gnu: Add python-misskey.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-misskey): New variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: python-typer: Introduce gexps.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-typer)[arguments]: Switch to gexps.
[synopsis, description]: Fix indentation.

gnu: python-typer: Update to 0.6.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-typer): Update to 0.6.1.
[source]: Use GIT-FETCH.
[arguments]: Build from source with flit.
[native-inputs]: Add python-flit and python-rich.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: lrcalc: Update to 2.1.

* gnu/packages/algebra.scm (lrcalc): Update to 2.1.
[source]: Remove patch.
* gnu/packages/patches/lrcalc-includes.patch: Remove file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Unregister file.

Signed-off-by: Andreas Enge <andreas@enge.fr>

gnu: lcalc: Update to 2.0.5.

* gnu/packages/sagemath.scm (lcalc): Update to 2.0.5.
* gnu/packages/patches/lcalc-default-parameters-1.patch,
gnu/packages/patches/lcalc-default-parameters-2.patch,
gnu/packages/patches/lcalc-lcommon-h.patch,
gnu/packages/patches/lcalc-using-namespace-std.patch: Delete files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Unregister files.

Signed-off-by: Andreas Enge <andreas@enge.fr>

gnu: edge-addition-planarity-suite: Update to 3.0.2.0.

* gnu/packages/graph.scm (edge-addition-planarity-suite): Update to 3.0.2.0.

Signed-off-by: Andreas Enge <andreas@enge.fr>

gnu: tesseract-ocr: Update to 5.2.0.

* gnu/packages/ocr.scm (tesseract-ocr): Update to 5.2.0.
[inputs, native-inputs]: Move after arguments.  Use new style inputs.
[arguments]: Use gexps.
[configure-flags]: Add --disable-static.
[phases]{fix-docbook}: Replace phase with...
{do-not-override-xml-catalog-files}: ... this new phase.
{build-training}: Move after build phase.  Enable parallel build.
{trailing-install}: Move after install phase.
[native-inputs]: Add libxml2.

gnu: ocrad: Update to 0.28.

* gnu/packages/ocr.scm (ocrad): Update to 0.28.

gnu: python-icalendar: Update to 4.1.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-icalendar): Update to 4.1.0.

gnu: python-setproctitle: Update to 1.3.2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-setproctitle): Update to 1.3.2.
[arguments]: Adjust custom 'check phase for changes in source code.
Honor #:tests? flag.
[native-inputs]: Add python-pytest.
[description]: Reflow.

gnu: universal-ctags: Update to 5.9.20220807.0.

* gnu/packages/code.scm (universal-ctags): Update to 5.9.20220807.0.

gnu: packcc: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/c.scm (packcc): Update to 1.8.0.

gnu: mutt: Update to 2.2.7.

* gnu/packages/mail.scm (mutt): Update to 2.2.7.

gnu: ntfs-3g: Update to 2022.5.17.

* gnu/packages/linux.scm (ntfs-3g): Update to 2022.5.17.

gnu: ntfs-3g: Add release-monitoring-url and upstream-name.

* gnu/packages/linux.scm (ntfs-3g)[properties]: New field.

gnu: openconnect-sso: Remove input labels.

* gnu/packages/vpn.scm (openconnect-sso)[arguments]: Don't attempt to use a
non-existent QtWebEngine label.  While at it, use SEARCH-INPUT-FILE also for
openconnect and remove trailing #t's.

gnu: tracker: Update to 3.3.3.

* gnu/packages/gnome.scm (tracker): Update to 3.3.3.
[native-inputs]: Remove INTLTOOL.  Add GETTEXT-MINIMAL.

gnu: folks: Update to 0.15.5.

* gnu/packages/gnome.scm (folks): Update to 0.15.5.
[native-inputs]: Remove INTLTOOL.  Add GETTEXT-MINIMAL.

gnu: mediasdk: Build reproducibly.

* gnu/packages/video.scm (mediasdk)[arguments]: Add #:phases.  Convert to gexp
while at it.

gnu: mediasdk: Remove input labels.

* gnu/packages/video.scm (mediasdk)[native-inputs, inputs]: Remove labels.

gnu: mediasdk: Update to 22.4.4.

* gnu/packages/video.scm (mediasdk): Update to 22.4.4.

gnu: python-libvirt: Add 'upstream-name' property.

