gnu: Add python-pep-adapter.

* gnu/packages/pep.scm (python-pep-adapter): New variable.

gnu: Add libpepadapter.

* gnu/packages/pep.scm (libpepadapter): New variable.

gnu: Add pep-engine.

* gnu/packages/pep.scm (fdik-libetpan, sequoia4pEp, pep-engine): New
  variables.

gnu: Add yml2.

* gnu/packages/pep.scm: New file.
* gnu/locak.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

bootloader: grub: Fix cross-compilation.

This is a follow-up of 536c53d347291dcc75e1073af6e6c5c614e0fff4, that do not
use the native version of "font-file", breaking cross-compilation.

* gnu/bootloader/grub.scm (eye-candy): Use the native version of "font-file".

services: etc: Add '/etc/ttys' symlink for the Hurd.

Reported by Vitaliy Shatrov <D0dyBo0D0dyBo0@protonmail.com> via IRC.

* gnu/system.scm (operating-system-etc-service): For the Hurd, add '/etc/ttys'
symlink.  This fixes terminal behavior in the console by setting TERM=hurd.

installer: final: Dump "guix system init" command output when testing.

When debugging the installation tests, it can be very handy to be able to read
"guix system init" command output.

* gnu/installer/final.scm (install-system): Dump installation command output
to the console when running the installation tests.

installer: final: Remove left-over pk call.

* gnu/installer/final.scm (kill-cow-users): Remove pk call.

gnu: guix: Update to 141b5c1620.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 1.1.0-1.141b5c1620.

gnu: grub: Support graphical gfxterm on all systems.

* gnu/bootloaders/grub.scm (eye-candy): Use gfxterm depending only on
(bootloader-configuration (terminal-outputs …)), which defaults to '(gfxterm).
This makes the system argument obsolete.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: emacs-helm: Update to 3.6.2.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-helm): Update to 3.6.2.

gnu: apache-arrow: Update to 0.17.1.

* gnu/packages/databases.scm (apache-arrow): Update to 0.17.1.
* gnu/packages/databases.scm (python-pyarrow): Update to 0.17.1.
* gnu/packages/serialization.scm (python-feather-format): Update to 0.4.1.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add apache-thrift.

* gnu/packages/rpc.scm (apache-thrift): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: icedove: Update to 68.9.0.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (%icedove-build-id): Update.
(icedove): Update version and corresponding hg changeset.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

store: Use buffered I/O for all protocol writes

* guix/store.scm (run-gc) Use buffered output port.
(export-path) Same.
(add-file-tree-to-store) Same.
(set-build-options): Same. Add explicit flush.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

activation: Fix function call for system activation

* gnu/build/activation.scm (boot-time-system):
Evaluate the linux-command-line thunk for linux systems to boot

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

Revert "installer: utils: Dump command output to syslog when testing."

This reverts commit f73ed5579157a074093bae7a2ffb59a85412be0d. This was pushed
by error, as this is not reviewed yet.

installer: utils: Dump command output to syslog when testing.

When debugging the installation tests, it can be very handy to be able to read
"run-command" output, for instance when executing "guix system init".

Introduce a new "invoke-with-log" procedure that is able to log a command
standard and error outputs to the syslog. Use it, only when running the
installation tests, to dump "run-command" output.

* gnu/installer/utils.scm (open-pipe-with-stderr, invoke-with-log): New
procedures,
(invoke-log-port): new variable,
(run-command): move to the end of the file and use invoke-with-log when
running the installation tests.

build: image: Do not call make-essential-device-nodes by default.

Calling "mknod" without root permissions fails. Plus those device nodes do not
appear to be needed to boot.

* gnu/build/image.scm (initialize-root-partition): Do not use
make-essential-device-nodes as default make-device-nodes procedure.

doc: Add note to 'udisks-service'.

* doc/guix.texi (Desktop Services): Specify how to add file-systems
utilities to 'udisks-service'.

system: vm: Add missing imported module.

* gnu/system/vm.scm (qemu-image): Import missing (gnu build hurd-boot) module.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

system: Fix typo that breaks grub.cfg generation.

