gnu: Add emacs-spaceleader.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-spaceleader): New variable.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: Add emacs-bind-map.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-bind-map): New variable.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: crun: Update to 1.4.5.

* gnu/packages/containers.scm (crun): Update to 1.4.5.

gnu: emacs-ox-hugo: Update to 0.12.1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ox-hugo): Update to 0.12.1.
[propagated-inputs]: Add emacs-tomelr.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: Add emacs-tomelr.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-tomelr): New variable.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: Add emacs-seq.

* gnu/packages/emacs-xyz (emacs-seq): New variable.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: os-prober: Update to 1.80.

* gnu/packages/bootloaders.scm (os-prober): Update to 1.80.
[arguments]: Don't explicitly return #t from phases.

gnu: cloud-utils: Fix wrapping.

* gnu/packages/admin.scm (cloud-utils)[arguments]:
Search for readlink & sfdisk in inputs.
[inputs]: Add coreutils.

gnu: cloud-utils: Update to 0.33.

* gnu/packages/admin.scm (cloud-utils): Update to 0.33.
[arguments]: Don't explicitly return #t from phases.

gnu: papi: Update to 6.0.0.1.

* gnu/packages/profiling.scm (papi): Update to 6.0.0.1.
[source]: Use HTTPS.

gnu: micropython: Don't override 'install-license-files.

* gnu/packages/python.scm (micropython)[arguments]: Prefix a new
'chdir-back phase instead of overriding 'install-license-files.

gnu: micropython: Use G-expressions.

* gnu/packages/python.scm (micropython)[arguments]:
Rewrite as G-expressions.

gnu: micropython: Remove input labels.

* gnu/packages/python.scm (micropython)[native-inputs]:
Remove input labels.

gnu: micropython: Update to 1.18.

* gnu/packages/python.scm (micropython): Update to 1.18.
[source, arguments]: Don't explicitly return #t from snippet or phases.

gnu: ding-libs: Omit static library.

* gnu/packages/sssd.scm (ding-libs)[arguments]:
Add "--disable-static" to #:configure-flags.

gnu: rcm: Update to 1.3.5.

* gnu/packages/rcm.scm (rcm): Update to 1.3.5.
[arguments]: Don't explicitly return #t from phases.

gnu: ding-libs: Update to 0.6.2.

* gnu/packages/sssd.scm (ding-libs): Update to 0.6.2.
[native-inputs]: Add gettext-minimal.

gnu: ding-libs: Build from Git.

* gnu/packages/sssd.scm (ding-libs)[source]:
Use GIT-FETCH and GIT-FILE-NAME.
[native-inputs]: Add autoconf, automake, libtool, and pkg-config.

gnu: jags: Update to 4.3.1.

* gnu/packages/statistics.scm (jags): Update to 4.3.1.

gnu: Add iso-codes variant for use within Guix.

* gnu/packages/iso-codes.scm (iso-codes):
Replace with hidden-package that inherits…
(iso-codes/official): …this ‘new’ variable with its previous value.
* gnu/packages/gtk.scm (gtk+)[inputs]:
Use iso-codes/official to prevent mass rebuilds.

gnu: ceph: Update to 16.2.9.

* gnu/packages/storage.scm (ceph): Update to 16.2.9.

gnu: Add touchegg.

* gnu/packages/linux.scm (touchegg): New variable.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

nls: Update translations.

po/packages/tr.po: New file.
po/packages/LINGUAS: Add it.

news: Add entry for 'guix system edit' and 'guix home edit'.

* etc/news.scm: Add entry.

Co-authored-by: Maxime Devos <maximedevos@telenet.be>

guix home: Add 'edit' sub-command.

* guix/scripts/home/edit.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.
* guix/scripts/home.scm (show-help): Add "edit".
(process-command): Handle it.
(guix-home): Add it.
* po/guix/POTFILES.in: Add 'guix/scripts/home/edit.scm'.
* doc/guix.texi (Invoking guix home): Document it.

home: services: Add 'lookup-home-service-types' procedure.

* gnu/home/services.scm (lookup-home-service-types): New procedure.
* tests/home-services.scm: New file.
* Makefile.am (SCM_TESTS): Add it.

guix system: Add 'edit' sub-command.

* guix/scripts/system/edit.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.
* guix/scripts/system.scm (show-help): Mention "edit".
(actions): Add it.
(process-command): Handle it.
* doc/guix.texi (Invoking guix system): Document it.
* po/guix/POTFILES.in: Add guix/scripts/system/edit.scm.

edit: Extract 'spawn-editor' procedure.

