gnu: linux-libre: Remove orphaned 5.2.x kernel configurations.

This is a followup to commit 4845dee706a1aee89917e5c7f25d3bce64f7e11c.

* gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.2-arm-veyron.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.2-arm.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.2-arm64.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.2-i686.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.2-x86_64.conf: Delete files.
* Makefile.am (AUX_FILES): Remove them.

download: Remove ramses.wh2.tu-dresden.de kernel mirror.

* guix/download.scm (%mirrors): Remove ramses.wh2.tu-dresden.de, which seems
to no longer work.

gnu: isc-dhcp: Update bundled BIND to 9.11.14.

* gnu/packages/admin.scm (isc-dhcp)[bind-patch-version]: Update to 14.
[inputs]: Update hash of bind-source-tarball.

gnu: httpfs2: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/file-systems.scm (httpfs2)[source]: Hard-code NAME.

gnu: bind: Update to 9.14.9.

* gnu/packages/dns.scm (isc-bind): Update to 9.14.9.

gnu: Add python-pox.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pox): New variable.

Co-authored-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>
Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add python-ppft.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-ppft): New variable.

Co-authored-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: python-multiprocess: Update to 0.70.9.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-multiprocess): Update to 0.70.9.
[arguments]: Add phase "disable-broken-tests" and run tests after installation.

Co-authored-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>.

gnu: python-dill: Update to 0.3.1.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-dill): Update to 0.3.1.1.
[arguments]: Enable tests.
[native-inputs]: Add python-nose.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnupg: 'gnupg-status-missing-key?' returns a fingerprint when possible.

Until then, 'gnupg-status-missing-key?' would return a key id.  Its
user, 'gnupg-verify*', would then fetch a key with that ID from key
servers, thus possibly the wrong key (due to key ID collisions).  If it
did fetch the wrong key, the effect would be a signature verification
failure down the path--e.g., in "guix refresh -u".

* guix/gnupg.scm (gnupg-verify)[maybe-fingerprint]: New procedure.
[status-line->sexp](errsig-rx): Add parenthetical expression at the end.
Fetch it and add it to the 'signature-error' sexp.
(gnupg-status-missing-key?): Match the whole 'signature-error' sexp and
return preferably the fingerprint rather than KEY-ID.
(gnupg-receive-keys): Rename 'key-id' parameter to 'fingerprint/key-id'.

gnupg: 'gnupg-status-good-signature?' no longer returns a key ID.

Returning a key ID was inconsequential because the only user of
'gnupg-status-good-signature?', (guix upstream) (via 'gnupg-verify*'),
would not check the return value as long as it's true.

* guix/gnupg.scm (gnupg-status-good-signature?): Return a
fingerprint/user pair instead of key-id/user.
(gnupg-verify*): Mention it in docstring.

guix: swh: Fix example URI in comment for <origin>.

This is a one-character follow-up to
356a79becc4061d158c68718ad169abac1ab672f

Reported by Jonathan Brielmaier <jonathan.brielmaier@web.de>.

* guix/swh.scm(<origin>): Remove a slash from example URI witin a comment.

gnu: libdbi-drivers: Adapt to multiple-output MariaDB.

* gnu/packages/databases.scm (mariadb/fixed-install-db): New public variable.
(libdbi-drivers)[inputs]: Add MARIADB:DEV and MARIADB:LIB.  Remove MARIADB.
[native-inputs]: Add MARIADB/FIXED-INSTALL-DB.
[arguments]: Adjust accordingly.

gexp: Allow character literals in GEXP->SEXP.

Fixes <https://bugs.gnu.org/38628>.

* tests/gexp.scm ("lower-gexp, character literal"): New test.
* guix/gexp.scm (gexp->sexp)[self-quoting?]: Add CHAR? to the tested types.
* guix/repl.scm (self-quoting?): Likewise.
* gnu/tests.scm (marionette-shepherd-service)[self-quoting?]: Likewise.

gnu: darktable: Update to 2.6.3.

* gnu/packages/photo.scm (darktable): Update to 2.6.3.

gnu: darktable: Remove redundant inputs.

* gnu/packages/photo.scm (darktable)[native-inputs]: Remove.

gnu: darktable: Fix build failure.

* gnu/packages/photo.scm (darktable)[arguments]: Move CPATH override from
 #:make-flags to a phase, so the GETENV call returns useful data.

gnu: Remove uses of deprecated Qemu network configuration.

* gnu/build/vm.scm (load-in-linux-vm): Move Qemu network configuration from
ARCH-SPECIFIC-FLAGS to the Qemu command line.  Use the "-nic" option of Qemu
instead of "-device" and "-net".
* gnu/system/vm.scm (common-qemu-options): Do not add a '-net' command.
(virtual-machine-compiler): Use "-nic user,..." instead of "-net".
* doc/guix.texi (Installing Guix in a VM, Invoking guix system, Running Guix
in a VM): Do the same for examples.

gnu: linux-libre: Update to 5.3.18.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.3-version): Update to 5.3.18.
(linux-libre-5.3-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre: Update deblob scripts.

