gnu: linux-libre 5.4: Update to 5.4.129.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.129.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.10: Update to 5.10.47.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.10-version): Update to 5.10.47.
(linux-libre-5.10-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre: Update to 5.12.14.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.12-version): Update to 5.12.14.
(linux-libre-5.12-pristine-source): Update hash.

gnu: git-annex: Update to 8.20210630.

* gnu/packages/haskell-apps.scm (git-annex): Update to 8.20210630.

gnu: libvirt: Support FUSE.

* gnu/packages/virtualization.scm (inputs): Add fuse.

gnu: libvirt: Support extended attributes.

* gnu/packages/virtualization.scm (inputs): Add attr.

gnu: libvirt: Support ACLs.

* gnu/packages/virtualization.scm (inputs): Add acl.

gnu: libvirt: Support ZFS.

* gnu/packages/virtualization.scm (inputs): Add zfs.

gnu: libvirt: Update to 7.5.0 [fixes CVE-2021-3631].

* gnu/packages/virtualization.scm (libvirt): Update to 7.5.0.
[arguments]: Add a new 'skip-directory-confusion phase.
Remove obsolete 'no-polkit-magic phase.

gnu: fldigi: Update to 4.1.19.

* gnu/packages/radio.scm (fldigi): Update to 4.1.19.
[inputs]: Add eudev.

gnu: iproute2: Update to 5.13.0.

* gnu/packages/linux.scm (iproute2): Update to 5.13.0.

gnu: gifsicle: Update to 1.93.

* gnu/packages/image.scm (gifsicle): Update to 1.93.

gnu: bioperl-minimal: Avoid top-level cross-module references.

This could lead to circular reference breakage.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (bioperl-minimal): Move top-level
references to perl-* variables and their transitive inputs to
'arguments' and 'inputs'.

gnu: Do not import (gnu packages commencement).

Line introduced in 4efbf56e5391dfbb3db3d6cee3138afaccb6cd64.

* gnu/packages/bioinformatics.scm: Remove unused (gnu packages
commencement) import.

gnu: Add r-mcmcpack.

* gnu/packages/cran.scm (r-mcmcpack): New variable.

Co-authored-by: Marcel Schilling <marcel.schilling@uni-luebeck.de>

gnu: r-seurat: Update to 4.0.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-seuratobject): Update to 4.0.2.
(r-seurat): Update to 4.0.3.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: obs: Update to 27.0.1

* gnu/packages/video.scm (obs): Update to 27.0.1.
[inputs]: Add glib, pipewire, wayland, wayland-protocol.

Some plugins now comes as submodules, so recursive? added.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: vim-guix-vim: Update to 0.2.1.

* gnu/packages/vim.scm (vim-guix-vim): Update to 0.2.1.

gnu: emacs-pdf-tools: Update to new repo and revision.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-pdf-tools): Update.
[source]: Change URL to for.  See
<https://github.com/politza/pdf-tools/issues/659>.

This update is required to make pdf-tools work properly for HiDPI screens.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: emacs-window-purpose: Update to 1.8.1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-window-purpose): Update to 1.8.1.

gnu: tinmop: Update to 0.8.3.

* gnu/packages/web-browsers.scm (tinmop): Update to 0.8.3.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: sbcl-croatoan: Update to 0.0.1-3.a577951.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-croatoan): Update to 0.0.1-3.a577951.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: sbcl-tooter: Update to 1.0.0-2.b1639d8.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-tooter): Update to 1.0.0-2.b1639d8.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add squashfs-tools-ng.

* gnu/packages/compression.scm (squashfs-tools-ng): New public variable.

gnu: squashfs-tools: Update description.

* gnu/packages/compression.scm (squashfs-tools)[description]:
Don't mention zlib; compact discs; youth.

gnu: squashfs-tools: Update to 4.4-git.1.

* gnu/packages/compression.scm (squashfs-tools): Update to 4.4-git.1.
[source]: Remove obsolete snippet.

gnu: gtkwave: Update to 3.3.110.

* gnu/packages/fpga.scm (gtkwave): Update to 3.3.110.

gnu: remmina: Update to 1.4.19.

* gnu/packages/vnc.scm (remmina): Update to 1.4.19.

gnu: libesmtp: Expand description.

* gnu/packages/mail.scm (libesmtp)[description]: Add more libESMTP facts.

gnu: libesmtp: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/mail.scm (libesmtp): Update to 1.1.0.
[native-inputs]: Remove them all again.

gnu: libesmtp: Build from Git sources.

