gnu: linux-libre 4.14: Update to 4.14.233.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.233.
(linux-libre-4.14-pristine-source): Update hash.
(deblob-scripts-4.14): Update hash.

gnu: linux-libre 4.19: Update to 4.19.191.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.191.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.4: Update to 5.4.121.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.121.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.10: Update to 5.10.39.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.10-version): Update to 5.10.39.
(linux-libre-5.10-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre: Update to 5.12.6.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.12-version): Update to 5.12.6.
(linux-libre-5.12-pristine-source): Update hash.

gnu: python-matplotlib: Don't hardcode python version.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-matplotlib)[arguments]: In custom
'install-jquery-ui phase programmatically get the version of python.

gnu: python-nltk: Add missing inputs.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-nltk)[propagated-inputs]: Add
python-click, python-joblib, python-regex, python-tqdm.

gnu: python-nltk-3.4: Add missing input.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-nltk-3.4)[propagated-inputs]: Add
python-six.

gnu: services: Add missing wireguard related exports.

* gnu/services/vpn.scm: Export 'wireguard-peer-public-key' and
  'wireguard-peer-keep-alive'.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: font-sarasa-gothic: Update to 0.31.2.

* gnu/packages/fonts.scm (font-sarasa-gothic): Update to 0.31.2.

gnu: libsignal-protocol-c: Update to 2.3.3.

* gnu/packages/messaging.scm (libsignal-protocol-c): Update to 2.3.3.

gnu: hangups: Update to 0.4.14.

* gnu/packages/messaging.scm (hangups): Update to 0.4.14.

gnu: frrouting: Update to 7.5.17.5.1.

* gnu/packages/networking.scm (frrouting): Update to 7.5.17.5.1.

gnu: whois: Update to 5.5.9.

* gnu/packages/networking.scm (whois): Update to 5.5.9.

gnu: surf: Update to 2.1.

* gnu/packages/suckless.scm (surf): Update to 2.1.
[inputs]: Add gcr.

gnu: qutebrowser: Update to 2.2.2.

* gnu/packages/web-browsers.scm (qutebrowser): Update to 2.2.2.

gnu: Respect the root file-system's CHECK? field.

* gnu/build/linux-boot.scm (mount-root-file-system): Take a new #:CHECK?
keyword argument.  Add it to the docstring.  Conditionally call
CHECK-FILE-SYSTEM.
(boot-system): Adjust its only caller to pass the <file-system>'s CHECK?
option through, if available.

gnu: md4c: Update to 0.4.8.

* gnu/packages/markup.scm (md4c): Update to 0.4.8.

gnu: lmdb: Update to 0.9.29.

* gnu/packages/databases.scm (lmdb): Update to 0.9.29.

gnu: mm-common: Update to 1.0.3.

* gnu/packages/gnome.scm (mm-common): Update to 1.0.3.
[arguments]: Use meson-0.55.

gnu: libmediaart: Update to 1.9.5.

* gnu/packages/gnome.scm (libmediaart): Update to 1.9.5.
[arguments]: Use meson-next.

gnu: libetonyek: Update to 0.1.10.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libetonyek): Update to 0.1.10.

gnu: ltris: Update to 1.2.3.

* gnu/packages/games.scm (ltris): Update to 1.2.3.
[arguments]: Remove unnecessary #:configure-flags.

gnu: retroarch: Update to 1.9.3.

* gnu/packages/emulators.scm (retroarch): Update to 1.9.3.

gnu: python-django-compressor: Update to 2.4.12.4.1.

* gnu/packages/django.scm (python-django-compressor): Update to 2.4.12.4.1.

gnu: freeipmi: Update to 1.6.8.

* gnu/packages/freeipmi.scm (freeipmi): Update to 1.6.8.

gnu: exfatprogs: Update to 1.1.2.

* gnu/packages/file-systems.scm (exfatprogs): Update to 1.1.2.

gnu: diffoscope: Update to 175.

* gnu/packages/diffoscope.scm (diffoscope): Update to 175.

gnu: hddtemp: Update to 0.4.3.

* gnu/packages/disk.scm (hddtemp): Update to 0.4.3.
[source, home-page]: Use a maintained fork/continuation.
[arguments]: Add a new 'delete-autogen.sh phase.
Adjust the 'install-db phase to install the bundled hddtemp.db.
[inputs]: Remove old hddtemp.db.
[native-inputs]: Add autoconf, automake, and gettext.

f hddtemp

gnu: parallel: Update to 20210522.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20210522.

gnu: abook: Fix typo in description.

* gnu/packages/mail.scm (abook)[description]: Fix typo.

gnu: butt: Add snippet.

