gnu: KDE: Fix old cgit home-pages.

Fix all home-pages pointing to git-repos a cgit.kde.org, which is
gone, to now use the correct repo at invent.kde.org.

* gnu/packages/kde.scm (grantleetheme, kdiagram): Update home-page.
* gnu/packages/kde-frameworks.scm (kholidays): Likewise.
* gnu/packages/kde-internet.scm (libgravatar, libktorrent): Likewise.
* gnu/packages/kde-multimedia.scm (libkcddb, libkcompactdisc): Likewise.
* gnu/packages/kde-pim.scm (kblog, kdav, kdepim-apps-libs,
  kdepim-runtime, keventviews, kincidenceeditor, kmailcommon,
  kmailimporter, kmessagelib, kpimcommon, ksmtp, libkdepim, libkgapi,
  libkleo, libksieve): Likewise.
* gnu/packages/kde-plasma.scm (kdecoration, kscreenlocker): Likewise.

gnu: linux-libre 4.4: Update to 4.4.248.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4-version): Update to 4.4.248.
(linux-libre-4.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 4.9: Update to 4.9.248.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9-version): Update to 4.9.248.
(linux-libre-4.9-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 4.14: Update to 4.14.212.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.212.
(linux-libre-4.14-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 4.19: Update to 4.19.163.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.163.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.4: Update to 5.4.83.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.83.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre: Update to 5.9.14.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.9-version): Update to 5.9.14.
(linux-libre-5.9-pristine-source): Update hash.

news: Add 'es' translation.

import/cran: Abort with error message when recursive import fails.

Previously, after a failed recursive import "guix import" would signal
success.

* guix/import/cran.scm (cran->guix-package): Raise a condition when all
repositories have been exhausted.
* guix/scripts/import/cran.scm (guix-import-cran): Handle errors.

gnu: knot-resolver: Update to 5.2.1.

* gnu/packages/dns.scm (knot-resolver): Update to 5.2.1.
[source]: Remove obsolete patch.
* gnu/packages/patches/knot-resolver-fix-map-command-on-32-bit.patch: Delete
file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

install: Discover local substitute servers.

* gnu/installer/substitutes.scm: New file.
* gnu/installer/newt/substitutes.scm: New file.
* gnu/local.mk (INSTALLER_MODULES): Add them.
* po/guix/POTFILES.in: Add gnu/installer/newt/substitutes.scm.
* gnu/installer/proxy.scm (with-silent-shepherd): Move to ...
* gnu/installer/utils.scm: ... here.
* gnu/installer/record.scm (<installer>)[substitutes-page]: New field.
* gnu/installer/newt.scm (substitutes-page): New procedure,
(newt-installer): register it.
* gnu/installer.scm (installer-steps): Add "substitutes-page" step.
* gnu/system/install.scm (%installation-services): Add avahi-service-type and
enable substitute server discover in guix-service-type.
[<name-service-switch>]: Set it to %mdns-host-lookup-nss.

gnu: ecl-lparallel: Disable never ending tests.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (ecl-lparallel)[arguments]: Disable tests.

gnu: Add cl-abnf.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (cl-abnf, ecl-cl-abnf, sbcl-cl-abnf): New
  variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add cl-autowrap.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (cl-autowrap, ecl-cl-autowrap, sbcl-cl-autowrap):
  New variable.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: sbcl-geco: Update to 2.1.1.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-geco): Update to 2.1.1.
  [source]: Fetch from Github.
  [home-page]: Update to author's page.
* gnu/packages/patches/sbcl-geco-fix-organism-class.patch: Remove file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: Add simple-neural-network.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (cl-simple-neural-network,
  ecl-simple-neural-network, sbcl-simple-neural-network): New variables.

gnu: esbuild: Update to 0.8.21.

* gnu/packages/web.scm (esbuild): Update to 0.8.21.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add hsetroot.

* gnu/packages/xdisorg.scm (hsetroot): New variable.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

self: Remove the empty string from '%load-extensions'.

* guix/self.scm (guix-command): Set '%load-extensions'.

guix: 'guile' executable ignores GUILE_LOAD_PATH during startup.

