maint: Provide the configuration file in the VM image.

This fixes a bug introduced in 362bcdb1b076c8c46f71781add56dfbe532736dc
whereby the VM image would no longer contain /etc/config.scm, contrary
to what the manual says.

Reported by dbdude on #guix.

* Makefile.am (release): Pass '--save-provenance' to 'guix system
vm-image'.
* doc/guix.texi (Running Guix in a VM): Adjust file name accordingly.

gnu: linux-libre: Update to 5.4.33.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.33.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@5.6: Update to 5.6.5.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.6-version): Update to 5.6.5.
(linux-libre-5.6-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.116.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.116.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

gnu: ungoogled-chromium: Update to 81.0.4044.113-0.b484ad4 [fixes CVE-2020-6457].

* gnu/packages/chromium.scm (%chromium-version): Set to 81.0.4044.113.
(%chromium-origin): Update hash.

status: Allow double-click select of URLs.

Various places while downloading or compiling guix prints
the source URL. This change makes the URL easier to use by
placing a space between the URL and the trailing dots.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: python-pygenometracks: Update to 3.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-pygenometracks): Update to 3.3.
[arguments]: Add phase "relax-requirements"; disable tests.
[propagated-inputs]: Remove python-configparser and python-hicexplorer; add
python-gffutils, python-pysam, and python-tqdm.

gnu: Add python-hicmatrix.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-hicmatrix): New variable.

gnu: python-cooler: Update to 0.8.7.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-cooler): Update to 0.8.7.
[propagated-inputs]: Add python-asciitree, python-numpy, python-pyyaml, and
python-simplejson.
[native-inputs]: Remove python-nose, python-numpydoc, and python-sphinx; add
python-pytest.

gnu: python-pybigwig: Update to 0.3.17.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-pybigwig): Update to 0.3.17.

gnu: python-tables: Update to 3.6.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-tables): Update to 3.6.1.
[arguments]: Adjust use-gcc phase.

gnu: python-podcastparser: Run tests.

* gnu/packages/gpodder.scm (python-podcastparser)[native-inputs]: Add
python-coverage.
[arguments]: Replace 'check phase and invoke "nosetests".

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gpodder: Run tests.

* gnu/packages/gpodder.scm (gpodder)[native-inputs]: Add python-coverage and
python-minimock.
[arguments]: Replace the 'check phase and invoke "make unittest".

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gpodder: Update to 3.10.15.

* gnu/packages/gpodder.scm (gpodder): Update to 3.10.15.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

maint: Build binary tarball without '-K'.

This is a followup to 8b292ffd3cd969286ee9cbdb70fde8cf384b9b8b.

* Makefile.am (guix-binary.%.tar.xz): Remove '-K' to allow for offloading.

doc: Replace incorrect uses of @var with @code.

@var is for meta-syntactic variables but it is used in some places for
mere variables, which is incorrect and leads to inconsistent layout in
PDF and HTML.

* doc/guix.texi (package Reference, The Store Monad)
(G-Expressions, operating-system Reference)
(File Systems, Base Services, Log Rotation)
(Networking Services, Invoking guix deploy): Replace incorrect uses of
@var with @code.

gnu: dovecot: Add libunwind input for arm.

* gnu/packages/mail.scm (dovecot)[inputs]: Add libunwind when targetting arm.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: khard: Move propagated-inputs to inputs.

As a package one would install we can rely on wrapping the package and
not propagating inputs to make it work correctly.

* gnu/packages/mail.scm (khard)[propagated-inputs]: Move all python
packages ...
[inputs]: ... to here.

gnu: khal: Move propagated inputs to inputs.

As a package one would install we can rely on wrapping the package and
not propagating inputs to make it work correctly.

* gnu/packages/calendar.scm (khal)[propagated-inputs]: Move all python
packages...
[inputs]: ... to here.

gnu: khal: Fix build with python-urwid-2.1.0.