* gnu/packages/audio.scm (butt)[source]: Add snippet.

gnu: butt: Update to 0.1.30.

* gnu/packages/audio.scm (butt): Update to 0.1.30.

gnu: nvc: Update to 1.5.1.

* gnu/packages/fpga.scm (nvc): Update to 1.5.1.
[arguments]: Hopefully re-enable #:parallel-build?s.

gnu: cava: Update to 0.7.4.

* gnu/packages/audio.scm (cava): Update to 0.7.4.

gnu: slurm: Update to 20.11.7.

* gnu/packages/parallel.scm (slurm): Update to 20.11.7.

gnu: filezilla: Update to 3.54.1.

* gnu/packages/ftp.scm (filezilla): Update to 3.54.1.

gnu: ois: Update to 1.5.1.

* gnu/packages/game-development.scm (ois): Update to 1.5.1.

doc: Correct spelling

* doc/contributing.tex (Submitting Patches): Correct spelling of "acknowledgement"

Co-authored-by: Piotr Kaznowski <piotr@kazno.dev>
Signed-off-by: Marius Bakke <marius@gnu.org>

gnu: notmuch: Update to 0.32.1.

* gnu/packages/mail.scm (notmuch): Update to 0.32.1.
[arguments]<#:phases>: Don’t return #t at the end of the phase, this won’t be
necessary once core-update gets merged.

Signed-off-by: Marius Bakke <marius@gnu.org>

gnu: libx11: Update replacement to 1.7.1 [fixes CVE-2021-31535].

* gnu/packages/xorg.scm (libx11/fixed): Update to 1.7.1.

gnu: OpenSSL: Replace with 1.1.1k [fixes CVE-2021-3449 and CVE-2021-3450].

* gnu/packages/tls.scm (openssl-1.1.1k): New variable.
(openssl)[replacement]: New field.

gnu: Fix erroneous uses of 'package/inherit'.

These packages use a different source/version from the inherited package, and
thus should not inherit replacements.

* gnu/packages/check.scm (googletest-1.8, python-pytest-runner-2): Use record
inheritance instead of PACKAGE/INHERIT.
* gnu/packages/crates-io.scm (rust-bindgen-0.49, rust-bytes-0.4,
rust-colored-1.9.1, rust-difference-1, rust-docopt-0.8, rust-html5ever-0.23,
rust-http-0.1, rust-http-body-0.1, rust-loom-0.2, rust-loom-0.1,
rust-pulldown-cmark-0.0.8, rust-ring-0.13, rust-rustls-0.12, rust-sct-0.3,
rust-term-0.2, rust-untrusted-0.6, rust-webpki-0.18, rust-webpki-roots-0.17,
rust-webpki-roots-0.14): Likewise.
* gnu/packages/emacs.scm (emacs-next, emacs-next-pgtk, guile-emacs): Likewise.
* gnu/packages/guile.scm (guile-2.2.4): Likewise.
* gnu/packages/maths.scm (hdf5-1.10, hdf5-1.12): Likewise.
* gnu/packages/protobuf.scm (protobuf-3.6, protobuf-3.5, python-protobuf-3.6):
Likewise.
* gnu/packages/python-web.scm (python2-html2text): Likewise.
* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pygments/fixed, python2-numpy,
python2-urwid, python2-markdown, python2-fonttools): Likewise.
* gnu/packages/racket.scm (racket): Likewise.
* gnu/packages/sequoia.scm (sequoia4pEp): Likewise.

gnu: squashfs-tools: Prepare for GCC 10.

* gnu/packages/compression.scm (squashfs-tools)[source](modules, snippet): New
fields.

gnu: cl-trivial-features: Update to 1.0.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-trivial-features): Update to 1.0.
  [arguments]: Add comment about disabled tests.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add xdo.

* gnu/packages/xdisorg.scm (xdo): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Add information about first patch.

* doc/contributing.texi (Submitting Patches): Add information about first patch acnowledgement delay.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add jumpapp.

* gnu/packages/xdisorg.scm (jumpapp): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

import: hackage: Prefix licenses with 'license:'.

* guix/import/hackage.scm (string->license): Prefix the value of the license
field with ‘license:’.
* tests/hackage.scm (match-ghc-foo, match-ghc-foo-6, match-ghc-foo-revision):
Adjust accordingly.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: luakit: Update to 2.3.

* gnu/packages/web-browsers.scm (luakit): Update to 2.3
[arguments]: Add 'set-version' phase.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

lint: archival: Lookup content in Disarchive database.

