gnu: cups: Add replacement to fix CVE-2020-10001.

* gnu/packages/patches/cups-CVE-2020-10001.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/cups.scm (cups-minimal/fixed): New variable.
(cups-minimal)[replacement]: Assign it to new field.

.guix-authorizations: Update bavier's key.

As requested at
<https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2021-06/msg00123.html>.

* .guix-authorizations: Update bavier's signing key fingerprint.

gnu: ocaml-dose3: Fix tests.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-dose3)[arguments]<#:phases>: Add phase to
patch tests script.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: bitcoin-unlimited: Fix build.

* gnu/packages/finance.scm (bitcoin-unlimited)[arguments]: Disable a test.

gnu: texmacs: Update to 2.1.

* gnu/packages/text-editors.scm (texmacs): Update to 2.1.
[arguments]: Remove #t at the end of phases.

gnu: Fix references to emacs-build-system's expand-load-path phase.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-pdf-tools)[#:phases]: Use
emacs-expand-load-path instead of emacs-add-source-to-load-path.
* gnu/packages/erlang.scm (emacs-erlang)[#:phases]: Use expand-load-path
instead of add-source-to-load-path.
* gnu/packages/protobuf.scm (emacs-protobuf-mode)[#:phases]: Use
expand-load-path instead of add-source-to-load-path.

Signed-off-by: Leo Prikler <leo.prikler@student.tugraz.at>

gnu: Add python-cartopy.

* gnu/packages/geo.scm (python-cartopy): New variable.

gnu: Add python-pykdtree.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pykdtree): New variable.

gnu: Add python-pyshp.

* gnu/packages/geo.scm (python-pyshp): New variable.

services: cups: Remove obsolete KeepAliveTimeout directive.

https://github.com/apple/cups/commit/461bd4e50142b2928a0d164bd1aae274e4d34da5

* gnu/services/cups.scm (<cups-configuration>): Remove keep-alive-timeout field.
* doc/guix.texi (Printing Services): Likewise.

installer: Remove unused procedure.

NETWORKING-SYSTEM-SERVICE? was obsoleted in commit
2e55f37c0c8fdfbc413edff61490161648a78dcc.

* gnu/installer/services.scm (networking-system-service?): Remove it.

services: cups: Fix ‘files-config’ typo/left-over.

* gnu/services/cups.scm (<policy-configuration>): Substitute
<files-configuration> for <files-config> in documentation.
* doc/guix.texi (Printing Services): Likewise.

gnu: mednafen: Update to 1.27.1.

* gnu/packages/emulators.scm (mednafen): Update to 1.27.1.
[inputs]: Add flac.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: odamex: Update to 0.9.3.

* gnu/packages/games.scm (odamex): Update to 0.9.3.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: armagetronad: Update to 0.2.9.1.0.

* gnu/packages/games.scm (armagetronad): Update to 0.2.9.1.0.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: wesnoth: Update to 1.14.17.

* gnu/packages/games.scm (wesnoth): Update to 1.14.17.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: tmux: Correct home-page.

* gnu/packages/tmux.scm (tmux)[home-page]: Replace it with its
redirection.

gnu: tmux: Update to 3.2a.

* gnu/packages/tmux.scm (tmux): Update to 3.2a.

Signed-off-by: Brice Waegeneire <brice@waegenei.re>

gnu: Add emacs-packed.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-packed): New variable.

gnu: Add apostrophe.

* gnu/packages/gnome.scm (apostrophe): New variable.

gnu: Add audio-to-midi.

* gnu/packages/audio.scm (audio-to-midi): New variable.

gnu: Add python-python3-midi.

* gnu/packages/audio.scm (python-python3-midi): New variable.

gnu: Add python-soundfile.

* gnu/packages/audio.scm (python-soundfile): New variable.

gnu: python-numpy, python-scipy: Remove dependency on lapack.

The dependency on lapack was unused; the LAPACK interface of OpenBLAS is
used instead.  The dependency on lapack was added in
cba256f8faaa18457fc9b77e8b401f17b89bdd75 (numpy) and
719b01c1575b8599b0dca9f245a9d759032f3168 (scipy).

* gnu/packages/python-science.scm (python-scipy)[inputs]: Remove
LAPACK.
* gnu/packages/python-xyz.scm (python-numpy)[inputs]: Likewise.

profiles: Build union of inputs in the right order.