* gnu/packages/linux.scm (deblob-scripts-4.19): Update to 4.19.90.
(deblob-scripts-4.14): Update to 4.14.159.
(deblob-scripts-5.3, deblob-scripts-4.9, deblob-scripts-4.4): Update version
numbers to 5.3.17, 4.9.206, and 4.4.206, respectively, although the scripts
themselves have not changed.

gnu: Add r-biodist.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biodist): New variable.

gnu: Add r-biocworkflowtools.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biocworkflowtools): New variable.

gnu: Add r-biocset.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biocset): New variable.

gnu: Add r-biocpkgtools.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biocpkgtools): New variable.

gnu: Add r-biocor.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biocor): New variable.

gnu: Add r-bioconcotk.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bioconcotk): New variable.

gnu: Add r-multiassayexperiment.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-multiassayexperiment): New variable.

gnu: Add r-experimenthub.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-experimenthub): New variable.

gnu: Add r-biocgraph.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biocgraph): New variable.

gnu: Add r-bioccasestudies.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bioccasestudies): New variable.

gnu: Add r-ebarrays.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-ebarrays): New variable.

gnu: Add r-reactomepa.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-reactomepa): New variable.

gnu: Add r-graphite.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-graphite): New variable.

gnu: Add r-influencer.

* gnu/packages/cran.scm (r-influencer): New variable.

gnu: Add r-curatedtcgadata.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-curatedtcgadata): New variable.

gnu: Add r-reactome-db.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-reactome-db): New variable.

gnu: libmicrohttpd: Update to 0.9.69.

* gnu/packages/gnunet.scm (libmicrohttpd): Update to 0.9.69.

gnu: cmst: Update to 2019.01.13.

* gnu/packages/connman.scm (cmst): Update to 2019.01.13.

gnu: python-ecdsa: Actually run the test suite.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-ecdsa)[arguments]: Replace
'check phase.
[native-inputs]: Add python-pytest.

gnu: python-ecdsa: Update to 0.14.1.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-ecdsa): Update to 0.14.1.
[inputs]: Move openssl ...
[native-inputs]: ... to here.
[propagated-inputs]: Add python-six.

swh: Fix API call for getting origin.

When using the archival linter, git origins already in the archive where
not recognized due to an API change and where repeatedly asked for archival.
This is fixed here.

* guix/swh.scm (lookup-origin): Fix API URI for getting origin.
(<origin>): Fix comment with API URI example.

gnu: linux-libre: Update to 5.3.17.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.3-version): Update to 5.3.17.
(linux-libre-5.3-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.90.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.90.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.159.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.159.
(linux-libre-4.14-pristine-source): Update hash.

gnu: Add r-biobroom.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biobroom): New variable.

gnu: Add r-bioassayr.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bioassayr): New variable.

gnu: Add r-chemminer.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-chemminer): New variable.

gnu: Add r-bigpint.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bigpint): New variable.

gnu: Add r-bigmemoryextras.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bigmemoryextras): New variable.

gnu: Add r-biggr.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biggr): New variable.

gnu: Add r-hyperdraw.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-hyperdraw): New variable.

gnu: Add r-hypergraph.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-hypergraph): New variable.

gnu: Add r-rsbml.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-rsbml): New variable.

gnu: Add r-bifet.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bifet): New variable.

gnu: Add r-bicare.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bicare): New variable.

gnu: Add r-bhc.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bhc): New variable.

gnu: Add r-bgx.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bgx): New variable.

gnu: Add r-bgmix.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bgmix): New variable.

gnu: Add r-rsvg.

* gnu/packages/cran.scm (r-rsvg): New variable.

gnu: Add r-shinycssloaders.

* gnu/packages/cran.scm (r-shinycssloaders): New variable.

gnu: Add r-lim.

* gnu/packages/cran.scm (r-lim): New variable.

gnu: Add r-diagram.

* gnu/packages/cran.scm (r-diagram): New variable.

gnu: Add r-poibin.

* gnu/packages/cran.scm (r-poibin): New variable.

gnu: Add libsbml.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (libsbml): New variable.

gnu: Add love-nuklear.

* gnu/packages/game-development.scm (love-nuklear): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: txr: Update to 229.

* gnu/packages/lisp.scm (txr): Update to 229.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gfortran: change to a hidden package

* gnu/packages/gcc.scm (gfortran-4.8, gfortran-4.9)
(gfortran-5, gfortran-6, gfortran-7, gfortran-8)
(gfortran-9): Wrap in 'hidden-package'.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: python-elasticsearch: Update to 7.1.0.