* guix/lint.scm (lookup-disarchive-spec): New procedure.
(check-archival): When 'lookup-content' returns #f, call
'lookup-disarchive-spec'.  Call 'lookup-directory' on the result of
'lookup-directory'.
* guix/download.scm (%disarchive-mirrors): Make public.
* tests/lint.scm ("archival: missing content"): Set
'%disarchive-mirrors'.
("archival: content unavailable but disarchive available"): New test.

gnu: zam-plugins: Update source hash.

See <http://issues.guix.gnu.org/48589>.

* gnu/packages/music.scm (zam-plugins)[source]: Update hash.

gnu: cmdtest: Use a source file-name.

* gnu/packages/check.scm (cmdtest)[source]: Add a file-name field.

gnu: Remove python2-ipython-cluster-helper.

Some of its requirements no longer support Python 2 which has left this
package broken for a while.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-ipython-cluster-helper): Remove variable.

gnu: Remove python2-notebook.

Some of its requirements no longer support Python 2 which has left this
package broken for a while.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-notebook): Remove variable.
(python-notebook)[properties]: Remove.

etc: Add more SELinux permissions for the daemon.

* etc/guix-daemon.cil.in (guix_daemon): Add more permissions, necessary for
garbage collection.

gnu: python-django-statici18n: Update to 2.1.0.

* gnu/packages/django.scm (python-django-statici18n): Update to 2.1.0.

gnu: python-urllib3: Don't use 'package/inherit' on replacement package.

* gnu/packages/python-web.scm (python-urllib3/fixed): Use regular inheritance
instead of PACKAGE/INHERIT.

gnu: python-terminado: Update to 0.10.0.

* gnu/packages/python-web.scm (python-terminado): Update to 0.10.0.

gnu: python-genshi: Update to 0.7.5.

* gnu/packages/python-web.scm (python-genshi): Update to 0.7.5.
[propagated-inputs]: Add PYTHON-SIX.

gnu: autotrace: Prepare for GLib 2.68 and later.

* gnu/packages/patches/autotrace-glib-compat.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/graphics.scm (autotrace)[source](patches): New field.

gnu: libblockdev: Prepare for GLib 2.58.

* gnu/packages/patches/libblockdev-glib-compat.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/disk.scm (libblockdev)[source](patches): New field.

gnu: ucx: Restore (and adapt) ioctl fallback patch.

This is a followup to 4ebd4a58ce307874b18c30ffcd4852440e475ad5 which
removed the patch, but it was still necessary for some dependents.

* gnu/packages/patches/ucx-tcp-iface-ioctl.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/fabric-management.scm (ucx)[source](patches): New field.

gnu: cmdtest: Do not propagate any inputs.

* gnu/packages/check.scm (cmdtest)[propagated-inputs]: Move everything ...
[inputs]: ... here.  New field.

gnu: cmdtest: Update to 0.32-14-gcdfe14e.

* gnu/packages/check.scm (cmdtest): Update to 0.32-14-gcdfe14e.
[source]: Switch to GIT-FETCH.
[arguments]: Remove #:phases and #:python.  Add #:tests?.
[native-inputs]: Change from PYTHON2-CLIAPP, PYTHON2-MARKDOWN, and
PYTHON-TTYSTATUS to their respective Python 3 variants.

gnu: python2-ttystatus: Add Python 3 variant.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-ttystatus): Rename to ...
(python-ttystatus): ... this.
[name, native-inputs, arguments]: Adjust accordingly.
[descriptions]: Remove mentions of Python version and add markup.
(python2-ttystatus): Use PACKAGE-WITH-PYTHON2.

gnu: python2-cliapp: Add Python 3 variant.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-cliapp): Rename to ...
(python-cliapp): ... this.
[name, native-inputs, propagated-inputs]: Adjust accordingly.
[arguments]: Disable tests.
[description]: Remove mentions of Python version and add markup.
(python2-cliapp): Use PACKAGE-WITH-PYTHON2.

gnu: python-coverage-test-runner: Add Python 3 variant.

* gnu/packages/check.scm (python2-coverage-test-runner): Rename to ...
(python-coverage-test-runner): ... this.
[arguments, propagated-inputs]: Adjust for Python 3.
(python2-coverage-test-runner): Use PACKAGE-WITH-PYTHON2.

gnu: sharutils: 'which' is a native input.

* gnu/packages/compression.scm (sharutils)[inputs]: Rename to ...
[native-inputs]: ... this.

gnu: sharutils: Prepare for GCC 10.

* gnu/packages/compression.scm (sharutils)[source](snippet): Add substitution
to avoid duplicate header definitions.
[arguments]: Remove trailing #t.

gnu: ntp: Prepare for GCC 10.

* gnu/packages/ntp.scm (ntp)[source](patches): New field.

scripts: discover: Report Avahi errors.

Fixes: <https://issues.guix.gnu.org/48561>.

