gnu: js-mathjax: Avoid "Too many open files" error while building.

* gnu/packages/javascript.scm (js-mathjax)[arguments]: Add call to
'close-pipe'.  Previously builds would sometimes fail with EMFILE (this
was non-deterministic as it depends on GC activity.)

vm-image: Remove ModemManager.

This is a followup to 36f5d78d4af02ad23c33bfb46702d92086bf2796.

* gnu/system/examples/vm-image.tmpl (services): Remove
MODEM-MANAGER-SERVICE-TYPE.

vm-image: Remove 'network-manager-applet' from system profile.

This is a followup to 05d907ac6fc6e139389a91ab5540c0dc573a8ce7.

* gnu/system/examples/vm-image.tmpl (services): Remove
'network-manager-applet'.

gnu: custom-gcc: Unhide resulting package.

This is a follow-up to commit d78010b81ee6ef4fd8803082e2f401b9e55b44db.  While
the plain "gcc" packages should be hidden by default, gcc-derived packages
like "gfortran" should not.

* gnu/packages/gcc.scm (custom-gcc)[properties]: Remove the 'hidden? property.

gnu: star: Update to 2.7.1a.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (star): Update to 2.7.1a.

gnu: network-manager-applet: Patch libnma for modem support.

* gnu/packages/gnome.scm (network-manager-applet): Patch libnma to load
iso-codes and mobile-broadband-provider-info from the store and not require
them in the profile.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

guix system: Type-check the file or expression.

Previously, users would get a wrong-type-arg exception down the road
with an intimidating backtrace.

* guix/scripts/system.scm (process-action)[ensure-operating-system]: New
procedure.
Use it.

gnu: grammalecte: Update to 1.1.

* gnu/packages/dictionaries.scm (grammalecte): Update to 1.1.

gnu: loksh: Update to 6.5.

* gnu/packages/shells.scm (loksh): Update to 6.5.

gnu: cssc: Update to 1.4.1.

* gnu/packages/version-control.scm (cssc): Update to 1.4.1.

gnu: git-lfs: Update to 2.7.2.

* gnu/packages/version-control.scm (git-lfs): Update to 2.7.2.

gnu: ndctl: Update to 65.

* gnu/packages/disk.scm (ndctl): Update to 65.

gnu: linux-libre: Update to 5.1.2.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 5.1.2.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.43.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.43.
(%linux-libre-4.19-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.119.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.119.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.176.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.176.

gnu: python-jedi: Update to 0.13.3.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-jedi): Update to 0.13.3.
(python2-jedi): Enable tests.

gnu: elixir: Update to 1.8.2.

* gnu/packages/elixir.scm (elixir): Update to 1.8.2.

gnu: perl-data-page: Update to 2.03.

* gnu/packages/perl.scm (perl-data-page): Update to 2.03.

gnu: perl-text-csv: Update to 2.00.

* gnu/packages/perl.scm (perl-text-csv): Update to 2.00.

gnu: ubridge: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/networking.scm (ubridge)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: ubridge: Update to 0.9.15.

* gnu/packages/networking.scm (ubridge): Update to 0.9.15.

gnu: perl-time-duration: Update to 1.21.

* gnu/packages/perl.scm (perl-time-duration): Update to 1.21.

gnu: python-django-rq: Update to 1.3.1.

* gnu/packages/django.scm (python-django-rq): Update to 1.3.1.

vm: 'system-docker-image' provides an entry point.

This simplifies use of images created with 'guix system docker-image'.

* gnu/system/vm.scm (system-docker-image)[boot-program]: New variable.
[os]: Add it to the GC roots.
[build]: Pass #:entry-point to 'build-docker-image'.
* gnu/tests/docker.scm (run-docker-system-test): New procedure.
(%test-docker-system): New variable.
* doc/guix.texi (Invoking guix system): Remove GUIX_NEW_SYSTEM hack and
'--entrypoint' from the example.  Mention 'docker create', 'docker
start', and 'docker exec'.

docker: 'build-docker-image' accepts an optional #:entry-point.

* guix/docker.scm (config): Add #:entry-point and honor it.
(build-docker-image): Likewise.

system: Add 'operating-system-with-gc-roots'.

* gnu/tests/install.scm (operating-system-with-gc-roots): Move to...
* gnu/system.scm (operating-system-with-gc-roots): ... here.  New
procedure.

linux-container: Compute essential services for THIS-OPERATING-SYSTEM.

Previously, the 'essential-services' would correspond to the initial,
non-containerized OS.  Thus, all the file systems removed in
'container-essential-services' would actually still be there because the
essential services would be computed on the non-containerized OS.

This is a followup to 69cae3d3356a69b7fe69481338f760545995485e.

