gnu: guix: Cross-build workaround: Run native guile for version.

We need to take some care here, the native guile is not necessarily always the
same version as the host guile.

* gnu/packages/package-management.scm (guix)[arguments]: Do not attempt to run
host guile for getting effective-version; resort to native guile.

gnu: guix: Do not copy bootstrap-guile when cross-compiling.

* gnu/packages/package-management.scm (guix)[arguments]: When cross-compiling,
skip copy-bootstrap-guile phase; needed for tests only.

Merge branch 'master' into core-updates

gnu: python-publicsuffix2: Adjust for Guile 3.0.

* gnu/packages/python-web.scm (python-publicsuffix2): Provide explicit
destination in calls to FORMAT.

gnu: nim: Adjust for Guile 3.0.

* gnu/packages/nim.scm (nim)[arguments]: Provide explicit destination in calls
to FORMAT.

gnu: tpacpi-bat: Adjust for Guile 3.0.

* gnu/packages/linux.scm (tpacpi-bat)[arguments]: Provide explicit destination
in calls to FORMAT.

gnu: nmoldyn: Adjust for Guile 3.0.

* gnu/packages/chemistry.scm (nmoldyn)[arguments]: Provide explicit
destination in calls to FORMAT.

gnu: calcurse: Adjust for Guile 3.0.

* gnu/packages/calcurse.scm (calcurse)[arguments]: Provide explicit
destination in calls to FORMAT.

gnu: thinkfan: Adjust for Guile 3.0.

* gnu/packages/linux.scm (thinkfan)[arguments]: Provide explicit destination
in calls to FORMAT (destination is no longer optional with Guile 3).

gnu: Add sylpheed.

* gnu/packages/mail.scm (sylpheed): New variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: Add xarchiver.

* gnu/packages/compression (xarchiver): New variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: Add python-osc.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-osc): New variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: hugin: Update to 2019.2.0.

* gnu/packages/photo.scm (hugin): Update to 2019.2.0.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: maradns: Fix cross compilation.

* gnu/packages/dns.scm (maradns)[arguments]: Build make_32bit_tables for the
host.

vm: Remove unused import.

* gnu/system/vm.scm: Do not import (gnu packages make-bootstrap).

gnu: perl-glib: Update to 1.3292.

* gnu/packages/glib.scm (perl-glib): Update to 1.3292.

gnu: svt-av1: Update to 0.8.2.

* gnu/packages/video.scm (svt-av1): Update to 0.8.2.

gnu: arm-trusted-firmware: Update to 2.3.

* gnu/packages/firmware (make-arm-trusted-firmware): Update to 2.3.
  [source]: Remove hdcp patch.
* gnu/packages/patches/arm-trusted-firmware-disable-hdcp.patch: Remove patch.
* gnu/local.mk: Update accordingly.

gnu: Add sbcl-stumpwm-globalwindows.

* gnu/packages/wm.scm (sbcl-stumpwm-globalwindows): New variable.

tests: Add 'guile-final' to the installation test GC roots.

* gnu/tests/install.scm (run-install): Add GUILE-FINAL to
OPERATING-SYSTEM-WITH-GC-ROOTS.

doc: guix: Fix some markup.

* doc/guix.texi (Build Systems):
(Base Services):
(X Window):
(Printing Services):
(Mail Services):
(Messaging Services):
(LDAP Services):
(Virtualization Services):
(Version Control Services): Use @samp, @code and double quotes where
appropriate.

doc: cookbook: Fix quotes.

* doc/guix-cookbook.texi (Basic setup with manifests):
(Default profile):
(The benefits of manifests): Use proper quotes in regular texts.

gnu: pavucontrol: Fix icons.

* gnu/packages/pulseaudio.scm (pavucontrol): Fix icons.
[build-system]: Use glib-or-gtk-build-system instead of gnu-build-system.
[inputs]: Add adwaita-icon-theme.  Re-order inputs.

Since the adwaita icon theme is hard-coded in the application, there is
no choice for the user anyway. So added adwaita-icon-theme to inputs and
changed build-system to glib-or-gtk to fix loading of icons.

gnu: fontmanager: Update to 0.7.7.