When starting the 'guix' command, this ensures Guile modules are
immediately found instead of being search for in other directories.
This reduces the number of 'stat' calls during startup when
GUILE_LOAD_PATH is set to (almost) that of "env -i $(type -P guix)".

* gnu/packages/aux-files/guile-launcher.c (load_path)
(load_compiled_path): New variables.
(inner_main): Restore GUILE_LOAD_PATH and GUILE_LOAD_COMPILED_PATH and
set %load-path and %load-compiled-path accordingly.
(main): Save GUILE_LOAD_PATH and GUILE_LOAD_COMPILED_PATH and unset them.

self: Move Guile early in the module search path.

Until now, Guile modules would first be searched for in
MODULE-DIRECTORY, then in each $GUILE_LOAD_PATH entry, and finally in
Guile itself.

* guix/self.scm (guix-command): Make GUILE the second entry in the
%LOAD-PATH and %LOAD-COMPILED-PATH.

build: 'script/guix' uses our own 'guile' executable.

* Makefile.am (do_subst): Substitute @abs_top_builddir@.
* scripts/guix.in: Use it.

Revert "services: openssh: Warn about 'password-authentication?' default."

This reverts commit aecd2a13cbd8301d0fdeafcacbf69e12cc3f6138 for two
reasons:

  1. The warning would fire every time (gnu services ssh) is loaded;

  2. There's still no clear consensus on the approach to follow as
     discussed in <https://issues.guix.gnu.org/44808>.

maint: Remove unused 'NIX_VERSION' macro.

* config-daemon.ac: Do not define NIX_VERSION.

maint: Avoid macros obsolete in Autoconf 2.70.

* configure.ac: Require Autoconf 2.69.  Use 'AS_HELP_STRING' instead of
'AC_HELP_STRING'.
* m4/guix.m4: Likewise.
* config-daemon.ac: Use 'AC_CONFIG_HEADERS' instead of the singular
variant.

gnu: guile-simple-zmq: Update to 0.0.0-5.f8b7d81.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-simple-zmq): Update to 0.0.0-5.f8b7d81.

gnu: fcitx5-chinese-addons: Remove stale build steps.

* gnu/packages/fcitx5.scm (fcitx5-chinese-addons)[arguments]
<configure-flags>: Remove it.
<phases>: Remove phase 'patch-install-prefix'.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>

gnu: fcitx5-lua: Remove stale build steps.

* gnu/packages/fcitx5.scm (fcitx-lua)[arguments]: Remove it.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>

gnu: toybox: Cross compile.

* gnu/packages/busybox.scm (toybox)[arguments]: Use cc-for-target.

gnu: busybox: Update to 1.32.0.

* gnu/packages/busybox.scm (busybox): Update to 1.32.0.
[source]: Remove patch.
* gnu/packates/patches/busybox-1.31.1-fix-build-with-glibc-2.31.patch:
Remove file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: Add emacs-webpaste.

* gnu/packages/emacs-xyz.com (emacs-webpaste): New variable.

Signed-off-by: Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net>

gnu: emacs-elpher: Mention gemini in synopsis and description.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-elpher)[synopsis, description]: Mention
gemini support to help those searching for gemini clients.

Signed-off-by: Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net>

gnu: Add emacs-smart-hungry-delete.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-smart-hungry-delete): New variable.

Signed-off-by: Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net>

gnu: Add virtaal.

* gnu/packages/text-editors.scm (virtaal): New variable.

Signed-off-by: Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net>

etc: Add more SELinux permissions for the daemon.

* etc/guix-daemon.cil.in (guix_daemon): Permit file write, getattr, link and
unlink for the guix_daemon_exec_t type.

gnu: qoauth: Fix wrong URL in comment.

* gnu/packages/web.scm (qoauth)[arguments]: Adjust comment.

gnu: guile-prometheus: Update to 0-5.35dc26c.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-prometheus): Update to 0-5.35dc26c.

gnu: nfs-utils: Fix location of external util-linux binaries.

