gnu: java-log4j-1.2-api: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/java.scm (java-log4j-1.2-api)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: java-testng: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/java.scm (java-testng)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: java-junit: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/java.scm (java-junit)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: java-openchart2: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/java.scm (java-openchart2)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: raincat: Update home page.

* gnu/packages/haskell-apps.scm (raincat)[home-page]: Update.

gnu: instantmusic: Update home page.

* gnu/packages/music.scm (instantmusic)[home-page]: Update.

gnu: openblas: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/maths.scm (openblas)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: python-execnet: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-execnet)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: emacs-ffap-rfc-space: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ffap-rfc-space)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: librecad: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/engineering.scm (librecad)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: spice: Update to 0.14.3.

* gnu/packages/spice.scm (spice): Update to 0.14.3.
[source]: Remove obsolete patch.
* gnu/packages/patches/spice-fix-test-armhf.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: xfce4-weather-plugin: Update to 0.10.1.

* gnu/packages/xfce.scm (xfce4-weather-plugin): Update to 0.10.1.

gnu: xfce4-clipman-plugin: Update to 1.4.4.

* gnu/packages/xfce.scm (xfce4-clipman-plugin): Update to 1.4.4.

gnu: xfce4-clipman-plugin: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/xfce.scm (xfce4-clipman-plugin)[source]: Hard-code NAME.

gnu: fmt: Switch back to url-fetch.

* gnu/packages/pretty-print.scm (fmt)[source]: Use url-fetch instead of
  git-fetch since upstream uploads releases.  Both approaches produce the
  same package, but git-fetch requires more bandwidth.

gnu: cl-dbus: Remove unneeded inputs.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (cl-dbus)[propagated-inputs]: Remove iolib
  subpackages now that iolib properly references them.

gnu: sbcl-iolib: Fix build to refer to its subpackages properly.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-iolib): Inherit from its subpackages instead
  of the other way around, so that they are automatically referenced in the
  generated .asd.

gnu: go-golang.org-x-sync-errgroup: Fix spelling of "cancellation".

* gnu/packages/golang (go-golang.org-x-sync-errgroup)[synopsis]: Fix typo.

gnu: rust-named-pipe-0.4: Fix spelling of "asynchronous"

* gnu/packages/crates-io (rust-named-pipe-0.4)[synopsis]: Fix typo.
  [description]: Fix typo.

gnu: r-d3network: Fix typo "This package".

* gnu/packages/cran (r-d3network)[description]: Fix typo.

gnu: ksystemlog: Fix spelling of "occurring".

* gnu/packages/kde-sytemtools (ksystemlog)[description]: Fix typo.

gnu: unicode-cldr-common: Fix spelling of "information".

* gnu/packages/unicode (unicode-cldr-common)[description]: Fix typo.

gnu: sdl-pango: Rename patch to fix guix lint warning about patch filename size.

* gnu/packages/patches/sdl-pango-fix-explicit-SDLPango_CopyFTBitmapToSurface.patch:
  Rename to ...
* gnu/packages/patches/sdl-pango-fix-explicit-SDLPango_CopyFTBitmapTo.patch:
  ... this.
* gnu/local.mk: Update accordingly.
* gnu/packages/sdl.scm: Update accordingly.

gnu: akonadi: Rename patch to fix guix lint warning about patch filename size.

* gnu/packages/patches/akonadi-Revert-Make-installation-properly-relocatabl.patch:
  Rename to ...
* gnu/packages/patches/akonadi-Revert-Make-installation-properly-relo.patch:
  ... this.
* gnu/packages/kde-pim (akonadi) Update accordingly.
* gnu/local.mk: Update accordingly.

gnu: yasm: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/assembly.scm (yasm)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: jq: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/web.scm (jq)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: xerces-c: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/xml.scm (xerces-c)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: ytalk: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/messaging.scm (ytalk)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: re2c: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/re2c.scm (re2c)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: zimg: Update to 2.9.3.

* gnu/packages/image.scm (zimg): Update to 2.9.3.

gnu: bluefish: Update to 2.2.11.

* gnu/packages/gnome.scm (bluefish): Update to 2.2.11.
[inputs]: Replace python-2 with python-wrapper.

gnu: bluefish: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/gnome.scm (bluefish)[source]: Hard-code NAME.

gnu: rhythmbox: Update to 3.4.4.

* gnu/packages/gnome.scm (rhythmbox): Update to 3.4.4.

gnu: rhythmbox: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/gnome.scm (rhythmbox)[source]: Hard-code NAME.

gnu: knot: Update to 2.9.3.

* gnu/packages/dns.scm (knot): Update to 2.9.3.

gnu: hplip: Update to 3.20.2.

* gnu/packages/cups.scm (hplip): Update to 3.20.2.

gnu: gkrellm: Update to 2.3.11.

* gnu/packages/gkrellm.scm (gkrellm): Update to 2.3.11.

doc: Fix build of German Cookbook translation.

This is a follow-up to f98e83a17fa30587520e858231ec9c61f3624ecd.
See <https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2020-03/msg00095.html>.
Reported there by Vagrant Cascadian <vagrant@debian.org>.

* po/doc/local.mk (DOC_COOKBOOK_PO_FILES): Use correct file name.
(doc-po-update-cookbook-%): Use correct PO file name.

gnu: wxmaxima: Update to 20.02.4.

