gnu: Add r-qlcmatrix.

* gnu/packages/cran.scm (r-qlcmatrix): New variable.

gnu: Add r-combinat.

* gnu/packages/cran.scm (r-combinat): New variable.

gnu: Add r-densityclust.

* gnu/packages/cran.scm (r-densityclust): New variable.

gnu: Add r-sparsesvd.

* gnu/packages/cran.scm (r-sparsesvd): New variable.

gnu: Add r-docopt.

* gnu/packages/cran.scm (r-docopt): New variable.

gnu: Add r-rvcheck.

* gnu/packages/cran.scm (r-rvcheck): New variable.

gnu: Add r-tidytree.

* gnu/packages/cran.scm (r-tidytree): New variable.

gnu: Add r-colorramps.

* gnu/packages/cran.scm (r-colorramps): New variable.

gnu: Add r-wordcloud.

* gnu/packages/cran.scm (r-wordcloud): New variable.

gnu: Add r-waveslim.

* gnu/packages/cran.scm (r-waveslim): New variable.

gnu: Add r-tiff.

* gnu/packages/cran.scm (r-tiff): New variable.

gnu: Add r-fftwtools.

* gnu/packages/cran.scm (r-fftwtools): New variable.

gnu: Add r-softimpute.

* gnu/packages/cran.scm (r-softimpute): New variable.

gnu: Add r-adgoftest.

* gnu/packages/cran.scm (r-adgoftest): New variable.

gnu: Add r-gsl.

* gnu/packages/cran.scm (r-gsl): New variable.

gnu: Add r-stabledist.

* gnu/packages/cran.scm (r-stabledist): New variable.

gnu: perl-lingua-translit: Update to 0.28.

* gnu/packages/perl.scm (perl-lingua-translit): Update to 0.28.

gnu: Add containerd.

* gnu/packages/docker.scm (containerd): New variable.

gnu: Add dummy linker for arm-elf.

* gnu/packages/bootstrap.scm (glibc-dynamic-linker): Add case for arm-elf.

gnu: Move R packages from geo.scm to cran.scm.

* gnu/packages/geo.scm (r-maps, r-mapproj, r-rgooglemaps, r-geosphere,
r-ggmap): Move from here...
* gnu/packages/cran.scm: ...to here.

gnu: emacs-ess: Move to (gnu packages statistics).

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-ess): Move from here...
* gnu/packages/statistics.scm (emacs-ess): ...to here.

gnu: python-rpy2: Move to (gnu packages statistics).

* gnu/packages/python.scm (python-rpy2): Move from here...
* gnu/packages/statistics.scm (python-rpy2): ...to here.

gnu: Remove reference to (gnu packages statistics).

* gnu/packages/web.scm: Remove obsolete use-module clause.

gnu: r-rmysql: Move from databases.scm to cran.scm

* gnu/packages/databases.scm (r-rmysql): Move from here...
* gnu/packages/cran.scm (r-rmysql): ...to here.

gnu: biber: Update to 2.12.

* gnu/packages/tex.scm (biber): Update to 2.12.
[source]: Use 'git-fetch'. Add patch.
[inputs]: Add perl-file-slurper. Remove perl-file-slurp.
* gnu/packages/patches/biber-fix-encoding-write.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: r-feather: Move from serialization.scm to cran.scm.

* gnu/packages/serialization.scm (r-feather): Move from here...
* gnu/packages/cran.scm (r-feather): ...to here.

gnu: Fix top-level circular references between emacs.scm and llvm.scm.

Previously, loading either of these two modules could fail somewhat
non-deterministically because each top-level was referencing a variable
defined by the other module's top-level.

* gnu/packages/emacs.scm (package-elisp-from-package): Move to...
* gnu/packages/llvm.scm (package-elisp-from-package): Here.  Keep
private.

gnu: perl-file-slurper: Update to 0.012.

* gnu/packages/perl.scm (perl-file-slurper): Update to 0.012.
[native-inputs]: Add perl-test-warnings.

gnu: Move R packages from web.scm to cran.scm.

* gnu/packages/web.scm (r-httpuv, r-jsonlite, r-servr, r-htmltools,
r-htmlwidgets, r-htmltable, r-curl, r-hwriter, r-rjson, r-shiny,
r-shinydashboard, r-shinyfiles, r-crosstalk, r-rook, r-miniui): Move these
from here...
* gnu/packages/cran.scm: ...to here.

Revert "gnu: Use package-elisp-from-package for clangs emacs lisp files"

This reverts commit 5bc2e14add6433adbade3ccdf28c60e57334c20a.

gnu: mantis: Limit to x86_64-linux.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (mantis)[supported-systems]: New field.

gnu: package-elisp-from-package: Clarify docstring.

