gnu: guix: Apply courage for the Hurd.

* gnu/packages/package-management.scm (guix)[arguments]: When hurd-target? is
true, configure --with-courage.

gnu: guix: Cross-build fixup for wrap-program.

This allows running:

    guix build hello

* gnu/packages/package-management.scm (guix)[arguments]: When cross-compiling,
fixup the shebang generated by wrap-program.
[inputs]: When cross-compiling, include bash-minimal.

gnu: guix: Use gnutls-3.6.13 when cross-compiling.

* gnu/packages/package-management.scm (guix)[propagated-inputs]: When
cross-compiling, use patched gnutls-3.6.13.

gnu: Add libtirpc/hurd.

* gnu/packages/onc-rpc.scm (libtirpc/hurd): New variable.
* gnu/packages/patches/libtirpc-hurd-client.patch,
gnu/packages/patches/libtirpc-hurd.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.

gnu: hurd: Add NFS support.

* gnu/packages/hurd.scm (hurd)[inputs]: Add libtirpc/hurd.
[arguments]: Add configure flags to use libtirpc; add phase "find-tirpc" to
find the RPC headers; add phase "fix-rpc-headers" to include missing headers.

gnu: hurd: Use default QEMU guest IP: 10.0.2.15.

Specifying 10.0.2.77 also works

    -device rtl8139,netdev=net0 -netdev user,id=net0,hostfwd=tcp:127.0.0.1:2228-10.0.2.77:22

but using this default allows us to use the widely advertised

    -device rtl8139,netdev=net0 -netdev user,id=net0,hostfwd=tcp:127.0.0.1:2228-:22

* gnu/packages/hurd.scm (hurd-rc-script): Used from (hurd)[inputs]: Use
10.0.2.15; the default QEMU guest IP.

gnu: hurd: Fix references to /bin/w.

* gnu/packages/hurd.scm (hurd): Use '/bin/w' from hurd package.

Merge branch 'master' into core-updates

 Conflicts:
gnu/local.mk
gnu/packages/backup.scm
gnu/packages/emacs-xyz.scm
gnu/packages/guile.scm
gnu/packages/lisp.scm
gnu/packages/openldap.scm
gnu/packages/package-management.scm
gnu/packages/web.scm
gnu/packages/xorg.scm

gnu: emacs-toml-mode: Fix syntax error in description.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-toml-mode)[description]: Replace usage of
@acronym with @dfn to work around a Guile Texinfo limitation.

doc: Bootloader Configuration: Fix an obsolete example.

Reported by rawmat on #guix.

* doc/guix.texi (Bootloader Configuration): Replace 'grub-configuration' with
'bootloader-configuration'.

gnu: guile-json: Update to 3.5.0.

* gnu/packages/patches/guile-json-cross.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/guile.scm (guile-json-3): Update to 3.5.0.
[source](patches): Remove.
[native-inputs]: Remove AUTOCONF and AUTOMAKE.
[arguments]: Remove.

gnu: diffoscope: Update to 143.

* gnu/packages/diffoscope (diffoscope): Update to 143.
  [native-inputs]: Add openssl and python-h5py.
  [arguments] Add openssl to add-known-tools phase.
  [arguments] Remove hdf5 from add-known-tools phase, added upstream.

gnu: MPD: Update to 0.21.23.

* gnu/packages/mpd.scm (mpd): Update to 0.21.23.

gnu: libntlm: Update to 1.6 [fixes CVE-2019-17455].

* gnu/packages/gsasl.scm (libntlm): Update to 1.6.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: sbcl-osicat: Fix library path.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-osicat)[arguments]: Replace 'cleanup phase
  to preserve the location of libosicat.so so that it can be found when
  loading the system.

gnu: r-vgam: Update to 1.1-3.

* gnu/packages/statistics.scm (r-vgam): Update to 1.1-3.
[inputs]: Move gfortran from here...
[native-inputs]: ...to here.

gnu: r-rcpparmadillo: Update to 0.9.870.2.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rcpparmadillo): Update to 0.9.870.2.0.

gnu: r-spatial: Update to 7.3-12.

* gnu/packages/statistics.scm (r-spatial): Update to 7.3-12.

gnu: r-nnet: Update to 7.3-14.

* gnu/packages/statistics.scm (r-nnet): Update to 7.3-14.

gnu: r-kernsmooth: Update to 2.23-17.