* gnu/system.scm (boot-parameters->menu-entry): Delete quote to evalutate and
get kernel boot parameters.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

git-authenticate: 'commit-authorized-keys' properly handles orphan commits.

Previously it would trigger a wrong-number-of-arguments error for
'lset-intersection'.

* guix/git-authenticate.scm (commit-authorized-keys): Add case for when
'commit-parents' returns the empty list.

git: 'commit-difference' really excludes the ancestors of #:excluded.

* guix/git.scm (commit-difference): Initialize VISITED to the closure of
OLD and EXCLUDED, as written in the docstring.
* tests/git.scm ("commit-difference, excluded commits"): Adjust
accordingly.

maint: 'make authenticate' starts from v1.0.0.

* Makefile.am (commit_v1_0_1): Remove.
(commit_v1_0_0): New variable.
(authenticate): Use it.

gnu: znc: Update to 1.8.1.

* gnu/packages/messaging.scm (znc): Update to 1.8.1.

gnu: v4l2loopback-linux-module: Really disable tests.

Commit fdcd193744dbb92d3478c8e4e6c4f4336a872831 was a botched by-hand
‘merge’ that caused the default check phase to run, and fail.

* gnu/packages/linux.scm (v4l2loopback-linux-module)[arguments]:
Set #:tests? to #f.

gnu: Add linux-libre-arm-generic-5.7.

* gnu/packages/linux (linux-libre-arm-generic): New variable.

gnu: Add linux-libre-arm64-generic-5.7.

* gnu/packages/linux (linux-libre-arm64-generic): New variable.

gnu: Add linux-libre 5.7.1.

* gnu/packages/linux (deblob-scripts-5.7): New variable.
  (linux-libre-5.7-version): New variable.
  (linux-libre-5.7-pristine-source): New variable.
  (linux-libre-5.7-source): New variable.
  (linux-libre-headers-5.7): New variable.

gnu: opensmtpd: Patch bug in 'smtpctl encrypt'.

* gnu/packages/mail.scm (opensmtpd)[phases]{fix-smtpctl-encrypt-bug}: New
phase.

gnu: Blender: Update to 2.83.0.

* gnu/packages/graphics.scm (blender): Update to 2.83.0.

gnu: font-liberation: Update to 2.1.1.

* gnu/packages/fonts.scm (font-liberation): Update to 2.1.1.

gnu: Add python-mechanize.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-mechanize): Rename to ...
(python-mechanize): ... this.  Update to 0.4.5.
[arguments]: Remove.
[propagated-inputs]: Add PYTHON-HTML5LIB.
[home-page]: Update to current.
[license]: Set to LICENSE:BSD-3.
(python2-mechanize): Define in terms of PACKAGE-WITH-PYTHON2.

gnu: python-regex: Update to 2020.6.8.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-regex): Update to 2020.6.8.
[arguments]: New field.

gnu: python-netifaces: Update to 0.10.9.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-netifaces): Update to 0.10.9.

gnu: python-cssselect: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/python-web.scm (python-cssselect): Update to 1.1.0.
[source]: Change to GIT-FETCH.
[arguments]: Remove #:tests?.  Add #:phases.
[native-inputs]: Add PYTHON-LXML and PYTHON-PYTEST.
[home-page]: Update to current.

gnu: python-odfpy: Update to 1.4.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-odfpy): Update to 1.4.1.
[arguments]: Remove #:modules.  Rewrite test phase to use pytest.
[native-inputs]: Add PYTHON-PYTEST.
[propagated-inputs]: Add PYTHON-DEFUSEDXML.

gnu: openssh: Remove exception to build without xauth for the Hurd.

* gnu/packages/ssh.scm (openssh)[inputs]: Unconditionally include xauth;
for the Hurd: use openssh-sans-x for now.

gnu: guix: Update to ab9e30039d.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 1.1.0-1.ab9e30039d.

syscalls: set-thread-name, thread-name: Fix thinko.

* guix/build/syscalls.scm (set-thread-name, thread-name): Oops, fix thinko.

gnu: guix: Update to 68d8c09465.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 1.1.0-1.68d8c09465.

gnu: services: Add %hurd-startup-service.

This decouples startup of the Hurd from the "hurd" package, moving the RC
script into SYSTEM.

