etc: Add more SELinux permissions for the daemon.

* etc/guix-daemon.cil.in (guix_daemon): Permit write on guix_daemon_conf_t
sock_file, necessary for garbage collection.

gnu: gcompris-qt: Update to 2.1.

* gnu/packages/education.scm (gcompris-qt): Update to 2.1.
[source]: Download from new upstream location.

build-system/clojure: Support compiling Java.

* guix/build/clojure-build-system.scm (compile-java): New variable.
(build): Copy classes compiled from Java and optionally Java sources to
the final jar.
(%standard-phases): Add compile-java phase before build.
* guix/build/clojure-utils.scm (%java-source-dirs): New variable.
(%java-compile-dir): New variable.
* guix/build-system/clojure.scm (clojure-build): Include %java-source-dirs and
%java-compile-dir.
(builder): Include %java-source-dirs and %java-compile-dir.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

build-system/clojure: Exit with non-zero if tests fail.

* guix/build/clojure-build-system.scm (check): Exit test process with a
non-zero exit code if tests fail.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add yubikey-oath-dmenu.

* gnu/packages/security-token.scm (yubikey-oath-dmenu): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: nomad: Fix missing webkit2gtk-4.0 compilation error.

* gnu/package/guile-xyz.scm (nomad)[arguments]<phases>: Add phase
'fix-webkitgtk' to update webkit2gtk-4.0 reference in file 'configure.ac'
and 'typelib/Makefile.am'.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Clarify search path bits.

Suggested by Maxime Devos <maximedevos@telenet.be>
and Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>.

* doc/guix.texi (package Reference): Clarify 'native-search-paths'
vs. 'search-paths'.
(Search Paths): Link to it.  Remove unnecessarily "define libxml2".
Reword 'file-pattern' description that said "When true".

gnu: python-parsedatetime: Update to 2.6.

* gnu/packages/time.scm (python-parsedatetime): Update to 2.6.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: sbcl-spinneret: Update to 20220117.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-spinneret): Update to 20220117.

gnu: FreeCAD: Update to 0.19.3.

* gnu/packages/engineering.scm (freecad): Update to 0.19.3.

Revert "gnu: xkeyboard-config: Build man page."

This reverts commit f7236fa1b2e92288633b4261997b55914e25648b.

gnu: xkeyboard-config: Build man page.

* gnu/packages/xorg.scm (xkeyboard-config)[native-inputs]: Add libxslt and
remove labels.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: vlc: Build with correct librsvg.

* gnu/packages/video.scm (vlc)[inputs]: Replace librsvg
with librsvg-for-system.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gnome-settings-daemon: Build with correct librsvg.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-settings-daemon)[inputs]:
Replace librsvg with librsvg-for-system.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gtk-vnc: Build with correct librsvg.

* gnu/packages/gnome.scm (gtk-vnc)[inputs]: Replace librsvg with
  librsvg-for-system.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gtk-vnc: Remove dependency on GJS on non-x86_64.

* gnu/packages/gnome.scm (gtk-vnc)[native-inputs]: Provide GJS
only when 'target-x86-64?'.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add rofi-calc.

* gnu/packages/xdisorg.scm (rofi-calc): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: rofi: Add a search path for plugins.

* gnu/packages/xdisorg.scm (rofi)[native-search-paths]: Add ROFI_PLUGIN_PATH.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add utf-8-lineseparator.

* gnu/packages/textutils.scm (utf-8-lineseparator): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Tweak Guix Home bits.

* doc/guix.texi (Shepherd Home Service): Tweak section name.  Add
intro.
(Invoking guix home): Refer to "guix search".  Use @var where
appropriate.

gnu: Add font-charter.

* gnu/packages/fonts.scm (font-charter): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Document search paths.

* doc/guix.texi (package Reference): Link to "Search Paths".
(Invoking guix package): Likewise.
(Build Phases): Mention 'set-paths' phase.
(Search Paths): New node.

compile: Really disable cross-module inlining and related features.

This is a followup to d87a1ba6b8b2f08ba6898033353d7463355bd146.

* guix/build/compile.scm (strip-keyword-arguments): Rename to...
(clear-keyword-arguments): ... this, and set the value associated with
each of KEYWORDS to #f.
(optimizations-for-level): Adjust accordingly.

gnu: python-pillow-simd: Update to 9.0.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pillow-simd): Update to 9.0.0.
[arguments]: Remove field.

gnu: python-pillow: Remove input labels.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pillow)[inputs]: Remove labels.

gnu: python-pillow: Update to 9.0.0 (security fixes).

