gnu: python-2.7: Enable UCS-4 Unicode encoding.

* gnu/packages/python.scm (python-2.7)[arguments]: Modify.

gnu: libgcrypt: Update to 1.7.6.

* gnu/packages/gnupg.scm (libgcrypt): Update to 1.7.6.

Merge branch 'master' into core-updates

search-paths: Allow specs with #f as their separator.

This adds support for single-entry search paths.
Fixes <http://bugs.gnu.org/25422>.
Reported by Leo Famulari <leo@famulari.name>.

* guix/search-paths.scm (<search-path-specification>)[separator]:
Document as string or #f.
(evaluate-search-paths): Add case for SEPARATOR as #f.
(environment-variable-definition): Handle SEPARATOR being #f.
* guix/build/utils.scm (list->search-path-as-string): Add case for
SEPARATOR as #f.
(search-path-as-string->list): Likewise.
* guix/build/profiles.scm (abstract-profile): Likewise.
* tests/search-paths.scm: New file.
* Makefile.am (SCM_TESTS): Add it.
* tests/packages.scm ("--search-paths with single-item search path"):
New test.
* gnu/packages/version-control.scm (git)[native-search-paths](separator):
New field.

guix package: Honor the order of profiles when -p appears multiple times.

* guix/scripts/package.scm (process-query): Reverse the order of
PROFILES.
* tests/guix-package-net.sh: Test it with '--search-paths'.

gnu: openssl: Don't replace 'sh' reference with 'bash'.

* gnu/packages/tls.scm (openssl)[arguments]: Use /bin/sh instead of /bin/bash in
'patch-tests' phase.

gnu: mit-krb5: Don't replace 'sh' reference with 'bash'.

* gnu/packages/mit-krb5.scm (mit-krb5)[arguments]: Use /bin/sh instead of
/bin/bash in 'pre-check' phase.

gnu: ghostscript: Don't replace 'sh' reference with 'bash'.

* gnu/packages/ghostscript.scm (ghostscript)[arguments]: Use /bin/sh instead of
/bin/bash in 'patch-config-files' phase.

gnu: attr: Don't replace 'sh' reference with 'bash'.

* gnu/packages/attr.scm (attr)[arguments]: Use /bin/sh instead of /bin/bash in
'check' phase.

gnu: lcms: Fix an out-of-bounds read.

* gnu/packages/patches/lcms-fix-out-of-bounds-read.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/ghostscript.scm (lcms)[replacement]: New field.
[properties]: Specify the 'cpe-name'.
(lcms/fixed): New variable.

gnu: menu-cache: Update to 1.0.2.

* gnu/packages/lxde.scm (menu-cache): Update to 1.0.2.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: pcmanfm, libfm: Update to 1.2.5.

* gnu/packages/lxde.scm (pcmanfm): Update to 1.2.5.
* gnu/packages/lxde.scm (libfm): Update to 1.2.5.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: lxterminal: Update to 0.3.0.

* gnu/packages/lxde.scm (lxterminal): Update to 0.3.0.
[arguments]: Disable tests.
[source]: Update to use new '.tar.xz' tarball.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: gcc@5: Respect SOURCE_DATE_EPOCH in __DATE__ and __TIME__ macros.

* gnu/packages/patches/gcc-5-source-date-epoch-1.patch,
  gnu/packages/patches/gcc-5-source-date-epoch-2.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register them.
* gnu/packages/gcc.scm (gcc-5)[source]: Use them.

gnu: cppcheck: Update to 1.77.

* gnu/packages/check.scm (cppcheck): Update to 1.77.

gnu: wavpack: Update to 5.1.0.

* gnu/packages/audio.scm (wavpack): Update to 5.1.0.
[arguments]: Remove field.

gnu: duplicity: Update to 0.7.11.