* gnu/packages/hurd.scm (hurd)[inputs]: Remove hurd-rc-script.
[arguments]: Do not substitute it.  Update "runsystem.sh" to parse kernel
arguments and exec into --system=SYSTEM/rc.
(hurd-rc-script): Move to...
* gnu/services.scm (%hurd-rc-file): ...this new variable.
(hurd-rc-entry): New procedure.
(%hurd-startup-service): Use it in new variable.
* gnu/system.scm (hurd-default-essential-services): Use it.

hurd-boot: Further cleanup of "rc".

* gnu/packages/hurd.scm (hurd-rc-script): Move implementation to ...
* gnu/build/hurd-boot.scm (boot-hurd-system): ...here, new file.
* gnu/build/linux-boot.scm (make-hurd-device-nodes): Move there likewise.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

system: hurd: Populate services.

* gnu/system/hurd.scm (%base-services/hurd): Add hurd-console-service,
hurd-getty-services, guix-service.  Also add sylog and loopback, needed for
...
* gnu/system.scm (hurd-default-essential-services): ... add
%shepherd-root-service with dependencies: %boot-service, %activation-service,
user-processes, root-file-system-service, file-system-service,
pam-root-service.

services: Add `hurd-getty-service-type'.

* gnu/services/hurd.scm (<hurd-gettty-configuration>): New record.
(hurd-ttys-shepherd-service): New procedure.
(hurd-getty-service-type): New variable.
* doc/guix.texi (Hurd Services): Document it.

services: Add `hurd-console-service-type'.

* gnu/services/hurd.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.
* doc/guix.texi (Hurd Services): Document it.

gnu: hurd: Create minimal "runsystem" script to invoke "rc".

This moves towards a regular Guix startup, loading SYSTEM/boot to activate the
system and start the shepherd.

* gnu/packages/hurd.scm (hurd-rc-script): Update to handle "runsystem" tasks.
Load system/boot to activate the system and start the shepherd.  Create /hurd
symlink.
(hurd)[arguments]: Add 'create-runsystem' phase.  Do not substitute now unused
init.c, runsystem.hurd.  Substitute "/hurd/" for the fixed 'out + "/hurd/"' in
boot.c, console-run.c and startup.c.  Also substitute
_HURD_STARTUP ("/hurd/startup") to the fixed 'out + "/hurd/startup"' in
libdiskfs/boot-start.c and libdiskfs/opts-std-startup.c.

services: hurd: Populate system profile.

* gnu/system.scm (hurd-default-essential-services): Populate profile with
packages.

services: Support etc-service for the Hurd.

* gnu/system.scm (operating-system-etc-service): Cater for missing nsswitch
and missing sudoers-file.  For the Hurd, add "login" and "motd".
(hurd-default-essential-services): Add operating-system-etc-service.

system: Support activation service for the Hurd.

* gnu/build/activation.scm (boot-time-system): Use "command-line" for the
Hurd.
* gnu/system.scm (hurd-default-essential-services): Add %boot-service and
%activation-service.

system: examples: Add bare-hurd.tmpl.

* gnu/system/hurd.scm (%hurd-def%hurd-default-operating-system-kernel,
%hurd-default-operating-system): New exported variables.
* gnu/system/examples/bare-hurd.tmpl: New file.
* Makefile.am (EXAMPLES): Add it.
* tests/guix-system.sh: Add --target=i586-pc-gnu when testing it.

system: Use 'hurd' package in label.

* gnu/system.scm (kernel->boot-label): Add keyword parameter 'hurd'.  If set,
use it for label.
(operating-system-default-label): Call with it with operating-system-hurd.

bootloader: grub: Add support for multiboot.

* gnu/bootloader/grub.scm (grub-configuration-file): Add support for
multiboot.

system: Add 'multiboot-modules' field to <boot-parameters>.

* gnu/system.scm (<boot-parameters>)[multiboot-modules]: New field.
(read-boot-parameters): Initialize it.
(operating-system-multiboot-modules, hurd-multiboot-modules): New procedure.
(operating-system-boot-parameters): Cater for multiboot the Hurd and
initialize it; avoid initrd in that case.
(operating-system-kernel-file): Cater for for Gnumach (the Hurd) besides Linux.
(boot-parameters->menu-entry): Use it to support a multiboot <menu-entry>.

bootloader: Extend `<menu-entry>' for multiboot.