Fixes:

  ~ λ sudo mount -t nfs 1.2.3.4:/ /mnt
  /gnu/store/aaa-nfs-utils-2.4.3/sbin/start-statd: line 10:
  /gnu/store/bbb-util-linux-2.35.1-lib/bin/flock: No such file or directory
  mount.nfs: rpc.statd is not running but is required for remote locking.

* gnu/packages/nfs.scm (nfs-utils)[inputs]: Point the util-linux label at
util-linux:out and add util-linux:lib as a separate input.

gnu: visidata: Update to 2.1.

* gnu/packages/visidata.scm (visidata): Update to 2.1.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: stumpwm-with-slynk: Fix build error.

* gnu/packages/wm.scm (stumpwm-with-slynk)[arguments]: Provide a
writable directory to use as $HOME during building.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: exim: Enable authenticators.

* gnu/packages/mail.scm (exim)[arguments]: Enable cram_md5, dovecot, external,
plaintext, spa and tls authenticators in configure phase.

Signed-off-by: Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net>

gnu: singularity: Update command substitutions.

Reported by Hao Chen <hchen@uthsc.edu>.

* gnu/packages/linux.scm (singularity)[arguments]: Update
'patch-references phase to actually patch mksquashfs calls and to patch
sed calls.

gnu: guile-prometheus: Update to 0-4.f661edf.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-prometheus): Update to 0-4.f661edf.

avahi: Ignore local services.

* guix/avahi.scm (avahi-browse-service-thread): Add "ignore-local?" argument
and honor it.

gnu: emacs-lsp-ivy: Update to 0.4.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-lsp-ivy): Update to 0.4.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: emacs-company-emoji: Update to 2.6.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-company-emoji): Update to 2.6.0.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add emacs-org-pretty-table.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org-pretty-table): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: emacs-dash-docs: Update to 1.4.0-2.dafc8fc.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-dash-docs): Update to 1.4.0-2.dafc8fc.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: emacs-chess: Update to 2.0.5.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-chess): Update to 2.0.5.

gnu: Remove python-llfuse-0.41.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-llfuse-0.41): Remove variable.

gnu: Remove Attic.

This package was superseded by Borg in 2016, and hasn't built
successfully for a while.

* gnu/packages/backup.scm (attic): Remove variable.

gnu: r-keggrest: Update to 1.30.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-keggrest): Update to 1.30.1.

gnu: r-genomeinfodb: Update to 1.26.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomeinfodb): Update to 1.26.2.

gnu: r-biocstyle: Update to 2.18.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biocstyle): Update to 2.18.1.

gnu: r-scuttle: Update to 1.0.3.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-scuttle): Update to 1.0.3.
[propagated-inputs]: Add r-genomicranges.

gnu: r-beachmat: Update to 2.6.2.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-beachmat): Update to 2.6.2.

gnu: r-cicero: Update to 1.8.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-cicero): Update to 1.8.1.

gnu: r-biosigner: Update to 1.18.2.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biosigner): Update to 1.18.2.

gnu: r-biocneighbors: Update to 1.8.2.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biocneighbors): Update to 1.8.2.
[propagated-inputs]: Remove r-rcppannoy.

guix: Add globstar support.

* guix/glob.scm (string->sglob)
(glob-match?): Add globstar support.
* tests/glob.scm: Update accordingly.

Signed-off-by: Jelle Licht <jlicht@fsfe.org>

gnu: r-lubridate: Update to 1.7.9.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-lubridate): Update to 1.7.9.2.

gnu: r-lme4: Update to 1.1-26.

* gnu/packages/statistics.scm (r-lme4): Update to 1.1-26.

gnu: r-fpc: Update to 2.2-9.

