gnu: r-emmeans: Update to 1.8.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-emmeans): Update to 1.8.2.

gnu: r-gee: Update to 4.13-25.

* gnu/packages/cran.scm (r-gee): Update to 4.13-25.

gnu: r-phyclust: Update to 0.1-32.

* gnu/packages/cran.scm (r-phyclust): Update to 0.1-32.

gnu: r-mosaic: Update to 1.8.4.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-mosaic): Update to 1.8.4.2.

gnu: r-mosaiccore: Update to 0.9.2.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-mosaiccore): Update to 0.9.2.1.

gnu: r-cmplot: Update to 4.2.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-cmplot): Update to 4.2.0.

gnu: r-doby: Update to 4.6.14.

* gnu/packages/cran.scm (r-doby): Update to 4.6.14.

gnu: r-biasedurn: Update to 2.0.8.

* gnu/packages/cran.scm (r-biasedurn): Update to 2.0.8.

gnu: r-writexl: Update to 1.4.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-writexl): Update to 1.4.1.

gnu: r-flextable: Update to 0.8.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-flextable): Update to 0.8.2.

gnu: r-insight: Update to 0.18.6.

* gnu/packages/cran.scm (r-insight): Update to 0.18.6.

gnu: r-hdf5r: Update to 1.3.7.

* gnu/packages/cran.scm (r-hdf5r): Update to 1.3.7.

gnu: r-ggsignif: Update to 0.6.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggsignif): Update to 0.6.4.

gnu: r-bibtex: Update to 0.5.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-bibtex): Update to 0.5.0.
[propagated-inputs]: Remove r-stringr; add r-backports.

gnu: r-learnr: Update to 0.11.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-learnr): Update to 0.11.1.
[propagated-inputs]: Add r-curl, r-digest, r-lifecycle, r-promises, and r-rlang.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-renv: Update to 0.16.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-renv): Update to 0.16.0.

gnu: r-maptools: Update to 1.1-5.

* gnu/packages/cran.scm (r-maptools): Update to 1.1-5.

gnu: r-openxlsx: Update to 4.2.5.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-openxlsx): Update to 4.2.5.1.

gnu: r-zip: Update to 2.2.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-zip): Update to 2.2.2.

gnu: r-parsedate: Update to 1.3.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-parsedate): Update to 1.3.1.

gnu: r-arules: Update to 1.7-5.

* gnu/packages/cran.scm (r-arules): Update to 1.7-5.

gnu: r-dynutils: Update to 1.0.11.

* gnu/packages/cran.scm (r-dynutils): Update to 1.0.11.

gnu: r-heatmaply: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-heatmaply): Update to 1.4.0.

gnu: r-np: Update to 0.60-16.

* gnu/packages/cran.scm (r-np): Update to 0.60-16.

gnu: r-tseries: Update to 0.10-52.

* gnu/packages/cran.scm (r-tseries): Update to 0.10-52.

gnu: r-network: Update to 1.18.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-network): Update to 1.18.0.

gnu: r-tinytex: Update to 0.42.

* gnu/packages/cran.scm (r-tinytex): Update to 0.42.

gnu: r-vctrs: Update to 0.5.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-vctrs): Update to 0.5.0.
[propagated-inputs]: Add r-lifecycle.

gnu: r-xfun: Update to 0.34.

* gnu/packages/cran.scm (r-xfun): Update to 0.34.

gnu: r-seriation: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-seriation): Update to 1.4.0.
[propagated-inputs]: Add r-ca.

gnu: r-webshot: Update to 0.5.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-webshot): Update to 0.5.4.

gnu: r-processx: Update to 3.8.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-processx): Update to 3.8.0.

gnu: r-cli: Update to 3.4.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-cli): Update to 3.4.1.

gnu: r-ggridges: Update to 0.5.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggridges): Update to 0.5.4.
[propagated-inputs]: Remove r-plyr.

gnu: r-dtw: Update to 1.23-1.

* gnu/packages/cran.scm (r-dtw): Update to 1.23-1.

gnu: r-xts: Update to 0.12.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-xts): Update to 0.12.2.

gnu: r-smurf: Update to 1.1.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-smurf): Update to 1.1.3.

gnu: r-ucminf: Update to 1.1-4.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-ucminf): Update to 1.1-4.1.

gnu: r-stringdist: Update to 0.9.9.

* gnu/packages/cran.scm (r-stringdist): Update to 0.9.9.

gnu: r-recipes: Update to 1.0.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-recipes): Update to 1.0.2.

gnu: r-psych: Update to 2.2.9.

* gnu/packages/cran.scm (r-psych): Update to 2.2.9.

gnu: r-rmysql: Update to 0.10.24.

* gnu/packages/cran.scm (r-rmysql): Update to 0.10.24.

gnu: r-timedate: Update to 4021.106.