* gnu/bootloader.scm (<menu-entry>)[multiboot-kernel,multiboot-arguments,
multiboot-modules]: New fields.
[linux,initrd]: Add default value '#f'.
(menu-entry->sexp, sexp->menu-entry): Support multiboot entry.
* doc/guix.texi (Bootloader Configuration): Document them.

system: Add 'hurd' field to <operating-system>.

* gnu/system.scm (<operating-system>)[hurd]: New field.
* doc/guix.texi (operating-system Reference): Document 'hurd'.

system: hurd: Add hurd-default-essential-services.

* gnu/system.scm (hurd-default-essential-services): New procedure.

image: Add Hurd support.

* gnu/system/image.scm (hurd-disk-image): New exported variable,
(root-offset, root-label): new variables,
(esp-partition, root-partition): adapt accordingly,
(find-image): add Hurd support.

linux-boot: Update 'make-hurd-device-nodes'.

* gnu/build/linux-boot.scm (make-hurd-device-nodes): Avoid de-duplication of
device mount points; also create mount points for /servers/.

syscalls: set-thread-name, thread-name: Stub for the Hurd.

Avoid crash

    Backtrace:
    guix/build/syscalls.scm:405:8: In procedure prctl: Function not implemented

because of missing prctl on the Hurd.

* guix/build/syscalls.scm (set-thread-name, thread-name): Rename to ...
(set-thread-name!/linux,thread-name/linux): ...this.
(set-thread-name, thread-name): Swtich between linux implementation and or
stub.

gnu: hurd: Update to upstream Hurd-reserved xattr index.

This enables setting (and reading) passive translators when preparing a Hurd
file system from GNU/Linux.

* gnu/packages/patches/hurd-xattr.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/hurd.scm (hurd): Use it.

gnu: x265: Build with assembly files.

* gnu/packages/video.scm (x265)[native-inputs]: Add nasm.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

system: bare-bones: Remove dependency to X libraries.

Use "openssh-sans-x" to prevent the inclusion of X libraries to the bare-bones
system closure.

* gnu/system/examples/bare-bones.tmpl (operating-system)[services]: Use
openssh-sans-x instead of openssh.

gnu: Add openssh-sans-x.

* gnu/packages/ssh.scm (openssh-sans-x): New variable.

gnu: sudo: Separate Python output.

The Python plugin of "sudo" drags the Python interpreter to the closure of
Guix System. Put it in a separate output.

* gnu/packages/admin.scm (sudo)[arguments]: Add a 'separate-python-output
phase, that's populating ...
[outputs]: ... the new "python" output.

system: install: Add default libcs to gc-roots.

During the installation, it may be needed to build locales that are not
covered by glibc-utf8-locales. Make sure that the libraries required to build
locales are available.

This is a follow-up of 0eed77127592323d89f56c215a15374a1aaae110.

* gnu/system/install.scm (installation-os)[services]: Add
%default-locale-libcs to gc-root-service-type.

gnu: rtl8821ce-linux-module: Use MAKE-FLAGS.

* gnu/packages/linux.scm (rtl8821ce-linux-module)[arguments]: Use
MAKE-FLAGS keyword.  Make CC environment variable a make flag.

gnu: rtl8812au-aircrack-ng-linux-module: Use MAKE-FLAGS.

* gnu/packages/linux.scm (rtl8812au-aircrack-ng-linux-module)
[arguments]: Use MAKE-FLAGS keyword.

gnu: rtl8812au-aircrack-ng-linux-module: Update to 5.6.4.2-1.df2b8df.

* gnu/packages/linux.scm (rtl8812au-aircrack-ng-linux-module):
Update to 5.6.4.2-1.df2b8df.

gnu: mu: Update to 1.4.9.

* gnu/packages/mail.scm (mu): Update to 1.4.9.

gnu: v4l2loopback-linux-module: Edit synopsis and description.

