gnu: libuv: Update to 1.20.3.

* gnu/packages/libevent.scm (libuv): Update to 1.20.3.

gnu: cmake: Delete Emacs library.

* gnu/packages/cmake.scm (cmake)[arguments]: Delete Emacs library.

gnu: jemalloc: Update to 5.1.0.

* gnu/packages/jemalloc.scm (jemalloc): Update to 5.1.0.
[source](patches): Remove.
* gnu/packages/patches/jemalloc-arm-address-bits.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

build-system/meson: Use 'strip-runpath' instead of PatchELF.

* guix/build/meson-build-system.scm (fix-runpath): Call 'strip-runpath'
instead of invoking 'patchelf'.

gremlin: Add 'strip-runpath'.

* guix/build/gremlin.scm (strip-runpath): New procedure.
* tests/gremlin.scm (c-compiler): New variable.
("strip-runpath"): New test.

gremlin: Preserve offset info for dynamic entries.

* guix/build/gremlin.scm (<dynamic-entry>): New record type.
(raw-dynamic-entries): Return a list of <dynamic-entry>.
(dynamic-entries): Adjust accordingly and return a list of <dynamic-entry>.
(elf-dynamic-info)[matching-entry]: New procedure.
Use it.

gnu: libsigsegv: Install the shared library.

Suggested by Weldon Goree <weldon@b.rontosaur.us>.

* gnu/packages/libsigsegv.scm (libsigsegv)[arguments]: Add
  #:configure-flags.

gnu: python2: Update to 2.7.15.

* gnu/packages/python.scm (python-2.7): Update to 2.7.15.

gnu: dbus: Update to 1.12.8.

* gnu/packages/glib.scm (dbus): Update to 1.12.8.

gnu: boost: Update to 1.67.0.

* gnu/packages/boost.scm (boost): Update to 1.67.0.

gnu: cups-filters: Update to 1.20.3.

* gnu/packages/cups.scm (cups-filters): Update to 1.20.3.

gnu: cups-minimal, cups: Update to 2.2.7.

* gnu/packages/cups.scm (cups-minimal): Update to 2.2.7.
[source]: Add patch to build without LINUX-PAM.
* gnu/packages/patches/cups-fix-builds-without-PAM.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: libgpg-error: Update to 1.29.

* gnu/packages/gnupg.scm (libgpg-error): Update to 1.29.
[source]: Remove upstreamed patch.
* gnu/packages/patches/libgpg-error-aarch64-logging-fix.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: libjpeg: Update to 9c.

* gnu/packages/image.scm (libjpeg): Update to 9c.

gnu: file: Update to 5.33.

* gnu/packages/file.scm (file): Update to 5.33.

gnu: poppler: Update to 0.64.0.

* gnu/packages/pdf.scm (poppler): Update to 0.64.0.

gnu: xz: Update to 5.2.4.

* gnu/packages/compression.scm (xz): Update to 5.2.4.

gnu: cmake: Update to 3.11.1.

* gnu/packages/cmake.scm (cmake): Update to 3.11.1.

gnu: libuv: Update to 1.20.2.

* gnu/packages/libevent.scm (libuv): Update to 1.20.2.

gnu: sqlite: Update to 3.23.1.

* gnu/packages/databases.scm (sqlite): Update to 3.23.1.

gnu: cairo: Update to 1.14.12.

* gnu/packages/gtk.scm (cairo): Update to 1.14.12.

gnu: pango: Update to 1.42.1.

* gnu/packages/gtk.scm (pango): Update to 1.42.1.

gnu: gobject-introspection: Update to 1.56.1.

* gnu/packages/glib.scm (gobject-introspection): Update to 1.56.1.

gnu: glib: Update to 2.56.1.

* gnu/packages/glib.scm (glib): Update to 2.56.1.

Merge branch 'master' into core-updates

gnu: linux-libre: Update to 4.16.6.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.16.6.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.38.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.38.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.97.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.97.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.130.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.130.

services: Add modem-manager-service-type.

* gnu/services/networking.scm (modem-manager-service-type): New variable.
(<modem-manager-configuration>): New variable.
(modem-manager-configuration): New procedure.
(modem-manager-configuration?): New procedure.
* doc/guix.texi (Networking Services): Document it.
* gnu/tests/networking.scm: Import (gnu services base).

services: Move static-networking to (gnu services base).

* gnu/services/networking.scm (static-networking, static-networking?,
static-networking-interface, static-networking-ip, static-networking-netmask,
static-networking-gateway, static-networking-requirement,
static-networking-service, static-networking-service-type): Move to...
* gnu/services/base.scm: ...here.

gnu: Add java-apache-ivy.

* gnu/package/java.scm (java-apache-ivy): New variable.
* gnu/packages/patches/java-apache-ivy-port-to-latest-bouncycastle.patch:
New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: Add java-jsch-agentproxy-jsch.

* gnu/packages/java.scm (java-jsch-agentproxy-jsch): New variable.

gnu: Add java-jsch-agentproxy-connector-factory.