* gnu/packages/backup.scm (duplicity): Update to 0.7.11.
  [source]: Remove patches.
  [inputs]: Add lftp, update gnupg, remove python-2, make python2-lockfile a
  propagated input, make python2-mock a native-input.
  [propagated-inputs]: Add python2-lockfile, python2-urllib3.
  [native-inputs]: Add python2-pexpect, python2-mock.
  [arguments]: Add build phase to embed gnupg store name.
* gnu/packages/patches/duplicity-piped-password.patch: Delete it.
* gnu/packages/patches/duplicity-test_selection-tmp.patch: Delete it.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove patches.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: glpk: Update to 4.61.

* gnu/packages/maths.scm (glpk): Update to 4.61.
[home-page]: Use HTTPS.

gnu: nginx: Don't replace 'sh' reference with 'bash'.

* gnu/packages/web.scm (nginx)[arguments]: Substitute /bin/sh with "which sh"
  instead of "which bash" in 'patch-/bin/sh' phase.

gnu: Add es.

* gnu/packages/shells.scm (es): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

services: prosody: Fix activation script.

* gnu/services/messaging.scm (prosody-activation): Import (guix build utils)
  for 'mkdir-p'.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Mention the need of a BIOS boot partition when using GPT.

* doc/guix.text (Preparing for Installation)[Disk Partitioning]:
Mention the need of a BIOS boot partition when using GPT with the defualt
GRUB.

gnu: r-ggplot2: Add r-svglite to propagated-inputs.

* gnu/packages/statistics.scm (r-ggplot2)[propagated-inputs]: Add
r-svglite.

gnu: bundler: Update to 1.14.2.

* gnu/packages/ruby.scm (bundler): Update to 1.14.2.

gnu: Add libtorrent-rasterbar.

* gnu/packages/bittorrent.scm (libtorrent-rasterbar): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Fix a typo in guix.texi.

* doc/guix.texi (Invoking guix environment): s/the use/use the/

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: xmonad: Update to 0.12.

* gnu/packages/wm.scm (xmonad): Update to 0.12.
[source](snippet, modules): Remove.
[inputs]: Add GHC-SETLOCALE and GHC-QUICKCHECK.
(ghc-xmonad-contrib): Update to 0.12.

gnu: Add ghc-setlocale.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-setlocale): New variable.

gnu: Remove pcre-CVE-2016-3191.patch.

This is a follow-up to 026ee1a5a669658c8d4745c2733b4c201ca0e48e.

* gnu/packages/patches/pcre-CVE-2016-3191.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: gcal: Update to 4.1.

* gnu/packages/gcal.scm (gcal): Update to 4.1.
[home-page]: Use https.

gnu: libtiff: Fix CVE-2017-5225.

* gnu/packages/patches/libtiff-CVE-2017-5225.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/image.scm (libtiff/fixed)[source]: Use it.

gnu: pcre: Update to 8.40.

* gnu/packages/pcre.scm (pcre): Update to 8.40.
[source]: Remove obsolete patch 'pcre-CVE-2016-3191.patch'.

gnu: imagemagick: Update to 6.9.7-5.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Update to 6.9.7-5.

services: cuirass: Add port to cuirass configuration

* gnu/services/cuirass.scm (<cuirass-configuration>): Add port field.
(cuirass-shepherd-service): Honor it.
* doc/guix.texi (Continuous Integration): Document it.

Signed-off-by: Mathieu Lirzin <mthl@gnu.org>

gnu: libinput: Update to 1.6.0.

* gnu/packages/freedesktop.scm (libinput): Update to 1.6.0.

gnu: gcc: Properly set the dynamic linker file name on GNU/Hurd.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc-4.7)[arguments]: In 'pre-configure' phase,
match 'GNU_USER_DYNAMIC_LINKER' in addition to 'GLIBC_DYNAMIC_LINKER'.
This fixes GNU/Hurd cross-compilation as reported at
<https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2017-01/msg01731.html>.

gnu: sed: Do not attempt to rebuild 'doc/sed.1'.