* guix/scripts/edit.scm (spawn-editor): New procedure, with code from...
(guix-edit): ... here.  Use it.

cache: Catch invalid 'last-expiry-cleanup'.

Fixes <http://issues.guix.gnu.org/55638>.

* guix/cache.scm (maybe-remove-expired-cache-entries)[last-expiry-date]:
Use 'get-string-all' + 'string->number' instead of 'read'; ignore
invalid numbers.
* tests/cache.scm ("maybe-remove-expired-cache-entries, empty cache")
("maybe-remove-expired-cache-entries, corrupted cache"): New tests.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Capitalize and tweak cross-compilation-related node names.

* doc/guix.texi (Using cross-compilation): Rename to...
(Cross-Compilation): ... this.
(Using native builds): Rename to...
(Native Builds): ... this.  Adjust menus accordingly.

gnu: Add emacs-color-theme-modern.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-color-theme-modern): New variable.

Signed-off-by: Liliana Marie Prikler <liliana.prikler@gmail.com>

gnu: quodlibet: Add missing plugin dependencies.

* gnu/packages/music.scm (quodlibet)[inputs]: Add gtksourceview, keybinder-3.0,
python-musicbrainzngs, and python-pyinotify.

Signed-off-by: Liliana Marie Prikler <liliana.prikler@gmail.com>

services: bitlbee: Run under a UTF-8 locale.

* gnu/services/messaging.scm (bitlbee-shepherd-service): In the
'make-inetd-constructor' case, set GUIX_LOCPATH and LC_ALL.  In the
'least-authority-wrapper' call, preserve GUIX_LOCPATH and LC_ALL, and
map /run/current-system/locale.

gnu: python-shellingham: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-shellingham): Update to 1.4.0.
[arguments]: Remove arguments block since upstream now includes
a setup.py file.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

services: ddclient: No need to import (ice-9 rdelim) from the host.

* gnu/services/dns.scm (ddclient-activation): Remove (ice-9 rdelim) from the
with-imported-modules form.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-benchmark-init: Update to 1.0-0243556.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-benchmark-init): Update to
1.0-0243556. Fixes build on emacs 28.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: ruby-asciimath: Update to 2.0.4.

gnu/packages/math.scm (ruby-asciimath): Update to 2.0.4.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add texlive-qrcode.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-qrcode): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: ocaml-cppo: Update to 1.6.9.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-cppo): Update to 1.6.9.

gnu: ocaml-cairo2: Update to 0.6.3.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-cairo2): Update to 0.6.3.

gnu: libcyaml: Clean up arguments.

* gnu/packages/serialization.scm (libcyaml)[arguments]:
Use #:test-target rather than a custom 'check phase.
Use CC-FOR-TARGET.

gnu: libcyaml: Update to 1.3.1.

* gnu/packages/serialization.scm (libcyaml): Update to 1.3.1.

gnu: perl-search-xapian: Update to 1.2.25.5.

* gnu/packages/search.scm (perl-search-xapian): Update to 1.2.25.5.

gnu: libblockdev: Remove input labels.

* gnu/packages/disk.scm (libblockdev)[native-inputs]:
Remove input labels.

gnu: libblockdev: Update to 2.27.

* gnu/packages/disk.scm (libblockdev): Update to 2.27.

gnu: complexity: Use a specific date in manpage.

* gnu/packages/code.scm (complexity)[arguments]: Add 'set-man-page-date phase.

gnu: netsurf: Remove timestamp from build.

* gnu/packages/web.scm (netsurf)[arguments]: Add 'remove-timestamps phase.

gnu: inxi-minimal: Build reproducibly.

Avoid embedding timestamp in inxi.1.gz manpage.

* gnu/packages/admin.scm (inxi-minimal)[arguments]: Pass "-n" to gzip
  invocation.

gnu: gnustandards: Build reproducibly.

Avoid embedding timestamp in info.gz files.

* gnu/packages/gnu-doc.scm (gnustandards)[arguments]: Pass "-n" to gzip
  invocations.

gnu: Remove python-atomicwrites-1.4.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-atomicwrites-1.4): Remove variable.
* gnu/packages/matrix.scm (python-matrix-nio)[propagated-inputs]: Replace
python-atomicwrites-1.4 with python-atomicwrites.

gnu: dezyne: Update to 2.15.1.

* gnu/packages/dezyne.scm (dezyne)[source]: Update to 2.15.1.
[arguments]: Remove `disable-tests' phase.

gnu: ocaml-mccs: Update to 1.1+14.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-mccs): Update to 1.1+14.

gnu: ocaml-ctypes: do not override install headers

Overriding INSTALL_HEADERS in the build prevents the "ocaml_integers.h"
header from being copied from the ocaml-integers package to ocaml-ctypes.
The header's absence breaks all dune-based projects which build cstubs
using the new (ctypes ...) stanza.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ctypes)[arguments]: remove
INSTALL_HEADERS override.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: dune: Update to 3.2.0.