* gnu/packages/java.scm (java-jsch-agentproxy-connector-factory): New
variable.

gnu: Add java-jsch-agentproxy-usocket-nc.

* gnu/packages/java.scm (java-jsch-agentproxy-usocket-nc): New variable.

gnu: Add java-jsch-agentproxy-pageant.

* gnu/packages/java.scm (java-jsch-agentproxy-pageant): New variable.

gnu: Add java-jsch-agentproxy-usocket-jna.

* gnu/packages/java.scm (java-jsch-agentproxy-usocket-jna): New
variable.

gnu: Add java-jsch-agentproxy-sshagent.

* gnu/packages/java.scm (java-jsch-agentproxy-sshagent): New variable.

gnu: Add java-jsch-agentproxy-core.

* gnu/packages/java.scm (java-jsch-agentproxy-core): New variable.

gnu: Add java-bouncycastle.

* gnu/packages/java.scm (java-bouncycastle): New variable.
(java-bouncycastle-bcprov, java-bouncycastle-bcpkix): Remove variable.
(java-kafka-clients)[inputs]: Use java-bouncycastle.

build: Use only one domain for guix-manual.

* Makefile.am (assert-no-store-file-names): Exclude guix-manual.
* po/doc/guix.pot po/doc/contributing.pot: Merge into...
* po/doc/guix-manual.pot: ...this.
* po/doc/guix.fr.po po/doc/contributing.fr.po: Merge into...
* po/doc/guix-manual.fr.po: ...this.
* doc/local.mk: Replace old file names.
* po/doc/local.mk: Replace old file names.

gnu: Add u-boot-mx6cuboxi.

* gnu/packages/bootloaders.scm (u-boot-mx6cuboxi): New variable.

gnu: Add u-boot-wandboard.

* gnu/packages/bootloaders.scm (u-boot-wandboard): New variable.

gnu: make-u-boot-package: Install 'SPL' files also.

* gnu/packages/bootloaders.scm (make-u-boot-package)[arguments]: Add 'SPL'
files to the files installed during custom 'install phase.

file-systems: Expound '%pseudo-file-system-types'.

Reported by Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>.

* gnu/system/file-systems.scm (%pseudo-file-system-types): Add
"debugfs", "efivarfs", "hugetlbfs", "overlay", and "securityfs".

gnu: utf8proc: Update to 2.1.1.

* gnu/packages/textutils.scm (utf8proc): Update to 2.1.1.

gnu: Use HTTPS for julialang.org home pages.

* gnu/packages/textutils.scm (utf8proc)[home-page]: Use HTTPS.
* gnu/packages/julia.scm (julia)[home-page]: Likewise

gnu: python-autopep8: Update to 1.3.5

* gnu/packages/python.scm (python-autopep8): Update to 1.3.5

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-autograd

* gnu/packages/machine-learning.scm (python-autograd, python2-autograd): New
variables.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: escpr: Update to 1.6.20.

* gnu/packages/cups.scm (escpr): Update to 1.6.20.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gcc-toolchain: Add "static" output.

This allows the use of 'gcc-toolchain' to create statically-linked
executables (requires libc.a.)

* gnu/packages/commencement.scm (make-gcc-toolchain): Add "static"
output.  Add "libc-static" to 'inputs'.  Add call to 'union-build' for
the "static" output.

gnu: dfc: Update to 3.1.1.

* gnu/packages/admin.scm (dfc): Update to 3.1.1.

gnu: notmuch: Update to 0.26.2.

* gnu/packages/mail.scm (notmuch): Update to 0.26.2.

gnu: godot: Update to 3.0.2.

* gnu/packages/game-development.scm (godot): Update to 3.0.2.

gnu: godot: Remove unused bundled libraries from the source.

While at it, also use system libvpx.

* gnu/packages/game-development.scm (godot)[source](snippet): New field.
[arguments]: Add "builtin_libvpx=no" to #:scons-flags.
[inputs]: Add LIBVPX.

gnu: godot: Add a file extension to source file name.

* gnu/packages/game-development.scm (godot)[source](file-name): Append ".tar.gz".

gnu: python-yapf: Update to 0.21.0.

* gnu/packages/python.scm (python-yapf): Update to 0.21.0.

Signed-off-by: Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>

gnu: mes: Update to 0.13.

* gnu/packages/mes.scm (mes): Update to 0.13.  Use new gitlab url scheme.

gnu: virt-manager: Update to 1.5.1.

* gnu/packages/virtualization.scm (virt-manager): Update to 1.5.1.

gnu: fabric: Update to 1.14.0.

* gnu/packages/admin.scm (fabric): Update to 1.14.0;
[native-inputs]: Add python2-pynacl and python2-bcrypt.

gnu: roary: Update to 3.12.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (roary): Update to 3.12.0.

gnu: gnome-terminal: Update to 3.28.1.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-terminal): Update to 3.28.1.

gnu: vte: Update to 0.52.1.