* gnu/packages/base.scm (sed)[arguments]: Add 'dont-rebuild-sed.1'
phase.
[native-inputs]: Remove.

gnu: sed: Use the same phases whether or not we're cross-compiling.

* gnu/packages/base.scm (sed)[arguments]: Make #:phases argument
unconditional.  In 'patch-test-suite' phase, use (which "sh") instead of
referring to the "bash" input.

gnu: qemu: Patch CVE-2016-10155, CVE-2017-5552.

* gnu/packages/qemu.scm (qemu)[source]: Add patches.
* gnu/packages/patches/qemu-CVE-2016-10155.patch,
gnu/packages/patches/qemu-CVE-2017-5552.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register them.

gnu: fish: Embed full path to Python.

Fixes <https://bugs.gnu.org/25467>.

* gnu/packages/shells.scm (fish)[arguments]: Rename phase "patch-bc" to
"embed-store-paths"; embed full path to Python.

gnu: Add guile-sdl2.

* gnu/packages/sdl.scm (guile-sdl2): New variable.

gnu: Add python2-slowaes.

* gnu/packages/python.scm (python2-slowaes): New variable.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>

gnu: Add python-qrcode.

* gnu/packages/python.scm (python-qrcode, python2-qrcode): New variables.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>

gnu: Add python-pbkdf2.

* gnu/packages/python.scm (python-pbkdf2, python2-pbkdf2): New variables.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>

gnu: perl-term-readkey: Update to 2.37.

The previous version, 2.32, is not available for download anymore.

* gnu/packages/perl.scm (perl-term-readkey): Update to 2.37.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>

gnu: bash: Update to patch level 11.

* gnu/packages/bash.scm (%patch-series-4.4): Add patches 6 through 11.

gnu: red-eclipse: Update to 1.5.8.

* gnu/packages/games.scm (red-eclipse): Update to 1.5.8.

gnu: tintin++: Update to 2.01.2.

* gnu/packages/games.scm (tintin++): Update to 2.01.2.

lint: Display PACKAGE@VERSION.

* guix/scripts/lint.scm (run-checkers): Remove 'name' variable.  Display
PACKAGE@VERSION instead of PACKAGE-VERSION.

gnu: Add compton.

* gnu/packages/compton.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add compton.scm

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add geos.

* gnu/packages/geo.scm (geos): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: gflags: Update to 2.2.0.

* gnu/packages/popt.scm (gflags): Update to 2.2.0.
[source]: Use tarball release.

gnu: r-vegan: Update to 2.4-2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-vegan): Update to 2.4-2.

gnu: diamond: Update to 0.8.34.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (diamond): Update to 0.8.34.

gnu: linux-libre: Update to 4.9.5.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version, %linux-libre-hash)
(linux-libre): Update to 4.9.5.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.44.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.44.

gnu: linux-libre@4.1: Update to 4.1.38.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.1): Update to 4.1.38.

gnu: ld-wrapper-boot0: Remove workaround for <bugs.gnu.org/24832>.

Fixes <http://bugs.gnu.org/24832>.

* gnu/packages/commencement.scm (ld-wrapper-boot0): Change the first
'make-ld-wrapper' argument to "ld-wrapper-boot0"; change #:target to
BOOT-TRIPLET.

hydra: Add "i586-pc-gnu" as a cross-compilation target.

* build-aux/hydra/gnu-system.scm (%cross-targets): Add "i586-pc-gnu".

gnu: gnutls: Add 'guile2.2-gnutls'.

Suggested by Chris Webber.

* gnu/packages/tls.scm (gnutls/guile-2.2): New variable.

services: Reindent vpn.scm.

This fixes indentation of 'match' forms.

* gnu/services/vpn.scm: Pass through 'indent-code.el'.

etc: indent-code.el: Add indentation info for non-Guix Scheme constructs.

* etc/indent-code.el.in (guix-syntax--scheme-indent): New macro.
Use it.

gnu: Add fcitx-configtool.