* gnu/packages/ocaml.scm (dune): Update to 3.2.0.

gnu: diffoscope: Fix comparison of vmlinux files.

* gnu/packages/diffoscope.scm (diffoscope)[arguments]: Add
  'install-extract-vmlinux phase.
  [inputs]: Add python.

gnu: diffoscope: Fix embedded tool references.

Upstream switched from using '' to "" in various places.
Drop patching of "readelf" which broke tests.

* gnu/packages/diffoscope.scm (diffoscope)[arguments]: Update
  'fix-embed-tool-references phase.
  [inputs]: Add coreutils and diffutils.

gnu: Add h-client (again, this time with Python 3 support).

* gnu/packages/hardware.scm (h-client): New variable.

gnu: Add python-jsonschema-next.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-jsonschema-next): New variable.

gnu: libostree: Update to 2022.3.

* gnu/packages/package-management.scm (libostree): Update to 2022.3.

gnu: hwinfo: Rename non-standard ‘dev’ output.

* gnu/packages/hardware.scm (hwinfo)[outputs]: Rename ‘dev’ to ‘lib’.
[arguments]: Ditto.

gnu: hwinfo: Update to 21.81.

* gnu/packages/hardware.scm (hwinfo): Update to 21.81.

gnu: jpegoptim: Remove input labels.

* gnu/packages/image.scm (jpegoptim)[inputs]:
Remove input labels.

gnu: jpegoptim: Update to 1.4.7.

* gnu/packages/image.scm (jpegoptim): Update to 1.4.7.
[source]: Build from Git.

gnu: ddcui: Update to 0.2.1.

* gnu/packages/hardware.scm (ddcui): Update to 0.2.1.

gnu: ddcutil: Update to 1.2.2.

* gnu/packages/hardware.scm (ddcutil): Update to 1.2.2.

gnu: hexedit: Update to 1.6.

* gnu/packages/hexedit.scm (hexedit): Update to 1.6.
[arguments]: Don't explicitly return #t from phases.

gnu: daemonize: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/admin.scm (daemonize)[home-page]: Use HTTPS.

doc: cookbook: Refer to the "Writing Manifests" manual node.

* doc/guix-cookbook.texi (Basic setup with manifests): Tweak
introductory paragraph.  Refer to the new "Writing Manifests" node of
the manual.

gnu: smlnj: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/sml.scm (smlnj)[home-page]: Use HTTPS.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add cdecl.

* gnu/packages/code.scm (cdecl): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add freerct.

* gnu/packages/games.scm (freerct): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-osmnx

* gnu/packages/geo.scm (python-osmnx): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: python-rtree: Update to 1.0.0.

* gnu/packages/geo.scm (python-rtree): Update to 1.0.0.
[arguments]: Fix 'find-libspatialindex phase.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: profanity: Add 'release-monitoring-url' property.

* gnu/packages/messaging.scm (profanity)[properties]: New field.

gnu: profanity: Remove input labels.

* gnu/packages/messaging.scm (profanity)[inputs]: Remove input labels.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: libmesode: Remove package.

* gnu/packages/messaging.scm (libmesode): Delete varialbe.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: profanity: Update to 0.12.1.

* gnu/packages/messaging.scm (profanity): Update to 0.12.1.
[source]: Update uri.
[inputs]: Replace libmesode with libstrophe.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: libstrophe: Improve package definition.

* gnu/packages/messaging.scm (libstrophe)[phases]: Use gexps.
{install-extra-license-files}: New phase.
[home-page]: Use https and add trailing /.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: libstrophe: Update to 0.12.0.

* gnu/packages/messaging.scm (libstrophe): Update to 0.12.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-doom-themes: Include extension files.

Newer versions of `emacs-doom-themes' separated extension support into a
separate directory, so this change includes those files.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-doom-themes)[arguments]: Consider
extensions/*.el files.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: public-inbox: Update to 1.8.0.

Some fixes are needed in both the testsuite and the package itself before
tests can pass so disable them for now.

Also, the lei command needs curl to work, so add it to the PATH in
‘wrap-program’.

* gnu/packages/mail.scm (public-inbox)[version]: Change to 1.8.0.
[source]: Update hash.
[arguments]<#:tests?>: Set to #f.
[arguments]<#:phases>{wrap-programs}: Add curl to PATH.
[inputs]: Add curl and perl-socket-msghdr.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add perl-socket-msghdr

* gnu/packages/perl.scm (perl-socket-msghdr): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: public-inbox: Some packaging fixes

The file ‘script/public-inbox-compact’ doesn't call ‘xapian-compact’ directly
anymore, so the substitution in the ‘qualify-paths’ phase doesn't do anything.