* gnu/system/linux-container.scm (container-essential-services): Call
'operating-system-default-essential-services' to get the baseline
services.
(containerized-operating-system): Pass THIS-OPERATING-SYSTEM, not OS, to
'container-essential-services'.
Add a dummy root file system to 'file-systems'.
(container-script)[mountable-file-system?]: New procedure.
Use it.

linux-container: Do not add %CONTAINER-FILE-SYSTEMS to Docker image OSes.

Previously, 'guix system docker-image' would end up providing an OS that
would try to mount all of %CONTAINER-FILE-SYSTEMS as well as /gnu/store,
which is bound to fail in unprivileged Docker.

This patch makes it so that 'guix system container' still gets those
file systems, but 'guix system docker-image' doesn't.

* gnu/system/linux-container.scm (containerized-operating-system): Add
 #:extra-file-systems parameter and honor it.  Do not include
 %STORE-MAPPING and SHARED-NETWORK-FILE-MAPPINGS.
(container-script): Add %STORE-MAPPING and optionally NETWORK-MAPPINGS
to MAPPINGS and pass #:extra-file-systems.

nls: Update 'zh_CN' translation.

doc: Mention ModemManager.

* doc/guix.texi (Desktop Services): Mention ModemManager here.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

installer: Rename 'auto-partition' to 'auto-partition!'.

This is a followup to 7d567af46b4e10ffafb1d0f76b524f5781460598.

* gnu/installer/parted.scm (create-adjacent-partitions): Rename to...
(create-adjacent-partitions!): ... this.  Make private.
(auto-partition): Rename to...
(auto-partition!): ... this.
* gnu/installer/newt/partition.scm (run-partioning-page): Adjust
accordingly.

gnu: Add python-pylzma.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pylzma): New variable.
(python2-pylzma): New variable.

tests: Skip unreliable "herd invalidate nscd" test.

* gnu/tests/base.scm (run-basic-test)["nscd invalidate action, wrong
table"]: Skip unconditionally.

tests: 'getlogin' test creates its file atomically.

Previously we could end up reading an empty /root/login-id file.

* gnu/tests/base.scm (run-basic-test)["getlogin on tty1"]: Create
/root/login-id atomically.

marionette: Add braces to the keystrokes.

* gnu/build/marionette.scm (%qwerty-us-keystrokes): Add braces.

installer: Mount ESP once only.

Fixes <https://bugs.gnu.org/35731>.

* gnu/installer/newt/partition.scm (run-partioning-page)[run-page]:
Introduce 'initial-partitions' variable.  Previously we'd call
'disk-partitions' after 'auto-partition' had done its job of creating
new partitions, and thus its result would contain the just-created
partitions.  Consequently, 'create-special-user-partitions' would return
the ESP partition we just created, and thus it would appear twice in the
list.

services: Include ModemManager in %desktop-services.

* gnu/services/desktop.scm (%desktop-services): Add modem-manager-service-type.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

import: github: Sort releases before picking the latest one.

* guix/import/github.scm (latest-released-version): Sort releases before
picking the first one as the latest.

import: github: Improve readability.

* guix/import/github.scm (latest-released-version)[release->version]: Separate
out release->version as a new function.

gnu: Update copyright line.

* gnu/services/monitoring.scm: Update copyright line.

installer: Increase backtrace verbosity.

* gnu/installer.scm (installer-program): Set terminal-width to 200 to
make guile backtraces more verbose.

gnu: Remove python2-httpretty.

This package is severely out of date compared to its Python 3 counterpart and
difficult to upgrade.  Since it has no dependents in Guix and Python 2 is
officially deprecated by the end of this year, just remove it.

* gnu/packages/web.scm (python2-httpretty): Remove variable.

gnu: vigra, notmuch: Use the Python3 Sphinx variant.

* gnu/packages/image.scm (vigra)[native-inputs]: Change PYTHON2-SPHINX to
PYTHON-SPHINX.
* gnu/packages/mail.scm (notmuch)[native-inputs]: Likewise.

gnu: tbb: Add a source file name.

* gnu/packages/tbb.scm (tbb)[source](file-name): New field.

gnu: tbb: Update to 2019_U6.

* gnu/packages/tbb.scm (tbb): Update to 2019_U6.

gnu: samba: Update to 4.10.3.

* gnu/packages/samba.scm (samba): Update to 4.10.3.

gnu: oniguruma: Update to 6.9.2.

* gnu/packages/textutils.scm (oniguruma): Update to 6.9.2.

gnu: Add ocaml-odoc.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-odoc): New variable.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: Add ocaml-bisect-ppx.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-bisect-ppx): New variable.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: Add ocaml-tyxml.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-tyxml): New variable.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: Add ocaml-markup.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-markup): New variable.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: python-requests-oauthlib: Fix building.

* gnu/packages/python-web.scm (python-requests-oauthlib)[native-inputs]:
Add python-pyjwt for tests.

gnu: certbot, python-acme: Update to 0.34.2.