* gnu/packages/fcitx.scm (fcitx-configtool): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: datamash: Update to 1.1.1.

* gnu/packages/datamash.scm (datamash): Update to 1.1.1.

gnu: gd: Fix source URL.

This is a followup to 3f0603ea653cefa9ff728c2637d3cd0d778b3602.

* gnu/packages/gd.scm (gd-2.2.4)[source]: Fix URL.

gnu: gd: Replace with gd-2.2.4 [fixes CVE-2016-{6912,9317} and others].

'CHANGELOG.md' in the development repository lists several fixed bugs with
potential security implications:

https://github.com/libgd/libgd/blob/gd-2.2.4/CHANGELOG.md

* gnu/packages/gd.scm (gd)[replacement]: New field.
(gd-2.2.4): New variable.

gnu: r-msnid: Expand abbreviation in description.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-msnid)[description]: Expand "MS/MS"
to "tandem mass spectrometry".

gnu: r-msnbase: Expand abbreviation in description.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-msnbase)[description]: Expand "MS"
to "mass spectrometry".

gnu: Add r-fastica.

* gnu/packages/statistics.scm (r-fastica): New variable.

gnu: Add r-lars.

* gnu/packages/statistics.scm (r-lars): New variable.

gnu: Add r-mixtools.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mixtools): New variable.

gnu: Add r-cowplot.

* gnu/packages/statistics.scm (r-cowplot): New variable.

services: network-manager: Use record for configuration.

* gnu/services/network-manager.scm (<network-manager-configuration>): New
record type.
(network-manager-shpeherd-service): Change to use the
network-manager-configuration record, rather than a package.  Generate a
simple configuration file from the network-manager-configuration record.
(network-manager-service-type): Update extensions to take the
network-manager-configuration rather than a package.
(network-manager-service): Remove function, the network-manager-service-type
can be used instead, and this avoids keeping the function signature and value
coresponding to the service type in sync.
* doc/guix.texi (Networking Services): Remove documentation for the removed
network-manager-service procedure, and add documentation of the
network-manager-service-type variable and network-manager-configuration
record.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>

gnu: obs: Update to 17.0.2.

* gnu/packages/video.scm (obs): Update to 17.0.2.
[inputs]: Add alsa-lib, fontconfig, speex.

gnu: mariadb: Update to 10.1.21 [security fixes].

Fixes CVE-2016-3238 and CVE-2017-{3238,3243,3244,3257,3258,3265,3291,3312,3317,
3318}.

* gnu/packages/databases.scm (mariadb): Update to 10.1.21.

services: Create /var/run/utmpx upon activation.

This fixes a bug whereby /var/run/utmpx would never be created, and thus
accounting information would be missing.

* gnu/services.scm (activation-script): Create /var/run/utmpx.
* gnu/tests/base.scm (run-basic-test)["utmpx entry"]: New test.

syscalls: Add utmpx procedures and data structure.

* guix/build/syscalls.scm (<utmpx-entry>): New record type.
(%utmpx): New C struct.
(login-type): New bits.
(setutxent, endutxent, getutxent, utmpx-entries): New procedures.

syscalls: Extract 'bytes->string'.

* guix/build/syscalls.scm (bytes->string): New procedure.
(bytevector->string-list): Use it.

gnu: ansible: Update to 2.2.1 [fixes CVE-2016-9587].

* gnu/packages/admin.scm (ansible): Update to 2.2.1.

import: github: Catch HTTP 403 error during fetch.

* guix/import/github.scm (json-fetch*): Catch 403 HTTP error that may be
  raised if a github token has not been set.

Signed-off-by: Mathieu OTHACEHE <m.othacehe@gmail.com>
Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

tests: Add 'nginx-service-type' test.

* gnu/tests/web.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

services: nginx: Add default values for <nginx-configuration> fields.