* gnu/packages/mail.scm (libesmtp)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.
[native-inputs]: Add autoconf, automake, and libtool.

gnu: verilator: Update to 4.204.

* gnu/packages/fpga.scm (verilator): Update to 4.204.

gnu: benchmark: Update to 1.5.5.

* gnu/packages/benchmark.scm (benchmark): Update to 1.5.5.

gnu: ghostwriter: Update to 2.0.2.

* gnu/packages/text-editors.scm (ghostwriter): Update to 2.0.2.

gnu: cbonsai: Update to 1.2.1.

* gnu/packages/toys.scm (cbonsai): Update to 1.2.1.

gnu: goaccess: Update to 1.5.1.

* gnu/packages/web.scm (goaccess): Update to 1.5.1.

gnu: virtuoso-ose: Update to 7.2.6.

* gnu/packages/databases.scm (virtuoso-ose): Update to 7.2.6.
[source]: Get it from SourceForge.
[inputs]: Use the default OpenSSL version.

gnu: duplicity: Update to 0.8.20.

* gnu/packages/backup.scm (duplicity): Update to 0.8.20.

gnu: epson-inkjet-printer-escpr: Update to 1.7.12.

* gnu/packages/cups.scm (epson-inkjet-printer-escpr): Update to 1.7.12.

gnu: Add corefreq.

* gnu/packages/linux.scm (corefreq): New public variable.

gnu: libpcap: Omit static library.

* gnu/packages/admin.scm (libpcap)[arguments]: Add a new 'omit-static-library phase.

gnu: libpcap: Update to 1.10.1.

* gnu/packages/admin.scm (libpcap): Update to 1.10.1.

gnu: i7z: Restrict to x86_64 systems.

* gnu/packages/hardware.scm (i7z)[supported-systems]:
Set to x86_64-linux.

installer: Offer the CUPS printing service.

* gnu/installer/services.scm (%system-services): Add CUPS.
* gnu/installer/newt/services.scm (run-other-services-cbt-page):
New procedure.
(run-services-page): Call it last.

gnu: vmpk: Update to 0.8.4.

* gnu/packages/music.scm (vmpk): Update to 0.8.4.

gnu: drumstick: Update to 2.3.0.

* gnu/packages/music.scm (drumstick): Update to 2.3.0.

doc: Add a note and warning regarding the usage of deb packs.

* doc/guix.texi (Invoking guix pack): Move to the end of the table, and add a
note and warning regarding the usage of deb packs.

gnu: tor: Update to 0.4.6.6.

* gnu/packages/tor.scm (tor): Update to 0.4.6.6.
[source]: Remove patch.
* gnu/packages/patches/tor-fix-build-with-gcc-7.patch: Remove file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: sbcl: Update to 2.1.6.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl): Update to 2.1.6.

gnu: sbcl-static-vectors: Update to 1.8.9.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-static-vectors): Update to 1.8.9.

gnu: sbcl-cffi: Update to 0.24.1.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cffi): Update to 0.24.1.

news: Add 'de' translation.

* etc/news.scm: Add German translation of 'guix pack --format=deb' entry.

.guix-authorizations: Remove kkebreau.

* .guix-authorizations: Remove kkebreau from the committers.

lint: Verify if #:tests? is respected in the 'check' phase.

There have been a few patches to the mailing list lately
not respecting this, and this linter detects 630 package
definitions that could be modified to support the --without-tests
package transformation.

* guix/lint.scm
  (check-optional-tests): New linter.
  (%local-checkers)[optional-tests]: Add it.
* tests/lint.scm
  (package-with-phase-changes): New procedure.
  ("optional-tests: no check phase")
  ("optional-tests: check hase respects #:tests?")
  ("optional-tests: check phase ignores #:tests?")
  ("optional-tests: do not crash when #:phases is invalid")
  ("optional-tests: allow G-exps (no warning)")
  ("optional-tests: allow G-exps (warning)")
  ("optional-tests: complicated 'check' phase")
  ("optional-tests: 'check' phase is not first phase"): New tests.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

guix: gexp: Define gexp->approximate-sexp.

It will be used in the 'optional-tests' linter.

* guix/gexp.scm (gexp->approximate-sexp): New procedure.
* tests/gexp.scm
  ("no references", "unquoted gexp", "unquoted gexp (native)")
  ("spliced gexp", "unspliced gexp, approximated")
  ("unquoted gexp, approximated"): Test it.
* doc/gexp.scm ("G-Expressions"): Document it.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: nyxt: Update to 2.1.1.

