grafts: Move '%graft?' and related bindings to (guix store).

The goal is to allow (guix grafts) to use (guix gexp) without
introducing a cycle between these two modules.

* guix/grafts.scm (%graft?, call-without-grafting, without-grafting)
(set-grafting, grafting?): Move to...
* guix/store.scm: ... here.

build-system/python: Disable grafts.

This is consistent with what 'gnu-build' does and makes sure origins
aren't getting lowered with #:graft? #t in one case and not in the
other.

This is a followup to df46bef48eaa43c502fa9193371692c039b460c1 and
dada5e86ed58c1869e30678c4d69582b1528ed6c.

* guix/build-system/python.scm (python-build): Pass #:graft? #f.

tests: 'guix build --with-commit' output no longer refers to the tag ID.

This is a followup to 46f7011591601b4783b2dc2c7252c41564ca0140.

* tests/guix-build-branch.sh: Replace tag ID by commit ID.

gnu: libfs: Update to 1.0.9.

* gnu/packages/xorg.scm (libfs): Update to 1.0.9.

gnu: dmenu: Update to 5.2.

* gnu/packages/suckless.scm (dmenu): Update to 5.2.

gnu: cloc: Update to 1.94.

* gnu/packages/code.scm (cloc): Update to 1.94.

gnu: console-setup: Update to 1.210.

* gnu/packages/xorg.scm (console-setup): Update to 1.210.

gnu: ccache: Update to 4.6.3.

* gnu/packages/ccache.scm (ccache): Update to 4.6.3.

gnu: headsetcontrol: Update to 2.6.1.

* gnu/packages/hardware.scm (headsetcontrol): Update to 2.6.1.

gnu: diffoscope: Update to 224.

* gnu/packages/diffoscope.scm (diffoscope): Update to 224.
* gnu/packages/patches/diffoscope-fix-llvm-test.patch:
Adjust accordingly.

guix-install.sh: Cosmetically tweak non-interactive output.

Avoid printing

  Press return to continue...[1666352494.051]: Starting installation…
  [1666352648.869]: …

when the return itself wasn't echoed on the console.

* etc/guix-install.sh (welcome): Add a carriage return to the prompt,
so that the next line of output may overwrite it.

guix-install.sh: Warn if we suspect dodgy automation.

This doesn't affect the installation (yet), but reserves the right to
default to safe values other than ‘y’ in future.

* etc/guix-install.sh (welcome): Warn if the ‘return’ wasn't.

guix-install.sh: Treat all uncaught errors as fatal.

* etc/guix-install.sh: Set -o pipefail.

guix-install.sh: Suggest what to do if fetching OpenPGP key(s) fails.

* etc/guix-install.sh (chk_gpg_keyring): Report an _err and set the
exit_flag if wget | gpg --import fails.

guix-install.sh: Time out fetching OpenPGP keys.

The default 900s provide no useful backstop in interactive use.

* etc/guix-install.sh (chk_gpg_keyring): Add a 30s wget --timeout.

gnu: lldpd: Update to 1.0.15.

* gnu/packages/networking.scm (lldpd): Update to 1.0.15.

gnu: imapfilter: Use G-expressions.

* gnu/packages/mail.scm (imapfilter)[arguments]:
Rewrite as G-expressions.

gnu: imapfilter: Update to 2.7.6.

* gnu/packages/mail.scm (imapfilter): Update to 2.7.6.

gnu: mpop: Update to 1.4.17.

* gnu/packages/mail.scm (mpop): Update to 1.4.17.

gnu: dnsmasq: Update to 2.87.

* gnu/packages/dns.scm (dnsmasq): Update to 2.87.

gnu: maradns: Update to 3.5.0022.

* gnu/packages/dns.scm (maradns): Update to 3.5.0022.

gnu: dosbox-staging: Update to 0.79.1.

* gnu/packages/emulators.scm (dosbox-staging): Update to 0.79.1.
[arguments]: Delete a problematic file in the 'fix-includes phase.
[inputs]: Add iir & speexdsp.

gnu: dosbox-staging: Remove input labels.