* gnu/packages/python-web.scm (python-elasticsearch): Update to 7.1.0.

gnu: r-pracma: Update to 2.2.9.

* gnu/packages/cran.scm (r-pracma): Update to 2.2.9.

gnu: r-repr: Update to 1.0.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-repr): Update to 1.0.2.

gnu: r-ggeffects: Update to 0.14.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggeffects): Update to 0.14.0.
[propagated-inputs]: Remove r-dplyr and r-rlang.

gnu: r-dvmisc: Update to 1.1.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-dvmisc): Update to 1.1.4.
[propagated-inputs]: Add r-tab; remove r-purrr.

gnu: r-ttr: Update to 0.23-6.

* gnu/packages/cran.scm (r-ttr): Update to 0.23-6.

gnu: r-argparser: Update to 0.6.

* gnu/packages/cran.scm (r-argparser): Update to 0.6.

gnu: r-ordinal: Update to 2019.12-10.

* gnu/packages/cran.scm (r-ordinal): Update to 2019.12-10.

gnu: r-seurat: Update to 3.1.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-seurat): Update to 3.1.2.

gnu: r-bh: Update to 1.72.0-1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-bh): Update to 1.72.0-1.

gnu: Add r-tab.

* gnu/packages/cran.scm (r-tab): New variable.

gnu: Add r-gee.

* gnu/packages/cran.scm (r-gee): New variable.

gnu: shotwell: Clean-up inputs.

* gnu/packages/gnome.scm (shotwell)[arguments]: Add phase to skip
gtk-update-icon-cache.
[inputs]: Sort alphabetically. Move glib:bin ...
[native-inputs]: ... to here. Remove desktop-file-utils, gtk+:bin.

gnu: dia: Fix version number.

This commit is actually after to 0.97.3 release.

* gnu/packages/gnome.scm (dia)[version]: Use git-version.
[source]: Update to new source uri. Use git-file-name.

gnu: dia: Don't override bootstrap phase.

* gnu/packages/gnome.scm (dia)[arguments]: Remove custom 'run-autogen
phgase. Add phase before 'bootstrap to not run configure.

gnu: dia: Fix-up inputs.

* gnu/packages/gnome.scm (dia)[inputs]: Sort alphabetically. Move
glib:bin ...
[native-inputs]: ... to here. Sort alphabetically.

gnu: libidl: Hard-code name in source uri.

* gnu/packages/gnome.scm (libidl)[source]: Hard-code name.

gnu: libidl: Set upstream name.

* gnu/packages/gnome.scm (libidl)[properties]: New field.

gnu: brasero: Update home-page.

* gnu/packages/gnome.scm (brasero)[home-page]: Use new home-page.

gnu: brasero: Fix-up inputs.

* gnu/packages/gnome.scm (brasero)[inputs]: Move itstool ...
[native-inputs]: ... to here.

gnu: brasero: Hard-code name in source uri.

* gnu/packages/gnome.scm (brasero)[source]: Hard-code name.

gnu: pinfo: Use a source file name.

* gnu/packages/texinfo.scm (pinfo)[source]: Add 'file-name'.

gnu: electron-cash: Use substitute-keyword-arguments from electrum.

* gnu/packages/finance (electron-cash)[arguments]: Use
  substitute-keyword-arguments to re-use arguments from electrum.

gnu: electron-cash: Update to 4.0.12.

* gnu/packages/finanace (electron-cash): Update to 4.0.12.
  [source] switch to git.
  [inputs] Add libsecp256k1.
  [arguments] Add phase patching to use libsecp256k1 from inputs.

gnu: libsecp256k1: Update to 20191213.

* gnu/packages/crypto (libsecp256k1): Update to 20191213.

gnu: python-gffutils: Update description.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-gffutils)[description]: Reflow
paragraph and fix spelling of SQLite.

gnu: Add python-gffutils.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-gffutils): New variable.

Co-authored-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Remove python2-dask.

This package can no longer be built with Python 2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-dask): Remove variable.

gnu: python-dask: Update to 2.9.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-dask): Update to 2.9.0.
[arguments]: Adjust phase to disable broken tests.
[propagated-inputs]: Add python-fsspec and python-packaging.

gnu: Add python-fsspec.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-fsspec): New variable.

gnu: python-pyfaidx: Update to 0.5.7.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-pyfaidx): Update to 0.5.7.

gnu: guix-data-service: Update to 0.0.1-8.a019a5e.

* gnu/packages/web.scm (guix-data-service): Update to 0.0.1-8.a019a5e.

Revert "gnu: ccls: Configure using -isystem for header files."

This reverts commit 2c82d4ad10de8e0ba462d81401385c5e7499f6e2.