* gnu/packages/statistics.scm (r-kernsmooth): Update to 2.23-17.

gnu: r-foreign: Update to 0.8-79.

* gnu/packages/statistics.scm (r-foreign): Update to 0.8-79.

gnu: r-class: Update to 7.3-17.

* gnu/packages/statistics.scm (r-class): Update to 7.3-17.

gnu: r-mass: Update to 7.3-51.6.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mass): Update to 7.3-51.6.

gnu: r-boot: Update to 1.3-25.

* gnu/packages/statistics.scm (r-boot): Update to 1.3-25.

gnu: r-kutils: Update to 1.70.

* gnu/packages/cran.scm (r-kutils): Update to 1.70.
[propagated-inputs]: Remove r-lavaan.

gnu: r-univoutl: Update to 0.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-univoutl): Update to 0.2.

gnu: r-graphlayouts: Update to 0.7.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-graphlayouts): Update to 0.7.0.

gnu: r-systemfonts: Update to 0.2.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-systemfonts): Update to 0.2.1.

gnu: r-ggfortify: Update to 0.4.10.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggfortify): Update to 0.4.10.

gnu: r-dalex: Update to 1.2.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-dalex): Update to 1.2.1.

gnu: r-arm: Update to 1.11-1.

* gnu/packages/cran.scm (r-arm): Update to 1.11-1.

gnu: r-usethis: Update to 1.6.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-usethis): Update to 1.6.1.

gnu: r-rootsolve: Update to 1.8.2.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-rootsolve): Update to 1.8.2.1.

gnu: r-proxy: Update to 0.4-24.

* gnu/packages/cran.scm (r-proxy): Update to 0.4-24.

gnu: r-pkgbuild: Update to 1.0.7.

* gnu/packages/cran.scm (r-pkgbuild): Update to 1.0.7.

gnu: Add miniasm.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (miniasm): New variable.

gnu: Add one more missing module import.

This is a follow-up to commit 61fc72d3ac949d0c65690ee25bb1daf01f39bb42.

* gnu/packages/backup.scm: Add missing import of (gnu packages protobuf).

gnu: Add missing module import.

This is a follow-up to commit 61fc72d3ac949d0c65690ee25bb1daf01f39bb42.

* gnu/packages/backup.scm: Add missing import of (guix build-system cmake).

gnu: Add zbackup.

* gnu/packages/backup.scm (zbackup): New variable.

gnu: python2-pysnptools: Update to 0.4.11.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-pysnptools): Update to 0.4.11;
implement in terms of...
(python-pysnptools): ...this new variable.
[propagated-inputs]: Add python-dill, python-h5py, and python-psutil.

gnu: kaldi-gstreamer-server: Fix bug.

* gnu/packages/machine-learning.scm (kaldi-gstreamer-server)[arguments]: Patch
master_server.py before build.

gnu: kaldi-gstreamer-server: Use Tornado 6.

* gnu/packages/machine-learning.scm (kaldi-gstreamer-server)[inputs]: Replace
python-tornado with python-tornado-6.

gnu: Add python-tornado-6.

* gnu/packages/python-web.scm (python-tornado-6): New variable.

gnu: python2-warpedlmm: Fix build.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python2-warpedlmm)[propagated-inputs]: Add
python2-weave.
[arguments]: Disable tests and add "use-weave" phase.

gnu: Add python2-weave.

* gnu/packages/python-science.scm (python2-weave): New variable.

gnu: Add r-rserve.

* gnu/packages/cran.scm (r-rserve): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: gnuradio: Fix runtime python environment for plugins.

* gnu/packages/radio.scm (gnuradio)[native-search-paths]: Add PYTHONPATH.
  [native-inputs]: Move python ...
  [inputs]: ... here.

gnu: linux-libre: Update to 5.4.36.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.36.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@5.6: Update to 5.6.8.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.6-version): Update to 5.6.8.
(linux-libre-5.6-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.119.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.119.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

gnu: python-hacking: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/openstack.scm (python-hacking): Update to 1.1.0.
[arguments]: Add "delete-broken-test" phase.
[propagated-inputs]: Replace python-flake8-2.5 with python-flake8-2.6.

gnu: python-flake8-2.5: Update to 2.6.2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-flake8-2.5): Update to 2.6.2; rename
it...
(python-flake8-2.6): ...to this.
[arguments]: Add phase "use-later-pycodestyles", and move "check" phase after
"install".
[propagated-inputs]: Explicitly list python-pycodestyle, python-entrypoints,
python-pyflakes-1.2, and python-mccabe.

