Merge branch 'master' into staging

gnu: xfd: Update to 1.1.3.

* gnu/packages/xorg.scm (xfd): Update to 1.1.3.

gnu: xprop: Update to 1.2.4.

* gnu/packages/xorg.scm (xprop): Update to 1.2.4.

gnu: notmuch: Update to 0.28.3.

* gnu/packages/mail.scm (notmuch): Update to 0.28.3.

gnu: xapian: Update to 1.4.11.

* gnu/packages/search.scm (xapian, python-xapian-bindings): Update to 1.4.11.

gnu: libmspack: Update to 0.10.1.

* gnu/packages/compression.scm (libmspack): Update to 0.10.1.

gnu: python-dask: Update to 1.1.4.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-dask): Update to 1.1.4.

gnu: elogind: Update to 239.4.

* gnu/packages/freedesktop.scm (elogind): Update to 239.4.

gnu: Import (gnu packages image) in (gnu packages scanner).

This is a follow-up to commit 10bd2889d267df479f79f43471d3c2dd17da345a.

* gnu/packages/scanner.scm: #:use-module (gnu packages image).

gnu: sane-backends: Support PNG scanimage output.

* gnu/packages/scanner.scm (sane-backends)[inputs]: Add libpng.

gnu: Add btanks.

* gnu/packages/games.scm (btanks): New variable.

gnu: Add libsmpeg-with-sdl1.

* gnu/packages/video.scm (libsmpeg-with-sdl1): New variable.
(libsmpeg)[version]: Change to 0.4.5-401.

gnu: Add 4dtris.

* gnu/packages/games.scm (4dtris): New variable.

gnu: Add slingshot.

* gnu/packages/games.scm (slingshot): New variable.

gnu: scons: Update to 3.0.4.

* gnu/packages/python-xyz.scm (scons): Update to 3.0.4.
[arguments]: Remove second instance of "imp.load_module" (bug 34236).

gnu: Add opensmtpd-next.

* gnu/packages/mail.scm (opensmtpd-next): New public variable.

gnu: ibus: Update Unicode data to 12.0.0.

* gnu/packages/ibus.scm (ibus)[native-inputs]: Use versioned URLs for
Unicode data and update hashes.

gnu: hyperledger-fabric: Fix description, set supported system and parallel build.

* gnu/packages/hyperledger.scm (hyperledger-fabric)[description]: Rephrase
into something less marketing-ish.
[arguments]: Build with multiple jobs.
[supported-systems]: Support x86_64-linux only.

gnu: Add openfst.

* gnu/packages/machine-learning.scm (openfst): New variable.

gnu: Add hyperledger-fabric.

* gnu/local.mk (hyperledger): New variable.

gnu: gnome-shell: Update to 3.28.2.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-shell): Update to 3.28.2.
[source]: Update snippet.
[build-system]: Use meson-build-system.
[arguments]: Disable systemd; add build phases "fix-keysdir" and "pre-check";
remove "rebuild-css" phase; remove custom "install" phase; wrap also with
LD_LIBRARY_PATH.
[native-inputs]: Add desktop-file-utils, sassc, and xorg-server.
[inputs]: Remove readline.

gnu: lynis: Update to 2.7.2.

* gnu/packages/admin.scm (lynis): Update to 2.7.2.

gnu: youtube-viewer: Update to "3.5.4.

* gnu/packages/video.scm (youtube-viewer): Update to "3.5.4.

gnu: dovecot: Avoid unnecessary patching.

* gnu/packages/mail.scm (dovecot)[arguments]: Replace ‘pre-configure’
patching with custom ‘make install sysconfdir=…’.

gnu: dovecot: Indent arguments.

* gnu/packages/mail.scm (dovecot)[arguments]: C-M-q and tuck left.

gnu: i3lock-color: Update to 2.12.c.

* gnu/packages/wm.scm (i3lock-color): Update to 2.12.c.
[inputs]: Add xcb-util-xrm.

gnu: i3lock-color: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/wm.scm (i3lock-color)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: i3lock-fancy: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/wm.scm (i3lock-fancy)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

upstream: Correctly report failure to update Git checkouts.

Fixes <https://bugs.gnu.org/34778>.
Reported by Gábor Boskovits <boskovits@gmail.com>.

* guix/upstream.scm (package-update/url-fetch): New procedure, with code
formerly in 'package-update'.
(%method-updates): New variable.
(package-update): Check the method to download PACKAGE's source, and
look up a corresponding update method in %METHOD-UPDATES, and raise an
error if none was found.

activation: Shared system home directories are now 555 and root-owned.

Fixes <https://bugs.gnu.org/34788>.
Reported by Jack Hill <jackhill@jackhill.us>.

Regression introduced by the combination of
8bb76f3d44c1f5ffec8011819494db306a51d801 and
0ae735bcc8ff7fdc89d67b492bdee9091ee19e86: /var/empty would be 700 and
owned by one of the system accounts (thus inaccessible to others), and
/var/run/dbus would be 700 as well, thereby preventing D-Bus clients
from connecting to the daemon.

