gnu: Add l3afpad.

* gnu/packages/text-editors.scm (l3afpad): New variable.

gnu: pigx-rnaseq: Update to 0.0.17.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx-rnaseq): Update to 0.0.17.
[arguments]: Remove "use-latest-salmon" phase; add "set-timezone" phase.
[inputs]: Replace r-gprofiler with r-gprofiler2; add r-ggpubr and
python-deeptools.
[native-inputs]: Add tzdata.

gnu: ghostwriter: Update to 2.0.1.

* gnu/packages/text-editors.scm (ghostwriter): Update to 2.0.1.

gnu: python-pikepdf: Update to 2.12.2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pikepdf): Update to 2.12.2.

gnu: dino: Update to 0.2.1 [fixes CVE-2021-33896].

* gnu/packages/messaging.scm (dino): Update to 0.2.1.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: qtwebengine: Enable H.264 WebRTC encoding.

* gnu/packages/qt.scm (qtwebengine)[inputs]: Add openh264.
[source]: Remove bundled openh264.
[arguments]: Adjust build scripts accordingly in the 'substitute-source' phase.
Pass '-webengine-proprietary-codecs' in the custom 'configure' phase.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: youtube-dl: Update to 2021.06.06.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2021.06.06.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: isync: Update to 1.4.2.

* gnu/packages/mail.scm (isync): Update to 1.4.2.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: pigx-rnaseq: Adjust to upgrade of salmon.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx-rnaseq)[arguments]: Add phase
"use-latest-salmon".

gnu: salmon: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (salmon): Update to 1.4.0.
[arguments]: Remove unnecessary flags, add other soon-to-be-unnecessary flags;
remove "prepare-rapmap" phase, add "prepare-pufferfish" phase, add
"fix-error-message-in-tests" phase, simplify "use-system-libraries" phase.
[inputs]: Add curl and pufferfish sources; remove libdivsufsort and rapmap
sources.

gnu: cereal: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/serialization.scm (cereal): Update to 1.3.0.

gnu: macs: Update to 2.2.7.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (macs): Update to 2.2.7.1.

gnu: libgff: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (libgff): Update to 2.0.0.
[home-page]: Update to new home.

gnu: jellyfish: Update to 2.3.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (jellyfish): Update to 2.3.0.
[arguments]: Disable SSE to avoid tuning to the build node's CPU.
[native-inputs]: Replace python-2 with python-wrapper.
[license]: Update.

gnu: sbcl-fof: Update to 0.2.0.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-fof): Update to 0.2.0.

etc: Add "bordeaux.guix.gnu.org.pub" public key file.

* etc/substitutes/bordeaux.guix.gnu.org.pub: New file.
* Makefile.am (dist_pkgdata_DATA): Add it.
* guix/self.scm (miscellaneous-files): Add
"share/guix/bordeaux.guix.gnu.org.pub".

gnu: guix-build-coordinator: Update to 0-31.4a47417.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-build-coordinator): Update to
0-31.4a47417.

gnu: multiqc: Update to 1.10.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (multiqc): Update to 1.10.1.
[arguments]: Remove build phase "relax-requirements"; replace "check" phase.
[propagated-inputs]: Add python-coloredlogs, python-future, python-networkx,
and python-rich; remove python-nose.
[native-inputs]: Add python-pytest and the test suite.

gnu: Add python-rich.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-rich): New variable.

gnu: python-dataclasses: Update to 0.8.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-dataclasses): Update to 0.8.

gnu: python-attrs: Update to 21.2.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-attrs): Update to 21.2.0.
(python-attrs-bootstrap): Keep this at 19.3.0 to avoid mass rebuilds.

gnu: python-attrs: Conditionally execute tests.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-attrs)[arguments]: Wrap "check" phase in
conditional expression.

gnu: python-hic2cool: Update to 0.8.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-hic2cool): Update to 0.8.3.
[source]: Download using git-fetch.
[arguments]: Enable tests. Add phase to make test data writable.
[propagated-inputs]: Add python-h5py, python-numpy, python-pandas,
python-scipy.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: gtg: Update to 0.5.

* gnu/packages/gnome.scm (gtg): Update to 0.5.
[inputs]: Add gdk-pixbuf+svg, pango, python-lxml.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: srain: Update to 1.2.2.

* gnu/packages/irc.scm (srain): Update to 1.2.2.
[build-system]: Switch to meson-build-system.
[arguments]: Add #:glib-or-gtk?. Remove 'fix-permissions phase.
[native-inputs]: Add python-sphinx.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: xf86-video-vesa: Update to 2.5.0.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-vesa): Update to 2.5.0.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: xpra: Update to 4.2.

