gnu: gtk+@2: Use 'librsvg-for-system'.

* gnu/packages/gtk.scm (gtk+-2)[propagated-inputs]: Use
'librsvg-for-system' unconditionally.

gnu: libsoup: Remove unneeded dependency on PHP.

* gnu/packages/gnome.scm (libsoup-minimal)[native-inputs]: Remove PHP.

gnu: gtk+: Use 'librsvg-for-system'.

This brings back SVG support on non-x86_64 platforms.

* gnu/packages/gtk.scm (gtk+)[inputs]: Use 'librsvg-for-system'
unconditionally.
[arguments]: In 'disable-failing-tests' phase, remove conditional
substitutions aimed for non-x86_64 targets lacking librsvg support.
* gnu/packages/gnome.scm (libhandy)[arguments]: Likewise, remove
'skip-test-that-requires-svg' phase.

gnu: emacs: Use 'librsvg-for-system'.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs)[inputs]: Use 'librsvg-for-system'
unconditionally.

gnu: openbox: Use 'librsvg-for-system'.

* gnu/packages/openbox.scm (openbox)[inputs]: Use 'librsvg-for-system'
unconditionally.

gnu: mate: Depend on 'librsvg-for-system'.

* gnu/packages/mate.scm (engrampa)[inputs]: Replace LIBRSVG by
LIBRSVG-FOR-SYSTEM.
(libmatekbd)[inputs]: Likewise.
(mate-panel)[inputs]: Likewise.
(mate-screensaver)[inputs]: Likewise.
(mate-utils)[inputs]: Likewise.
(mate-control-center)[inputs]: Likewise.
(eom)[inputs]: Likewise, and remove duplicate
[license]: Remove unnecessary list.

gnu: librsvg@2.40: Depend on the default Pango version.

This avoids conflicts where, say, gtk+ would pull pango@1.44 whereas
mate-control-center would additionally pull pango@1.42 via librsvg@2.40
on i686-linux.

* gnu/packages/gnome.scm (librsvg-2.40)[arguments]: In
'remove-failing-tests' phase, remove two additional tests.
[inputs]: Change PANGO-1.42 to PANGO.

gnu: Add texlive-latex-luatex.

When TeX Live was updated to version 2021 the ‘lualatex’ format started
being generated with the LuaHBTeX engine, but the ‘lualatex’ command still
uses the LuaTeX engine. This causes the command to fail:

  user@popigai:~$ lualatex hello.tex
  This is LuaTeX, Version 1.13.0 (TeX Live 2021/GNU Guix)
  restricted system commands enabled.

  ---! lualatex.fmt was written by luahbtex
  (Fatal format file error; I'm stymied)user@popigai:~$

The correct way to fix this problem would be either to change texlive-bin
to make ‘lualatex’ use the LuaHBTeX engine, or to change texlive-latex-base
to generate ‘lualatex.fmt’ with LuaTeX. Both options would rebuild large
parts of the world.

Ricardo Wurmus suggested creating a new package to provide ‘lualatex.fmt’
for LuaTeX as a workaround. This is what this package does.

Fixes https://issues.guix.gnu.org/51252.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-luatex): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gtranslator: Fix URL.

Reported by Vivien Kraus.

* gnu/packages/gnome.scm (gtranslator)[source]: Change
'version-major+minor' to 'version-major'.

gnu: Add libnftnl/fixed.

* gnu/packages/linux.scm (libnftnl/fixed): New variable.

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into core-updates-frozen

gnu: python-bwapy: Remove sanity-check.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-bwapy)[arguments]: Add phase
'relax-requirements to accept a slightly older version of wheel; remove the
'sanity-check phase.

gnu: Remove python2-plastid.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python2-plastid): Remove variable.

gnu: Remove python2-twobitreader.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python2-twobitreader): Remove variable.

gnu: python-bbknn: Fix sanity-check phase.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-bbknn)[arguments]: Add phase
'do-not-fail-to-find-sklearn, which prevents the 'sanity-check phase from
failing.

gnu: python-bbknn: Add missing input.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-bbknn)[propagated-inputs]: Add
python-scikit-learn.

gnu: velvet: Add missing TeX package.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (velvet)[native-inputs]: Add
texlive-fonts-ec.

gnu: velvet: Remove trailing #T.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (velvet)[arguments]: Remove trailing #T from
build phases.

gnu: python-bwapy: Remove pre-built object files.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-bwapy)[source]: Remove all .o files
in a snippet.

gnu: metabat: Remove trailing #T.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (metabat)[arguments]: Remove trailing #T
from build phases.

gnu: clapack: Pass -fcommon to compiler.