* gnu/packages/fontutils.scm (fontmanager): Update to 0.7.7.

gnu: python-webob: Update to 1.8.3

* gnu/packages/python-web.scm (python-webob): Update to 1.8.3.

gnu: python-pastedeploy: Update to 2.1.0

* gnu/packages/python-web.scm (python-pastedeploy): Update to 2.1.0.
[arguments]: Add test-target.
[native-inputs]: Replace python-nose with python-pytest and python-pytest-runner.

gnu: elixir: Update to 1.10.3.

* gnu/packages/elixir.scm (elixir): Update to 1.10.3.

gnu: flowee: Update to 2020.03.2

* gnu/packages/finance.scm (flowee): Update to 2020.03.2

gnu: texlive-latex-pdfx: Fix typo.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-pdfx)[description]: Fix typo.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

news: Add ‘de’ translation.

* etc/news.scm: Add a ‘de’ translation.

gnu: python-reportlib: Update to 3.5.42.

* gnu/packages/pdf.scm (python-reportlib): Update to 3.5.42.

gnu: python-reportlib: Add missing libraries.

* gnu/packages/pdf.scm (python-reportlib)[arguments]: Add
'use-system-libart' configure flag. Add custom phase to find libraries.
[inputs]: Add libart-lgpl, font-curve-files.

gnu: Add osicat.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (closicat, sbcl-osicat): New variables.

services: shepherd: Cross-compilation fix.

Fixes <https://bugs.gnu.org/40839>.
Reported by Jan (janneke) Nieuwenhuizen <janneke@gnu.org>
Fix suggested by Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

However, <https://bugs.gnu.org/29296> still applies; %current-target-system
may not be bound.

* gnu/services/shepherd.scm (scm->go): Use `with-target' when cross-compiling.

gnu: webkitgtk: Update to 2.28.2.

* gnu/packages/webkit.scm (webkitgtk): Update to 2.28.2.

gnu: linux-libre@5.6: Update deblob scripts.

* gnu/packages/linux.scm (deblob-scripts-5.6): Update to 5.6.7.

gnu: u-boot: Update to 2020.04.

* gnu/packages/bootloaders (u-boot): Update to 2020.04.
  [native-inputs]: Replace sdl with sdl2.

Co-authored-by: Vagrant Cascadian <vagrant@debian.org>

gnu: Add maradns.

* gnu/packages/dns.scm (maradns): New variable.

gnu: python-geventhttpclient: Disable test that fails with Python 3.8.

* gnu/packages/python-web.scm (python-geventhttpclient)[arguments]: In the
check phase, add pytest flag to filter broken test.  While at it, don't
reorder the phase, as it now runs after install by default.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.177.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.177.
(linux-libre-4.14-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.220.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9-version): Update to 4.9.220.
(linux-libre-4.9-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.220.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4-version): Update to 4.4.220.
(linux-libre-4.4-pristine-source): Update hash.

gnu: python-aiohttp: Disable tests that fail with Python 3.8.

* gnu/packages/python-web.scm (python-aiohttp)[arguments]: Delete failing tests.

gnu: pdfpc: Upgrade to 4.4.0

* gnu/packages/pdf.scm (pdfpc): Upgrade to 4.4.0.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: python-pytest-timeout: Update to 1.3.4.

* gnu/packages/check.scm (python-pytest-timeout): Update to 1.3.4.
[arguments]: Override check phase.
[native-inputs]: Add PYTHON-PEXPECT.

gnu: Add ktsuss.

* gnu/packages/admin.scm (ktsuss): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: spacefm: Add dependencies for extra functionality.

* gnu/packages/lxde.scm (spacefm): Add dependencies for extra functionality.

Adding these inputs and making required changes to build-system+arguments;
provides icons, privilege-management and disk-management.

doc: cookbook: Use @file for file names and extensions.

* doc/guix-cookbook.texi (@samp{GUIX_PACKAGE_PATH}):
(Extended example):
(Setting up a bind mount):
(Basic setup with manifests):
(Default profile): Use @file instead of @samp or @code for file names and
extensions.

doc: cookbook: Fix misuses of double spacing.