gnu: Remove python2-flake8-2.5.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-flake8-2.5): Remove variable.
(python-flake8-2.5)[properties]: Remove.

gnu: Replace python-pyflakes-0.8.1 with python-pyflakes-1.2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pyflakes-0.8.1): Remove variable.
(python-pyflakes-1.2): New variable.
* gnu/packages/openstack.scm (python-hacking)[propagated-inputs]: Replace
python-pyflakes-0.8.1 with python-pyflakes-1.2.

gnu: Remove python2-pyflakes-0.8.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-pyflakes-0.8.1): Remove variable.

gnu: Add python-cmd2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-cmd2): New variable.

gnu: Add python-voluptuous.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-voluptuous): New variable.

gnu: python-psutil: Update to 5.7.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-psutil): Update to 5.7.0.

doc: cookbook: Rename stumpwm package to current state.

* doc/guix-cookbook.texi (StumpWM): Rename STUMPWM package to current state.

Signed-off-by: Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>

gnu: Add sbcl-stumpwm-pass.

* gnu/packages/wm.scm (sbcl-stumpwm-pass): New variable.

Signed-off-by: Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>

gnu: Magic Wormhole: Update to 0.12.0.

* gnu/packages/magic-wormhole.scm (magic-wormhole): Update to 0.12.0.

gnu: magic-wormhole-transit-relay: Update to 0.2.1.

* gnu/packages/magic-wormhole.scm (magic-wormhole-transit-relay): Update to
0.2.1.

gnu: magic-wormhole-mailbox-server: Update to 0.4.1.

* gnu/packages/magic-wormhole.scm (magic-wormhole-mailbox-server): Update to
0.4.1.

gnu: Add aspell-dict-pl.

* gnu/packages/aspell.scm (aspell-dict-pl): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: python-tortoise-orm: Update to 0.16.7 [security fixes].

* gnu/packages/databases.scm (python-tortoise-orm)[source]: Update to 0.16.7.
[propagated-inputs]: Propagate python-ciso8601, which is required in setup.py.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: python-pypika: Update to 0.37.2.

* gnu/packages/databases.scm (python-pypika): Update to 0.37.2.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: python-aiosqlite: Update to 0.12.0.

* gnu/packages/databases.scm (python-aiosqlite): Update to 0.12.0.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: OpenLDAP: Update to 2.4.50 [fixes CVE-2019-{13057,13565}].

* gnu/packages/openldap.scm (openldap)[replacement]: Use openldap-2.4.50.
(openldap/fixed): Replace with ...
(openldap-2.4.50): ... new variable.
* gnu/packages/patches/openldap-CVE-2020-12243.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: foo2zjs: Update to 20200426.

* gnu/packages/cups.scm (foo2zjs): Update to 20200426.

gnu: emacs-vterm: Update to 0-1.e63bd65.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-vterm): Update to 0-1.e63bd65.

gnu: Add emacs-kakoune.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-kakoune): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add emacs-ryo-modal.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ryo-modal): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add emacs-twittering-mode.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-twittering-mode): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

tests: install: Fix device usage.

This is a follow-up of a860eddbbddeae5d3b6fe084e29ac9fafd2d6f02. Guided
installation tests are now run from an ISO image. Hence the main block device
is vda and not vdb anymore.

* gnu/tests/install.scm (installation-target-os-for-gui-tests): Use
%minimal-os-on-vda instead of %minimal-os.
(%minimal-os-on-vda): Make sure that it replicates the config of %minimal-os.

gnu: Add python-sphinx-autobuild.

* gnu/packages/sphinx.scm (python-sphinx-autobuild): New variable.

gnu: Add python-doc8.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-doc8): New variable.

gnu: Add python-livereload.

* gnu/packages/python-web.scm (python-livereload): New variable.

gnu: Add python-port-for.

* gnu/packages/python-web.scm (python-port-for): New variable.

gnu: Add python-restructuredtext-lint.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-restructuredtext-lint): New variable.

gnu: gnome-calendar: Propagate evolution-data-server.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-calendar)[inputs]: Move evolution-data-server
from here...
[propagated-inputs]: ...to here.

Fixes <https://bugs.gnu.org/40686>.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Remove python2-ws4py-for-kaldi-gstreamer-server.