* gnu/packages/web-browsers.scm (nyxt): Update to 2.1.1.

gnu: python-k5test: Apply unreleased upstream fix.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-k5test) [arguments]<#:phases>:
Rename phase to reflect what it actually does, add another substitute*
expression.

gnu: Add tractor.

* gnu/packages/tor.scm (tractor): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: notmuch: Update to 0.32.2.

* gnu/packages/mail.scm (notmuch): Update to 0.32.2.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: telescope: Update to 0.3.

* gnu/packages/web-browsers.scm (telescope): Update to 0.3.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: emacs-rime: Update to 1.0.5.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-rime): Update to 1.0.5.

gnu: emacs-ebdb: Update to 0.6.24.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ebdb): Update to 0.6.24.

gnu: emacs-tramp: Update to 2.5.1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-tramp): Update to 2.5.1.

news: Add entry for the new 'deb' guix pack format.

* etc/news.scm: Add entry.

pack: Add support for the deb format.

* .dir-locals.el (scheme-mode)[gexp->derivation]: Define indentation rule.
* guix/scripts/pack.scm (debian-archive): New procedure.
(%formats): Register the new deb format.
(show-formats): Add it to the usage string.
* tests/pack.scm (%ar-bootstrap): New variable.
(deb archive with symlinks): New test.
* doc/guix.texi (Invoking guix pack): Document it.
* NEWS: Add news entry.

tests: pack: Fix compressor extension.

* tests/pack.scm (%gzip-compressor): Add the missing leading period to the
gzip compressor file extension.

pack: Prevent duplicate files in tar archives.

Tar translate duplicate files in the archive into hard links.  These can cause
problems, as not every tool support them; for example dpkg doesn't.

* gnu/system/file-systems.scm (reduce-directories): New procedure.
(file-prefix?): Lift the restriction on file prefix.  The procedure can be
useful for comparing relative file names.  Adjust doc.
(file-name-depth): New procedure, extracted from ...
(btrfs-store-subvolume-file-name): ... here.
* guix/scripts/pack.scm (self-contained-tarball/builder): Use
reduce-directories.
* tests/file-systems.scm ("reduce-directories"): New test.

pack: Improve naming of the packs store file names.

Instead of just naming them by their pack type, add information from the
package(s) they contain to make it easier to differentiate them.

* guix/scripts/pack.scm (define-with-source): New macro.
(manifest->friendly-name): Extract procedure from ...
(docker-image): ... here, now defined via the above macro.  Adjust REPOSITORY
argument value accordingly.
(guix-pack): Derive NAME using MANIFEST->FRIENDLY-NAME.

pack: Fix typo.

* guix/scripts/pack.scm (self-contained-tarball/builder): Fix typo.

pack: Factorize base tar options.

* guix/docker.scm (%tar-determinism-options): Move to a new module and rename
to `tar-base-options'.  Adjust references accordingly.
* guix/build/pack.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Register it.
* guix/scripts/pack.scm (self-contained-tarball/builder): Use it.

pack: Extract builder code from self-contained-tarball.

This is made to allow reusing it for the debian-archive pack format, added in
a subsequent commit.

* guix/scripts/pack.scm (self-contained-tarball/builder): New procedure,
containing the build code extracted from self-contained-tarball.
(self-contained-tarball): Use the above procedure.

installer: Fix crash when deleting a free space partition.

Fixes: <https://issues.guix.gnu.org/49126>.

* gnu/installer/newt/partition.scm (run-disk-page): Fix the return value when
removing a free space partition.

weather: Handle zero requested store items gracefully.

This can happen if the weather information of a package
is requested for an unsupported system.  For example,
try "guix weather icecat --system=aarch64-linux".

* guix/scripts/weather.scm
  (report-server-coverage): Do not divide by zero when zero
  store items are requested from a server.

Fixes: <https://issues.guix.gnu.org/49263>
Reported-By: Jack Hill <jackhill@jackhill.us>
Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

services: kmscon: Add keyboard-layout fields.

* gnu/services/base.scm (<kmscon-configuration>): Add keyboard-layout fields.
* doc/guix.texi (Base Services): Document them.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: Update caps-plugins-lv2.

* gnu/packages/audio.scm (caps-plugins-lv2): Update, since pull-request
has been merged, aside of other updates.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

services: configuration: Allow specifying prefix for serializer names.