* doc/guix-cookbook.texi (Extended example):
(StumpWM):
(Basic setup with manifests): Prevent Texinfo from ending a sentence where it
should not.
(Setting up a bind mount): Add two spaces where needed.

gnu: font-gnu-freefont: Build with an older version of FontForge.

Fixes <https://bugs.gnu.org/40819>.
Reported by Jack Hill <jackhill@jackhill.us>.

* gnu/packages/fontutils.scm (fontforge-20190801): New public variable.
* gnu/packages/fonts.scm (font-gnu-freefont)[native-inputs]: Change from
inherited FontForge variant to FONTFORGE-20190801.

gnu: emacs-guix: Add support for Guile 3.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-guix)[source](modules, snippet): New fields.

Merge branch 'master' into core-updates

gnu: guix: Update to 7dd0539.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 1.1.0-1.7dd0539.

doc: Ensure guix-daemon is built before creating guix-daemon.1.

* doc/local.mk ($(srcdir)/%D%/guix-daemon.1): Depend on guix-daemon$(EXEEXT)
instead of its source code.

gnu: biber: Downgrade to 2.11.

Biber 2.12 is incompatible with biblatex 3.11, which is what's currently
packaged.  This is a followup to 41a010875ba4108e666f11fc111cf5bb5dcf5464.

* gnu/packages/tex.scm (biber): Downgrade to 2.11.

gnu: biber: Address test failures.

* gnu/packages/patches/biber-sortinithash.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/tex.scm (biber)[source]: Use it.

pack: 'guix pack -R' wrapper correctly reports exit code.

Fixes <https://bugs.gnu.org/40816>.
Reported by Jan (janneke) Nieuwenhuizen <janneke@gnu.org>.

* gnu/packages/aux-files/run-in-namespace.c (main): In the 'default'
case, check 'WIFEXITED (status)' and exit with the corresponding code in
that case.  Exit with 255 in other cases.
* tests/guix-pack-relocatable.sh: Add test.

gnu: llvm: Add 10.0.0.

* gnu/packages/llvm.scm (llvm-10, clang-runtime-10, clang-10)
(clang-toolchain-10, llvm-9, clang-runtime-9, clang-9)
(clang-toolchain-9): New variables.
(llvm, clang, clang-runtime, clang-toolchain): Redefine as aliases to
the '-9' bindings.
* gnu/packages/patches/clang-10.0-libc-search-path.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: Add r-rxnat.

* gnu/packages/cran.scm (r-rxnat): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add r-rcdd.

* gnu/packages/cran.scm (r-rcdd): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add r-dcv.

* gnu/packages/cran.scm (r-dcv): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: r-tea: Fix typo.

* gnu/packages/cran.scm (r-tea)[description]: Fix typo.

gnu: Add r-stam.

* gnu/packages/cran.scm (r-stam): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add r-grouped.

* gnu/packages/cran.scm (r-grouped): New variable.

gnu: Add r-sgloptim.

* gnu/packages/cran.scm (r-sgloptim): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add r-aws.

* gnu/packages/cran.scm (r-aws): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add r-awsmethods.

* gnu/packages/cran.scm (r-awsmethods): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add r-tea.

* gnu/packages/cran.scm (r-tea): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add texlive-csquotes.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-csquotes): New variable.

guix package: Export 'search-path-environment-variables'.

...because Emacs-Guix uses it.

* guix/scripts/package.scm (search-path-environment-variables): Export.

gnu: datamash: Update to 1.7.

* gnu/packages/datamash.scm (datamash): Update to 1.7.

gnu: java-eclipse-jetty-test-helper: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/web.scm (java-eclipse-jetty-test-helper)[source]: Download
using git-fetch.

Revert "licenses: Export license record."

This reverts commit f0779922ff260df2404c90504986aa59553154fb. We do not want
to export the license record, see:
https://lists.gnu.org/archive/html/guix-commits/2020-04/msg01923.html.

gnu: linux-libre: Update to 5.4.35.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.35.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@5.6: Update to 5.6.7.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.6-version): Update to 5.6.7.
(linux-libre-5.6-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.118.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.118.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

news: Add entry for the glibc 2.31 upgrade.

