gnu: r-flare: Update to 1.7.0.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-flare): Update to 1.7.0.1.

gnu: r-rspectra: Update to 0.16-1.

* gnu/packages/cran.scm (r-rspectra): Update to 0.16-1.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-colorramps: Update to 2.3.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-colorramps): Update to 2.3.1.

gnu: r-admisc: Update to 0.27.

* gnu/packages/cran.scm (r-admisc): Update to 0.27.

gnu: r-ouch: Update to 2.18.

* gnu/packages/cran.scm (r-ouch): Update to 2.18.

gnu: r-activity: Update to 1.3.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-activity): Update to 1.3.2.
[propagated-inputs]: Remove r-circular.

gnu: r-circular: Update to 0.4-95.

* gnu/packages/cran.scm (r-circular): Update to 0.4-95.

gnu: r-ks: Update to 1.13.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-ks): Update to 1.13.5.

gnu: r-rgl: Update to 0.108.3.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-rgl): Update to 0.108.3.2.

gnu: r-biocmanager: Update to 1.30.18.

* gnu/packages/cran.scm (r-biocmanager): Update to 1.30.18.

gnu: r-afex: Update to 1.1-1.

* gnu/packages/cran.scm (r-afex): Update to 1.1-1.

gnu: r-summarytools: Update to 1.0.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-summarytools): Update to 1.0.1.

gnu: r-usethis: Update to 2.1.6.

* gnu/packages/cran.scm (r-usethis): Update to 2.1.6.

gnu: r-effectsize: Update to 0.7.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-effectsize): Update to 0.7.0.

gnu: r-bayestestr: Update to 0.12.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-bayestestr): Update to 0.12.1.

gnu: r-tmb: Update to 1.9.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-tmb): Update to 1.9.0.

gnu: r-emmeans: Update to 1.7.4-1.

* gnu/packages/cran.scm (r-emmeans): Update to 1.7.4-1.

gnu: r-multcomp: Update to 1.4-19.

* gnu/packages/cran.scm (r-multcomp): Update to 1.4-19.

gnu: r-th-data: Update to 1.1-1.

* gnu/packages/cran.scm (r-th-data): Update to 1.1-1.

gnu: r-furrr: Update to 0.3.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-furrr): Update to 0.3.0.
[propagated-inputs]: Remove r-ellipsis.

gnu: r-svdialogs: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-svdialogs): Update to 1.1.0.

gnu: r-labelled: Update to 2.9.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-labelled): Update to 2.9.1.

gnu: r-dofuture: Update to 0.12.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-dofuture): Update to 0.12.2.

gnu: r-drtmle: Update to 1.1.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-drtmle): Update to 1.1.1.

gnu: r-cmplot: Update to 4.1.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-cmplot): Update to 4.1.0.

gnu: r-doby: Update to 4.6.13.

* gnu/packages/cran.scm (r-doby): Update to 4.6.13.

gnu: r-argparse: Update to 2.1.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-argparse): Update to 2.1.5.

gnu: r-insight: Update to 0.17.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-insight): Update to 0.17.1.

gnu: r-rjags: Update to 4-13.

* gnu/packages/cran.scm (r-rjags): Update to 4-13.

gnu: r-nbclust: Update to 3.0.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-nbclust): Update to 3.0.1.

gnu: r-reticulate: Update to 1.25.

* gnu/packages/cran.scm (r-reticulate): Update to 1.25.

gnu: r-renv: Update to 0.15.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-renv): Update to 0.15.5.

gnu: r-maptools: Update to 1.1-4.

* gnu/packages/cran.scm (r-maptools): Update to 1.1-4.

gnu: r-abc: Update to 2.2.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-abc): Update to 2.2.1.

gnu: r-fnn: Update to 1.1.3.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-fnn): Update to 1.1.3.1.

gnu: r-algdesign: Update to 1.2.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-algdesign): Update to 1.2.1.

gnu: r-radiant-data: Update to 1.4.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-radiant-data): Update to 1.4.2.

gnu: r-shinyace: Update to 0.4.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-shinyace): Update to 0.4.2.

gnu: r-import: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-import): Update to 1.3.0.

gnu: r-tseries: Update to 0.10-51.