* gnu/packages/tls.scm (certbot, python-acme): Update to 0.34.2.

gnu: ocaml-base64: Update to 3.2.0.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-base64): Update to 3.2.0.
[origin]: Use git-fetch.
(ocaml-piqilib)[origin]: Add a patch to fix building with new
versions of ocaml-base64.
* gnu/packages/patches/ocaml-piqilib-Update-base64.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: ocaml-tsdl: Update to 0.9.6.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-tsdl): Update to 0.9.6.

gnu: ocaml-ocb-stubblr: Fix build failures using it.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ocb-stubblr)[arguments]: Add a phase to
fix guix-specific issues.

gnu: ocaml-sqlite3: Update to 4.4.1.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-sqlite3): Update to 4.4.1.
[origin]: Use git-fetch.

gnu: dune: Update to 1.9.3.

* gnu/packages/ocaml.scm (dune): Update to 1.9.3.

installer: Add fat16.

* gnu/installer/newt/partition.scm (run-fs-type-page): Add fat16.

installer: Add btrfs-progs to PATH.

* gnu/installer.scm (installer-program): Add btrfs-progs to PATH.

installer: Reflow run-file-textbox-page text.

* gnu/installer/newt/page.scm (run-file-textbox-page): Reflow text.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

installer: Fix docstring.

* gnu/installer/parted.scm (create-fat32-file-system): Fix docstring.

installer: Add fat16.

* gnu/installer/parted.scm (user-fs-type-name): Add fat16.
(user-fs-type->mount-type): Add fat16.
(create-fat16-file-system): New procedure.
(format-user-partitions): Use it.

gnu: Add ataqv.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (ataqv): New variable.

gnu: burp: Update to 2.3.6.

* gnu/packages/backup.scm (burp):  Update to 2.3.6.

gnu: anthy: Update source URI.

* gnu/packages/anthy (anthy)[source]: Update URI.

gnu: jnettop: Use archived source and homepage.

* gnu/packages/admin.scm (jnettop)[source,home-page]:
Use archive.org mirror.

gnu: xdot: Update to 1.1.

* gnu/packages/graphviz.scm (xdot): Update to 1.1.

gnu: font-hermit: Download as 'url-fetch/tarbomb'.

* gnu/packages/fonts.scm (font-hermit)[source]: Use 'url-fetch/tarbomb'
method.
[arguments]: Remove custom phases.

guix build: Gracefully handle invalid '--with-git-url' specs.

* guix/scripts/build.scm (transform-package-source-git-url): Add case
for when 'string-split' does not return exactly two elements.

gnu: Add emacs-evil-cleverparens

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-evil-cleverparens): New
  variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

installer: Allow for arbitrary long passphrases and passwords.

Fixes <https://bugs.gnu.org/35716>.
Reported by sirmacik <sirmacik@wioo.waw.pl>.

* gnu/installer/newt/page.scm (run-input-page): Add FLAG-SCROLL to
INPUT-FLAGS*.
* gnu/installer/newt/user.scm (run-user-add-page): Add FLAG-SCROLL to
ENTRY-PASSWORD.

gnu: Add font-hermit

* gnu/packages/fonts.scm (font-hermit): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: munge: Pass '--localstatedir=/var'.

Previously, Munge users such as Slurm would fail with:

  squeue: error: Munge encode failed: Failed to access "/gnu/store/…-munge-0.5.13/var/run/munge/munge.socket.2": No such file or directory
  squeue: error: authentication: Socket communication error

* gnu/packages/admin.scm (munge)[source](modules, snippet): New fields.
[arguments]: New field.

services: Add 'network-manager-applet' to %DESKTOP-SERVICES.

Fixes <https://bugs.gnu.org/35554>.
Reported by Calle Kabo <calle@kabo.nu>.

* gnu/services/desktop.scm (%desktop-services): Add
'network-manager-applet' service.

gnu: hdf5: Add dependency on Perl.

* gnu/packages/maths.scm (hdf5)[native-inputs]: Add PERL.

gnu: hdf5: Build a thread-safe library.

* gnu/packages/maths.scm (hdf5)[arguments]: Pass "--enable-threadsafe
--with-pthread --enable-unsupported".

gnu: uncrustify: Update to 0.69.0.

* gnu/packages/code.scm (uncrustify): Update to 0.69.0.

vm: Auto-detect if inputs should be registered.

The default value of the argument REGISTER-CLOSURE? of the ISO9660-IMAGE,
QEMU-IMAGE and SYSTEM-DOCKER-IMAGE procedures can be computed automatically,
since the operating-system definition is available in its context.  When the
operating-system definition does not contain the GUIX-SERVICE-TYPE, do not
register the closure in the database of Guix, as it takes time and doesn't
serve a purpose.