* gnu/build/activation.scm (duplicates): New procedure.
(activate-users+groups)[system-accounts]: New variable.
Use it.  Make shared system account home directories #o555 and
root-owned.
* gnu/services/dbus.scm (dbus-activation): Make /var/run/dbus #o755.
* gnu/tests/base.scm (run-basic-test): Test the ownership and
permissions of /var/empty.

gnu: Add java-eclipse-jdt-compiler-apt.

* gnu/packages/java.scm (java-eclipse-jdt-compiler-apt): New variable.

gnu: Add epl2.0.

* guix/licenses.scm (epl2.0): New variable.

gnu: blast+: Update to 2.7.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (blast+): Update to 2.7.1.
[inputs]: Add lmdb.
[source]: Remove obsolete patch.
* gnu/package/patches/blast+-fix-makefile.patch: Remove patch.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: Add texlive-latex-pdfx.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-pdfx): New variable.

gnu: Add texlive-latex-xmpincl.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-xmpincl): New variable.

gnu: Add translate2geda.

* gnu/packages/engineering.scm (translate2geda): New variable.

gnu: Add rkrlv2.

* gnu/packages/music.scm (rkrlv2): New variable.

gnu: fc-host-tools: Update to 10.

* gnu/packages/embedded.scm (fc-host-tools): Update to 10.
[arguments]<:make-flags>: Change INSTBIN to INSTALL_PREFIX.

gnu: crawl: Find all the included headers.

* gnu/packages/games.scm (crawl)[arguments]: Add a custom phase to
change the path for some headers.

gnu: crawl: Don't assume system architecture.

This allows crawl to build on non-Intel architectures.

* gnu/packages/games.scm (crawl)[arguments]: Add a custom phase to
remove x86* specific CFLAGS.

gnu: crawl: Build with python3-wrapper.

* gnu/packages/games.scm (crawl)[native-inputs replace python with
python-wrapper.
[arguments]: Remove custom 'patch-python phase.

channels: Do not fail when the inferior lacks 'guix repl'.

Fixes <https://bugs.gnu.org/34637>.
Reported by Martin Flack <martin.flack@gmail.com>.

Previously we'd fail to build the package cache for old versions of Guix
that lack 'guix repl'.  Now we simply ignore the issue and keep going
without a cache.

* guix/inferior.scm (gexp->derivation-in-inferior): Add
 #:silent-failure? and honor it.
[drop-extra-keyword]: New procedure.
Use it.
* guix/channels.scm (package-cache-file): Pass #:silent-failure? #t.

doc: Document references.

Suggested by "pelzflorian (Florian Pelz)" <pelzflorian@pelzflorian.de>.
Fixes <https://bugs.gnu.org/34574>.

* doc/guix.texi (Derivations): Document references.

gnu: u-boot: Remove openssl input.

Fixes <https://bugs.gnu.org/34717>.

* gnu/packages/bootloaders (u-boot): Remove openssl from native-inputs.
  (u-boot-tools): Disable FIT_SIGNATURES in tests.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: flatpak: Add more dependencies.

* gnu/packages/package-management.scm (flatpak)[propagated-inputs]: Add
"glib-networking", "gnupg" and "gsettings-desktop-schemas".

gnu: r-genelendatabase: Update to 1.18.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-genelendatabase): Update to 1.18.0.

gnu: r-mzr: Update to 2.16.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-mzr): Update to 2.16.2.
[inputs]: Replace "boost" with "boost-for-mysql".

gnu: r-gviz: Update to 1.26.5.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-gviz): Update to 1.26.5.

gnu: r-ensembldb: Update to 2.6.7.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-ensembldb): Update to 2.6.7.

gnu: r-annotationhub: Update to 2.14.4.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-annotationhub): Update to 2.14.4.

gnu: r-rhtslib: Update to 1.14.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rhtslib): Update to 1.14.1.

gnu: r-genomicfeatures: Update to 1.34.4.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicfeatures): Update to 1.34.4.

gnu: r-rtracklayer: Update to 1.42.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rtracklayer): Update to 1.42.2.

gnu: r-rsamtools: Update to 1.34.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rsamtools): Update to 1.34.1.

gnu: r-biocparallel: Update to 1.16.6.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biocparallel): Update to 1.16.6.

gnu: r-variantannotation: Update to 1.28.11.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-variantannotation): Update to 1.28.11.

gnu: r-genomeinfodb: Update to 1.18.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomeinfodb): Update to 1.18.2.

gnu: r-dexseq: Update to 1.28.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-dexseq): Update to 1.28.2.

gnu: man-pages: Update to 5.00.

* gnu/packages/man.scm (man-pages): Update to 5.00.
[source]: Re-format.

gnu: dovecot: Update to 2.3.5.

* gnu/packages/mail.scm (dovecot): Update to 2.3.5.
[arguments]: Patch more tests in ‘patch-file-names’ phase, renamed from
‘patch-other-file-names’.

gnu: dovecot: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/mail.scm (dovecot)[source]: Hard-code NAME.

etc: snippets: Prefill package name.