* gnu/packages/calendar.scm (khal)[source]: Download upstream patch to
fix compatibility with newer python-urwid.

gnu: diffoscope.scm: Add missing import.

This follows on from 2d9886f7e8838d6aeb0cfb20a2a49fc7d8fb233c.

* gnu/packages/diffoscope.scm: Import (gnu packages maths).

gnu: diffoscope: Update to 141.

* gnu/packages/diffoscope (diffoscope): Update to 141.
  [arguments]: Add phase add-known-tools.
  [native-inputs]: Add hdf5.

gnu: disorderfs: Update to 0.5.9.

* gnu/packages/file-systems (disorderfs): Update to 0.5.9.

gnu: python-jedi: Fix test failure on some file systems.

Reported by sirgazil on #guix.

* gnu/packages/patches/python-jedi-sort-project-test.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/python-xyz.scm (python-jedi)[source](patches): Add it.
[arguments]: Run tests more verbosely while at it.

gnu: xournalpp: Remove outdated comments.

* gnu/packages/pdf.scm (xournalpp): Remove outdated comments.  This is
a followup to 9cb2f28c5a737576ec28099d69aa35ff687e7778.

doc: Document building and installing from JSON files.

* doc/guix.texi (Invoking guix package): Augment pargraphs for
"--install-from-file".
(Invoking guix build): Document building from JSON files.
* doc/package-hello.json: New file.
* doc/local.mk (EXTRA_DIST): Add it.

import/print: Don't factorize URI if there's no version match.

* guix/import/print.scm (package->code): If FACTORIZE-URI returns just the
unmodified string use that as the URI.

import/utils: alist->package: Include arguments.

* guix/import/utils.scm (alist->package): Process arguments field in input
data and include it in the generated package.

import/json: json->code: Handle files with more than one definition.

* guix/import/json.scm (json->code): Convert JSON arrays to lists of package
definitions.
(json->scheme-file): Write all expressions to the target file.

import/utils: alist->package: Ignore known inputs.

* guix/import/utils.scm (alist->package): Accept optional list of known
inputs, which are excluded from the specification lookup.
* guix/import/print.scm (package->code)[package-lists->code]: Handle inputs
which are just symbols.

import/print: package->code: Wrap S-expression in definition.

* guix/import/print.scm (package->code): Return a definition, not just a
package expression.

import/json: Use json->code.

* guix/import/json.scm (json->code): Export procedure.
* guix/scripts/import/json.scm (guix-import-json): Use json->code.

scripts/package: Handle JSON files.

* guix/scripts/package.scm (%options): Support loading from JSON files when
"install-from-file" is used.

scripts/build: options->things-to-build: Handle .json files.

* guix/scripts/build.scm (options->things-to-build): Handle files that end on
.json.

import/json: Add json->scheme-file.

* guix/import/json.scm (json->code, json->scheme-file): New procedures.

import/print: package->code: Wrap build system value in module reference.

* guix/import/print.scm (package->code): Return build system value with
corresponding module.

import/print: Return license with prefix.

* guix/import/print.scm (license->code): Prepend license: prefix.

gnu: wireshark: Update to 3.2.3.

* gnu/packages/networking.scm (wireshark): Update to 3.2.3.

gnu: python-hy: Update to 0.18.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-hy): Update to 0.18.0.
[arguments]: Make all phases return #t.
[propagated-inputs]: Remove python-clint, python-fastentrypoints. Add
python-colorama.
(python2-hy): Remove variable.

gnu: python-icalendar: Update to 4.0.5.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-icalendar): Update to 4.0.5.

gnu: toot: Update to 0.26.0.

* gnu/packages/mastodon.scm (toot): Update to 0.26.0.

gnu: python-urwid: Update to 2.1.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-urwid): Update to 2.1.0.

gnu: python-vobject: Update to 0.9.6.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-vobject): Update to 0.9.6.1.

gnu: python-pyicu: Update to 2.4.3.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pyicu): Update to 2.4.3.
[properties]: Remove field.
(python2-pyicu): Remove package customizations.

gnu: khard: Update to 0.16.1.