* etc/news.scm: Add entry for a33eac038a811603c8b9ed106ae405a5f80a0e9d.

gnu: Remove obsolete glibc-locales packages.

* gnu/packages/base.scm (glibc-utf8-locales-2.27, glibc-locales-2.27): Remove
variables.

gnu: Update glibc locale compatibility packages for 2.29.

* gnu/packages/base.scm (glibc-locales-2.28, glibc-utf8-locales-2.28): Rename
to ...
(glibc-locales-2.29, glibc-utf8-locales-2.29): ... this.  Update to 2.29.

gnu: Add wsjtx.

* gnu/packages/radio.scm (wsjtx-hamlib): New variable.
  (wsjtx): New variable.

gnu: fldigi: Add hamlib support.

* gnu/packages/radio.scm (fldigi)[inputs]: Add hamlib and libusb.

gnu: Add hamlib.

* gnu/packages/radio.scm (hamlib): New package.

gnu: Add wolf-spectrum.

* gnu/packages/music.scm (wolf-spectrum): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add wolf-shaper.

* gnu/packages/music.scm (wolf-shaper): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

build: Don't build man pages when cross-compiling.

* configure.ac: Define 'CROSS_COMPILING' Automake conditional.
* doc/local.mk (dist_man1_MANS): Wrap in "if !CROSS_COMPILING".

doc: Build more man pages.

* doc/local.mk (sub_commands_mans): Add guix-deploy.1,
guix-time-machine.1, and guix-weather.1.

compile: Pre-load the compiler outside 'with-target'.

* guix/build/compile.scm (compile-files): Move call to 'compile' before
'with-target'.  Failing to do that, if the target has a different word
size than the host, the first call to 'compile-file' fails with:

  ice-9/eval.scm:293:34: In procedure load-thunk-from-memory: ELF file does not have native word size

while attempting loading 'language/spec.go'.

gnu: GCC@8: Remove obsolete patch.

This is no longer required since the update to 8.4.0 in 60ce496ad8.

* gnu/packages/patches/gcc-8-libsanitizer-mode-size.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/gcc.scm (gcc-8)[source](patches): Remove it.

gnu: Squid: Update to 4.11 [fixes CVE-2020-{11945,12519,12521}].

* gnu/packages/networking.scm (squid): Update to 4.11.

gnu: grammalecte: Update to 1.9.0.

* gnu/packages/dictionaries.scm (grammalecte): Update to 1.9.0.

gnu: liburcu: Update to 0.12.1.

* gnu/packages/datastructures.scm (liburcu): Update to 0.12.1.

gnu: GNU FreeFont: Add a deprecated alias for "font-gnu-freefont-ttf".

This is a followup to commit 5483a2d0a913fe533744699e9ef5757c6e3f6983.

* gnu/packages/fonts.scm (font-gnu-freefont-ttf): New variable.

licenses: Export license record.

* guix/licenses.scm (<license>): Export it.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: shepherd: Remove obsolete patch.

* gnu/packages/patches/shepherd-hurd.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/admin.scm (shepherd)[source](patches): Remove.

gnu: Add texlive-marginnote.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-marginnote): New variable.

git-version: Raise a condition instead of an error.

* guix/git-download.scm (git-version): Replace ERROR with RAISE
  and CONDITION.

This is a follow-up to commit bbf6bc1acc9bbdebf7ee7b68c0fa091733a5f6e1.

Merge branch 'master' into core-updates

 Conflicts:
etc/news.scm
gnu/local.mk
gnu/packages/bootloaders.scm
gnu/packages/linphone.scm
gnu/packages/linux.scm
gnu/packages/tls.scm
gnu/system.scm

Revert "gnu: u-boot: Update to 2020.04."

This reverts commit be0ecfb1787b9e6954bf745bceeb1b9d2669d51a.

gnu: emacs-4clojure: Fix license.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-4clojure)[license]: Use GPL3+.

git-version: Handle invalid arguments gracefully

* guix/git-download.scm (git-version): Add a check for commit ID length.