* gnu/packages/cran.scm (r-tseries): Update to 0.10-51.

gnu: r-quantmod: Update to 0.4.20.

* gnu/packages/cran.scm (r-quantmod): Update to 0.4.20.

gnu: r-statnet-common: Update to 4.6.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-statnet-common): Update to 4.6.0.

gnu: r-network: Update to 1.17.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-network): Update to 1.17.2.

gnu: r-tinytex: Update to 0.39.

* gnu/packages/cran.scm (r-tinytex): Update to 0.39.

gnu: r-uuid: Update to 1.1-0.

* gnu/packages/cran.scm (r-uuid): Update to 1.1-0.

gnu: r-vctrs: Update to 0.4.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-vctrs): Update to 0.4.1.

gnu: r-xfun: Update to 0.31.

* gnu/packages/cran.scm (r-xfun): Update to 0.31.

gnu: r-webshot: Update to 0.5.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-webshot): Update to 0.5.3.

gnu: r-cli: Update to 3.3.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-cli): Update to 3.3.0.

gnu: r-venndiagram: Update to 1.7.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-venndiagram): Update to 1.7.3.

gnu: r-hardyweinberg: Update to 1.7.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-hardyweinberg): Update to 1.7.5.

gnu: r-pdist: Update to 1.2.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-pdist): Update to 1.2.1.

gnu: r-broom: Update to 0.8.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-broom): Update to 0.8.0.

gnu: r-psych: Update to 2.2.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-psych): Update to 2.2.5.

gnu: r-geometry: Update to 0.4.6.

* gnu/packages/cran.scm (r-geometry): Update to 0.4.6.

gnu: r-energy: Update to 1.7-10.

* gnu/packages/cran.scm (r-energy): Update to 1.7-10.

gnu: r-bbmle: Update to 1.0.25.

* gnu/packages/cran.scm (r-bbmle): Update to 1.0.25.

gnu: r-extremes: Update to 2.1-2.

* gnu/packages/cran.scm (r-extremes): Update to 2.1-2.

gnu: r-rmtstat: Update to 0.3.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-rmtstat): Update to 0.3.1.

gnu: r-sp: Update to 1.4-7.

* gnu/packages/cran.scm (r-sp): Update to 1.4-7.

gnu: r-restrserve: Update to 1.1.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-restrserve): Update to 1.1.1.
[propagated-inputs]: Add r-digest.

gnu: r-reshape: Update to 0.8.9.

* gnu/packages/cran.scm (r-reshape): Update to 0.8.9.
[propagated-inputs]: Remove r-rcpp.

gnu: r-ff: Update to 4.0.7.

* gnu/packages/cran.scm (r-ff): Update to 4.0.7.

gnu: r-circlize: Update to 0.4.15.

* gnu/packages/cran.scm (r-circlize): Update to 0.4.15.

gnu: r-rcppxptrutils: Update to 0.1.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-rcppxptrutils): Update to 0.1.2.

gnu: r-ps: Update to 1.7.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-ps): Update to 1.7.0.

gnu: r-haven: Update to 2.5.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-haven): Update to 2.5.0.
[propagated-inputs]: Add r-cli and r-lifecycle.

gnu: r-shinyfiles: Update to 0.9.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-shinyfiles): Update to 0.9.2.

gnu: r-rstpm2: Update to 1.5.6.

* gnu/packages/cran.scm (r-rstpm2): Update to 1.5.6.

gnu: r-fastghquad: Update to 1.0.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-fastghquad): Update to 1.0.1.

gnu: r-vegan: Update to 2.6-2.

* gnu/packages/cran.scm (r-vegan): Update to 2.6-2.

gnu: r-astsa: Update to 1.15.

* gnu/packages/cran.scm (r-astsa): Update to 1.15.

gnu: r-shadowtext: Update to 0.1.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-shadowtext): Update to 0.1.2.

gnu: r-mboost: Update to 2.9-7.

* gnu/packages/cran.scm (r-mboost): Update to 2.9-7.

gnu: r-polychrome: Update to 1.5.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-polychrome): Update to 1.5.1.

gnu: r-scales: Update to 1.2.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-scales): Update to 1.2.0.
[propagated-inputs]: Add r-rlang.

gnu: r-zoo: Update to 1.8-10.