* gnu/packages/emacs.scm (package-elisp-from-package)[docstring]: Clarify.

gnu: Use package-elisp-from-package for clangs emacs lisp files

Use package-elisp-from-package for emacs-clang-format and emacs-clang-rename.
Also remove package-from-clang-elisp-file as it is not needed anymore.

* gnu/packages/llvm.scm (emacs-clang-format): Use package-elisp-from-package
* gnu/packages/llvm.scm (emacs-clang-rename): Use package-elisp-from-package
* gnu/packages/llvm.scm (package-from-clang-elisp-file): Remove function

gnu: Add package-elisp-from-package

Add a function to generate package definitions that packages single elisp
files from other packages.

* gnu/packages/emacs.scm (package-elisp-from-package): New function

gnu: python2-fastlmm: Move to machine-learning.scm.

This is a step towards removing OCaml modules from the closure
of (gnu packages python).

* gnu/packages/python.scm (python2-fastlmm): Move to...
* gnu/packages/machine-learning.scm (python2-fastlmm): ... here.

gnu: Remove unnecessary build-side module imports.

* gnu/packages/batik.scm, gnu/packages/boost.scm,
gnu/packages/calendar.scm, gnu/packages/gl.scm,
gnu/packages/lua.scm, gnu/packages/qt.scm, gnu/packages/simulation.scm,
gnu/packages/terminals.scm: Remove unnecessary import of (guix build
utils).
* gnu/packages/emacs.scm: Remove unnecessary imports of (guix ...).
* gnu/packages/libcanberra.scm: Use (srfi srfi-1) instead of (guix build
utils) for 'alist-delete'.
* gnu/packages/wxwidgets.scm: Likewise.

gnu: Move Emacs modes for Dedukti to ocaml.scm.

This removes OCaml-related modules from the closure of (gnu packages
emacs).

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-dedukti-mode, emacs-flycheck-dedukti):
Move to ...
* gnu/packages/ocaml.scm: ... here.

gnu: Move OCaml packages away from maths.scm.

This removes (gnu packages ocaml) and related build system modules from
the closure of (gnu packages maths).

* gnu/packages/maths.scm (ocaml-gsl, ocaml4.01-gsl, cubicle): Move to...
* gnu/packages/ocaml.scm: ... here.

lint: Avoid 'dirname' call at the top level.

* guix/scripts/lint.scm (%distro-directory): Wrap in 'mlambda'.
(check-patch-file-names): Adjust accordingly.

Remove (guix build pull).

This module had been unused since commit
5f93d97005897c2d859f0be1bdff34c88467ec61 (Oct. 2017).

* guix/build/pull.scm: Delete.
* Makefile.am (MODULES): Remove.

gnu: Add rmlint.

* gnu/packages/disk.scm (rmlint): New variable.

gnu: Add prosody-http-upload.

* gnu/packages/messaging.scm (prosody-http-upload): New variable.

gnu: Add mantis.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (mantis): New variable.

gnu: Add sdsl-lite.

* gnu/packages/datastructures.scm (sdsl-lite): New variable.

gnu: autoconf-archive: Update to 2019.01.06.

* gnu/packages/autotools.scm (autoconf-archive): Update to 2019.01.06.

gnu: Add jose.

* gnu/packages/jose.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: Add slurp.

* gnu/packages/image.scm (slurp): New variable.

gnu: libarchive: Replace with libarchive 3.3.3 and fix CVE-2018-{1000877,1000878,1000880}.

* gnu/packages/backup.scm (libarchive)[source, home-page]: Use HTTPS.
[replacement]: New field.
(libarchive-3.3.3): New variable.
* gnu/packages/patches/libarchive-CVE-2018-1000877.patch,
gnu/packages/patches/libarchive-CVE-2018-1000878.patch,
gnu/packages/patches/libarchive-CVE-2018-1000880.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.

gnu: Add kitty.

* gnu/packages/terminals.scm (kitty): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

hydra: Compute jobs in an inferior.

Previously we would rely on auto-compilation of all the Guix modules.
The complete evaluation would take ~15mn on berlin.guixsd.org and
require lots of RAM.  This approach should be faster since potentially
only part of the modules are rebuilt.  Furthermore, as a side-effect, it
builds the derivations that 'guix pull' uses.

* build-aux/hydra/gnu-system.scm: Remove 'eval-when' form.
(hydra-jobs): New procedure.
* gnu/ci.scm (package->alist, qemu-jobs, system-test-jobs)
(tarball-jobs): Return strings for the 'license' field.
* guix/self.scm (compiled-guix)[*cli-modules*]: Add (gnu ci).

hydra: evaluate: Add the checkout to the store.