* gnu/packages/linux.scm (v4l2loopback-linux-module)
[synopsis, description]: Edit.

gnu: v4l2loopback-linux-module: Disable ‘test’.

It simply built the test programme but nothing more.

* gnu/packages/linux.scm (v4l2loopback-linux-module)[arguments]:
Remove the ‘check’ phase.

gnu: Add v4l2loopback-linux-module.

* gnu/packages/linux.scm (v4l2loopback-linux-module): New variable.

gnu: linux-libre: Update to 5.4.45.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.45.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@5.6: Update to 5.6.17.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.6-version): Update to 5.6.17.
(linux-libre-5.6-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.127.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.127.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

git-authenticate: Prevent removal of '.guix-authorizations'.

* guix/git-authenticate.scm (commit-authorized-keys)
[parents-have-authorizations-file?, assert-parents-lack-authorizations]:
New procedures.
Use the latter before returning DEFAULT-AUTHORIZATIONS.
* guix/git.scm (false-if-git-not-found): Export.
* guix/tests/git.scm (populate-git-repository): Add 'remove' clause.
* tests/git-authenticate.scm ("signed commits, .guix-authorizations removed"):
New test.

git: 'update-cached-checkout' gracefully handles missing starting commit.

Fixes <https://bugs.gnu.org/41604>
Reported by John Soo <jsoo1@asu.edu> and zimoun <zimon.toutoune@gmail.com>.

* guix/git.scm (false-if-git-not-found): New macro.
(reference-available?): Use it.
(update-cached-checkout): Use it when looking up STARTING-COMMIT.
Set RELATION to 'unrelated when OLD is #false.

gnu: go-github-com-stretchr-testify: Update to 1.5.1.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-stretchr-testify):
  Update to 1.5.1.

gnu: go-github-com-davecgh-go-spew: Update to 1.1.1.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-davecgh-go-spew):
  Update to 1.1.1.

gnu: Add go-github-com-stretchr-objx.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-stretchr-objx): New variable.

gnu: Add epour.

* gnu/packages/enlightenment.scm (epour): New variable.

gnu: Add vim-dispatch.

* gnu/packages/vim.scm (vim-dispatch): New variable.

gnu: emacs-lua-mode: Update to 20200508-0.35b6e4c.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-lua-mode): Update to 20200508-0.35b6e4c.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add emacs-flymake-shellcheck.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-flymake-shellcheck): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: docker, docker-cli: Update to 19.03.11.

* gnu/packages/docker.scm (%docker-version): Update to 19.03.11.
(docker, docker-cli): Update hashes.

gnu: qwt: Update to 6.1.5.

* gnu/packages/qt.scm (qwt): Update to 6.1.5.

gnu: python-mwclient: Update to 0.10.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-mwclient): Update to 0.10.1.

gnu: libgit2: Update to 1.0.1.

* gnu/packages/version-control.scm (libgit2): Update to 1.0.1.

gnu: s6-portable-utils: Update to 2.2.2.3.

* gnu/packages/skarnet.scm (s6-portable-utils): Update to 2.2.2.3.

gnu: wireguard-linux-compat: Update to 1.0.20200520.

* gnu/packages/vpn.scm (wireguard-linux-compat): Update to 1.0.20200520.

gnu: Add vala-language-server.

* gnu/packages/gnome-xyz.scm (vala-language-server): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add vala-0.48.

* gnu/packages/gnome.scm (vala-0.48): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: youtube-dl: Update to 2020.06.06.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2020.06.06.

gnu: emacs-lispyville: Update to 20200605.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-lispyville): Update to 20200605.
[arguments]: Remove obsolete workaround for tests.

gnu: Add cl-rdkafka.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-rdkafka, cl-rdkafka): New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: sbcl-cl-random-forest: Remove obsolete fix.

* gnu/packages/machine-learning.scm (sbcl-cl-random-forest)[arguments]: Remove
  'add-sb-cltl2-dependency' phase.

gnu: sbcl-lparallel: Modify system definition to require sb-cltl2.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-lparallel)[arguments]: Add 'fix-dependency'
  phase to modify system definition to require sb-cltl2.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: streamlink: Update to 1.4.1.

* gnu/packages/video.scm (streamlink): Update to 1.4.1.