gnu: Add python-i3ipc.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-i3ipc): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-vundo.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-vundo): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add wavbreaker.

* gnu/packages/mp3.scm (wavbreaker): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Add reference to "Writing Manifests".

* doc/guix.texi (Defining Package Variants): Rewrite to "Writing
Manifests" rather than the 'profile-manifest' anchor.

disarchive-manifest: Exclude the Chromium tarball.

* etc/disarchive-manifest.scm (disarchive-collection): Exclude
"chromium-" tarballs.

xdg-utils: Support cross-compilation.

It has been verified that this does not cause rebuilds when compiling
natively.  The references graph when cross-compiling has also been verified --
glibc-2.33 and the native bash-static-5.1.8 still remains in the graph, but
via the cross-compiled inetutils-2.0, ncurses-6.2.20210619 and via
gcc-cross-TARGET-10.3.0-lib, which is not related with Perl cross-compilation.

* gnu/packages/freedesktop.scm
(xdg-utils)[inputs]{bash-minimal,file}: New inputs when cross-compiling.
(xdg-utils)[arguments]<#:phases>{locate-catalog-files}: Add 'native-inputs'
argument when cross-compiling. Look for docbook-xml and docbook-xsl in
native-inputs when cross-compiling.  While we are at it, eliminate input
labels with search-input-file.
(xdg-utils)[arguments]<#:phases>{patch-hardcoded-patch}: Use
search-input-file + inputs instead of 'which' when cross-compiling.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

perl-file-mimeinfo: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/freedesktop.scm
(perl-file-mimeinfo)[arguments]<#:phases>: Make it a G-exp to avoid messy nested
quasiquotation.
{wrap-programs}: When cross-compiling, don't use the PELRL5LIB environment
variable, instead use 'search-path-as-list'.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: freedesktop: Add 'bash' input for 'wrap-program'

It is required for cross-compilation.
Cherry-picked from <https://issues.guix.gnu.org/49327#6>.

* gnu/packages/freedesktop.scm
(udisks)[inputs]: Add 'bash-minimal' when cross-compiling.
(perl-file-mimeinfo)[inputs]: Likewise.
(udiskie)[inputs]: Likewise.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

build-system/perl: Support cross-compilation of some Perl packages.

* guix/build-system/perl.scm: Add info on cross-compilation.
(lower)[private-keywords]: Remove #:target when cross-compiling.
(lower)[target]: Set.
(host-inputs)[perl]: New entry.
(host-inputs)[(standard-packages)]: Move to ...
(build-inputs)[(standard-packages)]: ... here when cross-compiling.
(build-inputs)[standard-cross-packages]: Add when cross-compiling.
(target-inputs): New entry when cross-compiling.
(build): Use perl-cross-build when cross-compiling.
(perl-cross-build): New procedure.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: ugrep: Simplify snippet.

* gnu/packages/search.scm (ugrep)[source]: Use nested for-each loop.
Simplify regular expressions.

gnu: ugrep: Use G-Expressions.

* gnu/packages/search.scm (ugrep)[source]: Convert snippet to G-Expression.
[arguments]: Convert to list of G-Expressions.

Signed-off-by: Liliana Marie Prikler <liliana.prikler@gmail.com>

gnu: ugrep: Build with zstd support.

* gnu/packages/search.scm (ugrep)[inputs]: Add zstd lib.

Signed-off-by: Liliana Marie Prikler <liliana.prikler@gmail.com>

gnu: yt-dlp: Use new package style.

* gnu/packages/video.scm (yt-dlp)[source](snippet): Rewrite as a G-Expression.
[arguments]: Use G-Expressions.
[inputs]: Drop labels.
[native-inputs]: Likewise.

Signed-off-by: Liliana Marie Prikler <liliana.prikler@gmail.com>

gnu: yt-dlp: Update to 2022.07.18.

* gnu/packages/video.scm (yt-dlp): Update to 2022.07.18.

Signed-off-by: Liliana Marie Prikler <liliana.prikler@gmail.com>

gnu: queen: Use new package style.

* gnu/packages/games.scm (make-queen-package)[build-system]: Use
copy-build-system.
[arguments]: Convert to list of G-Expressions.
Replace #:modules and #:builder with #:install-plan and #:phases.

gnu: queen-de: Fix build.

The sources for queen-de lack a readme, so check whether one exists prior to
trying to install it.  See <https://bugs.gnu.org/56886>.

* gnu/packages/games.scm (make-queen-package)[#:builder]: Only install
readme.txt if it exists.