* gnu/services/web.scm (<nginx-configuration>)[nginx, log-directory]
[run-directory, server-blocks, upstream-blocks, file]: Add default
values.

services: nginx: Add support for 'location' blocks.

* gnu/services/web.scm (<nginx-server-configuration>): Add field 'locations'.
(<nginx-location-configuration>): New record type.
(<nginx-named-location-configuration>): New record type.
(nginx-location-config): New function.
(default-nginx-server-config): Include locations.
* doc/guix.texi (Web Services): Document the new nginx-location-configuration
and nginx-named-location-configuration data types, as well as the changes to
the nginx-server-configuration.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

services: nginx: Add support the 'upstream' module.

* gnu/services/web.scm (<nginx-upstream-configuration>): New record type.
(<nginx-configuration>): Add new field upstream-blocks.
(nginx-upstream): New function.
(default-nginx-config): Add upstream-list parameter.
(nginx-service): Add optional upstream list keyword argument.
* doc/guix.texi (Web Services): Document the new nginx-upstream-configuration
data type and changes to the nginx function.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: dnsmasq: Enable dbus support.

* gnu/pacakges/dns.scm (dnsmasq): Enable dbus support to allow for
NetworkManager to use dnsmasq.
[native-inputs]: Add pkg-config.
[inputs]: Add dbus.
[arguments]: Add COPTS="-DHAVE_DBUS" to make-flags.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>

gnu: Add libgig.

* gnu/packages/music.scm (libgig): New variable.

doc: Show how to deploy any version of Guix.

* doc/guix.texi (Invoking guix pull): Give some examples of how to deploy
arbitrary Guix versions with the --url option.

guix environment, build: Allow absolute file names with '--root'.

Reported by Chris Webber.

* guix/scripts/build.scm (register-root): If ROOT is absolute, keep it
as is.
* guix/scripts/environment.scm (register-gc-root): Likewise.
* tests/guix-environment.sh (expected): Add test.

gnu: Add Heimdal.

* gnu/packages/kerberos.scm (heimdal): New variable.

gnu: Move Kerberos implemetations to (gnu packages kerberos).

* gnu/packages/mit-krb5.scm: Remove.
* gnu/packages/shishi.scm: Remove.
* gnu/packages/kerberos.scm: New file, from the concatenation of these
two.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Adjust accordingly.
* gnu/packages/admin.scm, gnu/packages/cyrus-sasl.scm,
gnu/packages/gnome.scm, gnu/packages/gnuzilla.scm,
gnu/packages/gsasl.scm, gnu/packages/java.scm,
gnu/packages/networking.scm, gnu/packages/nfs.scm,
gnu/packages/onc-rpc.scm, gnu/packages/ssh.scm,
gnu/packages/web.scm: Adjust accordingly.

gnu: stagit: Update to 0.5.

* gnu/packages/version-control.scm (stagit): Update to 0.5.

gnu: qemu: Fix CVE-2017-5525, CVE-2017-5526.

* gnu/packages/qemu.scm (qemu)[source]: Add patches.
* gnu/packages/patches/qemu-CVE-2017-5525.patch,
gnu/packages/patches/qemu-CVE-2017-5526.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register them.

gnu: tk: Update to 8.6.6.

* gnu/packages/tcl.scm (tk): Update to 8.6.6.

gnu: tcl: Update to 8.6.6.

* gnu/packages/tcl.scm (tcl): Update to 8.6.6.

gnu: Add python-cram.

* gnu/packages/python.scm (python-cram, python2-cram): New variables.

gnu: Add leveldb.

* gnu/packages/databases.scm (leveldb): New variable.

gnu: Add mcabber.

* gnu/packages/messaging.scm (mcabber): New variable.

Co-authored-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Add loudmouth.

* gnu/packages/messaging.scm (loudmouth): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Add menumaker.

* gnu/packages/wm.scm (menumaker): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: xf86-input-evdev: Update to 2.10.5.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-input-evdev): Update to 2.10.5.