* gnu/packages/cran.scm (r-timedate): Update to 4021.106.

gnu: r-lava: Update to 1.7.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-lava): Update to 1.7.0.

gnu: r-lpsolve: Update to 5.6.17.

* gnu/packages/cran.scm (r-lpsolve): Update to 5.6.17.

gnu: r-pkgload: Update to 1.3.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-pkgload): Update to 1.3.1.

gnu: r-ps: Update to 1.7.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-ps): Update to 1.7.2.

gnu: r-paletteer: Update to 1.5.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-paletteer): Update to 1.5.0.

gnu: r-amap: Update to 0.8-19.

* gnu/packages/cran.scm (r-amap): Update to 0.8-19.

gnu: r-mapproj: Update to 1.2.9.

* gnu/packages/cran.scm (r-mapproj): Update to 1.2.9.

gnu: r-maps: Update to 3.4.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-maps): Update to 3.4.1.

gnu: r-mbess: Update to 4.9.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-mbess): Update to 4.9.2.

gnu: r-rstpm2: Update to 1.5.8.

* gnu/packages/cran.scm (r-rstpm2): Update to 1.5.8.

gnu: r-curl: Update to 4.3.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-curl): Update to 4.3.3.

gnu: r-jsonlite: Update to 1.8.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-jsonlite): Update to 1.8.3.

gnu: r-vegan: Update to 2.6-4.

* gnu/packages/cran.scm (r-vegan): Update to 2.6-4.

gnu: r-sys: Update to 3.4.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-sys): Update to 3.4.1.

gnu: r-ga: Update to 3.2.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-ga): Update to 3.2.3.

gnu: r-ggpmisc: Update to 0.5.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggpmisc): Update to 0.5.1.

gnu: r-ggpp: Update to 0.4.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggpp): Update to 0.4.5.

gnu: r-fontawesome: Update to 0.4.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-fontawesome): Update to 0.4.0.

gnu: r-dbscan: Update to 1.1-11.

* gnu/packages/cran.scm (r-dbscan): Update to 1.1-11.

gnu: r-datawizard: Update to 0.6.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-datawizard): Update to 0.6.3.

gnu: r-collections: Update to 0.3.6.

* gnu/packages/cran.scm (r-collections): Update to 0.3.6.

gnu: r-dyngen: Update to 1.0.5.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-dyngen): Update to 1.0.5.

gnu: r-valr: Update to 0.6.6.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-valr): Update to 0.6.6.
[propagated-inputs]: Add r-cli.

gnu: r-gstat: Update to 2.1-0.

* gnu/packages/cran.scm (r-gstat): Update to 2.1-0.
[propagated-inputs]: Add r-sf, r-sftime, and r-stars.
[description]: Reformat.

gnu: r-torch: Update to 0.9.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-torch): Update to 0.9.0.

gnu: liblantern: Update to 0.9.0.

* gnu/packages/machine-learning.scm (liblantern): Update to 0.9.0.

gnu: python-pytorch-for-r-torch: Update to 1.12.1.

* gnu/packages/machine-learning.scm (python-pytorch-for-r-torch): Update to
1.12.1.

gnu: r-arrow: Update to 10.0.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-arrow): Update to 10.0.0.
[propagated-inputs]: Add r-glue.

gnu: apache-arrow: Update to 10.0.0.

* gnu/packages/databases.scm (apache-arrow): Update to 10.0.0.
(python-pyarrow)[arguments]: Remove 'patch-cmake-variables phase; do not
bundle headers.
[propagated-inputs]: Do not use labels.
[native-inputs]: Remove labels.

gnu: apache-arrow: Do not use %build-inputs.

* gnu/packages/databases.scm (apache-arrow)[arguments]: Do not use
%build-inputs, bind inputs instead.

gnu: Add r-sftime.

* gnu/packages/cran.scm (r-sftime): New variable.

gnu: Add r-ca.

* gnu/packages/cran.scm (r-ca): New variable.

gnu: Add paraview 5.9.1.

* gnu/packages/image-processing.scm (paraview-5.9): New variable.

Co-authored-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

system: image: Define correct docker image arch when cross building

Cross-building a docker image with:

  $ guix system image --image-type=docker --target=aarch64-linux-gnu os.scm

results in an image where the architecture declared in its config.json is
the host architecture rather than the target one.  The binaries are
correctly cross-compiled, so the image can be loaded and used despite the
warning message shown by docker:

  $ docker load -i vcal7bvsqcijchifhqdvprpd1niqh8sk-docker-image.tar.gz
  Loaded image: guix:latest
  $ docker create guix:latest
  WARNING: The requested image's platform (linux/amd64) does not match the
  detected host platform (linux/arm64/v8) and no specific platform was
  requested
  40f06aa869ed690489c4a3824a7f7721bd4bf453b85f25ac7199266939fe2fba
  $ echo $?
  0

This is fixed by passing the correct triplet to the build-docker-image
function.