Signed-off-by: Liliana Marie Prikler <liliana.prikler@gmail.com>

gnu: komikku: Update to 0.40.0.

* gnu/packages/gnome.scm (komikku): Update to 0.40.0.

doc: Fix typo.

* doc/guix.texi (X Window): Fix ‘string-apppend’ typo.

gnu: libinih: Update to 56.

* gnu/packages/linux.scm (libinih): Update to 56.

gnu: frotz: Update to 2.54.

This fixes the build.

* gnu/packages/games.scm (frotz): Update to 2.54.
[arguments]: Use G-expressions.  Set CC in #:make-flags.
Remove obsolete 'curses phase.
Don't explicitly return #t from phases.
[native-inputs]: Add pkg-config and which.
[inputs]: Add ao.

gnu: emacs-gruvbox-theme: Update to 1.29.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-gruvbox-theme): Update to 1.29.0.

gnu: emacs-taxy: Update to 0.10.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-taxy): Update to 0.10.

gnu: Add python-pynbody.

* gnu/packages/astronomy.scm: (python-pynbody): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add python-posix-ipc.

* gnu/packages/python-xyz.scm: (python-posix-ipc): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

.git-authorizations: Authorize Andrew Tropin.

* .git-authorizations (abcdw): Add OpenPGP key fingerprint.

gnu: Remove rust-pico-sys-0.0.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-pico-sys-0.0): Remove variable.

gnu: rust-httparse-1: Update to 1.7.1.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-httparse-1): Update to 1.7.1.
[cargo-development-inputs]: Remove rust-pico-sys-0.0. Add
rust-criterion-0.3.

etc: teams: Add entry for Mathieu Othacehe.

* etc/teams.scm.in ("Mathieu Othacehe"): New member.

etc: teams: Add entry for Eric Bavier.

* etc/teams.scm.in ("Eric Bavier"): New member.
(mozilla): Add #:description keyword before description.

gnu: urlscan: Update to 0.9.10.

* gnu/packages/mail.scm (urlscan): Update to 0.9.10.

gnu: Add r-biomartr.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biomartr): New variable.

gnu: Add r-philentropy.

* gnu/packages/cran.scm (r-philentropy): New variable.

gnu: Add r-poorman.

* gnu/packages/cran.scm (r-poorman): New variable.

guix system: Remove unused 'read-operating-system' procedure.

* guix/scripts/system.scm (read-operating-system): Remove.
* gnu/ci.scm: Remove unused (guix scripts system) import.

gnu: mumps: Add alternate source code URL.

* gnu/packages/maths.scm (mumps)[source]: Add alternate URL.

gnu: mumps: Update to 5.5.1

* gnu/packages/maths.scm (mumps): Update to 5.5.1. Stop applying patches as the build configuration has been updated upstream. Allow for further optimized BLR compression by specifying the -DBLR_MT build option.
* gnu/packages/patches/mumps-build-parallelism.patch: File removed.
* gnu/packages/patches/mumps-shared-libseq.patch: File removed.
* gnu/packages/patches/mumps-shared-mumps.patch: File removed.
* gnu/packages/patches/mumps-shared-pord.patch: File removed.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add texlive-sourcecodepro.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-sourcecodepro): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add texlive-sourceserifpro.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-sourceserifpro): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add texlive-sourcesanspro.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-sourcesanspro): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add texlive-physics.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-physics): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add texlive-datatool.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-datatool): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add texlive-comment.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-comment): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add texlive-breqn.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-breqn): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add texlive-abstract.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-abstract): New variable.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gnome-shell-extension-appindicator: Update to 42.

* gnu/packages/gnome-xyz.scm (gnome-shell-extension-appindicator): Update to 42.
[build-system]: Switch to meson-build-system.
[arguments]: Delete.
[native-inputs]: New field.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: openssl: Keep .dll.a files in main output.

* gnu/packages/tls.scm (openssl) [phase move-static-libraries]: Do not move
.dll.a files to the static output when targetting mingw.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

tests: Make tests inside container reproducible.

* tests/guix-home.sh: Make tests inside container reproducible.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

home: Use warning instead of display.

* gnu/home/services/xdg.scm (compute-on-first-login-script): Use warning
instead of display.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

home: xdg: Skip mkdir XDG_RUNTIME_DIR in activation script.

* gnu/home/services/xdg.scm (ensure-xdg-base-dirs-on-activation): Skip mkdir
XDG_RUNTIME_DIR in activation script.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

home: xdg: Use a single @ instead of @@.

* gnu/home/services/xdg.scm (ensure-xdg-base-dirs-on-activation,
home-xdg-user-directories-files-service): Use single @ intsead of @@.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

disarchive-manifest: Filter out origins without a hash.

