Remove Guile 2.2.3 workaround.

gnu: PostgreSQL 9: Update to 9.6.22 [fixes CVE-2021-{32027,32028,32029}].

* gnu/packages/databases.scm (postgresql-9.6): Update to 9.6.22.

gnu: PostgreSQL 10: Update to 10.17 [fixes CVE-2021-{32027,32028,32029}].

* gnu/packages/databases.scm (postgresql-10): Update to 10.17.

gnu: PostgreSQL 11: Update to 11.12 [fixes CVE-2021-{32027,32028,32029}].

* gnu/packages/databases.scm (postgresql-11): Update to 11.12.

gnu: PostgreSQL: Update to 13.3 [fixes CVE-2021-{32027,32028,32029}].

* gnu/packages/databases.scm (postgresql-13)[replacement]: Use postgresql-13.3.
(postgresql-13.2): Replace with ...
(postgresql-13.3): ... new variable.

gnu: emacs-libyaml: Adjust to changes in emacs-build-system.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-libyaml)[#:phases]: Move
‘substitute-libyaml-core-path’ after ‘unpack’.

Signed-off-by: Leo Prikler <leo.prikler@student.tugraz.at>

gnu: pigx-chipseq: Update to 0.0.52.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx-chipseq): Update to 0.0.52.

gnu: Add cl-typesetting.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-typesetting, ecl-cl-typesetting,
  cl-typesetting): New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: ecl-xmls: Disable tests.

Upstream doesn't have a test suite adapted for ECL.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (ecl-xmls)[arguments]: Disable tests.

gnu: cl-pdf: Update to 2.0.0-1.dbafd62.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-pdf): Update to 2.0.0-1.dbafd62.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: tsukundere: Update to 0.3.0.

* gnu/packages/game-development.scm (tsukundere): Update to 0.3.0.
[patch-command]: Patch path to guile.  Construct load paths directly from
inputs.
[propagated-inputs]: Remove.
[inputs]: Add guile and guile-sdl2.

publish: Add '--negative-ttl'.

* guix/scripts/publish.scm (show-help, %options): Add '--negative-ttl'.
(render-narinfo, render-narinfo/cached, make-request-handler): Add #:negative-ttl
and honor it.
(run-publish-server): Add #:narinfo-negative-ttl and honor it.
(guix-publish): Honor '--negative-ttl'.
* tests/publish.scm ("negative TTL", "no negative TTL"): New tests.

substitutes: Reduce negative TTLs.

* guix/substitutes.scm (%narinfo-negative-ttl): Change to 15mn.
(%narinfo-transient-error-ttl): Halve.

gnu: mercurial: Patch to make it read HGEXTENSIONPATH.

This will make Mercurial be able to find third-party extensions installed with
Guix, without having to set PYTHONPATH.

* gnu/packages/patches/mercurial-hg-extension-path.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register the patch.
* gnu/packages/version-control.scm (mercurial)[origin](patches): Apply the
patch.
[native-search-paths]: Add HGEXTENSIONPATH.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add hg-commitsigs.

* gnu/packages/version-control.scm (hg-commitsigs): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-orderless: Update to 0.6.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-orderless): Update to 0.6.
[native-inputs]: Add texinfo.
[arguments]<#:phases>: Install manual.

gnu: Add julia-msgpack.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-msgpack): New variable.

gnu: Add julia-suppressor.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-suppressor): New variable.

gnu: Add julia-docstringextensions.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-docstringextensions): New variable.

gnu: Add julia-iocapture.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-iocapture): New variable.

gnu: Add julia-zipfile.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-zipfile): New variable.

gnu: Add julia-zlib-jll.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-zlib-jll): New variable.

gnu: Graphviz: Fix CVE-2020-18032.

* gnu/packages/patches/graphviz-CVE-2020-18032.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/graphviz.scm (graphviz)[replacement]: New field.
(graphviz/fixed): New variable.

gnu: emacs-wucuo: Fix arguments.

I'm looking at this because the profile-collisions linter crashes for this
package, and that currently breaks processing revisions in the Guix Data
Service.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-wucuo)[arguments]: Change #tn to #t.

gnu: re2c: Update to 2.1.1.

* gnu/packages/re2c.scm (re2c): Update to 2.1.1.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: mousepad: Update to 0.5.5.

* gnu/packages/xfce.scm (mousepad): Update to 0.5.5.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: sniffio: Update to 1.2.0

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: sonivox-eas: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/music.scm (sonivox-eas): Update to 1.3.0.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: gcc-8: Update to 8.5.0.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc-8): Update to 8.5.0.

gnu: Add python-graph-tool.

* gnu/packages/graph.scm (python-graph-tool): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <marius@gnu.org>

gnu: libcdr: Update to 0.1.7.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libcdr): Update to 0.1.7.

gnu: arpack-ng@3.3: Don't use unstable source tarball.

* gnu/packages/maths.scm (arpack-ng-3.3.0)[name, home-page]: Remove.
[source]: Switch to GIT-FETCH.  Inline uses of NAME and HOME-PAGE.

gnu: arpack-ng: Update to 3.8.0.

* gnu/packages/maths.scm (arpack-ng): Update to 3.8.0.
[native-inputs]: Add PKG-CONFIG.
[inputs]: Add EIGEN.

gnu: pybind11: Update to 2.6.2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (pybind11): Update to 2.6.2.

gnu: wl-clipboard: Don't require helper tools in $PATH.

* gnu/packages/xdisorg.scm (wl-clipboard)[arguments]: Add a new
'patch-file-names phase.
[inputs]: Add coreutils and xdg-utils.

Reported by pineapples in #guix.

gnu: Add vim-solarized.

* gnu/packages/vim.scm (vim-solarized): New public variable.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

tests: Conditionally include tests/go.scm.

The Go importer module requires a recent guile-glib; the test should only be
run when such requirement is met.

* Makefile.am (SCM_TESTS)[HAVE_GUILE_LIB]: Add tests/go.scm only if this
condition is met.

Reported-by: Chris Marusich <cmmarusich@gmail.com>

gnu: sbcl-static-dispatch: Update to 0.5.1.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-static-dispatch): Update to 0.5.1.
  [inputs]: Replace trivia by optima.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: emacs-vertico: Update to 0.9.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-vertico): Update to 0.9.

gnu: emacs-corfu: Update to 0.7.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-corfu): Update to 0.7.

inferior: Support querying package replacements.

I'm looking at this to help with adding support for looking up package
replacements to store in the Guix Data Service.

* guix/inferior.scm (inferior-package-replacement): New procedure.
* tests/inferior.scm ("inferior-package-replacement"): New test.

gnu: monero-gui: Update to 0.17.2.2.

* gnu/packages/finance.scm (monero-gui): Update to 0.17.2.2.
  [arguments]: Update 'fix-build' phase.

gnu: bitcoin-unlimited: Update to 1.9.2.0.

* gnu/packages/finance.scm (bitcoin-unlimited): Update to 1.9.2.0.

gnu: sbcl-mito: Update to 0.1-2.2fbfc8a.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-mito): Update to 0.1-2.2fbfc8a.
  [inputs]: Remove optima. Add cl-package-locks and trivia.