* gnu/packages/emulators.scm (dosbox-staging)[inputs]:
Remove input labels.

gnu: Add iir.

* gnu/packages/audio.scm (iir): New public variable.

gnu: audacious: Update to 4.2.

* gnu/packages/music.scm (audacious): Update to 4.2.
[arguments]: Don't explicitly return #t from phases.

gnu: pd: Use G-expressions.

* gnu/packages/music.scm (pd)[arguments]: Rewrite as G-expressions,
and use SEARCH-INPUT-FILE.

gnu: pd: Remove input labels.

* gnu/packages/music.scm (pd)[native-inputs]:
Remove input labels.

gnu: pd: Remove trailing #t from phases.

* gnu/packages/music.scm (pd)[arguments]: Don't explicitly return #t from phases.

gnu: pd: Update to 0.52-2.

* gnu/packages/music.scm (pd): Update to 0.52-2.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: hdparm: Update to 9.65.

* gnu/packages/linux.scm (hdparm): Update to 9.65.

gnu: acpid: Update to 2.0.34.

* gnu/packages/linux.scm (acpid): Update to 2.0.34.

gnu: numactl: Update to 2.0.16.

* gnu/packages/linux.scm (numactl): Update to 2.0.16.

gnu: criu: Update to 3.17.1.

* gnu/packages/virtualization.scm (criu): Update to 3.17.1.

gnu: jitterentropy-rngd: Use G-expressions.

* gnu/packages/linux.scm (jitterentropy-rngd)[arguments]:
Rewrite as G-expressions.

gnu: jitterentropy-rngd: Update to 1.2.8.

* gnu/packages/linux.scm (jitterentropy-rngd): Update to 1.2.8.

gnu: audit: Update to 3.0.9.

* gnu/packages/admin.scm (audit): Update to 3.0.9.

gnu: guix-build-coordinator: Update to 0-66.a410ff4.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-build-coordinator): Update to
0-66.a410ff4.

gnu: Add shrinkwrap.

* gnu/packages/python-xyz.scm (shrinkwrap): New variable.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: python-lief: Update to 0.12.2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-lief): Update to 0.12.2.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: Add grap.

* gnu/packages/groff.scm (grap): New variable.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: icedove: Update to 102.4.0.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (%icedove-build-id, %icedove-version) Update to 102.4.0.

gnu: icedove: Simplify native inputs.

Moving the thunderbird-source out of native-inputs makes the transition
to simplified inputs easier (at least for me).

* gnu/packages/gnuzilla.scm (%icedove-version, thunderbird-source): New
variables. Move out of the package definition.
(icedove)[arguments]: Adapt 'prepare-thunderbird-sources phase to gexp.
[native-inputs]: Simplify and remove thunderbird-source.

gnu: emacs-org-cliplink: Improve a phase.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org-cliplink)[arguments]<#:phases>: Fix
phase name.  Clarify substitution done in the phase.

gnu: Add emacs-org-cliplink.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org-cliplink): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add emacs-purs-mode.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-purs-mode): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: emacs-pyim: Update to 5.2.6.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-pyim): Update to 5.2.6.

gnu: emacs-auctex: Update to 13.1.5.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-auctex): Update to 13.1.5.

lint: source: Handle <svn-multi-reference> origins.

This is a followup to 2383e145185efb2e6f99931707ec93d65d166432.

* guix/lint.scm (svn-reference-uri-with-userinfo): Accept REF being
an <svn-multi-reference> record.
(check-source): Handle 'svn-multi-reference?' origins like
'svn-reference?' origins.

file-systems: Support the 'no-diratime' mount flag.

* gnu/build/file-systems.scm (mount-flags->bit-mask): Handle 'no-diratime'.
* doc/guix.texi (File Systems): Document it.

syscalls: Define 'MS_NODIRATIME' and recognize "nodiratime".

Fixes <https://issues.guix.gnu.org/58663>.

