gnu: direnv: Build with Go 1.9.

* gnu/packages/shellutils.scm (direnv)[native-inputs]: Remove go.
[inputs]: Add go-1.9.

gnu: Poppler: Fix CVE-2018-19149.

* gnu/packages/patches/poppler-CVE-2018-19149.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/pdf.scm (poppler)[replacement]: New field.
(poppler/fixed): New variable.
(poppler-qt4, poppler-qt5): Use package/inherit.

gnu: certbot, python-acme: Update to 0.28.0.

* gnu/packages/tls.scm (certbot, python-acme): Update to 0.28.0.

gnu: guix: Update to f5a2724.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to f5a2724.

deduplication: Restore directory mtime and permissions after deduplication.

Fixes <https://bugs.gnu.org/33361>.

* guix/store/deduplication.scm (replace-with-link): Call 'set-file-time'
and 'chmod' after 'rename-file'.
* tests/nar.scm ("restore-file-set with directories (signed, valid)"):
New test.

tests: Check file canonicalization for 'restore-file-set'.

* guix/tests.scm (canonical-file?): New procedure.
* tests/nar.scm ("restore-file-set (signed, valid)"): Check that every
item of FILES matches 'canonical-file?'.

tests: Remove check for a feature that appeared in Guile 2.0.10.

* tests/nar.scm: Remove test for 'open-sha256-input-port'.

services: nscd: Add 'invalidate' and 'statistics' actions.

* gnu/services/base.scm (nscd-action-procedure, nscd-actions): New
procedures.
(nscd-shepherd-service): Add 'modules' and 'actions' fields.
* gnu/tests/base.scm (run-basic-test)["nscd invalidate action"]
["nscd invalidate action, wrong table"]: New tests.
* doc/guix.texi (Services): Mention 'herd doc nscd action'.
(Base Services): Document the actions.

services: mcron: Fix typo in comment.

* gnu/services/mcron.scm (shepherd-schedule-action): Fix typo in comment.

nar: Access the database instead of connecting to the daemon.

* guix/store/database.scm (%default-database-file): New variable.
(path-id): Export.
* guix/nar.scm (finalize-store-file): Use 'with-database' instead of
'with-store', and use 'path-id' instead of 'valid-path?'.

gnu: restic: Fix build phase.

* gnu/packages/backup.scm (restic)[arguments]: Set "HOME" environment variable
in build phase.

gnu: c-toxcore: Fetch sources from git.

* gnu/packages/messaging.scm (c-toxcore)[source]: Fetch from git.

gnu: wine-staging: Update to 3.20.

* gnu/packages/wine.scm (wine-staging-patchset-data): Update to 3.20.
* gnu/packages/wine.scm (wine-staging): Update to 3.20.

gnu: php: Update to 7.2.12.

* gnu/packages/php.scm (php): Update to 7.2.12.

store: Add a functional object cache and use it in 'lower-object'.

This leads to ~25% improvements on things like:

  guix system build desktop.tmpl --no-grafts -d

* guix/store.scm (<nix-server>)[object-cache]: New field.
* guix/store.scm (open-connection): Initialize it.
(cache-object-mapping, lookup-cached-object, %mcached): New procedures.
(mcached): New macro.
* guix/gexp.scm (lower-object): Use it.
* guix/grafts.scm (grafting?): New procedure.

tests: Add 'test-assertm' to (guix tests).

* guix/tests.scm (test-assertm): New macro.
* tests/gexp.scm (test-assertm): Remove.
* tests/profiles.scm (test-assertm): Remove.
* tests/challenge.scm (%store, test-assertm): Remove.
* tests/debug-link.scm (%store, test-assertm): Remove.
* tests/size.scm (%store, test-assertm): Remove.

gnu: youtube-dl: Update to 2018.11.07.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2018.11.07.

gnu: vifm: Update to 0.10.