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pillow): Update to 9.0.0.
[source]: Add snippet to remove bundled code.
[arguments]: Adjust custom 'check phase.

gnu: python-pillow: Add cpe-name.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pillow)[properties]: Add cpe-name.

gnu: python-cryptography: Add 36.0.1.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-cryptography-vectors-next,
python-cryptography-next): New variables.

gnu: Add python-setuptools-rust.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-setuptools-rust): New variable.

gnu: Add rust-pyo3.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-pyo3-build-config-0.15,
rust-pyo3-macros-backend-0.15, rust-pyo3-macros-0.15, rust-pyo3-0.15): New
variables.

gnu: Add rust-eyre.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-eyre): New variable.

gnu: rust-indoc: Add 0.3.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-indoc-0.3, rust-indoc-impl-0.3): New
variables.

gnu: Add rust-inventory.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-inventory-0.1, rust-inventory-impl-0.1):
New variables.

gnu: Add rust-indenter.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-indenter-0.3): New variable.

gnu: Add rust-ghost.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-ghost): New variable.

gnu: Add rust-assert-approx-eq.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-assert-approx-eq-1): New variable.

gnu: Add rust-ouroboros.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-ouroboros-0.14): New variable.

gnu: Add rust-ouroboros-macro.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-ouroboros-macro-0.14): New variable.

gnu: Add rust-aliasable.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-aliasable-0.1): New variable.

gnu: Add rust-aliasable-deref-trait.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-aliasable-deref-trait-0.2): New variable.

gnu: Add rust-pem.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-pem-1): New variable.

gnu: Add rust-asn1.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-asn1-derive-0.8, rust-asn1-0.8): New
variables.

gnu: rust-half: Update to 1.7.1.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-half-1): Update to 1.7.1.

gnu: rust-base64: Fix criterion criteria.

This is a follow-up to commit 4e0544f66108a46f66fa400fe2f7fdf6eba72246.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-base64-0.13)[arguments]: Adjust
substitution to match the current version of PYTHON-CRITERION.

gnu: WebKitGTK: Update to 2.34.4 [security fixes].

Fixes CVE-2021-30934, CVE-2021-30936, CVE-2021-30951, CVE-2021-30952,
CVE-2021-30953, CVE-2021-30954, CVE-2021-30984.

* gnu/packages/webkit.scm (webkitgtk): Update to 2.34.4.

gnu: emacs-multitran: Update to 0.4.14.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-multitran): Update to 0.4.14.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Update nim to 1.6.2.

* gnu/packages/nim.scm(nim): Update to 1.6.2.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add emacs-all-the-icons-completion.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-all-the-icons-completion): New
  variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add emacs-cape.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-cape): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: emacs-kind-icon: Fix license field.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-kind-icon)[license]: Fix license.

gnu: Add emacs-fixed-pitch.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-fixed-pitch): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add emacs-minimap.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-minimap): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add emacs-kind-icon.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-kind-icon): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: qbittorrent: Update to 4.4.0.

* gnu/packages/bittorrent.scm (qbittorrent): Update to 4.4.0.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: nushell: Update to 0.43.0.

* gnu/packages/shells.scm (nushell):
(rust-nu-ansi-term-0.43):
(rust-nu-cli-0.43):
(rust-nu-command-0.43):
(rust-nu-completion-0.43):
(rust-nu-data-0.43):
(rust-nu-engine-0.43):
(rust-nu-errors-0.43):
(rust-nu-parser-0.43):
(rust-nu-path-0.43):
(rust-nu-plugin-0.42):
(rust-nu-plugin-binaryview-0.42):
(rust-nu-plugin-chart-0.42):
(rust-nu-plugin-from-bson-0.43):
(rust-nu-plugin-inc-0.43):
(rust-nu-plugin-match-0.42):
(rust-nu-plugin-query-json-0.43):
(rust-nu-plugin-selector-0.43):
(rust-nu-plugin-textview-0.43):
(rust-nu-plugin-to-bson-0.42):
(rust-nu-plugin-to-sqlite-0.43):
(rust-nu-plugin-xpath-0.43):
(rust-nu-pretty-hex-0.42):
(rust-nu-protocol-0.43):
(rust-nu-serde-0.43):
(rust-nu-stream-0.43):
(rust-nu-table-0.43):
(rust-nu-test-support-0.43):
(rust-nu-value-ext-0.43): Update to 0.43.0.

gnu: Add rust-sysinfo-0.23.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-sysinfo-0.23): New variable.
(rust-sysinfo-0.21): Inherit from above.

gnu: rust-libc-0.2: Update to 0.2.112.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-libc-0.2): Update to 0.2.112.

gnu: rust-nix-0.22: Fix build.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-nix-0.22)[arguments]<#:cargo-inputs>: Use
rust-bitflags-1.2 instead of rust-bitflags-1.

gnu: Add rust-bitflags-1.2.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-bitflags-1.2): New variable.

gnu: ppsspp: Update to 1.12.3.

* gnu/packages/emulators.scm (ppsspp): Update to 1.12.3.
[inputs]: Convert to new style.  Add bash.  Remove armips-source, lang and
tests.
[arguments]: Convert to list of g-exps.
<#:phases>: Drop trailing #t.
Directly refer to armips source and pspautotests.
Check for #:tests? flag.
Reenable VFPUSinCos test.
* gnu/packages/patches/ppsspp-disable-upgrade-and-gold.patch: Adjust
to version 1.12.3.

gnu: r-effects: Update to 4.2-1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-effects): Update to 4.2-1.

gnu: r-clubsandwich: Update to 0.5.5.