* gnu/system/image.scm (system-docker-image) Add ‘image-target’ variable.
[builder]: Pass ‘#:system’ argument to ‘build-docker-image’.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: vis: Update to 0.8.

* gnu/packages/text-editors.scm (vis): Update to 0.8.
[arguments]: Enable all tests.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>

gnu: Add uxn.

* gnu/packages/emulators.scm (uxn): New variable.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>

gnu: Fix various case and whitespace issues in synopsis.

* gnu/packages/kodi.scm (fstrcmp)[synopsis]: Fix case.
* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-form-types)[synopsis]: Fix case.
* gnu/packages/machine-learning.scm (python-torchvision)[synopsis]: Remove
  leading whitespace.
* gnu/packages/networking.scm (lcrq)[synopsis]: Fix case.
  (lcsync)[synopsis]: Likewise.
* gnu/packages/ruby.scm (ruby-mustache)[synopsis]: Fix case.

gnu: folly: Update to 2022.10.31.00.

* gnu/packages/cpp.scm (folly): Update to 2022.10.31.00.

gnu: pam-mount: Use G-expressions.

* gnu/packages/admin.scm (pam-mount)[arguments]:
Rewrite as G-expressions.

gnu: pam-mount: Remove input labels.

* gnu/packages/admin.scm (pam-mount)[inputs]:
Remove input labels.
[arguments]: Replace the 'fix-program-paths phase with a new
'patch-file-names one.  Don't explicitly return #t from it.

gnu: pam-mount: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/admin.scm (pam-mount)[home-page]:
Follow permanent (HTTPS) redirect.

gnu: pam-mount, greetd-pam-mount: Rewrite descriptions.

* gnu/packages/admin.scm (pam-mount, greetd-pam-mount)[description]:
Edit for style.

gnu: steghide: Temper expectation.

* gnu/packages/image.scm (steghide)[synopsis, description]: Make clear
that it's two steps above rot13 on the srs bzns cryptography scale.

gnu: steghide: Update package style.

* gnu/packages/image.scm (steghide)[arguments]:
Rewrite as G-expressions.  Don't explicitly return #t from phases.
[native-inputs, inputs]: Remove input labels.

gnu: Fix various synopsis and description issues.

* gnu/packages/admin.scm (greetd-pam-mount)[synopsis]: Base synopsis on
  pam-mount synopsis.
  [description]: Use two spaces consistently.
  (greetd)[synopsis]: Begin sentence with upper-case.
* gnu/packages/xdisorg.scm (wlsunset)[description]: Fix spelling and case of
  wlsunsest.
* gnu/packages/mail.scm (libpst): Add synopsis.
* gnu/packages/networking.scm (librecast)[synopsis]: Update synopsis.
  (lcrq)[description]: Use two spaces after sentences.

gnu: jo: Update to 1.9.

* gnu/packages/web.scm (jo): Update to 1.9.
[description]: Use @command{} mark-up.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: faudio: Update to 22.11.

* gnu/packages/audio.scm (faudio): Update to 22.11.

gnu: knot: Update to 3.2.2.

* gnu/packages/dns.scm (knot): Update to 3.2.2.
[source]: Remove bundled libngtcp2.

gnu: jgmenu: Update to 4.4.1.

* gnu/packages/xdisorg.scm (jgmenu): Update to 4.4.1.
[arguments]: Don't explicitly return #t from phases.

gnu: jetring: Update to 0.31.

* gnu/packages/gnupg.scm (jetring): Update to 0.31.
[arguments]: Don't explicitly return #t from phases.

gnu: libngspice: Update to 38.

* gnu/packages/engineering.scm (libngspice): Update to 38.

gnu: inxi-minimal: Update to 3.3.23-1.

* gnu/packages/admin.scm (inxi-minimal): Update to 3.3.23-1.

gnu: python-pyaudio: Update to 0.2.12.

* gnu/packages/audio.scm (python-pyaudio): Update to 0.2.12.

gnu: ganeti-instance-guix: Update to 0.7.

* gnu/packages/virtualization.scm (ganeti-instance-guix): Update to 0.7.
[inputs]: Remove QEMU-MINIMAL.  Add BTRFS-PROGS, E2FSPROGS, F2FS-TOOLS, LVM2,
MULTIPATH-TOOLS, PARTED, and XFSPROGS.

gnu: drbd-utils: Update to 9.22.0.

* gnu/packages/cluster.scm (drbd-utils): Update to 9.22.0.

gnu: ungoogled-chromium: Update to 107.0.5304.87-1.

* gnu/packages/chromium.scm (%chromium-version): Set to 107.0.5304.87.
(%ungoogled-origin, ungoogled-chromium): Update hashes.

gnu: Open vSwitch: Update to 3.0.1.

* gnu/packages/networking.scm (openvswitch): Update to 3.0.1.