* gnu/packages/python-web.scm (python2-ws4py-for-kaldi-gstreamer-server):
Remove variable.

gnu: kaldi-gstreamer-server: Update to 0-2.f68cab4.

* gnu/packages/machine-learning.scm (kaldi-gstreamer-server): Update to
0-2.f68cab4.
[inputs]: Replace python-2 with python-wrapper, python2-pygobject with
python-pygobject, python2-pyyaml with python-pyyaml, and python2-tornado with
python-tornado; remove python2-ws4py-for-kaldi-gstreamer-server and
python2-futures.

gnu: Add edid-decode.

* gnu/packages/hardware.scm (edid-decode): New variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: zrythm: Update to 0.8.333.

* gnu/packages/music.scm (zrythm): Update to 0.8.333.
[inputs]: Add new dependencies graphviz and gtksourceview.

Signed-off-by: Jakub Kądziołka <kuba@kadziolka.net>

gnu: ikiwiki: Update to 3.20200202.3.

* gnu/packages/web.scm (ikiwiki): Update to 3.20200202.3.

gnu: ikiwiki: Translate documentation.

* gnu/packages/web.scm (ikiwiki)[inputs]: Add po4a.
[arguments]<#:phases>[patch-Makefile]: Rename to...
[arguments]<#:phases>[patch-Makefiles]: ...this.  Add build environment
paths to the PERL5LIB environment variable that is used by the 'po2wiki'
script.

gnu: ikiwiki: Add missing inputs.

* gnu/packages/web.scm (ikiwiki)[inputs]: Add perl-authen-passphrase,
perl-file-mimeinfo, perl-mail-sendmail and perl-xml-twig.

gnu: ikiwiki: Propagate some inputs.

* gnu/packages/web.scm (ikiwiki)[inputs]: Move perl-html-parser,
perl-html-scrubber, perl-html-template, perl-json,
perl-text-markdown-discount, perl-uri and perl-yaml-libyaml to...
[propagated-inputs]: ...here.  New field.

gnu: ikiwiki: Build perl inputs for target architecture.

* gnu/packages/web.scm (ikiwiki)[native-inputs]: Move perl dependencies ...
[inputs]: ...to here.

gnu: ikiwiki: Fetch sources from git repository.

* gnu/packages/web.scm (ikiwiki)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.
[source](snippet): New field.
[arguments]<#:phases>[set-modification-times]: New phase.

gnu: gnuradio: Fix search paths for third-party blocks.

* gnu/packages/radio.scm (gnuradio)[native-search-paths]: Add definition of
  the GRC_BLOCKS_PATH variable.

tests: install: Fix gui-installed-os test.

This is a follow-up of a860eddbbddeae5d3b6fe084e29ac9fafd2d6f02. If using an
ISO, the main disk is vda and not vdb anymore.

* gnu/tests/install.scm (installation-target-os-for-gui-tests): Use vda2 as
swap partition.

tests: install: Increase virtual machine RAM.

It seems that 'guix system init' is consuming more than the 800M of RAM
currently allocated. Until this is understood, bump the limit to 1.2G.

Reported here:
https://lists.gnu.org/archive/html/bug-guix/2020-04/msg00519.html

* gnu/tests/install.scm (run-install): Bump RAM to 1.2G.

gnu: Add xnec2c.

* gnu/packages/radio.scm (xnec2c): New variable.

gnu: libgc/static-libs: Mark it as hidden.

* gnu/packages/bdw-gc.scm (libgc/static-libs)[properties] Set hidden? to #t.

doc: Mention that PulseAudio service overrides user configuration.

* doc/guix.texi (Sound Services): Add a warning that 'pulseaudio-service-type'
  overrides per-user configuration files in '~/.config/pulse'.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: guile-json: Update to 3.5.0.

* gnu/packages/guile.scm (guile-json-3): Update to 3.5.0.

gnu: guix: Update to 619f918.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 619f918.

gnu: openldap: Fix CVE-2020-12243.

* gnu/packages/openldap.scm (openldap)[replacement]: New field.
(openldap/fixed): New variable.
* gnu/packages/patches/openldap-CVE-2020-12243.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.

gnu: valgrind: Update source uri.

* gnu/packages/valgrind.scm (valgrind)[source]: Remove valgrind host,
add sourceware host.
[home-page]: Use https.