* etc/snippets/text-mode/guix-commit-message-add-package: Extract package
name from diff.

gnu: Add mruby.

* gnu/packages/ruby.scm (mruby): New variable.

etc: snippets: Prefill package name and version.

* etc/snippets/text-mode/guix-commit-message-update-package: Extract package
name and version from git diff output.

gnu: r-ggmap: Update to 3.0.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggmap): Update to 3.0.0.
[propagated-inputs]: Add r-bitops, r-dplyr, r-glue, r-httr, r-magrittr,
r-purrr, r-stringr, r-tibble, and r-tidyr; remove r-geosphere, r-mapproj,
r-proto, and r-reshape2.

gnu: r-readxl: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-readxl): Update to 1.3.0.

gnu: r-sys: Update to 3.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-sys): Update to 3.0.

gnu: r-servr: Update to 0.13.

* gnu/packages/cran.scm (r-servr): Update to 0.13.

gnu: r-flextable: Update to 0.5.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-flextable): Update to 0.5.1.
[propagated-inputs]: Add r-data-table, r-magick, and r-rlang; remove r-r6 and
r-stringr.

gnu: r-proxy: Update to 0.4-23.

* gnu/packages/cran.scm (r-proxy): Update to 0.4-23.

gnu: r-haven: Update to 2.1.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-haven): Update to 2.1.0.

gnu: r-emdbook: Update to 1.3.11.

* gnu/packages/cran.scm (r-emdbook): Update to 1.3.11.

gnu: r-rmysql: Update to 0.10.17.

* gnu/packages/cran.scm (r-rmysql): Update to 0.10.17.
[native-inputs]: Remove pkg-config.

gnu: r-gower: Update to 0.2.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-gower): Update to 0.2.0.
[native-inputs]: Remove r-knitr.

gnu: r-ggsignif: Update to 0.5.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggsignif): Update to 0.5.0.

gnu: r-jomo: Update to 2.6-7.

* gnu/packages/cran.scm (r-jomo): Update to 2.6-7.

gnu: r-mice: Update to 3.4.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-mice): Update to 3.4.0.

gnu: r-xfun: Update to 0.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-xfun): Update to 0.5.

gnu: r-metap: Update to 1.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-metap): Update to 1.1.

gnu: r-ifultools: Update to 2.0-5.

* gnu/packages/cran.scm (r-ifultools): Update to 2.0-5.

gnu: r-radiant-data: Update to 0.9.9.

* gnu/packages/cran.scm (r-radiant-data): Update to 0.9.9.
[propagated-inputs]: Add r-stringi; remove r-summarytools.

gnu: r-later: Update to 0.8.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-later): Update to 0.8.0.

gnu: r-vim: Update to 4.8.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-vim): Update to 4.8.0.
[propagated-inputs]: Add r-ranger.

gnu: r-fnn: Update to 1.1.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-fnn): Update to 1.1.3.

gnu: r-arules: Update to 1.6-3.

* gnu/packages/cran.scm (r-arules): Update to 1.6-3.

gnu: r-zip: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-zip): Update to 2.0.0.

gnu: r-maptools: Update to 0.9-5.

* gnu/packages/cran.scm (r-maptools): Update to 0.9-5.

gnu: r-reticulate: Update to 1.11.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-reticulate): Update to 1.11.1.

gnu: r-officer: Update to 0.3.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-officer): Update to 0.3.3.
[propagated-inputs]: Add r-rlang.

gnu: r-prediction: Update to 0.3.6.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-prediction): Update to 0.3.6.2.

gnu: r-abjutils: Update to 0.2.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-abjutils): Update to 0.2.3.
[propagated-inputs]: Add r-furrr, r-future, r-readr, and r-rlang; remove
r-plyr.

gnu: r-slam: Update to 0.1-45.

* gnu/packages/cran.scm (r-slam): Update to 0.1-45.

gnu: r-hash: Update to 2.2.6.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-hash): Update to 2.2.6.1.

gnu: r-dvmisc: Update to 1.1.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-dvmisc): Update to 1.1.3.
[propagated-inputs]: Add r-cubature, r-data-table, r-dplyr, r-ggplot2,
r-mvtnorm, r-pracma, r-purrr, and r-survey.

gnu: r-summarytools: Update to 0.9.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-summarytools): Update to 0.9.2.
[propagated-inputs]: Add r-checkmate, r-dplyr, r-magick, and r-tidyr.

gnu: r-multcomp: Update to 1.4-10.

* gnu/packages/cran.scm (r-multcomp): Update to 1.4-10.

gnu: r-emmeans: Update to 1.3.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-emmeans): Update to 1.3.3.
[propagated-inputs]: Add r-numderiv.

gnu: r-afex: Update to 0.23-0.

* gnu/packages/cran.scm (r-afex): Update to 0.23-0.

gnu: r-lmertest: Update to 3.1-0.

* gnu/packages/cran.scm (r-lmertest): Update to 3.1-0.

gnu: r-ks: Update to 1.11.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-ks): Update to 1.11.4.
[propagated-inputs]: Remove r-misc3d.