* gnu/packages/vim.scm (vifm): Update to 0.10.

gnu: go-github-com-aarzilli-golua: Fix for go-1.11.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-aarzilli-golua)[arguments]: Fix for go-1.11.
[native-inputs]: Remove lua.
[propagated-inputs]: Add lua.

gnu: go-github-com-wtolson-go-taglib: Fix tests and build for go-1.11.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-wtolson-go-taglib)[arguments]: Fix tests for go-1.11.
[native-inputs]: Remove pkg-config and taglib.
[propagated-inputs]: Add pkg-config and taglib.

gnu: go-gopkg.in-asn1-ber.v1: Fix tests for go-1.11.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-gopkg.in-asn1-ber.v1): Fix tests for go-1.11.

gnu: go-github-com-audriusbutkevicius-cli: Fix tests for go-1.11.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-audriusbutkevicius-cli): Fix tests for go-1.11.

gnu: go-github-com-prometheus-common-expfmt: Fix tests for go-1.11.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-prometheus-common-expfmt): Fix tests for go-1.11.

build-system/go: Plan removal of the pkg folder for go-1.11 onward.

* guix/build/go-build-system.scm (install): New comment.

gnu: go: Update default to 1.11.

* gnu/packages/golang.scm (go): Update default to 1.11.

guix system: Invoking 'guix system init' twice keeps timestamps zeroed.

Fixes a bug whereby running 'guix system init config.scm /mnt' twice
would, on the second run, change timestamps in /mnt/gnu/store from the
Epoch to now.  This is because the 'register-path' call would bypass the
'reset-timestamps' phase altogether in that case, as a consequence of
commit bb3b6ccb05550fbfbeb459c68819a752327d6e1e.

Reported by Christopher Baines.

* guix/scripts/system.scm (install): When TARGET/var/guix exists, delete
it.  As a side-effect, this ensures that later on, the 'register-path'
call invokes 'reset-timestamps' on all the copied store items.

guix package: '--show' errors when asked for a non-existent package.

Fixes <https://bugs.gnu.org/33323>.
Reported by swedebugia <swedebugia@riseup.net>.

* guix/scripts/package.scm (process-query): Call 'leave' when
'find-packages-by-name' returns the empty list.
* tests/guix-package.sh: Test it.

doc: Fix typo.

* doc/guix.texi (Porting to a New Platform): Fix typo.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: r-s4vectors: Update to 0.20.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-s4vectors): Update to 0.20.1.

gnu: r-rcmdcheck: Update to 1.3.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-rcmdcheck): Update to 1.3.2.

gnu: r-ggpubr: Update to 0.1.9.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggpubr): Update to 0.1.9.

gnu: r-dplyr: Update to 0.7.8.

* gnu/packages/statistics.scm (r-dplyr): Update to 0.7.8.

gnu: r-rcpparmadillo: Update to 0.9.200.4.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rcpparmadillo): Update to 0.9.200.4.0.

gnu: r-rtsne: Update to 0.15.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rtsne): Update to 0.15.

gnu: r-lme4: Update to 1.1-19.

* gnu/packages/statistics.scm (r-lme4): Update to 1.1-19.

gnu: webkitgtk@2.22: Adjust to documentation output.

This is a follow-up to commit 0ead0b4d2c025ad1b4a293fb6cbb8a578b7dd87d.

* gnu/packages/webkit.scm (webkitgtk)[arguments]: Remove hard coded file list.
(webkitgtk-2.22)[arguments]: Inherit phases using SUBSTITUTE-KEYWORD-ARGUMENTS.

gnu: libtoxcore: Update to 0.0.0-2.bf69b54.

* gnu/packages/messaging.scm (libtoxcore): Update to 0.0.0-2.bf69b54.
[native-inputs]: Add check.

gnu: mumi: Update to 0.0.0-2.bfd96ce7.

* gnu/packages/mail.scm (mumi): Update to 0.0.0-2.bfd96ce7.

gnu: PostgreSQL: Update to 10.6 [fixes CVE-2018-16850].

* gnu/packages/databases.scm (postgresql): Update to 10.6.

gnu: webkitgtk: Include documentation.

* gnu/packages/webkit.scm (webkitgtk): Include documentation.

gnu: gtk-doc: Use local docbook-xsl.

* gnu/packages/gtk.scm (gtk-doc): Use local docbook-xsl.

gnu: faust-2: Update to 2.5.23.