* etc/disarchive-manifest.scm (disarchive-collection): Filter out
origins with a phony hash.

gnu: Add perf-tools.

* gnu/packages/instrumentation.scm (perf-tools): New variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: veusz: Fix build.

* gnu/packages/maths.scm (veusz)[arguments] Fix lookup of qtsvg path
  in wrap-executable phase.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: guile-parted: Use the latest parted.

The Parted 3.5 regression discussed here: https://issues.guix.gnu.org/55549
has been fixed with 3c381af76a144a4dc3d0f9269f43ee2ec501b538.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-parted)[inputs]: Use the latest parted
package.

installer: parted: Call set-system before set-flags.

Parted 3.5 introduces the following regression:

- partition-set-flag sets the BIOS_GRUB flag. The partition type is set to
PARTITION_BIOS_GRUB_GUID.

- partition-set-system resets the partition type to PARTITION_LINUX_DATA_GUID
undoing what's done by partition-set-flag.

To prevent it, reverse the call order.

Fixes: <https://issues.guix.gnu.org/55549>.

* gnu/installer/parted.scm (mkpart): Call partition-set-system before
partition-set-flag.

installer: parted: Log partition flags.

* gnu/installer/parted.scm (mkpart): Log them.

gnu: Add svkbd.

* gnu/packages/suckless.scm (svkbd): New variable.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>

gnu: ugrep: Update to 3.8.3.

* gnu/packages/search.scm (ugrep): Update to 3.8.3.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>

gnu: xfce: Replace 'gtk-xfce-engine' with 'greybird-gtk-theme'.

Suggested in <https://issues.guix.gnu.org/54719>.

* gnu/packages/xfce.scm (xfce)[inputs]:
Replace 'gtk-xfce-engine' with 'greybird-gtk-theme'.

gnu: grub-efi32: Fix building on aarch64-linux.

* gnu/packages/bootloaders.scm (grub-efi32)[arguments]: When building
for aarch64-linux add TARGET_CC to configure-flags.
[native-inputs]: When building for aarch64-linux add cross-gcc and
cross-binutils for arm-linux-gnueabihf.

gnu: openssl: Use 'target-*' predicates from (guix utils).

* gnu/packages/tls.scm (target->openssl-target): Rewrite in terms of the
'target-*' predicates.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

utils: Add target-mips64el?.

* guix/utils.scm (target-mips64el?): New function. It detects whether the
target system is mips64el.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: openssl: Cross-compile to mingw.

* gnu/packages/tls.scm (target->openssl-target): Add cases for mingw and
mingw64.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add lkrg.

* gnu/packages/linux.scm (lkrg): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: lightdm: Add bash-minimal as an input.

Suggested by 'guix lint'.

* gnu/packages/display-managers.scm (lightdm)[inputs]: Add
BASH-MINIMAL.  Replace COREUTILS by COREUTILS-MINIMAL.

gnu: emacs-next: Enable SQLite3 support.

[[PGP Signed Part:No public key for 66397F84F76693F9 created at 2022-07-20T06:08:56+0200 using EDDSA]]

[[End of PGP Signed Part]]
>From 068de10c98b5d29adb13963222a1ca21ef7b0a76 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Zhu Zihao <all_but_last@163.com>
Date: Wed, 20 Jul 2022 12:07:09 +0800
Subject: [PATCH] gnu: emacs-next: Enable SQLite3 support.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-next)[inputs]: Add sqlite.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

disarchive-manifest: Handle tar.xz archives.

* etc/disarchive-manifest.scm (tarball-origin?): Add ".tar.xz".

utils: Add as-for-target.

* guix/utils.scm (as-for-target): New function.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Fix Guix manual URLs in 'htmlxref.cnf'.

Fixes a regression introduced in
868da34d54365023223a4ff7520043ba55ad64e8.

* doc/htmlxref.cnf (GUIX): Remove "/guix".

gnu: linux-libre 4.9: Update to 4.9.325.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9-version): Update to 4.9.325.
(linux-libre-4.9-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 4.14: Update to 4.14.290.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.290.
(linux-libre-4.14-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 4.19: Update to 4.19.254.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.254.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.4: Update to 5.4.209.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.209.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.10: Update to 5.10.135.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.10-version): Update to 5.10.135.
(linux-libre-5.10-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.15: Update to 5.15.59.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.15-version): Update to 5.15.59.
(linux-libre-5.15-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre: Update to 5.18.16.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.18-version): Update to 5.18.16.
(linux-libre-5.18-pristine-source): Update hash.

gnu: python-pudb: Update to 2022.1.2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pudb): Update to 2022.1.2.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

build: qt-utils: Fix another regression.