* gnu/packages/cran.scm (r-zoo): Update to 1.8-10.

gnu: r-v8: Update to 4.2.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-v8): Update to 4.2.0.

gnu: r-datawizard: Update to 0.4.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-datawizard): Update to 0.4.1.

gnu: r-abn: Update to 2.7-1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-abn): Update to 2.7-1.

gnu: r-ldheatmap: Update to 1.0-6.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-ldheatmap): Update to 1.0-6.

gnu: r-wgcna: Update to 1.71.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-wgcna): Update to 1.71.

gnu: r-activepathways: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-activepathways): Update to 1.1.0.

gnu: r-with-tests: Update to 4.2.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-with-tests): Update to 4.2.0.
[arguments]: Add phase 'patch-tests; add phase 'set-home.

gnu: wget2: Reindent package.

* gnu/packages/wget.scm (wget2): Reindent package with 'guix style'.

gnu: wget2: Update to 2.0.1.

* gnu/packages/wget.scm (wget2): Update to 2.0.1.
[arguments]: Remove trailing #t from phases.

gnu: mesa: Build with llvm on armhf-linux.

* gnu/packages/gl.scm (mesa)[inputs]: Add llvm for all architectures.
[native-inputs]: Add glslang for all architectures.
[arguments]: Adjust configure-flags to give armhf-linux its own
gallium-drivers and enable llvm support. Rewrite portions that no longer
depend on specific architectures to enable flags. Adjust custom
'disable-failing-test phase to skip a test on armhf-linux.

gnu: clang-from-llvm: Fix build on some architectures.

* gnu/packages/llvm.scm (clang-from-llvm)[arguments]: Adjust custom
'symlink-cfi_ignorelist phase to only symlink when the file exists.

gnu: quodlibet: Fix inputs.

* gnu/packages/music.scm (quodlibet)[inputs]: Add bash-minimal for
‘wrap-program’.  Remove extraneous gtk+.

gnu: Add quodlibet.

* gnu/packages/music.scm (quodlibet): New variable.

Signed-off-by: Liliana Marie Prikler <liliana.prikler@gmail.com>

gnu: emacs-magit: Use directory excursions rather than wild chdir.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-magit)[#:phases]
<build-info-manual, configure-git>: Don't chdir.
<set-magit-version, patch-exec-paths>: Use full file names.
<enter-lisp-directory>: Drop phase.
<expand-load-path, install>: Wrap in directory excursions.

gnu: emacs-magit: Drop the libgit backend.

The libgit backend currently provides next to no features, but
demands extra maintenance overhead.  It is in fact not a usable
backend; thus let's not use it.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-magit)[arguments]
<#:emacs>: Drop argument.
<#:exclude>: Add sources related to emacs-libgit.
[inputs]: Remove emacs-libgit.

Signed-off-by: Liliana Marie Prikler <liliana.prikler@gmail.com>

gnu: emacs-magit: Use G-expressions.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-magit)[arguments]: Use G-expressions.
<#:phases>: Use search-input-file to find perl for ‘patch-exec-paths’.

Signed-off-by: Liliana Marie Prikler <liliana.prikler@gmail.com>

gnu: diffoscope: Update to 214.

* gnu/packages/diffoscope.scm (diffoscope): Update to 214.
  [arguments]: Remove 'xb-tool-external-tool phase.

gnu: Add python-gatt.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-gatt): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

substitute: Check for --help or --version options early.

Running `guix archive --authorize` sets /etc/guix/acl to 600
via with-atomic-file-output via mkstemp!.
Then running `guix substitute --help/--version` fails on "permission denied".
While "guix substitute" is an internal tool, the options --help and --version
exist and you should be able to run those from the command line.

* guix/scripts/substitute.scm (guix-substitute): Earlier check for
--help or --version.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-srt.

* gnu/packages/python-xyz (python-srt): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-wasabi.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-wasabi): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-evil-org: Update to 0d10ff7.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-evil-org): Update to 0d10ff7.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-detached: Update to 0.7.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-detached): Update to 0.7.
(emacs-dtache): Define as a deprecated alias.

I have both renamed the package dtache -> detached as well as moving the
development from gitlab to sourcehut. This patch reflects those changes, as
well as updating to the latest release of the package.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>