Fixes <https://bugs.gnu.org/49102>.
Reported by Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>
and Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>.

Fixes a regression introduced in
8cef92d0633850d97c1a1d4521812268f56672be, whereby in case of file
collisions, the "wrong" one would take precedence.

* guix/build/profiles.scm (manifest-sexp->inputs+search-paths): Perform
a breadth-first traversal.  Reverse INPUTS and SEARCH-PATHS in the base
case.
* tests/profiles.scm ("profile-derivation, ordering & collisions"):
New test.

gnu: petsc: Link against OpenBLAS rather than LAPACK.

OpenBLAS performs better than LAPACK, the reference implementation.
This is also consistent with the choice of BLAS/LAPACK implementations
made in most other packages.

* gnu/packages/maths.scm (petsc)[inputs]: Replace LAPACK by OPENBLAS.
[arguments]: Pass "--with-openblas=1".

gnu: python-pikepdf: Update to 2.13.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pikepdf): Update to 2.13.0.

gnu: python-pika: Update to 1.2.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pika): Update to 1.2.0.
[source]: Change to GIT-FETCH.
[arguments]: New field.  Override and disable tests.
[native-inputs]:  Remove PYTHON-PYEV.  Add PYTHON-MOCK, PYTHON-NOSE, and
PYTHON-GEVENT.
(python2-pika): Remove variable.

gnu: libngspice: Delete autogenerated config.h.

* gnu/packages/engineering.scm (libngspice)[arguments]<#:phases>: Rename phase
  'delete-script-files to 'delete-scripts-and-config and delete config.h.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: libngspice: Fix KiCad compilation.

* gnu/packages/engineering.scm (libngspice)[arguments]<#:configure-flags>:
  Pass "--with-readline=no".
  [inputs]: Remove readline.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: java-kafka-clients: Disable failing test.

* gnu/packages/java.scm (java-kafka-clients): Disable a test that fails
non-deterministically.

gnu: java-jmh: Switch to maven-build-system.

* gnu/packages/java.scm (java-jmh): Switch to maven-build-system.

gnu: java-jmh: Update to 1.32.

* gnu/packages/java.scm (java-jmh): Update to 1.32.
[source]: Switch to the git repository.

gnu: maven-enforcer-parent-pom: Fix pom.

* gnu/packages/maven.scm (maven-enforcer-parent-pom): Fix dependency
versions in pom file.

gnu: maven-core: Hardcode versions we have in Guix.

* gnu/packages/maven.scm (maven-core)[phases]: Replace default hardcoded
versions by versions of packages we have in Guix.

gnu: java-commons-math3: Install to maven repository.

* gnu/packages/java.scm (java-commons-math3)[phases]: Use
install-from-pom.

gnu: Add java-jopt-simple-4.

* gnu/packges/java.scm (java-jopt-simple-4): New variable.
(java-jopt-simple): Install to maven repository structure.

guix: java-utils: Look for actual jar files.

* guix/build/java-utils.scm (install-from-pom): Fix `find-files` to look
only for jar files.

guix: maven: Use a temporary file to fix pom files.

* guix/build/maven/pom.scm (fix-pom-dependencies): Actually use the
temporary file that was created.

guix: maven: Look in local packages when searching for package version.

* guix/build/maven/pom.scm (fix-pom-dependencies): Also look at local
packages when looking for a package version.

guix: maven: Support fixing modules.

* guix/build/maven/pom.scm (fix-pom-dependencies): Support fixing
modules that do not exist.
* guix/build/maven-build-system.scm (fix-pom): Fix modules.

guix: maven: Support fixing extensions.

* guix/build/maven/pom.scm (fix-pom-dependencies): Add support for fixing
extension versions.

guix: maven: Simplify finding local packages and modules.

* guix/build/maven-build-system (fix-pom): Fix a single pom file without
recursing
(fix-pom-files): Find local packages and all submodules, and fix them
all at once.
(add-local-package): Move to...
* guix/build/maven/pom.scm (add-local-package): ...here.
(pom-and-submodules, pom-local-packages): New procedures.

guix: maven: Simplify finding version and group information.

* guix/build/maven/pom.scm (pom-version, pom-groupid): Do not use inputs
and local packages information anymore. Adapt file to new arguments.
* guix/build/maven-build-system.scm: Adapt to new arguments.
* guix/build/java-utils.scm: Adapt to new arguments.

guix: java-utils: Factorize pom.xml generation.