This fixes another regression introduced with
1f466ed6be932526fc69e72ffd50390691d0d382, which affected the packages bitmask,
hime, hime, nimf and vorta.

The fix is to provide a default qt-major-version when #:qtbase is missing,
such as when borrowing the qt-wrap phase in a package not using the Qt build
system.

* guix/build/qt-utils.scm (wrap-all-qt-programs)[qt-major-version]: Fall-back
to %default-qt-major-version when #:qtbase is #f.

Reported-by: John Kehayias <john.kehayias@protonmail.com> and others.

gnu: emacs-helm: Update to 3.8.7.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-helm): Update to 3.8.7.

gnu: notcurses: Adjust indentation.

* gnu/packages/notcurses.scm (notcurses): Re-indent.

gnu: notcurses: Use tarball source instead of git.

* gnu/packages/notcurses.scm (notcurses)[source]: Use URL-FETCH.

gnu: notcurses: Update to 3.0.8.

* gnu/packages/notcurses.scm (notcurses): Update to 3.0.8.
[arguments]: Fix configure flag typo.

gnu: nheko: Update to 0.10.0.

* gnu/packages/messaging.scm (nheko): Update to 0.10.0.
[arguments]: Adjust unbundling substitutions.

gnu: mtxclient: Update to 0.8.0.

* gnu/packages/messaging.scm (mtxclient): Update to 0.8.0.

gnu: libolm: Update to 3.2.12.

* gnu/packages/crypto.scm (libolm): Update to 3.2.12.
[source](uri): Follow redirect.

gnu: ungoogled-chromium: Update to 104.0.5112.81-1.

* gnu/packages/chromium.scm (%chromium-version): Set to 104.0.5112.81.
(%ungoogled-origin): Update hash.
(ungoogled-chromium)[source](sha256): Likewise.
[arguments]: Add snippet to fix build with system MINIZIP.  Remove obsolete
configure flag.

gnu: inkscape: Build with lib2geom 1.2.

* gnu/packages/graphics.scm (lib2geom-1.2): New variable.
* gnu/packages/inkscape.scm (inkscape)[arguments]: Enable previously failing
test.
[inputs]: Replace "lib2geom" with LIB2GEOM-1.2.

gnu: inkscape: Update to 1.2.1.

* gnu/packages/inkscape.scm (inkscape): Update to 1.2.1.

gnu: amalgamate: Remove input labels.

* gnu/packages/code.scm (amalgamate)[inputs]: Remove label.

gnu: gsasl: Update to 2.0.1.

* gnu/packages/gsasl.scm (gsasl): Update to 2.0.1.

gnu: Add python-h5netcdf.

* gnu/packages/python-xyz.scm: (python-h5netcdf): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: python-netcdf4: Update to 1.6.0

* gnu/packages/python-xyz.scm: (python-netcdf4): Update to 1.6.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: anystyle: Use GDBM by default.

Since we have GDBM available, it offers a smaller memory footprint
and faster start-up.

* gnu/packages/ruby.scm (anystyle)[arguments]<#:phases>: Add phase
'change-default-dictionary-adapter'.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: anystyle: Add tests for dictionary adapters.

* gnu/packages/ruby.scm (anystyle)[arguments]: Instead of deleting the
'check' phase, replace it with a few tests. Add SRFI 1 to '#:modules'.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: ruby-anystyle: Initialize dictionary files.

For the GDBM and Marshal dictionary adapters to be useful with their
default settings, we must initialize their data files during the package
build: upstream would initialize them lazily, but that doesn't work with
an immutable installation directory (at least, not without more complex
patches). Otherwise, we would always end up rebuilding the dictionary at
startup, which is “slow” and “not recommended”.

* gnu/packages/patches/ruby-anystyle-fix-dictionary-populate.patch: New
patch.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/ruby.scm (ruby-anystyle)[patches]: Use it.
[arguments]<#:phases>: Add 'populate-dictionaries' phase.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: ruby-anystyle-data: Don't write to installed gem.

* gnu/packages/patches/ruby-anystyle-data-immutable-install.patch: New
patch.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/ruby.scm (ruby-anystyle-data)[patches]: Use it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add anystyle.

* gnu/packages/ruby.scm (anystyle): New variable.
(ruby-anystyle)[description]: Mention it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add ruby-anystyle.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-anystyle): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add ruby-anystyle-data.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-anystyle-data): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add ruby-gli.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-gli): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>