Fixes <https://issues.guix.gnu.org/issue/48890>.

* gnu/packages/xorg.scm (xpra): Update to 4.2.
[source]: Switch to ".tar.gz" archive and update patch file.
[native-inputs]: Add pandoc.
[arguments]: Adjust custom 'fix-paths phase for changes in source.
* gnu/packages/patches/xpra-4.2-systemd-run.patch: Adapt to new version
and rename file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Rename file.

Signed-off-by: Lars-Dominik Braun <lars@6xq.net>

gnu: gnutls@3.6.16: Fix cross-compilation.

Fixes <https://bugs.gnu.org/48771>.
Reported by Eric Brown <ecbrown@ericcbrown.com>.

* gnu/packages/tls.scm (gnutls-3.6.16)[arguments]: New field.

gnu: libheif: Update to 1.12.0.

* gnu/packages/image.scm (libheif): Update to 1.12.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: homebank: Update to 5.5.2.

* gnu/packages/finance.scm (homebank): Update to 5.5.2.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: cozy: Update to 1.0.3.

* gnu/packages/ebook.scm (cozy): Update to 1.0.3.
[inputs]: Add granite, libgee.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: drawing: Update to 0.8.0.

* gnu/packages/gnome.scm (drawing): Update to 0.8.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add pwntools.

* gnu/packages/cybersecurity.scm (pwntools): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Add reference for ‘git-version’ and ‘hg-version’.

* doc/contributing.texi (Version Numbers): Document ‘git-version’ and
  ‘hg-version’.
* doc/guix.texi (package Reference): Reference ‘Version Numbers’ section for
  version naming guidelines.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: komikku: Update to 0.29.1.

* gnu/packages/gnome.scm (komikku): Update to 0.29.1.

gnu: dash: Update to 0.5.11.4.

* gnu/packages/shells.scm (dash): Update to 0.5.11.4.

gnu: pidgin: Update to 2.14.5.

* gnu/packages/messaging.scm (pidgin): Update to 2.14.5.

scripts: substitute: Cache connection when looking for narinfos.

The process-substitution procedure is opening two distinct connections. The
first one when looking for narinfo by calling lookup-narinfo and the other one
when fetching nar files.

Cache the connection when looking for narinfos so that process-substitution
only opens one connection.

* guix/scripts/substitute.scm (lookup-narinfo): Cache connection by using
open-connection-for-uri/cached.

lint: tests-true: Check if tests are enabled when cross-compiling.

* guix/lint.scm (check-tests-true): New linter.
(%local-checkers)[tests-true]: Add it.
* tests/lint.scm ("tests-true: #:tests? must not be set to #t")
("tests-true: absent #:tests? is acceptable")
("tests-true: #:tests? #f is acceptable")
("tests-true: #:tests? #t acceptable when compiling natively"): Test it.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: vlc: Update to 3.0.14.

* gnu/packages/video.scm (vlc): Update to 3.0.14.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: git: Update to 2.32.0.

* gnu/packages/version-control.scm (git): Update to 2.32.0.

gnu: Add matterbridge.

* gnu/packages/messaging.scm (matterbridge): New variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: Add python-pytest-mp.

* gnu/packages/python-check.scm (python-pytest-mp): New variable.

gnu: Add python-asn1tools.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-asn1tools): New variable.

gnu: Add ocaml-ppx-cold.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppx-cold): New variable.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: Add ocaml-ppx-here.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppx-here): New variable.
  (ocaml4.07-ppx-here): Inherit from ocaml-ppx-here.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: Add ocaml-ppx-compare.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppx-compare): New variable.
  (ocaml4.07-ppx-compare): Inherit from ocaml-ppx-compare.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: Add ocaml-syntax-shims.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-syntax-shims): New variable.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: Add ocaml-ppx-let.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppx-let): New variable.
  (ocaml4.07-ppx-let): Inherit from ocaml-ppx-let.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: Add ocaml-bigstringaf.