* build-aux/hydra/evaluate.scm <top level>: Add call to 'add-to-store'.
Use that as the 'file-name' attribute.  Call 'primitive-load' in a
directory excursion to SOURCE.

hydra: Move job definitions to (gnu ci).

* build-aux/hydra/gnu-system.scm: Move code to...
* gnu/ci.scm: ... here.  New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

build-self: Don't clobber the output port.

The newline is meant to follow the spinner's traces so it must go to the
error port as well.

* build-aux/build-self.scm (build): Send newline to the error port.

gnu: gama: Update to 2.02.

* gnu/packages/gps.scm (gama): Update to 2.02.

gnu: moe: Update to 1.10.

* gnu/packages/moe.scm (moe): Update to 1.10.
[license]: Fix license, gpl2+.

gnu: recutils: Update to 1.8.

* gnu/packages/databases.scm (recutils): Update to 1.8.
[source]: Remove snippet.
[arguments]: Remove custom 'set-bash4.4-header-location phase. Enable
parallel tests.
[inputs]: Move check ...
[native-inputs]: ... to here. Add pkg-config.

gnu: unrtf: Update to 0.21.10.

* gnu/packages/unrtf.scm (unrtf): Update to 0.21.10.
[source]: Remove patch, remove snippet.
[license]: Update to gpl3+.
* gnu/packages/patches/unrtf-CVE-2016-10091.patch: Remove file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: global: Update to 6.6.3.

* gnu/packages/code.scm (global): Update to 6.6.3.

gnu: emacs-evil-multiedit: Use version tag instead of commit.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-evil-multiedit): Use version tag instead of commit.

gnu: wine-staging: Add ffmpeg support.

* gnu/packages/wine.scm (wine-staging)[inputs]: Add ffmpeg.

gnu: wine-staging: Update to 4.0-rc5.

* gnu/packages/wine.scm (wine-staging-patchset-data): Update to 4.0-rc5.
* gnu/packages/wine.scm (wine-staging): Update to 4.0-rc5.

gnu: python-pyicu: Update to 2.2.

* gnu/packages/python.scm (python-pyicu): Update to 2.2.

gnu: python-pysocks: Update to 1.6.8.

* gnu/packages/python.scm (python-pysocks): Update to 1.6.8.

gnu: python-packaging: Update to 18.0.

* gnu/packages/python.scm (python-packaging): Update to 18.0.

gnu: python-astroid: Update to 2.1.0.

* gnu/packages/python.scm (python-astroid): Update to 2.1.0.

gnu: python-imagesize: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/python.scm (python-imagesize): Update to 1.1.0.

gnu: python-sphinx-alabaster-theme: Update to 0.7.12.

* gnu/packages/python.scm (python-sphinx-alabaster-theme): Update to 0.7.12.

gnu: python-pycryptodome: Update to 3.7.2.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-pycryptodome): Update to 3.7.2.

gnu: python-certifi: Update to 2018.11.29.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-certifi): Update to 2018.11.29.

gnu: emacs-diff-hl: Update to 1.8.5.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-diff-hl): Update to 1.8.5.

gnu: Add fasm.

* gnu/packages/assembly.scm (fasm): New variable.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kkebreau@posteo.net>

lint: Rename checker to 'github-url'.

* guix/scripts/lint.scm (%checkers): Rename 'github-uri' to 'github-url'
to match the documentation.

gnu: Add nip2.

* gnu/packages/image-processing.scm (nip2): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

git-download: Use 'invoke'.

* guix/build/git.scm (git-fetch): Use 'invoke' instead of 'system*' for
"git submodule update".

git-download: 'git-fetch' really returns #f upon error.

This allows the fallback code in (guix git-download) to actually run.
Regression introduced in commit 329dabe13bf98b899b907b45565434c5140804f5.

Fixes <https://bugs.gnu.org/33911>.
Reported by Björn Höfling <bjoern.hoefling@bjoernhoefling.de>.

* guix/build/git.scm (git-fetch): Guard against 'invoke-error?' and
really return #f upon failure.

gnu: hunspell-dict-en: Update to 2018-04-16.

* gnu/packages/aspell.scm (aspell-word-list): Update to 2018.04.16.
[arguments]: Use 'invoke'.

gnu: hunspell: Update to 1.7.0.

* gnu/packages/libreoffice.scm (hunspell): Update to 1.7.0.
[source]: Use 'git-fetch'.

gnu: streamlink: Fix build.

* gnu/packages/video.scm (streamlink)[source]: Add patch.
* gnu/packages/patches/streamlink-update-test.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.

gnu: python-iso3166: Update to 0.9.