* guix/build/java-utils.scm (generate-pom.xml): New procedure.
* gnu/packages/maven.scm (java-surefire-junit4): Use it.
* gnu/packages/java.scm (java-qdox, java-jsr250, java-jsr305)
(java-aopalliance, java-jboss-el-api-spec)
(java-jboss-interceptors-api-spec): Use it.
(java-qdox-M9): Ensure the generated pom file has the correct version.

gnu: nyxt: Update to 2.1.0.

* gnu/packages/web-browsers.scm (nyxt): Update to 2.1.0.

gnu: libreoffice: Update to 7.1.4.2.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libreoffice)[inputs]: Add box2d, dtoa.
[arguments]: Adjust custom 'prepare-src, 'bin-and-desktop-install phases.
Add custom 'insert-external-tarballs phase. Adjust configure-flags to
build without skia. Remove deprecated make-flag

gnu: orcus: Update to 0.16.1.

* gnu/packages/libreoffice.scm (orcus): Update to 0.16.1.

gnu: orcus: Don't build static library.

* gnu/packages/libreoffice.scm (orcus)[arguments]: Add configure-flag to
skip static library.

gnu: ixion: Update to 0.16.1.

* gnu/packages/libreoffice.scm (ixion): Update to 0.16.1.

gnu: ocaml-uri: Use a source file-name.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-uri)[source]: Add a file-name field.

gnu: emacs-shell-command+: Use a source file-name.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-shell-command+)[source]: Add a
file-name field.

gnu: ensembl-vep: Use a source file-name.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (ensembl-vep)[source]: Add a file-name
field.

gnu: Add box2d.

* gnu/packages/game-development.scm (box2d): New variable.

gnu: libreoffice: Add vendor string.

Previously: This release was supplied by nixbld.
Now:        This release was supplied by GNU Guix.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libreoffice)[arguments]: Add
configure-flag to set vendor to 'GNU Guix'.

gnu: Add rust-battery-0.7.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-battery-0.7): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: rust-lazycell-1: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-lazycell-1): Update to 1.3.0.
[arguments]: Remove #:skip-build.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add rust-mach-0.3.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-mach-0.3): New variable.
(rust-mach-0.2): Inherit from above.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add rust-uom-0.30.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-uom-0.30): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add rust-uom-0.31.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-uom-0.31): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: emilua: Update to 0.3.2.

* gnu/packages/lua.scm (emilua): Update to 0.3.2.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add gopkg.in/yaml.v3.

* gnu/packages/golang.scm (go-gopkg-in-yml-v3): New variable

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: widelands: Update description.

* gnu/packages/games.scm (widelands)[description]: Update to mirror changes in
the stable release.

gnu: widelands: Ensure Guix catches versioning scheme switch.

* gnu/packages/games.scm (widelands-21): New variable.

"21" was the last beta release.  Upstream has now switched to a new versioning
scheme, with lesser numbers.

gnu: widelands: Update to 1.0.

* gnu/packages/games.scm (widelands): Update to 1.0.
[source]: Download from github as there is no tarball for v1.0 on their
website.
[inputs]: Add curl.
* gnu/packages/patches/widelands-system-wide_minizip.patch: Adjust for
1.0. CmakeLists.txt now already defines CMAKE_MODULE_PATH, so I've moved
FindMinizip.cmake to this path.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add perl-cworld-dekker.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (perl-cworld-dekker): New variable.

gnu: python-ddt: Update to 1.4.2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-ddt): Update to 1.4.2.

gnu: emacs-which-key: Update to 3.5.3.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-which-key): Update to 3.5.3.

gnu: dino: Enable some features.

* gnu/packages/messaging.scm (dino): Add comments for v0.3.0 release.
[inputs]: Add gspell and icu4c.

gnu: dino: Add missing inputs.

These new inputs are referenced by the package but was missing in
the package definition. Some of these inputs might have been used
by the package indirectly via propagation from other inputs.

* gnu/packages/messaging.scm (dino)[native-inputs]: Add gobject-introspection.
[inputs]: Add atk, cairo, gdk-pixbug+svg, libnice and pango.

gnu: dino: Remove duplicate inputs.