Sometimes two configurations might have the same types for their field values,
but the values might be serialized in two completely different
ways (e.g. because the two programs have different configuration languages).

An example of this would be the ‘serialize-boolean’ procedure in (gnu services
mail) and (gnu services getmail).  They both serialize a boolean value, but
because the Dovecot’s configuration language has a different syntax to the
configuration language for Getmail, two different procedures have to be
defined.

One way to workaround this would be to specify custom serializers for many
fields in order to separate the serialization of the values that have the same
type but serialize in different ways.  This could get very tedious, especially
if there are many configurations in the same module.

Another way would be to move one of the configurations to its own module, like
what was done with (gnu services getmail).  However, this would mean that
there would be multiple modules containing configurations for related
programs, e.g. we have (gnu services mail) and (gnu services getmail), it
doesn’t make much sense to keep the Getmail configuration in its own module.

This patch will allow one to write something like this:

  (define-configuration foo-configuration
    (bar
      (string "bob")
      "Option bar.")
    (prefix bar-))

and the value of the ‘bar’ field would be serialized using a procedure named
‘bar-serialize-string’ instead of just ‘serialize-string’.

* gnu/services/configuration.scm (define-maybe-helper): Accept ‘prefix’
argument for using serializer with custom prefix.
(define-maybe): Pattern match on ‘prefix’ literal.
(define-configuration-helper): Accept ‘prefix’ argument for using serializer
with custom prefix.
(define-configuration): Pattern match on ‘prefix’ literal.
* tests/services/configuration.scm ("serialize-configuration with prefix"):
New test.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: python2-wsgiproxy2: Remove package.

* gnu/packages/python-web.scm (python2-wsgiproxy2): Remove variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: python2-sqlparse: Remove package.

* gnu/packages/databases.scm (python2-sqlparse): Remove variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: python2-scripttest: Remove package.

* gnu/packages/check.scm (python2-scripttest): Remove variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: python2-plotly: Remove package.

* gnu/packages/graph.scm (python2-plotly): Remove variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: python2-rpython: Remove package.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-rpython): Remove variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: python2-roca-detect: Remove package.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python2-roca-detect): Remove variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: python2-mapnik: Remove package.

* gnu/packages/geo.scm (python2-mapnik): Remove variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: python2-libadalang: Remove package.

* gnu/packages/ada.scm (python2-libadalang): Remove variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: python2-larch: Remove package.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-larch): Remove variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: scotch: Update to 6.1.1.

* gnu/packages/maths.scm (scotch): Update to 6.1.1.
[native-inputs]: Add GFORTRAN.
[arguments]: Set 'FC' in 'Makefile.in'.
(scotch32)[arguments]: Likewise.
(scotch-shared)[arguments]: Likewise.

gnu: Add r-cistopic-next.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-cistopic-next): New variable.

gnu: Add r-text2vec.

* gnu/packages/cran.scm (r-text2vec): New variable.

gnu: Add r-rsparse.

* gnu/packages/cran.scm (r-rsparse): New variable.

gnu: Add r-float.

* gnu/packages/cran.scm (r-float): New variable.

gnu: Add r-mlapi.

* gnu/packages/cran.scm (r-mlapi): New variable.

gnu: Add pcl.

* gnu/packages/c.scm (pcl): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: hunspell-dictionary: Update to 7.1.4.2.

* gnu/packages/hunspell.scm (hunspell-dict-it-it): Update to 7.1.4.2.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

Really revert commit a8b705252bdcb642999258859ada1c2f43706092.

I give up.

gnu: egl-wayland: Update to 1.1.7.

* gnu/packages/graphics.scm (egl-wayland): Update to 1.1.7.

gnu: remind: Update to 3.3.7.

* gnu/packages/calendar.scm (remind): Update to 3.3.7.

gnu: libavif: Update to 0.9.2.

* gnu/packages/image.scm (libavif): Update to 0.9.2.

gnu: erofs-utils: Edit description.

* gnu/packages/linux.scm (erofs-utils)[synopsis]: Add missing article.
[description]: Mark up.

gnu: erofs-utils: Update to 1.3.

* gnu/packages/linux.scm (erofs-utils): Update to 1.3.

gnu: powerstat: Update to 0.02.26.

* gnu/packages/linux.scm (powerstat): Update to 0.02.26.
[arguments]: Remove obsolete 'respect-$prefix phase.