* gnu/system/vm.scm (has-guix-service-type): Add predicate.
(iso9660-image)[register-closures?]: Use it to compute the argument's default
value.
(qemu-image)[register-closures?]: Likewise, and update docstring.
(system-docker-image)[register-closures?]: Likewise.
(system-disk-image): Do not explicit a value for the REGISTER-CLOSURES?
argument of the ISO9660-IMAGE and QEMU-IMAGE procedure calls, so that its
default value is used instead.
* guix/scripts/system.scm (system-derivation-for-action): Do not explicit a
value for the REGISTER-CLOSURES? argument of the SYSTEM-DOCKER-IMAGE
procedure call, so that its default value is used instead.

gnu: cqfd: Update to 5.1.0.

* gnu/packages/docker.scm (cqfd): Update to 5.1.0.
[description]: Fix typo.

installer: Create btrfs file system.

Fixes <https://bugs.gnu.org/35655>.

* gnu/installer/parted.scm (create-btrfs-file-system): New procedure.
(format-user-partitions): Use it.

Set 'LC_ALL=en_US.utf8' in systemd '.service' files.

Fixes <https://bugs.gnu.org/35671>.

* etc/guix-daemon.service.in (Environment): Quote the 'GUIX_LOCPATH'
value; add 'LC_ALL'.
* etc/guix-publish.service.in (Environment): Likewise.

installer: Use 'glibc-supported-locales'.

The list of locales supported by glibc is now built from source.

* gnu/installer/locale.scm (locale-string->locale): Add optional
'codeset' parameter and honor it.
(supported-locales->locales): Rewrite to 'read' from SUPPORTED-LOCALES.
* gnu/installer.scm (compute-locale-step): Pass the result of
'glibc-supported-locales' instead of the "aux-files/SUPPORTED" file.
* gnu/installer/aux-files/SUPPORTED: Remove.
* gnu/local.mk (dist_installer_DATA): Remove it.

locale: Add 'glibc-supported-locales'.

* gnu/system/locale.scm (glibc-supported-locales): New procedure.

linux-container: Support container network sharing.

* gnu/system/linux-container.scm (container-essential-services): If network is
to be shared with the host, remove network configuration files from etc
service.
(containerized-operating-system): If network is to be shared with the host,
remove nscd service and map host's /var/run/nscd if it exists.
(container-script): If network is to be shared with the host, do not create
network namespace.
* guix/scripts/system.scm (system-derivation-for-action): Add
#:container-shared-network? argument.
(perform-action): Add #:container-shared-network? argument.
(show-help): Add "-N, --network" help information.
(%options): Add network option.
(process-action): Call perform-action with #container-shared-network? argument.
* doc/guix.texi (Invoking guix system): Document the "-N, --network" option.

Co-authored-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: Add harmonist.

gnu/packages/games.scm (harmonist): New variable.

gnu: go-github.com-nsf-termbox-go: Update to 0.0.0-1.288510b.

* gnu/packages/terminals.scm (go-github.com-nsf-termbox-go): Update to
0.0.0-1.288510b.

nls: Update 'fr' translation.

tests: Fix guix-package.sh.

GCC is now a hidden package, so cannot be installed.

* tests/guix-package.sh: Replace 'gcc' by 'zile' in a test that install
multiple packages.

download: Support 'https_proxy'.

* guix/build/download.scm (setup-http-tunnel): New procedure.
(open-connection-for-uri): Honor the 'https_proxy' environment variable.

services: prometheus-node-exporter add default.

* gnu/services/monitoring.scm (prometheus-node-exporter-service-type):
Add default-value with default configuration.

gnu: exiv2: Use HTTPS URLs.

* gnu/packages/image.scm (exiv2)[source, home-page]: Use HTTPS.

gnu: gpscorrelate: Update home page.

* gnu/packages/gps.scm (gpscorrelate)[source, home-page]: Update for new
maintainer, as noted on <https://github.com/freefoote/gpscorrelate>.

gnu: hugin: Update to 2019.0.0.

* gnu/packages/photo.scm (hugin): Update to 2019.0.0.

gnu: Remove 'gcc-glibc-2.27' and 'gcc-glibc-2.26'.

These top-level references to GCC could cause problems, such as:

  $ guix build -e '(@ (gnu packages gcc) gcc)' -n
  guix build: error: failed to evaluate expression '(@ (gnu packages gcc) gcc)':
  In procedure module-lookup: Unbound variable: gcc

Regression introduced in 3ed497d42a5af8756bd95c64f9f9bed4de5f6d3c.

* gnu/packages/base.scm (gcc-glibc-2.27, gcc-glibc-2.26): Remove.

nls: Update es translation.

nls: Update de translation.

install: Add node name in Russian.

* gnu/system/install.scm (%installation-node-names): Add "ru".

doc: Mention the Russian translation.

* doc/guix.texi (Top): Mention the Russian translation.