* gnu/packages/maths.scm (clapack)[arguments]: Set CFLAGS.

gnu: clapack: Remove trailing #T.

* gnu/packages/maths.scm (clapack)[arguments]: Remove trailing #T from build
phases.

gnu: tla2tools: Remove remaining reference to %output.

This is a follow-up to commit 7e6ee16d498f48b7bb74fefe5d3d67c62b5baa9d.

* gnu/packages/java.scm (tla2tools)[arguments]: Remove remaining reference to
%output.

gnu: kraken2: Remove reference to %outputs.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (kraken2)[arguments]: Remove reference to
%outputs by using a gexp.

gnu: methyldackel: Remove reference to %outputs.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (methyldackel)[arguments]: Remove reference
to %outputs by using a gexp.

gnu: phast: Remove reference to %outputs.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (phast)[arguments]: Remove reference to
%outputs by using a gexp.

gnu: libsbml: Remove references to %build-inputs.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (libsbml)[arguments]: Remove references to
%build-inputs by using a gexp.

gnu: ataqv: Remove references to %outputs and %build-inputs.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (ataqv)[arguments]: Remove references to
%outputs and %build-inputs by using a gexp.

gnu: adapterremoval: Remove reference to %outputs.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (adapterremoval)[arguments]: Remove
reference to %outputs by using a gexp.

gnu: bbmap: Remove reference to %build-inputs.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (bbmap)[arguments]: Remove reference to
%build-inputs by using a gexp.

gnu: intervaltree: Remove reference to %outputs.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (intervaltree)[arguments]: Remove reference
to %outputs by using a gexp.

gnu: biobambam2: Remove reference to %build-inputs.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (biobambam2)[arguments]: Remove reference to
%build-inputs by using a gexp.

gnu: sjcount: Remove reference to %build-inputs.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (sjcount)[arguments]: Remove reference to
%build-inputs by using a gexp.

gnu: sjcount: Remove trailing #T.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (sjcount)[arguments]: Remove trailing #T
from build phases.

gnu: dropseq-tools: Remove reference to %build-inputs.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (dropseq-tools)[arguments]: Remove reference
to %build-inputs by using a gexp.

gnu: dropseq-tools: Remove trailing #T.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (dropseq-tools)[arguments]: Remove
trailing #T from build phases...
[source]: ...and from the snippet.

gnu: python-django-netfields: Update to 1.2.4.

* gnu/packages/django.scm (python-django-netfields): Update to 1.2.4.

gnu: python-django: Update to 3.2.9.

* gnu/packages/django.scm (python-django): Update to 3.2.9.

import: PyPI: Validate GPG signatures when applicable.

* guix/import/pypi.scm (<distribution>): Fix funny typo.
(latest-release): When the distribution has a cryptographic signature, pass it
along to UPSTREAM-SOURCE.

gnu: drbd-utils: Update to 9.19.1.

* gnu/packages/cluster.scm (drbd-utils): Update to 9.19.1.

gnu: emacs-peg: Update to 0.10.3.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-peg): Update to 0.10.3.

gnu: tbb: Update to 2021.4.0.

* gnu/packages/tbb.scm (tbb): Update to 2021.4.0.

gnu: Adjust for python-build-system behavior change.

Commit cb72f9a773e0931ee3758c851d96007ded034e4c changed the semantics of
SITE-PACKAGES, but did not adjust all callers.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-pyvcf)[arguments]: Adjust for
missing trailing slash.
* gnu/packages/maths.scm (nomad-optimizer)[arguments]: Likewise.
* gnu/packages/patchutils.scm (patchwork)[arguments]: Likewise.

gnu: python-pyvcf: Fix bytecode compilation.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-pyvcf)[arguments]: Add phase to
patch sample script.

gnu: python-whisper: Update to 1.1.8.

* gnu/packages/monitoring.scm (python-whisper): Update to 1.1.8.

gnu: python-mailman-hyperkitty: Update to 1.2.0.

* gnu/packages/mail.scm (python-mailman-hyperkitty): Update to 1.2.0.
[source](patches): Remove.

gnu: python-hyperkitty: Update to 1.3.5.

* gnu/packages/mail.scm (python-hyperkitty): Update to 1.3.5.
[arguments]: Add pythonpath in test invokation.
[propagated-inputs]: Add PYTHON-MISTUNE-NEXT.  Change from PYTHON-DJANGO-2.2
to PYTHON-DJANGO.
[native-inputs]: Add PYTHON-LXML.

gnu: Add python-mistune-next.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-mistune-next): New variable.

gnu: python-django-haystack: Update to 3.1.1.