* gnu/packages/mail.scm (khard): Update to 0.16.1.
[arguments]: Remove custom 'install-doc phase. Add 'install-completions
phase.

gnu: xournalpp: Update to 1.0.18.

* gnu/packages/pdf.scm (xournalpp): Update to 1.0.18.

installer: Remove guile-newt definition.

This is no longer necessary since 0.0.2 release of Guile-Newt.

* gnu/installer.scm (guile-newt): Remove variable.

gnu: guile-newt: Update to 0.0.2.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-newt): Update to 0.0.2,
[source]: remove Guile 3.0 snippet.

gnu: xfce4-taskmanager: Update to 1.2.3.

* gnu/packages/xfce.scm (xfce4-taskmanager): Update to 1.2.3.
[source]: Hard-code NAME.

gnu: xfwm4: Update to 4.14.1.

* gnu/packages/xfce.scm (xfwm4): Update to 4.14.1.
[source]: Hard-code NAME.

gnu: xfdesktop: Update to 4.14.2.

* gnu/packages/xfce.scm (xfdesktop): Update to 4.14.2.
[source]: Hard-code NAME.

gnu: augeas: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/augeas.scm (augeas)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: augeas: Update to 1.12.0.

* gnu/packages/augeas.scm (augeas): Update to 1.12.0.

gnu: xterm: Update to 353.

* gnu/packages/xorg.scm (xterm): Update to 353.

gnu: Add the GNU MDK.

* gnu/packages/education.scm (mdk): New variable.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Add dicod-service-type in Dictionary Services.

* doc/guix.texi (Miscellaneous Services): Add dicod-service-type
in Dictionary Services.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

syscalls: 'readdir*' chooses between the Linux and Hurd code at run time.

Partly fixes <https://bugs.gnu.org/40574>.
Reported by Jan Nieuwenhuizen <janneke@gnu.org>.

Previously, we'd choose at expansion time whether to use the Hurd or the
Linux variant, taking the cross-compilation target into account.  This
would lead to the wrong decision when (guix build syscalls) is evaluated
while we're cross-compiling to GNU/Hurd.

This is a followup to 1ab9e483391f8b62b873833ea71cb0074efa03e7.

* guix/build/syscalls.scm (define-generic-identifier)
(read-dirent-header, %struct-dirent-header, sizeof-dirent-header):
Remove.
(readdir*): Rename to...
(readdir-procedure): ... this, and add parameters.
(readdir*): Define as a call to 'readdir-procedure' as a function of
%HOST-TYPE.

doc: Remove bogus index entry.

* doc/guix.texi (Build Systems): Remove bogus and redundant entry for
'copy-build-system'.

gnu: Add flwrap.

* gnu/packages/radio.scm (flwrap): New variable.

gnu: Add flamp.

* gnu/packages/radio.scm (flamp): New variable.

gnu: r-destiny: Add missing input.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-destiny)[native-inputs]: Add r-nbconvertr.

gnu: r-bacon: Add missing input.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bacon)[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-bioassayr: Add missing input.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bioassayr)[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: Add r-nbconvertr.

* gnu/packages/cran.scm (r-nbconvertr): New variable.

gnu: r-activepathways: Add missing input.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-activepathways)[native-inputs]:
Add r-knitr.

gnu: r-dose: Add missing input.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-dose)[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-ggextra: Add missing input.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggextra)[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-gdina: Add missing input.

* gnu/packages/cran.scm (r-gdina)[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: ISC DHCP: Update bundled BIND to 9.11.18 [security fixes].

* gnu/packages/admin.scm (isc-dhcp): Update bundled BIND to 9.11.18.

gnu: Add flrig.

* gnu/packages/radio.scm (flrig): New variable.

gnu: Add fldigi.

* gnu/packages/radio.scm (fldigi): New variable.

gnu: Add flowee.