* guix/scripts/discover (guix-discover): Report Avahi errors.

gnu: guix: Update to 9f2b2c4.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 9f2b2c4.

gnu: Add emacs-poly-r.

* gnu/packages/statistics.scm (emacs-poly-r): New variable.

gnu: Add emacs-poly-noweb.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-poly-noweb): New variable.

gnu: pinball: Update to 3.1.20201218.

* gnu/packages/games.scm (pinball): Update to 3.1.20201218.
[source]: Tarballs no longer published on sourceforge, so use git-fetch.
[native-inputs]: New field for bootstrapping inputs.
[inputs]: Add libltdl.
[arguments]: Add custom 'bootstrap' phase.
* gnu/packages/patches/pinball-system-ltdl.patch: Adjust to latest source.
* gnu/packages/patches/pinball-const-fix.patch,
gnu/packages/patches/pinball-cstddef.patch,
gnu/packages/patches/pinball-missing-separators.patch,
gnu/packages/patches/pinball-src-deps.patch: Delete upstreamed patches.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove them.

gnu: python-scour: Update to 0.38.2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-scour): Update to 0.38.2.

gnu: python-scour: Correct version.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-scour): Correct version string
from 038.1 to 0.38.1.

gnu: xfce4-screenshooter: Update to 1.9.9.

* gnu/packages/xfce.scm (xfce4-screenshooter): Update to 1.9.9.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Fix build for ldc.

* gnu/packages/dlang.scm (ldc): Disable tests that use ptrace.

gnu: Add emacs-purescript-mode.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-purescript-mode): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: linux-libre: Update to 5.12.5.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.11-version, deblob-scripts-5.11,
linux-libre-5.11-pristine-source, linux-libre-5.11-source,
linux-libre-headers-5.11, linux-libre-5.11): Remove variables.
(linux-libre-version, linux-libre-pristine-source, linux-libre-source,
linux-libre): Update to the 5.12 kernel series.
(linux-libre-with-bpf): Update to the 5.12 kernel series.
* gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.11-arm.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.11-arm64.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.11-i686.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.11-x86_64.conf: Delete files.
* Makefile.am (AUX_FILES): Remove them.

gnu: python-pikepdf: Update to 2.12.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pikepdf): Update to 2.12.1.

gnu: giac: Update to 1.7.0-9.

* gnu/packages/algebra.scm (giac): Update to 1.7.0-9.

gnu: Add font-victor-mono

* gnu/packages/fonts.scm (font-victor-mono): New variable.

gnu: sameboy: Update to 0.14.3

* gnu/packages/emulators.scm (sameboy): Update to 0.14.3.
[native-inputs]: Remove gcc-9.
[arguments]: Use cc-for-target instead of hard-coding gcc.

gnu: Add numdiff.

* gnu/packages/maths.scm (numdiff): New variable.

gnu: sbcl-cl-html5-parser: Enable tests.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-html5-parser)
  [arguments]: Enable tests, clean up not required #:asd-systems.
  [native-inputs]: Add json-streams, split-sequence and stefil.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add cl-json-streams.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-json-streams, ecl-json-streams,
  cl-json-streams): New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add cl-woo.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-woo, ecl-woo, cl-woo): New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add cl-lev.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-lev, ecl-lev, cl-lev): New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add cl-speedy-queue.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-speedy-queue, ecl-cl-speedy-queue,
  cl-speedy-queue): New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: detox: Update to 1.4.2.

* gnu/packages/admin.scm (detox): Update to 1.4.2
[arguments]: Remove '#:tests?', provide customer 'check' phase.

gnu: kicad: Fix ngspice support.

Fixes <https://bugs.gnu.org/48336>.

* gnu/packages/engineering.scm (kicad)[arguments]: Add 'fix-ngspice-detection'
  phase.

gnu: emacs-org-super-agenda: Disable failing test.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org-super-agenda)[arguments]<#:phases>:
Disable the “org-super-agenda-test--:auto-tags” test.  The test failure was
caused by commit 71045f4e6425a686667cf30252a2a71cff36308b.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: dav1d: Update to 0.9.0.

* gnu/packages/video.scm (dav1d): Update to 0.9.0.

gnu: libaom: Update to 3.1.0.

* gnu/packages/video.scm (libaom): Update to 3.1.0.

guix: Build texlive-configuration only when texlive-base is present.

Fixes <https://bugs.gnu.org/48519>.

* guix/profiles.scm (texlive-configuration): Build only if texlive-base is
present in the profile's manifest.

gnu: emacs-ob-erlang: Update to 20210321.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ob-erlang): Update to 20210321.

gnu: Add julia-recipesbase.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-recipesbase): New variable.