* gnu/packages/statistics.scm (r-clubsandwich): Update to 0.5.5.

gnu: r-cardata: Update to 3.0-5.

* gnu/packages/statistics.scm (r-cardata): Update to 3.0-5.

gnu: r-testthat: Update to 3.1.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-testthat): Update to 3.1.2.

gnu: r-spatial: Update to 7.3-15.

* gnu/packages/statistics.scm (r-spatial): Update to 7.3-15.

gnu: r-nnet: Update to 7.3-17.

* gnu/packages/statistics.scm (r-nnet): Update to 7.3-17.

gnu: r-nlme: Update to 3.1-155.

* gnu/packages/statistics.scm (r-nlme): Update to 3.1-155.

gnu: r-foreign: Update to 0.8-82.

* gnu/packages/statistics.scm (r-foreign): Update to 0.8-82.

gnu: r-class: Update to 7.3-20.

* gnu/packages/statistics.scm (r-class): Update to 7.3-20.

gnu: r-mass: Update to 7.3-55.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mass): Update to 7.3-55.

gnu: r-delaporte: Update to 8.0.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-delaporte): Update to 8.0.2.

gnu: r-prereg: Update to 0.6.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-prereg): Update to 0.6.0.

gnu: r-pkgdown: Update to 2.0.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-pkgdown): Update to 2.0.2.

gnu: r-mlr3tuning: Update to 0.10.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-mlr3tuning): Update to 0.10.0.
[propagated-inputs]: Remove r-digest.

gnu: r-bbotk: Update to 0.5.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-bbotk): Update to 0.5.0.

gnu: r-mlr3: Update to 0.13.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-mlr3): Update to 0.13.1.

gnu: r-mlr3misc: Update to 0.10.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-mlr3misc): Update to 0.10.0.

gnu: r-mlr3measures: Update to 0.4.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-mlr3measures): Update to 0.4.1.

gnu: r-seurat: Update to 4.1.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-seurat): Update to 4.1.0.

gnu: r-igraph: Update to 1.2.11.

* gnu/packages/cran.scm (r-igraph): Update to 1.2.11.

gnu: r-lightgbm: Update to 3.3.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-lightgbm): Update to 3.3.2.

gnu: r-posterior: Update to 1.2.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-posterior): Update to 1.2.0.

gnu: r-distributional: Update to 0.3.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-distributional): Update to 0.3.0.

gnu: r-openmx: Update to 2.20.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-openmx): Update to 2.20.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-polycor: Update to 0.8-1.

* gnu/packages/cran.scm (r-polycor): Update to 0.8-1.
[propagated-inputs]: Add r-admisc.

gnu: r-isocodes: Update to 2022.01.10.

* gnu/packages/cran.scm (r-isocodes): Update to 2022.01.10.

gnu: r-forecast: Update to 8.16.

* gnu/packages/cran.scm (r-forecast): Update to 8.16.

gnu: r-gdina: Update to 2.8.8.

* gnu/packages/cran.scm (r-gdina): Update to 2.8.8.
[propagated-inputs]: Remove r-nloptr.

gnu: r-subplex: Update to 1.7.

* gnu/packages/cran.scm (r-subplex): Update to 1.7.

gnu: r-parameters: Update to 0.16.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-parameters): Update to 0.16.0.

gnu: r-terra: Update to 1.5-12.

* gnu/packages/cran.scm (r-terra): Update to 1.5-12.

gnu: r-sctransform: Update to 0.3.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-sctransform): Update to 0.3.3.
[propagated-inputs]: Add r-dplyr, r-magrittr, and r-rlang.

gnu: r-aplot: Update to 0.1.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-aplot): Update to 0.1.2.

gnu: r-ggfun: Update to 0.0.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggfun): Update to 0.0.5.

gnu: r-spdep: Update to 1.2-1.

* gnu/packages/cran.scm (r-spdep): Update to 1.2-1.
[source]: Adjust snippet.
[propagated-inputs]: Remove r-coda, r-expm, r-gmodels, r-learnbayes, r-mass,
r-matrix, and r-nlme.

gnu: r-udunits2: Update to 0.13.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-udunits2): Update to 0.13.2.

gnu: r-apcluster: Update to 1.4.9.

* gnu/packages/cran.scm (r-apcluster): Update to 1.4.9.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-compositions: Update to 2.0-4.

* gnu/packages/cran.scm (r-compositions): Update to 2.0-4.

gnu: r-cmprsk: Update to 2.2-11.

* gnu/packages/cran.scm (r-cmprsk): Update to 2.2-11.

gnu: r-spam: Update to 2.8-0.

* gnu/packages/cran.scm (r-spam): Update to 2.8-0.