* gnu/packages/virtualization.scm (python-libvirt)[properties]: New field.

gnu: libvirt: Use G-expression.

* gnu/packages/virtualization.scm (libvirt)[arguments]: Use gexp.  While at
it, refer to THIS-PACKAGE instead of the NAME and VERSION fields.

gnu: libvirt: Remove input labels.

* gnu/packages/virtualization.scm (libvirt)[inputs, native-inputs]: Remove labels.

gnu: libvirt, python-libvirt: Update to 8.6.0.

* gnu/packages/patches/libvirt-add-install-prefix.patch: Refresh patch.
* gnu/packages/virtualization.scm (libvirt): Update to 8.6.0.
(python-libvirt): Update to 8.6.0.
[arguments]: Remove, as the default test phase works fine.

gnu: catch2@1: Adjust for glibc 2.34 and later.

* gnu/packages/check.scm (catch-framework2-1)[source](modules, snippet): New
fields.

gnu: python-pyicu: Update to 2.9.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pyicu): Update to 2.9.

gnu: python-pyicu: Update home page.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pyicu)[home-page]: Change to current.

.guix-authorizations: Authorize Andrew Tropin's subkey instead.

Addresses <https://issues.guix.gnu.org/57091> for now.

* .guix-authorizations (abcdw): Use signing subkey instead of primary.

gnu: tor: Update to 0.4.7.9 [DoS mitigations].

* gnu/packages/tor.scm (tor): Update to 0.4.7.9.

gnu: gap: Enable compilation of more optional packages.

* gnu/packages/algebra.scm (gap)<snippet>: Add to the whitelist GAP packages
with free licenses clarified in the latest release, and which do not require
additional inputs.

gnu: gap: Update to 4.11.1.

* gnu/packages/algebra.scm (gap): Update to 4.11.1.
[source]<snippet>: Remove trailing #t.
[arguments]<phases>: Remove trailing #t. Install missing config.h header.

Co-authored-by: vicvbcun <guix@ikherbers.com>

gnu: lcsync: Fix building on non-x86 hardware.

* gnu/packages/networking.scm (lcsync)[arguments]: Add phase to use
simde instead of immintrin.h directly.
[native-inputs]: Add simde.

gnu: lcsync: Use test-target.

* gnu/packages/networking.scm (lcsync)[arguments]: Set test-target.
Remove custom 'check phase.

gnu: librecast: Use test-target.

* gnu/packages/networking.scm (librecast)[arguments]: Set test-target.
Remove custom 'check phase.

gnu: lcrq: Use test-target.

* gnu/packages/networking.scm (lcrq)[arguments]: Set test-target. Remove
custom 'check phase.

gnu: artwork: Update repository to latest commit.

* gnu/artwork.scm (%artwork-repository): Update to commit
4c7f2ce6428a63e202cd2a9474a06f68a946934d.

build: marionette: Adjust QEMU Info manual reference.

* gnu/build/marionette.scm (marionette-control): Update doc to correct the
QEMU Info manual reference.

gnu: gnome-themes-standard: Deprecate in favor of gnome-themes-extra.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-themes-standard): Mark as deprecated by
gnome-themes-extra.
(gnome)[inputs]: Remove gnome-themes-extra.

gnu: wpa-supplicant-gui: Fix build.

* gnu/packages/admin.scm (wpa-supplicant-gui)[build-system]: Use
qt-build-system.
[phases]: Use G-exps. Drop trailing #t. Don’t wrap-program as that is done by
the build system. Set $HOME to a writable directory when converting icons to
stop Inkscape complaining.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

build-system/channel: Correctly handle store file name from (gnu ci).

This is a followup to cf60a0a906440ccb007bae1243c3e0397c3a0aba.

Reported by Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>.

* guix/build-system/channel.scm (build-channels): Add 'string?' case.

po: Add 'guix/read-print.scm'.

This is a followup to b21d05d232ec0aba5abec20e83cc52c1d5163cc3.

* po/guix/POTFILES.in: Add 'guix/read-print.scm'.

gnu: Add r-qmri.

* gnu/packages/cran.scm (r-qmri): New variable.

gnu: Add r-mritc.

* gnu/packages/cran.scm (r-mritc): New variable.

gnu: Add r-oro-nifti.