* gnu/packages/finance.scm (flowee): New variable.

gnu: cuirass: Update to 0.0.1-29.27af1d3.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass): Update to 0.0.1-29.27af1d3.
[version]: Use git-version.
[file-name]: Use git-file-name.

gnu: bind: Update to 9.16.2 [security fixes].

* gnu/packages/dns.scm (isc-bind): Update to 9.16.2.

doc: Fix typo.

* doc/guix.texi (Running Guix in a VM): Add missing reference to
`spice-vdagent-service' and misuse of @pxref.

Merge branch 'version-1.1.0'

gnu: Add gtkd.

* gnu/packages/dlang.scm (gtkd): New variable.

gnu: Add g-golf

* gnu/packages/guile-xyz.scm (g-golf): New variable.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: Remove libvpx@1.7.

* gnu/packages/patches/libvpx-use-after-free-in-postproc.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/video.scm (libvpx-1.7): Remove variable.

gnu: IceCat: Build with the latest libvpx.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat)[inputs]: Change from LIBVPX-1.7 to LIBVPX.

gnu: python-jedi: Update to 0.17.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-jedi): Update to 0.17.0.
[source](patches): Remove.
* gnu/packages/patches/python-jedi-deleted-variables.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.

gnu: emacsy-minimal: Update to v0.4.1-28.d459ca1.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (emacsy-minimal): Update to v0.4.1-28.d459ca1.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: gqrx: Add volk to inputs.

* gnu/packages/radio.scm (gqrx)[inputs]: Add volk.

gnu: gnuradio-iqbalance: Add volk to inputs.

* gnu/packages/radio.scm (gnuradio-iqbalance)[inputs]: Add volk.

gnu: gnuradio-osmosdr: Add volk to inputs.

* gnu/packages/radio.scm (gnuradio-osmosdr)[inputs]: Add volk.

gnu: gnuradio: Use shared volk instead of bundled one.

* gnu/packages/radio.scm (gnuradio)[source]: Add snippet to delete bundled
  volk.
  [inputs]: Add volk.
  [arguments]: Add "-DENABLE_INTERNAL_VOLK=OFF" to configure-flags.

gnu: hardware: Add copyright line.

Add missing copyright line for commit
22a98cda38784107a1d1c9cd7afc0c80944a9027

* gnu/packages/hardware.scm: Add copyright.

gnu: guix: Update to 1.1.0.

gnu: u-boot: Update to 2020.04.

* gnu/packages/bootloaders (u-boot): Update to 2020.04.

gnu: guile-parted: Update to 0.0.4.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-parted): Update to 0.0.4.

gnu: cgit: Update Git source code to 2.25.3.

* gnu/packages/version-control.scm (cgit)[inputs]: Update git-source to 2.25.3.

gnu: Git: Update to 2.26.1 [fixes CVE-2020-5260].

* gnu/packages/version-control.scm (git): Update to 2.26.1.
[native-inputs]: Update git-manpages.

Update NEWS.

services: shepherd: Increase the PID file timeout to 30s.

When running the installation image off a DVD, early I/O operations are
extremely slow, to the point that something like dbus-daemon would need
~20s to start.  This change works around the issue.

Fixes <https://bugs.gnu.org/40572>.
Reported by Florian Pelz <pelzflorian@pelzflorian.de>.

* gnu/services/shepherd.scm (shepherd-configuration-file): Set
%pid-file-timeout to 30.

gnu: emacs-helm-ag: Update to 0.59.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-helm-ag): Update to 0.59.

gnu: cook: Fix test failure.

* gnu/packages/cook.scm (cook)[arguments]: Override LC_ALL for one test.

gnu: python-pyrsistent: Update to 0.16.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pyrsistent): Update to 0.16.0.

gnu: python-gssapi: Update to 1.6.5.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-gssapi): Update to 1.6.5.

gnu: python-parso: Update to 0.7.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-parso): Update to 0.7.0.

gnu: mksh: Update to 58.

* gnu/packages/shells.scm (mksh): Update to 58.