* gnu/packages/gnome.scm (vte): Update to 0.52.1.

gnu: star: Update to 2.6.0a.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (star): Update to 2.6.0a.

gnu: multiqc: Update to 1.5.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (multiqc): Update to 1.5.

gnu: express: Link with shared protobuf library.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (express): Link with shared protobuf
  library.

gnu: Add r-codedepends.

* gnu/packages/cran.scm (r-codedepends): New variable.

gnu: bamtools: Update to 2.5.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (bamtools): Update to 2.5.1.

gnu: taxtastic: Update to 0.8.5.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (taxtastic): Update to 0.8.5.

gnu: nnn: Update to 1.7.

* gnu/packages/admin.scm (nnn): Update to 1.7.

guix system: Report wrong file system 'device' fields.

Previously, if you wrote (device "my-label") without (title 'label),
you'd get:

  guix system: error: stat: No such file or directory: "my-label"

Now you get a proper error and a hint.

Reported by Pierre-Antoine Rouby.

* guix/scripts/system.scm (check-file-system-availability)[literal]: New
variable.  Loop over LITERAL.
* gnu/system/file-systems.scm (%pseudo-file-system-types): New variable.
* guix/ui.scm (display-hint): Make public.

doc: Add tips for Vim users.

* doc/contributing.texi (Formatting Code): Add a paragraph about Vim.

gnu: libstaroffice: Update to 0.0.6.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libstaroffice): Update to 0.0.6.

gnu: perl-multidimensional: Update to 0.014.

* gnu/packages/perl.scm (perl-multidimensional): Update to 0.014.

gnu: perl-bareword-filehandles: Update to 0.006.

* gnu/packages/perl.scm (perl-bareword-filehandles): Update to 0.006.

gnu: vsearch: Update to 2.8.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (vsearch): Update to 2.8.0.

gnu: diamond: Update to 0.9.21.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (diamond): Update to 0.9.21.

gnu: emacs-websocket: Update to 1.10.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-websocket): Update to 1.10.
[source]: Fetch from git.

gnu: r-robustbase: Update to 0.93-0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-robustbase): Update to 0.93-0.

gnu: r-r-oo: Update to 1.22.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-r-oo): Update to 1.22.0.

gnu: r-foreign: Update to 0.8-70.

* gnu/packages/statistics.scm (r-foreign): Update to 0.8-70.

gnu: r-metap: Update to 0.9.

* gnu/packages/cran.scm (r-metap): Update to 0.9.

gnu: r-pillar: Update to 1.2.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-pillar): Update to 1.2.2.

gnu: emacs-slack: Update to 0-4.d903954.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-slack): Update to 0-4.d903954.

services: Set default <dhcpd-configuration> version to "4".

* gnu/services/networking.scm (<dhcpd-configuration>) <version>: Set the
default to "4" instead of "6"; both our manual and upstream says the default
should be "4".

gnu: thefuck: Use INVOKE.

* gnu/packages/admin.scm (thefuck)[arguments]: Substitute INVOKE for
SYSTEM* and end phase with explicit #t.

gnu: thefuck: Update to 3.26.

* gnu/packages/admin.scm (thefuck): Update to 3.26.

gnu: infamous-plugins: Update to 0.2.04.

* gnu/packages/audio.scm (infamous-plugins): Update to 0.2.04.

gnu: infamous-plugins: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/audio.scm (infamous-plugins)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: drumstick: Update to 1.1.1.

* gnu/packages/music.scm (drumstick): Update to 1.1.1.
[inputs]: Remove fluidsynth.

gnu: mpd: Update to 0.20.19.

* gnu/packages/mpd.scm (mpd): Update to 0.20.19.

gnu: tuxguitar: Update to 1.5.

* gnu/packages/music.scm (tuxguitar): Update to 1.5.

gnu: tuxguitar: Update home page.

The tuxguitar.pw domain is infested with squatters.

* gnu/packages/music.scm (tuxguitar)[home-page]: Update.

gnu: perl-clone: Update to 0.39.

* gnu/packages/perl.scm (perl-clone): Update to 0.39.

gnu: perl-strictures@2: Update to 2.000004.

* gnu/packages/perl.scm (perl-strictures-2): Update to 2.000004.

gnu: ranger: Fix description and tests.

* gnu/packages/disk.scm (ranger)[arguments]: Replace '#:phases' with
'#:test-target'.
[description]: Remove texinfo markup.  'VI' -> 'Vi'.

gnu: Add Ranger.

* gnu/packages/disk.scm (ranger): New variable.

gnu: mumps: Update to 5.1.2.

* gnu/packages/maths.scm (mumps): Update to 5.1.2.

gnu: scotch: Update to 6.0.5a.

* gnu/packages/patches/pt-scotch-build-parallelism.patch: Delete files.
* gnu/packages/patches/scotch-build-parallelism.patch,
gnu/packages/patches/scotch-graph-diam-64.patch,
gnu/packages/patches/scotch-graph-induce-type-64.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/maths.scm (scotch): Update to 6.0.5a.
[source](patches): Adjust accordingly.

gnu: darktable: Update to 2.4.3.

* gnu/packages/photo.scm (darktable): Update to 2.4.3.