* gnu/packages/cran.scm (r-oro-nifti): New variable.

gnu: Add r-adimpro.

* gnu/packages/cran.scm (r-adimpro): New variable.

etc: teams: Add Mathieu Othacehe to mentors.

* etc/teams.scm.in (mentors): New member.

gnu: Add r-fmri.

* gnu/packages/cran.scm (r-fmri): New variable.

gnu: unzip: Fix cross-compilation.

Fixes <https://issues.guix.gnu.org/57127>.

* gnu/packages/compression.scm (unzip)[arguments]: Use #$output when
cross-compiling.

gnu: unzip: Use G-expressions.

* gnu/packages/compression.scm (unzip)[arguments]:
Rewrite as G-expressions.

gnu: Add f3d.

* gnu/packages/graphics.scm (f3d): New variable.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>

gnu: vtk: Enable the RenderingExternal module.

* gnu/packages/image-processing.scm (vtk)[arguments]<#:configure-flags>:
Add -DVTK_MODULE_ENABLE_VTK_RenderingExternal=YES.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>

gnu: pcc: Respect --without-tests.

* gnu/packages/c.scm (pcc)[arguments]<#:phases>{check}: Respect the
  `tests?` argument.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: pcc: Fix build.

* gnu/packages/c.scm (pcc)[arguments]: Use gexps.
<#:phases>{fix-multiple-definitions}: New phase.
[native-inputs]: Adjust formatting.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: libplacebo: Update to 4.208.0.

* gnu/packages/video.scm (libplacebo)[version]: Update to 4.208.0.
[native-inputs]: Add python.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>

gnu: guile-srfi-158: Update to 0.0.1-0-13126d1.

This fixes compilation and cross-compilation.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-srfi-158): Update it.
[native-inputs]: Add guile-3.0.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: x265: Fix build on ppc64le.

* gnu/packages/video.scm (x265)[arguments]: Disable ALTIVEC for ppc64le.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: python-symengine: Fix tests.

This fixes <https://issues.guix.gnu.org/57104>.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-symengine):
[native-inputs]: Add python-nose.
[arguments]: Run tests with 'nosetests'.

gnu: reprotest: Update to 0.7.21.

* gnu/packages/diffoscope.scm (reprotest): Update to 0.7.21.

gnu: diffoscope: Update to 220.

* gnu/packages/diffoscope.scm (diffoscope): Update to 220.

gnu: Add lcsync.

* gnu/packages/networking.scm (lcsync): New variable.

gnu: Add librecast.

* gnu/packages/networking.scm (librecast): New variable.

gnu: Add lcrq.

* gnu/packages/networking.scm (lcrq): New variable.

gnu: strace: Update to 5.18.

* gnu/packages/linux.scm (strace): Update to 5.18.

gnu: strace: Add release-monitoring-url.

* gnu/packages/linux.scm (strace)[properties]: New field.

gnu: libreoffice: Remove input labels.

* gnu/packages/libreoffice.scm (dtoa): New private variable.
(libreoffice)[native-inputs, inputs]: Remove labels.
[arguments]: Use G-expression and SEARCH-INPUT-FILE & co where appropriate.
Remove trailing #t's.

gnu: libreoffice: Update to 7.3.5.2.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libreoffice): Update to 7.3.5.2.
[inputs]: Add LIBCUCKOO and ZXING-CPP.
* gnu/packages/hunspell.scm (hunspell-dictionary): Update hash.

gnu: libcmis: Update to 0.5.2-46-gf264a61.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libcmis): Update to 0.5.2-46-gf264a61.
[source]: Switch to GIT-FETCH.
[native-inputs]: Add AUTOCONF, AUTOMAKE, and LIBTOOL.
[arguments]: Override bootstrap phase.  While at it, convert to gexp and
remove label usage.

gnu: Add libcuckoo.

* gnu/packages/datastructures.scm (libcuckoo): New variable.

gnu: libetonyek: Don't hard code mdds version.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libetonyek)[arguments]: Automatically pass the
major+minor version components of the "mdds" input.

gnu: orcus: Update to 0.17.2.

* gnu/packages/libreoffice.scm (orcus): Update to 0.17.2.

gnu: ixion: Update to 0.17.0.