* gnu/packages/django.scm (python-django-haystack): Update to 3.1.1.
[arguments]: Adjust substitution.

gnu: python-alembic: Update to 1.7.5.

* gnu/packages/databases.scm (python-alembic): Update to 1.7.5.
[propagated-inputs]: Remove PYTHON-IMPORTLIB-RESOURCES.

gnu: ganeti: Add the output directory on GUIX_PYTHONPATH.

This is a follow-up to commit 1ed567c8721ec2810fdb70f1c6fc8396a705d503.

* gnu/packages/virtualization.scm (ganeti)[arguments]: Adjust wrap phase to
include Ganetis own site-packages on $GUIX_PYTHONPATH.

gnu: python-webassets: Patch for Python 3.9.

* gnu/packages/python-web.scm (python-webassets)[arguments]: Add
substitution.

gnu: python-django-mailman3: Update to 1.3.7.

* gnu/packages/mail.scm (python-django-mailman3): Update to 1.3.7.

gnu: python-mailmanclient: Update to 3.3.3.

* gnu/packages/mail.scm (python-mailmanclient): Update to 3.3.3.

gnu: python-django-url-filter: Adjust phase order.

* gnu/packages/django.scm (python-django-url-filter)[arguments]: Move
substitution to after the unpack phase, so that it does not end up in the egg
info.

gnu: python-django-netfields: Propagate psycopg2.

* gnu/packages/django.scm (python-django-netfields)[propagated-inputs]: Add
PYTHON-PSYCOPG2.

gnu: python-django-logging-json: Disable sanity check.

* gnu/packages/django.scm (python-django-logging-json)[arguments]: Add
 #:phases.

gnu: python-django-appconf: Fix tests.

* gnu/packages/django.scm (python-django-appconf): Invoke django-admin with
custom pythonpath.

gnu: python-django-pipeline: Fix tests.

* gnu/packages/django.scm (python-django-pipeline): Provide pythonpath to
django-admin.

gnu: python-django-sortedm2m: Fix tests.

This is a follow-up to commit 283d5ac97f2f7663b788bd2fc3b9a27a3d82c7d5.

* gnu/packages/django.scm (python-django-sortedm2m): Invoke django-admin with
pythonpath and test settings.

gnu: python-django-contact-form: Update to 1.9.

* gnu/packages/django.scm (python-django-contact-form): Update to 1.9.

gnu: python-django-jinja: Update to 2.9.1.

* gnu/packages/django.scm (python-django-jinja): Update to 2.9.1.

gnu: python-django-haystack: Disable sanity check.

* gnu/packages/django.scm (python-django-haystack)[arguments]: Delete one
phase.  While at it, remove trailing #t's.

gnu: python-fakeredis: Update to 1.7.0.

* gnu/packages/databases.scm (python-fakeredis): Update to 1.7.0.

gnu: Django packages propagate Django, after all.

This reverts commit d7922f488b658b1adb5aff09f04a9bed0221aee1.  Mainly to
placate the new 'sanity-check' phase, and because --with-input and friends
makes it easy to override.

* gnu/packages/django.scm (python-django-extensions,
python-django-simple-math-captcha, python-django-taggit,
python-easy-thumbnails, python-django-haystack, python-django-allauth,
python-django-debug-toolbar, python-django-debug-toolbar-alchemy,
python-django-assets, python-django-jinja, python-django-picklefield,
python-django-bulk-update, python-django-contact-form,
python-django-contrib-comments, python-django-pipeline, python-django-redis,
python-django-rq, python-django-q, python-django-sortedm2m,
python-django-appconf, python-django-statici18n, python-djangorestframework,
python-django-sekizai, python-django-crispy-forms,
python-django-override-storage, python-django-auth-ldap,
python-django-logging-json, python-django-netfields,
python-django-url-filter)[propagated-inputs]: Add PYTHON-DJANGO.
[native-inputs]: Remove it.

gnu: Add imppg

* gnu/packages/astronomy.scm: (imppg): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add pqiv.

* gnu/packages/image-viewers.scm (pqiv): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add pudb.

* gnu/packages/python-xyz.scm (pudb): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: leo: Use GIT-VERSION.

* gnu/packages/web-browsers.scm (leo)[source]: Use `git-version' instead of
crafting version string.  Also fix indentation.

gnu: Add leo.

* gnu/packages/web-browsers.scm (leo): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: minimap2: Update to 2.23.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (minimap2): Update to 2.23.

gnu: Add guile-ini.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-ini): New variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: evolution: Build with libsoup 2.