* gnu/packages/audio.scm (faust-2): Update to 2.5.23.
[native-inputs]: Replace llvm-with-rtti with llvm-3.8-with-rtti.
* gnu/packages/llvm.scm (llvm-with-rtti): Rename this variable...
(llvm-3.8-with-rtti): ...to this variable; inherit from llvm-3.8.

gnu: gajim: Move python-docutils from inputs to native-inputs.

* gnu/packages/messaging.scm (gajim): Move python-docutils from inputs to
native-inputs.

gnu: gajim: Get the second 'wrap-program' phase to return #t.

* gnu/packages/messaging.scm (gajim)[arguments]: Get the second 'wrap-program'
phase to return #t.

gnu: gajim: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/messaging.scm (gajim): Update to 1.1.0.
[arguments]: Set #:test-target to "test_nogui".  Remove the
'remove-test-resolver' and 'start-xserver' phases.
[inputs]: Remove python-pyasn1.  Add python-cssutils, python-keyring and
python-precis-i18n.

gnu: python-nbxmpp: Update to 0.6.8.

* gnu/packages/messaging.scm (python-nbxmpp): Update to 0.6.8.

gnu: Add python-precis-i18n.

* gnu/packages/messaging.scm (python-precis-i18n): New variable.

gnu: tiled: Fetch sources from git.

* gnu/packages/game-development.scm (tiled)[source]: Fetch from git.

gnu: privoxy: Remove custom bootstrap phase.

* gnu/packages/tor.scm (privoxy)[arguments]: Remove autoconf phase.

gnu: cifs-utils: Remove autoreconf phase.

* gnu/packages/samba.scm (cifs-utils)[arguments]: Remove autoreconf phase.

gnu: libiax2: Fetch sources from git.

* gnu/packages/telephony.scm (libiax2)[source]: Fetch from git.

gnu: libiax2: Remove custom bootstrap phase.

* gnu/packages/telephony.scm (libiax2)[arguments]: Remove.

gnu: libharu: Remove custom bootstrap phase.

* gnu/packages/pdf.scm (libharu)[arguments]: Remove autogen phase.

gnu: libharu: Fetch sources from git.

* gnu/packages/pdf.scm (libharu)[source]: Fetch from git.

gnu: scsh: Remove custom bootstrap phase.

* gnu/packages/shells.scm (scsh)[arguments]: Remove autoreconf phase.

gnu: xdelta: Remove custom bootstrap phase.

* gnu/packages/compression.scm (xdelta)[arguments]: Remove autoconf phase.

gnu: xdelta: Fetch sources from git.

* gnu/packages/compression.scm (xdelta)[source]: Fetch from git.

gnu: libtar: Remove custom bootstrap phase.

* gnu/packages/compression.scm (libtar)[arguments]: Remove autoconf phase.

gnu: minizip: Remove custom bootstrap phase.

* gnu/packages/compression.scm (minizip)[arguments]: Remove autoreconf phase.

gnu: inotify-tools: Remove custom bootstrap phase.

* gnu/packages/linux.scm (inotify-tools)[arguments]: Remove.

gnu: inotify-tools: Fetch sources from git.

* gnu/packages/linux.scm (inotify-tools)[source]: Fetch from git.

gnu: par2cmdline: Remove custom bootstrap phase.

* gnu/packages/backup.scm (par2cmdline)[arguments]: Remove.

gnu: par2cmdline: Fetch sources from git.

* gnu/packages/backup.scm (par2cmdline)[source]: Fetch from git.

gnu: hpcguix-web: Do not re-bootstrap.

* gnu/packages/web.scm (hpcguix-web)[arguments]: Do not run autoreconf after
the bootstrap phase; remove "autoconf" phase to "set-variables"; end phase
with #T.

gnu: schismtracker: Remove custom bootstrap phase.

* gnu/packages/music.scm (schismtracker)[arguments]: Remove autoconf phase.

gnu: lilypond: Use INVOKE.

* gnu/packages/music.scm (lilypond)[arguments]: Use INVOKE and return #T
unconditionally.

gnu: schismtracker: Fetch sources from git.

* gnu/packages/music.scm (schismtracker)[source]: Fetch from git.

gnu: clyrics: Fetch sources from git.

* gnu/packages/music.scm (clyrics)[source]: Fetch from git.
[native-inputs]: Remove.
[arguments]: Adjust builder.

gnu: lmms: Fetch sources from git.