* gnu/packages/messaging.scm (dino)[inputs]: Remove duplicate gpgme,
gtk+, glib-networking and gsettings-desktop-schemas.

gnu: uBlock Origin: Update to 1.36.0.

* gnu/packages/browser-extensions.scm (uassets): Update to 20d21ad7e.
(ublock-origin): Update to 1.36.0.

gnu: ungoogled-chromium: Update to 91.0.4472.114-0.a9eb6fd.

* gnu/packages/chromium.scm (%chromium-version): Set to 91.0.4472.114.
(%ungoogled-revision): Set to a9eb6fd.
(%ungoogled-origin, ungoogled-chromium): Update hashes.

gnu: dovecot-pigeonhole: Update to 0.5.15 [fixes CVE-2020-28200].

* gnu/packages/mail.scm (dovecot-pigeonhole): Update to 0.5.15.

gnu: dovecot: Update to 2.3.15 [fixes CVE-2021-29157 & CVE-2021-33515].

* gnu/packages/mail.scm (dovecot): Update to 2.3.15.

import: egg: Edit egg->guix-package docstring.

* guix/import/egg.scm (egg->guix-package): Edit docstring.

gnu: capnproto: Fix typo in phase name.

* gnu/packages/serialization.scm (capnproto)[arguments]: Rename the
'use-tmp-for-tempory-files phase to 'use-tmp-for-temporary-files.

gnu: lxcfs: Fix typos in description.

* gnu/packages/virtualization.scm (lxcfs)[synopsis, description]: Fix typos.

gnu: font-overpass: Fix typo in description.

* gnu/packages/fonts.scm (font-overpass)[description]: Fix typo.

gnu: r-monocle3: Update to 1.0.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-monocle3): Update to 1.0.0.
[propagated-inputs]: Add r-batchelor, r-leidenbase, and r-rsample.

gnu: Add r-leidenbase.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-leidenbase): New variable.

gnu: Add r-batchelor.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-batchelor): New variable.

gnu: Add r-residualmatrix.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-residualmatrix): New variable.

gnu: r-monocle3: Add missing input.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-monocle3)[propagated-inputs]: Add
r-assertthat.

gnu: python-cfn-lint: Update to 0.51.0.

* gnu/packages/python-web.scm (python-cfn-lint): Update to 0.51.0.
[arguments]: Delete another test that attempts to access the internet.

gnu: python-pyyaml: Update to 5.4.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pyyaml): Update to 5.4.1.

gnu: python-aws-sam-translator: Update to 1.36.0.

* gnu/packages/python-web.scm (python-aws-sam-translator): Update to 1.36.0.

gnu: rust-openssl-sys-0.9: Update to 0.9.64.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-openssl-sys-0.9): Update to 0.9.64.

gnu: mpfrcx: Update to 0.6.2.

* gnu/packages/algebra.scm (mpfrcx): Update to 0.6.2.

gnu: Add eovim.

* gnu/packages/vim (eovim): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: mlt: Don't hardcode gcc value.

* gnu/packages/video.scm (mlt)[arguments]: Adjust make-flags to use
cc-for-target, cxx-for-target.

gnu: Add shotcut.

* gnu/packages/video.scm (shotcut): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: mlt: Add optional dependencies.

* gnu/packages/video.scm (mlt)[inputs]: Add alsa-plugins:pulseaudio,
libebur128, rtaudio, sdl2, sdl2-image, sox, vidstab. Remove sdl.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: mlt: Update to 6.26.1.

* gnu/packages/video.scm (mlt): Update to 6.26.1.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: mlt: Update license.

* gnu/packages/video.scm (mlt)[license]: Change from gpl3 to lgpl2.1+.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: moreutils: Remove obsolete source uri.

* gnu/packages/moreutils.scm (moreutils): Remove obsolete origin uri as
it returns 404.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add python-iced.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-iced): New variable.

gnu: python-argh: Remove python-tox.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-argh)[propagated-inputs]: Remove python-tox.

gnu: r-arrow: Add arrow libraries.

* gnu/packages/cran.scm (r-arrow)[inputs]: Add the lib output of apache-arrow.

gnu: apache-arrow: Update to 4.0.1.

* gnu/packages/databases.scm (apache-arrow): Update to 4.0.1.
[arguments]: Remove trailing boolean; ensure that xsimd is not downloaded and
built anew.
[inputs]: Add xsimd.