* gnu/packages/gnome.scm (evolution) [phase adjust-webkitgtk-version]: Remove
it.
[inputs]: Depend on webkitgtk-with-libsoup2 instead of webkitgtk.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: tla2tools: Remove reference to %output.

* gnu/packages/java.scm (tla2tools)[arguments]: Bind OUTPUTS in build phase
'install to remove reference to %output.

gnu: java-log4j-core: Remove reference to %outputs.

* gnu/packages/java.scm (java-log4j-core)[arguments]: Remove reference to
%outputs by using a gexp.

gnu: java-log4j-api: Remove reference to %outputs.

* gnu/packages/java.scm (java-log4j-api)[arguments]: Remove reference to
%outputs by using a gexp.

gnu: java-native-access: Use older GCC.

* gnu/packages/java.scm (java-native-access)[native-inputs]: Add gcc-7 to fix
the build.

gnu: java-commons-math3: Remove trailing #T.

* gnu/packages/java.scm (java-commons-math3)[arguments]: Remove trailing #T
from build phase.

gnu: salmon: Remove reference to %build-inputs.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (salmon)[arguments]: Use a gexp to remove
reference to %build-inputs.

gnu: Add libphonenumber

* gnu/package/messaging.scm (libphonenumber): New variable

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add guile-smc

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-smc): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: libhandy: Skip test that requires librsvg on non-x86_64.

* gnu/packages/gnome.scm (libhandy)[arguments]: Add
'skip-test-that-requires-svg' phase on non-x86_64.

gnu: gtranslator: Update to 40.0.

* gnu/packages/gnome.scm (gtranslator): Update to 40.0.
[inputs]: Add LIBHANDY.

gnu: gtranslator: Fix compilation.

* gnu/packages/gnome.scm (gtranslator)[inputs]: Replace LIBSOUP with
LIBSOUP-MINIMAL-2.
[arguments]: Pass #:meson.

gnu: libgda: Do not use the bundled sqlite.

* gnu/packages/gnome.scm (libgda)[source]: Add snippet.
[arguments]: Pass "--enable-system-sqlite".
[inputs]: Add SQLITE.

gnu: java-commons-math3: Remove references to %build-inputs.

* gnu/packages/java.scm (java-commons-math3)[arguments]: Use a gexp
to remove references to %build-inputs.

gnu: java-commons-collections4: Remove references to %build-inputs.

* gnu/packages/java.scm (java-commons-collections4)[arguments]: Use a gexp
to remove references to %build-inputs.

gnu: java-commons-exec-1.1: Remove references to %build-inputs.

* gnu/packages/java.scm (java-commons-exec-1.1)[arguments]: Use a gexp
to remove references to %build-inputs.

gnu: java-commons-exec: Remove references to %build-inputs.

* gnu/packages/java.scm (java-commons-exec)[arguments]: Use a gexp to
remove references to %build-inputs.

gnu: maven-components-parent-pom-22: Remove references to %build-inputs.

* gnu/packages/maven-parent-pom.scm (maven-components-parent-pom-22)
[arguments]: Use a gexp to remove references to %build-inputs.

gnu: java-sonatype-oss-parent-pom-9: Remove references to %build-inputs.

* gnu/packages/maven-parent-pom.scm (java-sonatype-oss-parent-pom-9)
[arguments]: Use a gexp to remove references to %build-inputs.

gnu: ocaml4.07-ppx-let: Make 'properties' an alist.

The incorrect 'properties' value was introduced in
3649c56a5f23501a5bb3418dc6047b71d494f0fa.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml4.07-ppx-let)[properties]: Turn into an
alist.

gnu: sailfish: Remove references to %build-inputs.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (sailfish)[arguments]: Use a gexp to remove
references to %build-inputs.

gnu: sailfish: Simplify snippet.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (sailfish)[source]: Remove trailing #T from
snippet.

gnu: piranha: Remove references to %build-inputs.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (piranha)[arguments]: Use gexp to remove
references to %build-inputs.

gnu: piranha: Remove trailing #T.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (piranha)[arguments]: Remove trailing #T
from build phases.

gnu: emboss: Remove reference to %build-inputs.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (emboss)[arguments]: Use gexp to remove
reference to %build-inputs.

gnu: vcftools: Replace references to %outputs.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (vcftools)[arguments]: Use gexp to remove
references to %outputs.

gnu: seqan-1: Use gexp for builder.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (seqan-1)[arguments]: Use a gexp to remove
references to %build-inputs and %outputs.

gnu: seqan-2: Use gexp for builder.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (seqan-2)[arguments]: Use a gexp to remove
references to %build-inputs and %outputs.