* gnu/packages/iso-codes.scm (python-iso3166): Update to 0.9.

gnu: po4a: Update to 0.55.

* gnu/packages/gettext.scm (po4a): Update to 0.55.
[arguments]: Add 'patch-docbook-xml phase to patch references to
docbook-xml. Update custom 'disable-failing-tests phase.
[native-inputs]: Replace docbook-xml with docbook-xml-4.1.2.

gnu: python-scripttest: Use pypi uri.

* gnu/packages/check.scm (python-scripttest)[source]: Use pypi uri.

gnu: python-pytest-xdist: Update to 1.25.0.

* gnu/packages/check.scm (python-pytest-xdist): Update to 1.25.0.
[source]: Update source uri.

gnu: python-pytest-cov: Update to 2.6.0.

* gnu/packages/check.scm (python-pytest-cov): Update to 2.6.0.

gnu: python-subunit: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/check.scm (python-subunit): Update to 1.3.0.
[home-page]: Use https.

gnu: octave: Fix makeinfo path configuration.

* gnu/packages/maths.scm (octave-cli)[arguments]: Fix makeinfo path
configuration in configure-makeinfo phase.

gnu: youtube-viewer: Install desktop file.

* gnu/packages/video.scm (youtube-viewer)[arguments]: Add 'install-desktop
phase.

gnu: Add paps.

* gnu/packages/pdf.scm (paps): New variable.

ui: It's 2019 now!

* guix/ui.scm (show-version-and-exit): Change year to 2019.

guix build: Honor '--system' for file-like objects and gexps.

Fixes a bug whereby "guix build -f file.scm -s SYSTEM" would not honor
SYSTEM when 'file.scm' returns a gexp or a file-like object.

* guix/scripts/build.scm (options->derivations): Pass #:system to
'run-with-store' in the 'file-like?' and 'gexp?' cases.

gexp: Lowering a <computed-file> honors SYSTEM and TARGET.

* guix/gexp.scm (computed-file-compiler): Pass #:system and #:target to
'gexp->derivation'.
* tests/gexp.scm ("lower-object, computed-file, #:system"): New test.

gnu: python-isodate: Update to 0.6.0.

* gnu/packages/time.scm (python-isodate): Update to 0.6.0.
[native-inputs]: Add python-six.
[home-page]: Update to new home-page.

gnu: python-tzlocal: Update to 1.5.1.

* gnu/packages/time.scm (python-tzlocal): Update to 1.5.1.
[arguments]: Add custom phase to fix symlink issue in pypi release.
[native-inputs]: Add python-mock.
[license]: Update to expat.

gnu: python-ruamel.yaml: Update to 0.15.83.

* gnu/packages/serialization.scm (python-ruamel.yaml): Update to 0.15.83.

gnu: video: Add missing copyright.

* gnu/packages/video.scm: Add copyright.

gnu: vlc: Fix typo in synopsis.

* gnu/packages/video.scm (vlc)[synopsis]: Fix typo.

gnu: kservice: Transfer patches from NixOS.

Transfer the NixOS patches for kservice as of 2018-02-17.
- Make QDirIterator follow symlinks.
- Normalize path, but don't resolve symlinks.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm(kservice)<patch>: New phase.

gnu: kpackage: Transfer patches from NixOS.

Transfer the NixOS patches for kpackage as of 2018-02-17:
- Allow external paths.
- Make QDirIterator follow symlinks.

Decided to use a patch for one of the "allow external paths" changes since
'substitute*' seems not to be robust enough.

* gnu/packages/patches/kpackage-allow-external-paths.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/kde-frameworks.scm(kpackage)[source]: Use it. <patch>: New
  phase.

gnu: kinit: Use LIBRARY_PATH to search for dynamically loaded libs.

Transfer the NixOS "kdeinit-libpath" patch for kinit as of
2018-02-17.

* gnu/packages/patches/kinit-kdeinit-libpath.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/kde-frameworks.scm (kinit)[source]: Use it.

gnu: kinit: Use the store paths for dynamically loaded libs.

Transfer the NixOS "kdeinit-extra_libs" patch for kinit as of
2018-02-17.

* gnu/packages/patches/kinit-kdeinit-extra_libs.patch: New filee.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/kde-frameworks.scm (kinit)[source]: Use it.
  <patch-paths>: New phase.
  [inputs]: Add kparts, plasma-framework.

gnu: kio: Search 'smbd' on $PATH.

Transfer the remaining NixOS patch for kio as of 2018-02-17.

* gnu/packages/patches/kio-search-smbd-on-PATH.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/kde-frameworks.scm(kio)<source>: Use it.