* gnu/packages/music.scm (lmms)[source]: Fetch from git.

gnu: milkytracker: Fetch sources from git.

* gnu/packages/music.scm (milkytracker)[source]: Fetch from git.

gnu: dotconf: Fetch sources from git.

* gnu/packages/textutils.scm (dotconf)[source]: Fetch from git.

gnu: dotconf: Remove custom bootstrap phase.

* gnu/packages/textutils.scm (dotconf)[arguments]: Remove autoreconf phase.

gnu: libgtextutils: Remove custom bootstrap phase.

* gnu/packages/textutils.scm (libgtextutils)[arguments]: Remove.

gnu: libtoxcore: Remove custom bootstrap phase.

* gnu/packages/messaging.scm (libtoxcore)[arguments]: Remove autoconf phase.

gnu: openocd: Use INVOKE.

* gnu/packages/embedded.scm (openocd)[arguments]: Use INVOKE and return #T
unconditionally.

gnu: libjaylink: Remove custom bootstrap phase.

* gnu/packages/embedded.scm (libjaylink)[arguments]: Remove.

gnu: lrdf: Replace bootstrap phase.

* gnu/packages/rdf.scm (lrdf)[arguments]: Remove autoreconf phase; replace
bootstrap phase instead.

gnu: lrdf: Fetch sources from git.

* gnu/packages/rdf.scm (lrdf)[source]: Fetch from git.

gnu: guildhall: Remove custom bootstrap phase.

* gnu/packages/guile.scm (guildhall)[arguments]: Remove autogen phase.

gnu: guile-dsv: Remove custom bootstrap phase.

* gnu/packages/guile.scm (guile-dsv)[arguments]: Remove autoreconf phase.

gnu: opendht: Remove custom bootstrap phase.

* gnu/packages/crypto.scm (opendht)[arguments]: Remove autoconf phase.

gnu: opendht: Fetch sources from git.

* gnu/packages/crypto.scm (opendht)[source]: Fetch from git.

gnu: lxsession: Remove custom bootstrap phase.

* gnu/packages/lxde.scm (lxsession)[arguments]: Remove autoreconf phase and
end rm-stamp phase with #T.

gnu: mdbtools: Fetch sources from git.

* gnu/packages/databases.scm (mdbtools)[source]: Fetch from git.

gnu: mdbtools: Remove custom bootstrap phase.

* gnu/packages/databases.scm (mdbtools)[arguments]: Remove.

gnu: pianobar: Fetch sources from git.

* gnu/packages/music.scm (pianobar)[source]: Fetch from git.

gnu: ibus-rime: Fetch sources from git.

* gnu/packages/ibus.scm (ibus-rime)[source]: Fetch from git.

gnu: librime: Fetch sources from git.

* gnu/packages/ibus.scm (librime)[source]: Fetch from git.

gnu: perl-autovivification: Update to 0.18.

* gnu/packages/perl.scm (perl-autovivification): Update to 0.18.

gnu: icecat: Add more fixes from mozilla-esr60.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat)[source]: Add selected fixes
from the upstream mozilla-esr60 source repository.

gnu: icecat: Update to 60.3.0-gnu1.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat): Update to 60.3.0-gnu1.
[source]: Switch back to the normal source URI.  Remove patches that
are no longer applicable.
* gnu/packages/patches/icecat-CVE-2018-12383.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.80.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.80.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.136.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.136.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.163.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.163.

gnu: nxbelld: Remove custom bootstrap phase.

* gnu/packages/xdisorg.scm (nxbelld)[arguments]: Remove autoreconf phase.

gnu: wmclock: Remove custom bootstrap phase.

* gnu/packages/gnustep.scm (wmclock)[arguments]: Remove.

gnu: wmbattery: Remove custom bootstrap phase.

* gnu/packages/gnustep.scm (wmbattery)[arguments]: Remove autoconf phase.

gnu: rtmidi: Remove custom bootstrap phase.

* gnu/packages/audio.scm (rtmidi)[arguments]: Remove autoconf phase.

gnu: portaudio: Remove custom bootstrap phase.

* gnu/packages/audio.scm (portaudio)[arguments]: Remove autoreconf phase.

gnu: Add emacs-ivy-rich.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-ivy-rich): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>