* gnu/packages/libreoffice.scm (ixion): Update to 0.17.0.

gnu: mdds: Update to 2.0.3.

* gnu/packages/boost.scm (mdds): Update to 2.0.3.
[source](uri): Use HTTPS & .xz tarball.

gnu: libabigail: Remove input labels.

* gnu/packages/elf.scm (libabigail)[native-inputs]: Remove labels.

gnu: libabigail: Update to 2.0.

* gnu/packages/elf.scm (libabigail): Update to 2.0.

gnu: qtwayland: Remove input labels.

* gnu/packages/qt.scm (qtwayland)[inputs]: Remove labels.

gnu: qtwayland: Fix build with GCC 11.

* gnu/packages/patches/qtwayland-gcc-11.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/qt.scm (qtwayland)[source](patches): New field.

gnu: fuse@2: Prepare for newer glibc.

* gnu/packages/patches/fuse-glibc-2.34.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/linux.scm (fuse)[source](patches): Add the patch.
[arguments]: Add force-bootstrap phase.
[native-inputs]: Add AUTOCONF, AUTOMAKE, GETTEXT-MINIMAL, and LIBTOOL.

nls: Update translations.

po/guix/bn.po: New file.
po/guix/LINGUAS: Add it.

gnu: ocaml-extlib: Update to 1.7.9.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-extlib): Update to 1.7.9.

gnu: frama-c: Use lablgtk3.

* gnu/packages/maths.scm (frama-c): Build the graphical interface.

read-print: Remove unused procedure.

* guix/read-print.scm (combine-vertical-space): Remove.

read-print: Report missing closing parens instead of looping.

Fixes <https://issues.guix.gnu.org/57093>.
Reported by Mohammed AMAR-BENSABER <renken@shione.net>.

Previously 'read-with-comments' would enter an infinite loop.

* guix/read-print.scm (read-with-comments)[missing-closing-paren-error]:
New procedure.
Call it when 'loop' as called from 'liip' returns EOF.
* tests/read-print.scm ("read-with-comments: missing closing paren"):
New test.

ssh: 'open-ssh-session' gracefully handles connection timeouts.

* guix/ssh.scm (open-ssh-session): Add case for 'again.

gnu: Add r-liana.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-liana): New variable.

gnu: Add r-omnipathr/devel.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-omnipathr/devel): New variable.

gnu: r-bayesfactor: Update to 0.9.12-4.4.

* gnu/packages/statistics.scm (r-bayesfactor): Update to 0.9.12-4.4.
[propagated-inputs]: Remove r-gtools.

gnu: r-effects: Update to 4.2-2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-effects): Update to 4.2-2.
[native-inputs]: Remove r-car.

gnu: r-cairo: Update to 1.6-0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-cairo): Update to 1.6-0.

gnu: r-lme4: Update to 1.1-30.

* gnu/packages/statistics.scm (r-lme4): Update to 1.1-30.

gnu: r-quantreg: Update to 5.94.

* gnu/packages/statistics.scm (r-quantreg): Update to 5.94.

gnu: r-vgam: Update to 1.1-7.

* gnu/packages/statistics.scm (r-vgam): Update to 1.1-7.

gnu: r-robust: Update to 0.7-1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-robust): Update to 0.7-1.

gnu: r-pcapp: Update to 2.0-2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-pcapp): Update to 2.0-2.

gnu: r-gtools: Update to 3.9.3.

* gnu/packages/statistics.scm (r-gtools): Update to 3.9.3.

gnu: r-r-cache: Update to 0.16.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-r-cache): Update to 0.16.0.

gnu: r-rcurl: Update to 1.98-1.8.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rcurl): Update to 1.98-1.8.
[inputs]: Add zlib.

gnu: r-rsqlite: Update to 2.2.15.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rsqlite): Update to 2.2.15.

gnu: r-latticeextra: Update to 0.6-30.

* gnu/packages/statistics.scm (r-latticeextra): Update to 0.6-30.
[propagated-inputs]: Add r-interp and r-mass.

gnu: r-devtools: Update to 2.4.4.

* gnu/packages/statistics.scm (r-devtools): Update to 2.4.4.
[propagated-inputs]: Remove r-callr, r-httr, and r-rstudioapi; add r-miniui, r-pkgdown,
r-profvis, and r-urlchecker.