This is a followup to b665dd4a9902b5722b9e06fd89c203e2221b19e0 and
dcb640f02b1f9590c3bd4301a22bf31bd60c56d4, allowing "nodiratime" to be
preserved for bind mounts.

* guix/build/syscalls.scm (MS_NODIRATIME): New variable.
(option-string->mount-flags): Recognize it.
(statfs-flags->mount-flags): Likewise.

ci: Add 'start-time' and 'stop-time' to <build> records.

* guix/ci.scm (seconds->date): New procedure.
(<build>)[start-time, stop-time]: New fields.
(build-duration): New procedure.

environment: Update docstring of 'launch-environment'.

This is a followup to 78d55b703d155d36520e1c93dc08a6502c56bd55.
Reported by Maxim Cournoyer.

* guix/scripts/environment.scm (launch-environment): Update docstring.

installer: Add a missing confirmation page before formatting.

This is a follow-up of: <https://issues.guix.gnu.org/57232>

* gnu/installer/newt/partition.scm (run-label-page): Add a confirmation page
when dealing with an EFI installation.

gnu: icecat: Update to 102.4.0-guix0-preview1 [security fixes].

Includes fixes for CVE-2022-42927, CVE-2022-42928, CVE-2022-42929, and
CVE-2022-42932.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (%icecat-version, %icecat-build-id): Update.
(icecat-source): Update gnuzilla commit, base version, and hashes.

services: wireguard: Add more configuration fields.

* gnu/services/vpn.scm (<wireguard-configuration>)[pre-up, post-up, pre-down,
post-down, table]: New fields.
(wireguard-configuration-file): Take them into account.
* doc/guix.texi (Wireguard): Update it.

installer: Propose the user to report a "guix system init" failure.

* gnu/installer/newt/final.scm (run-install-failed-page): Add a "Report the
failure" button.

installer: Run the "guix system init" command in a PTY.

Fixes: <https://issues.guix.gnu.org/55360>

* gnu/installer/utils.scm (run-external-command-with-handler/tty): New
procedure.
(run-external-command-with-line-hooks, run-command): Add a TTY? argument.
* gnu/installer/final.scm (install-system): Call run-command with TTY?
argument set to #true.

gnu: Add cl-trivial-sockets.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (cl-trivial-sockets, sbcl-trivial-sockets): New
  variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: linux-libre 5.4: Update to 5.4.219.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.219.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.10: Update to 5.10.149.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.10-version): Update to 5.10.149.
(linux-libre-5.10-pristine-source): Update hash.

gnu: adcli: Update to 0.9.2.

* gnu/packages/sssd.scm (adcli): Update to 0.9.2.

gnu: ne: Cross-compile.

* gnu/packages/text-editors.scm (ne)[arguments]: Use CC-FOR-TARGET and
don't strip binaries.

gnu: Add age-keygen.

* gnu/packages/golang.scm (age-keygen): New public variable.

gnu: Add go-filippo-io-age.

* gnu/packages/password-utils.scm (age): Move from here…
* gnu/packages/golang.scm (age): …to here, and inherit from…
(go-filippo-io-age): …this new source-only package variable.

gnu: pass-age: Unpropagate inputs.

* gnu/packages/password-utils.scm (pass-age)[arguments]:
Add a new 'wrap-script phase.
[propagated-inputs]: Move them all from here…
[inputs]: …to here.  Add missing procps for /bin/pkill.

gnu: tmux: Update to 3.3a.

* gnu/packages/tmux.scm (tmux): Update to 3.3a.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: Add pass-age.

* gnu/packages/password-utils.scm (pass-age): New variable.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: Add age.

* gnu/packages/password-utils.scm (age): New variable.

gnu: Add go-filippo-io-edwards25519.

* gnu/packages/golang.scm (go-filippo-io-edwards25519): New variable.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: python-curtsies: Update to 0.4.0.

* gnu/packages/terminals.scm (python-curtsies): Update to 0.4.0.
[propagated-inputs]: Replace python-blessings with python-blessed.
[native-inputs]: Remove python-mock.

gnu: bpython: Update to 0.23.