Now there's a reference to ‘xapian-compact’ in ‘lib/PublicInbox/Xapcmd.pm’,
so substitute the path there.

And move xapian from native-inputs to inputs and use its input path in the
substitution, since ‘xapian-compact’ is called during normal execution of
public-inbox.

Also add ‘bash-minimal’ to the package's inputs, since it uses ‘wrap-program’.

Finally, take the opportunity to change build phases to not return #t
unconditionally, since that isn't necessary anymore.

* gnu/packages/mail.scm (public-inbox)[arguments]<#:phases>: Don't return #t
from each phase.
{qualify-paths}: Substitute ‘xapian-compact’ path in the correct file.  Use
‘search-input-file’ rather than ‘which’ to find it.
[native-inputs]: Move ‘xapian’ from here ...
[inputs]: ... to here. Add ‘bash-minimal’.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-bfuture.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-bfuture): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

shell: '--export-manifest -D x -D y' generates a valid manifest.

* guix/scripts/shell.scm (manifest->code*): Add missing 'list' in
generated 'concatenate-manifests' call.
* tests/guix-shell-export-manifest.sh: Add test.

gnu: Remove unreferenced patch.

This is a follow-up to a08c21f206d34a42d311e46b495b422188be70eb.

* gnu/packages/patches/libmicrohttpd-0.9.73-test-ssl3.patch: Remove file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: LLVM, Clang, LLD: Update to 14.0.4.

* gnu/packages/llvm.scm (%llvm-monorepo-hashes): Adjust for 14.0.4.
(%llvm-patches): Likewise.
(llvm-14, clang-14, lld-14): Update to 14.0.4.
* gnu/packages/patches/clang-14.0-libc-search-path.patch: Adjust for upstream
changes.

daemon: Clarify ‘--check’ error when outputs are missing.

Drop the confusing ‘invalid’ jargon and display a hint like we do
for ‘--fallback’.

* nix/libstore/build.cc (DerivationGoal::outputsSubstituted): Rewrite error message.

gnu: libmicrohttpd: Update to 0.9.75.

* gnu/packages/gnunet.scm (libmicrohttpd): Update to 0.9.75.

gnu: libmicrohttpd: Use G-expressions.

* gnu/packages/gnunet.scm (libmicrohttpd)[arguments]:
Rewrite as G-expressions.

gnu: pgpdump: Update to 0.35.

* gnu/packages/gnupg.scm (pgpdump): Update to 0.35.

gnu: ocrfeeder: Update to 0.8.5.

* gnu/packages/gnome.scm (ocrfeeder): Update to 0.8.5.
[arguments]: Don't explicitly return #t from phases.

gnu: icedove: Use updated clang and llvm.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icedove)[native-inputs]: Replace `clang-11`
and `clang-11` with the default version, which is now 13.

gnu: icedove: Update to 91.10.0 [fixes CVE-2022-1834].

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icedove): Update to 91.10.0.

gnu: tractor: Update to 3.13.

* gnu/packages/tor.scm (tractor): Update to 3.13.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: fortune-mod: Fix fortune directory.

It now matches the one given in the fortune(6) man page.

* gnu/packages/games.scm (fortune-mode)[arguments]:
Install to /share rather than /local/share/games.
Shorten the 'fix-install-directory phase.

gnu: pigx-scrnaseq: Update to 1.1.9.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx-scrnaseq): Update to 1.1.9.
[arguments]: Remove 'autoreconf phase.
[native-inputs]: Remove autoconf and automake.

gnu: pigx-bsseq: Update to 0.1.7.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx-bsseq): Update to 0.1.7.
[source]: Remove patch.
[arguments]: Remove 'autoreconf phase.
[native-inputs]: Remove automake and autoconf.
* gnu/packages/patches/pigx-bsseq-no-citeproc.patch: Remove file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove patch.

gnu: pigx-chipseq: Update to 0.1.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx-chipseq): Update to 0.1.0.
[source]: Remove patch.
[arguments]: Remove 'autoreconf phase.
[native-inputs]: Remove autoconf and automake.
* gnu/packages/patches/pigx-chipseq-no-citeproc.patch: Remove file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove patch.

gnu: vim: Update to 8.2.5048.

* gnu/packages/vim.scm (vim): Update to 8.2.5048.
[arguments]: Patch another instance of '/bin/sh'.