* gnu/ocaml/packages.scm (ocaml-bigstringaf): New variable.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: Add ocaml-ppx-sexp-conv.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppx-sexp-conv): New variable.
  (ocaml4.07-ppx-sexp-conv): Inherit from ocaml-ppx-sexp-conv.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: Add ocaml-uunf.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-uunf): New variable.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: Add ocaml-sedlex.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-sedlex): New variable.
  (ocaml4.07-sedlex): Inherit from ocaml-sedlex.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: Add ocaml-ppxlib.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppxlib): New variable.
  (ocaml4.07-ppxlib): Inherit from ocaml-ppxlib.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: ocaml-migrate-parsetree: Update to 2.1.0.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-migrate-parsetree): Update to 2.1.0.
  (ocaml-migrate-parsetree-1): New variable.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: Add ocaml-compiler-libs.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-compiler-libs): New variable.
  (ocaml4.07-compiler-libs): Inherit from ocaml-compiler-libs.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: Add ocaml-stdio.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-stdio): New variable.
  (ocaml4.07-stdio): Inherit from ocaml-stdio.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: Add ocaml-gen.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-gen): New variable.
  (ocaml4.07-gen): Remove variable.
  (ocaml4.07-sedlex): Replace ocaml4.07-gen with ocaml-gen.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: ocaml4.07-gen: Update to 0.5.3.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml4.07-gen): Update to 4.07.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: ocaml-lwt: Update to 5.4.0.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-lwt): Update to 5.4.0.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: ocaml-lwt: Make libev a propagated input.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-lwt) [propagated-inputs]: Add libev.
  [inputs]: Remove libev.
  (ocaml-ouint2, ocaml4.07-lambda-term, ocaml-markup) [inputs]: Remove libev.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: ocaml-ctypes: Make ocaml-integers a propagated input.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ctypes)[propagated-inputs]: Add ocaml-integers.
  [inputs]: Remove ocaml-integers.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: ocaml-ctypes: Update to 0.18.0.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ctypes): Update to 0.18.0.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: ocaml-integers: Update to 0.4.0.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-integers): Update to 0.4.0.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: xf86-input-libinput: Update to 1.0.1.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-input-libinput): Update to 1.0.1.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: xf86-input-libinput: Fix licence information.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-input-libinput)[license]: This package is
almost exclusively expat, with a single x11 file that's not installed.

gnu: xterm: Update to 367.

* gnu/packages/xorg.scm (xterm): Update to 367.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: strongswan: Configure more sensible defaults.

* gnu/packages/networking.scm (strongswan)[arguments]<#:configure-flags>:
Enable aesni, attr-sql, chapoly, curl, dhcp, eap-aka, eap-aka-3gpp,
eap-dynamic, eap-identity, eap-md5, eap-mschapv2, eap-peap, eap-radius,
eap-sim, eap-sim-file, eap-simaka-pseudonym, eap-simaka-reauth,
eap-simaka-sql, eap-tls, eap-tnc, eap-ttls, ext-auth, farp, ha, led, md4,
mediation, openssl, soup, sql, sqlite, xauth-eap, xauth-noauth, and
xauth-pam support.
Disable ldap, mysql, and systemd support.
Use libcap by default.
[inputs]: Add libcap, libsoup, and linux-pam.
[native-inputs]: Add pkg-config.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

doc: Pluralize "package."

* doc/contributing.texi (Submitting Patches): Pluralize "package."

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: tig: Update to 2.5.4.

* gnu/packages/version-control.scm (tig): Update to 2.5.4.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>

gnu: icedove-wayland: Refactor as a wrapper around icedove.

This saves us a full build of icedove-wayland analogue to
chromium-wayland.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icedove-wayland)[inputs]: Add bash and
icedove.
[arguments]: Copy the binary over and wrap it for Wayland. As well as
the desktop-file and the license file.

gnu: freebayes: Update to 1.3.5.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (freebayes): Update to 1.3.5.
[source]: Remove patch.
[arguments]: Adjust custom 'patch-source phase for changes in source.
[inputs]: Remove zlib.
* gnu/packages/patches/freebayes-devendor-deps.patch: Remove file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: poke: Update to 1.3.

* gnu/packages/engineering.scm (poke): Update to 1.3.

gnu: sdrangel: Add SoapySDR support.

* gnu/packages/radio.scm (sdrangel)[inputs]: Add soapysdr.
  [arguments]: Update 'configure-flags'.

gnu: emacs-company-irony: Update to 1.1.1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-company-irony): Update to 1.1.1.
[inputs]: Re-order alphabetically.
[descrption]: Properly capitalize.

gnu: emacs-elfeed-score: Update to 0.7.9.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-elfeed-score): Update to 0.7.9.

gnu: msgpack: Update to 3.3.0.

* gnu/packages/serialization.scm (msgpack): Update to 3.3.0.

gnu: libvpx: Update to 1.10.0.

* gnu/packages/video.scm (libvpx): Update to 1.10.0.

gnu: czmq: Re-enable previously failing tests, fixed in 4.2.1.

* gnu/packages/networking.scm (czmq)[phases]: Delete argument.

gnu: ppsspp: Update to 1.11.3-1.69fa207.

This fixes the build with ffmpeg 4.4.