* gnu/packages/python-xyz.scm (bpython): Update to 0.23.

gnu: pass-tomb: Update to 1.3.

* gnu/packages/password-utils.scm (pass-tomb): Update to 1.3.

gnu: cracklib: Update to 2.9.8.

* gnu/packages/password-utils.scm (cracklib): Update to 2.9.8.

gnu: iperf: Update to 3.12.

* gnu/packages/networking.scm (iperf): Update to 3.12.

gnu: qtractor: Update to 0.9.28.

* gnu/packages/music.scm (qtractor): Update to 0.9.28.

gnu: padthv1: Update to 0.9.27.

* gnu/packages/music.scm (padthv1): Update to 0.9.27.

gnu: samplv1: Update to 0.9.27.

* gnu/packages/music.scm (samplv1): Update to 0.9.27.

gnu: drumkv1: Update to 0.9.27.

* gnu/packages/music.scm (drumkv1): Update to 0.9.27.

gnu: synthv1: Update to 0.9.27.

* gnu/packages/music.scm (synthv1): Update to 0.9.27.

gnu: mtools: Update to 4.0.41.

* gnu/packages/mtools.scm (mtools): Update to 4.0.41.

gnu: cpuid: Update to 20221003.

* gnu/packages/linux.scm (cpuid): Update to 20221003.

gnu: mcelog: Update to 189.

* gnu/packages/linux.scm (mcelog): Update to 189.

gnu: qjackctl: Remove unused qtx11extras input.

* gnu/packages/audio.scm (qjackctl)[inputs]: Remove qtx11extras.

gnu: qjackctl: Update to 0.9.8.

* gnu/packages/audio.scm (qjackctl): Update to 0.9.8.
[inputs]: Add qtsvg-5.

gnu: cryfs: Remove trailing #t.

* gnu/packages/crypto.scm (cryfs)[arguments]:
Don't explicitly return #t from phases.

gnu: cryfs: Remove input labels.

* gnu/packages/crypto.scm (cryfs)[native-inputs]: Remove label strings.

gnu: cryfs: Update to 0.11.3.

* gnu/packages/crypto.scm (cryfs): Update to 0.11.3.

gnu: bind: Update to 9.16.34.

* gnu/packages/dns.scm (isc-bind): Update to 9.16.34.

gnu: cl-webkit: Update to 3.5.5.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-webkit): Update to 3.5.5.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: python-robotframework-pabot: Update to 2.7.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-robotframework-pabot): Update to 2.7.0.

gnu: python-robotframework-datadriver: Update to 1.6.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-robotframework-datadriver): Update to 1.6.1.

gnu: python-robotframework: Update to 5.0.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-robotframework): Update to 5.0.1.
[phases] {delete-problematic-tests}: Re-instate the sending_signal.robot
tests, fixed upstream.
[native-inputs]: Replace python-jsonschema with python-jsonschema-next.

gnu: libksba: Graft to 1.6.2 [fixes CVE-2022-3515].

* gnu/packages/gnupg.scm (libksba/fixed): New variable.
(libksba): Use it as grafted replacement.

gnu: notmuch: Update to 0.37.

* gnu/packages/mail.scm (notmuch): Update to 0.37.

gnu: emacs-org-modern: Update to 0.5.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org-modern): Update to 0.5.

gnu: xournalpp: Update to 1.1.2.

* gnu/packages/pdf.scm (xournalpp): Update to 1.1.2.

gnu: scummvm: Use G-expressions.

* gnu/packages/emulators.scm (scummvm)[arguments]: Use G-expressions.

gnu: scummvm: Update to 2.6.1.

* gnu/packages/emulators.scm (scummvm): Update to 2.6.1.

gnu: Add nbfc-linux.

* gnu/packages/linux.scm (nbfc-linux): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: wolfssl: Update to 5.5.1 [security fixes].

* gnu/packages/tls.scm (wolfssl): Update to 5.5.1.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>