* gnu/packages/statistics.scm (r-fpc): Update to 2.2-9.

gnu: r-mclust: Update to 5.4.7.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mclust): Update to 5.4.7.

gnu: r-gplots: Update to 3.1.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-gplots): Update to 3.1.1.

gnu: r-hmisc: Update to 4.4-2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-hmisc): Update to 4.4-2.

gnu: r-rprojroot: Update to 2.0.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rprojroot): Update to 2.0.2.
[propagated-inputs]: Remove r-backports.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-rcpparmadillo: Update to 0.10.1.2.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rcpparmadillo): Update to 0.10.1.2.0.

gnu: r-rstudioapi: Update to 0.13.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rstudioapi): Update to 0.13.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-backports: Update to 1.2.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-backports): Update to 1.2.0.

gnu: r-data-table: Update to 1.13.4.

* gnu/packages/statistics.scm (r-data-table): Update to 1.13.4.

gnu: r-dbplyr: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-dbplyr): Update to 2.0.0.
[propagated-inputs]: Add r-withr.

gnu: r-rlang: Update to 0.4.9.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rlang): Update to 0.4.9.

gnu: r-testthat: Update to 3.0.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-testthat): Update to 3.0.0.
[propagated-inputs]: Add r-brio, r-callr, r-desc, r-jsonlite, r-lifecycle,
r-processx, r-ps, and r-waldo.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-codetools: Update to 0.2-18.

* gnu/packages/statistics.scm (r-codetools): Update to 0.2-18.

gnu: r-diversitree: Update to 0.9-15.

* gnu/packages/cran.scm (r-diversitree): Update to 0.9-15.

gnu: r-tidymodels: Update to 0.1.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-tidymodels): Update to 0.1.2.
[propagated-inputs]: Remove r-crayon.

gnu: r-tune: Update to 0.1.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-tune): Update to 0.1.2.
[propagated-inputs]: Remove r-crayon and r-lifecycle; add r-generics.

gnu: r-cpp11: Update to 0.2.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-cpp11): Update to 0.2.4.

gnu: r-spatstat-data: Update to 1.5-2.

* gnu/packages/cran.scm (r-spatstat-data): Update to 1.5-2.

gnu: r-hardhat: Update to 0.1.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-hardhat): Update to 0.1.5.

gnu: r-brms: Update to 2.14.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-brms): Update to 2.14.4.
[propagated-inputs]: Add r-projpred.

gnu: r-isoband: Update to 0.2.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-isoband): Update to 0.2.3.

gnu: r-loo: Update to 2.4.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-loo): Update to 2.4.0.

gnu: r-stopwords: Update to 2.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-stopwords): Update to 2.1.

gnu: r-isocodes: Update to 2020.12.04.

* gnu/packages/cran.scm (r-isocodes): Update to 2020.12.04.

gnu: r-fda: Update to 5.1.7.

* gnu/packages/cran.scm (r-fda): Update to 5.1.7.
[propagated-inputs]: Add r-fds.

gnu: r-r-filesets: Update to 2.14.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-r-filesets): Update to 2.14.0.

gnu: r-abtest: Update to 0.2.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-abtest): Update to 0.2.2.

gnu: r-showtext: Update to 0.9-1.

* gnu/packages/cran.scm (r-showtext): Update to 0.9-1.

gnu: r-sysfonts: Update to 0.8.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-sysfonts): Update to 0.8.2.

gnu: r-parameters: Update to 0.10.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-parameters): Update to 0.10.1.

gnu: r-patchwork: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-patchwork): Update to 1.1.0.

gnu: r-leiden: Update to 0.3.6.

* gnu/packages/cran.scm (r-leiden): Update to 0.3.6.

gnu: r-uwot: Update to 0.1.9.

* gnu/packages/cran.scm (r-uwot): Update to 0.1.9.

gnu: r-umap: Update to 0.2.7.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-umap): Update to 0.2.7.0.

gnu: r-refmanager: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-refmanager): Update to 1.3.0.
[propagated-inputs]: Remove r-bibtex.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-dae: Update to 3.1-32.

* gnu/packages/cran.scm (r-dae): Update to 3.1-32.

gnu: r-clue: Update to 0.3-58.

* gnu/packages/cran.scm (r-clue): Update to 0.3-58.

gnu: r-ggvis: Update to 0.4.7.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggvis): Update to 0.4.7.
[propagated-inputs]: Remove r-lazyeval; add r-rlang.