* gnu/packages/patches/ppsspp-disable-upgrade-and-gold.patch: Rebase patch.
* gnu/packages/emulators.scm (ppsspp): Update to 1.11.3-1.69fa207.
[source]: Adjust origin snippet to unbundle the newly added zstd library.

gnu: libopenshot: Use ffmpeg-4.3.

* gnu/packages/video.scm (libopenshot)
[propagated-inputs]{ffmpeg}: Downgrade to ffmpeg 4.3 to fix build.

gnu: Add ffmpeg-4.3.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg-4.3): New variable.

gnu: diffoscope: Update to 177.

This resolves a problem with ffmpeg 4.4.

* gnu/packages/diffoscope.scm (diffoscope): Update to 177.

gnu: ffmpeg: Update to 4.4.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg): Update to 4.4.

gnu: Remove rust-rav1e.

This package is superseded by rav1e.

Note: I tried defining an alias like so:

  (define-public rust-rav1e
    (deprecated-package "rust-rav1e" rav1e))

But it caused a problem where the 'rav1e' variable would appear unbound.

* gnu/packages/crates-graphics.scm (rust-rav1e-0.4): Remove.

gnu: rust-ravif: Use rav1e instead of rust-rav1e.

With the rav1e package having been brought up to par with rust-rav1e,
rust-ravif can use rav1e directly.

* gnu/packages/crates-graphics.scm (rust-ravif)
[cargo-inputs]{rust-rav1e}: Replace with...
{rav1e}: ... this.
[cargo-development-inputs]: New argument.
[native-inputs]: New field.

gnu: Add rust-avif-parse-0.13.

* gnu/packages/crates-graphics.scm (rust-avif-parse-0.13): New variable.

gnu: Add rust-bitreader-0.3.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-bitreader-0.3): New variable.

gnu: Add rust-fallible-collections-0.4.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-fallible-collections-0.4): New variable.

gnu: rav1e: Update to 0.4.1.

* gnu/packages/video.scm (rav1e): Update to 0.4.1.
[source]: Fix indentation.
[cargo-inputs]{rust-arbitrary}: Update to 0.4.
{rust-av-metrics}: New input.
{rust-bitstream-io}: Update to 1.
{rust-cfg-if}: Update to 1.
{rust-console}: Update to 0.14.
{rust-crossbeam}: New input.
{rust-itertools}: Update to 0.10.
{rust-libfuzzer-sys}: New input.
{rust-noop-proc-macro}: Update to 0.3.
{rust-paste}: Update to 1.
{rust-rand}: Update to 0.8.
{rust-rand-chacha}: Update to 0.3.
{rust-regex}: New input.
{rust-rustc-version}: Update to 0.3.
{rust-signal-hook}: Update to 0.3.
{rust-v-frame, rust-wasm-bindgen}: New inputs.
{rust-cc: Move to...
[cargo-development-inputs]: ... here.
{rust-rand}: Update to 0.8.
{rust-rand-chacha}: Update to 0.3.
{rust-semver}: Update to 0.11.
[inputs]{nasm}: Move to...
[native-inputs]: ... here.  This was spotted by 'guix lint'.
[synopsis]: Focus on facts, toning down marketing.
[description]: Expound.

gnu: rust-cargo-c: Update to 0.8.1+cargo-0.53.

* gnu/packages/rust-apps.scm (rust-cargo-c): Update to 0.8.1+cargo-0.53.
[cargo-inputs]{rust-cbindgen}: Update to 0.19.
{rust-semver}: Update to 0.10.
{rust-serde-json}: Update to 1.
{rust-cargo, rust-anyhow}: New inputs.
[native-inputs]: New field.
[inputs]: New field.

gnu: rust-serde-json-1: Update to 1.0.64.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-serde-json-1): Update to 1.0.64.

gnu: Add rust-cargo-0.53.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-cargo-0.53): New variable.

gnu: Add rust-commoncrypto-0.2.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-commoncrypto-0.2): New variable.

gnu: Add rust-commoncrypto-sys-0.2.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-commoncrypto-sys-0.2): New variable.

gnu: Add rust-bytesize-1.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-bytesize-1): New variable.

gnu: Add rust-cargo-platform-0.1.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-cargo-platform-0.1): New variable.

gnu: Add rust-crates-io-0.33.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-crates-io-0.33): New variable.

gnu: Add rust-crypto-hash-0.3.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-crypto-hash-0.3): New variable.

gnu: rust-filetime-0.2: Update to 0.2.14.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-filetime-0.2): Update to 0.2.14.
[cargo-inputs]{rust-cargo-if}: Update to version 1.
{rust-redox-syscall}: Update to version 0.2.