* gnu/packages/maths.scm (wxmaxima): Update to 20.02.4.
[arguments]: Enable tests and set #:test-target to "test".
[native-inputs]: Add xorg-server-for-tests.

gnu: linux-libre: Update to 5.4.24.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.24.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.108.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.108.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

gnu: ungoogled-chromium: Increase max-silent-time.

* gnu/packages/chromium.scm (ungoogled-chromium)[properties]: Add
'max-silent-time'.

gnu: mercurial: Update to 5.3.1.

* gnu/packages/version-control.scm (mercurial): Update to 5.3.1.
[native-inputs]: Add WHICH.

Do not record store file name in cpp.scm.

* gnu/packages/cpp.scm (abseil-cpp): Replace full store file name with '...'

gnu: carla: Fix start-up.

This fixes <https://debbugs.gnu.org/cgi/bugreport.cgi?bug=39942>,
properly.

* gnu/packages/audio.scm (carla)[arguments]: Add ‘wrap-executables’ phase.
[inputs]: Add guile-2.2.

gnu: fmt: Fix home page.

* gnu/packages/pretty-print.scm (fmt)[home-page]: Update.

gnu: Order module imports in (gnu packages audio).

* gnu/packages/audio.scm: Order module imports alphabetically.

gnu: carla: Partially fix start-up.

This fixes <https://debbugs.gnu.org/cgi/bugreport.cgi?bug=39942> but
carla still fails to start.

Reported by Nathan Dehnel <ncdehnel@gmail.com>.

* gnu/packages/audio.scm (carla)[arguments]: Add ‘make-carla-executable’ phase.

gnu: dovecot: Update to 2.3.10.

* gnu/packages/mail.scm (dovecot): Update to 2.3.10.

gnu: Add gnome-boxes.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-boxes): New variable.

gnu: tracker-miners: Update to 2.3.2.

* gnu/packages/gnome.scm (tracker-miners): Update to 2.3.2.

gnu: tracker: Update to 2.3.2.

* gnu/packages/gnome.scm (tracker): Update to 2.3.2.
[arguments]: Fix tests properly.
[native-inputs]: Remove unneeded native-inputs.
[inputs]: Remove unneeded inputs.
[description]: Replace unclear description with more down to earth use cases.
[license]: Replace lgpl2.0+ with bsd-3 to reflect update.

gnu: libvirt-glib: Update to 3.0.0.

* gnu/packages/virtualization.scm (libvirt-glib): Update to 3.0.0.

gnu: python-pygit2: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pygit2): Update to 1.1.0.
[propagated-inputs]: Remove PYTHON-SIX and PYTHON-TOX.  Add PYTHON-CACHED-PROPERTY.
(python2-pygit2): Remove variable (Python 2 is no longer supported).

gnu: gitg: Remove redundant input.

* gnu/packages/gnome.scm (gitg)[inputs]: Remove LIBGIT2.

gnu: libgit2-glib: Adjust inputs.

* gnu/packages/gnome.scm (libgit2-glib)[native-inputs]: Move LIBSSH2 ...
[inputs]: ... here.  Move LIBGIT2 ...
[propagated-inputs]: ... here.  New field.

gnu: libgit2-glib: Update to 0.99.0.1.

* gnu/packages/gnome.scm (libgit2-glib): Update to 0.99.0.1.
[native-inputs]: Remove INTLTOOL.

gnu: r-modeltools: Update to 0.2-23.

* gnu/packages/statistics.scm (r-modeltools): Update to 0.2-23.

gnu: r-ggplot2: Update to 3.3.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-ggplot2): Update to 3.3.0.
[propagated-inputs]: Remove r-lazyeval, r-reshape2, and r-viridislite; add
r-glue and r-isoband.

gnu: Add r-isoband.

* gnu/packages/cran.scm (r-isoband): New variable.

gnu: r-bookdown: Update to 0.18.

* gnu/packages/cran.scm (r-bookdown): Update to 0.18.

gnu: r-fs: Update to 1.3.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-fs): Update to 1.3.2.

gnu: r-flextable: Update to 0.5.9.

* gnu/packages/cran.scm (r-flextable): Update to 0.5.9.

gnu: r-lava: Update to 1.6.7.

* gnu/packages/cran.scm (r-lava): Update to 1.6.7.

gnu: Update python-scikit-learn to 0.22.1.

* gnu/packages/machine-learning.scm (python-scikit-learn): Update to 0.22.1;
  Add python-joblib to native-inputs to run the test suite.

gnu: Add soci.

* gnu/packages/databases.scm (soci): New variable.

gnu: fmt: Update to 6.1.2.

* gnu/packages/pretty-print.scm (fmt): Update to 6.1.2.

gnu: fmt: Use HTTPS and git-fetch.

* gnu/packages/pretty-print.scm (fmt)[source]: Use git-fetch.
[home-page]: Use HTTPS.

gnu: python-aiohttp: Update to 3.6.2.

* gnu/packages/python-web.scm (python-aiohttp): Update to 3.6.2.

gnu: python-scanpy: Update to 1.4.5.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-scanpy): Update to 1.4.5.1.
[source]: Fetch from pypi.
[propagated-inputs]: Add python-legacy-api-wrap, python-packaging,
python-patsy, and python-umap-learn.
[native-inputs]: Add python-setuptools-scm.

gnu: Add python-legacy-api-wrap.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-legacy-api-wrap): New variable.

gnu: Add python-get-version.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-get-version): New variable.

gnu: Add python-pytest-black.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pytest-black): New variable.

gnu: python-black: Update to 19.10b0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-black): Update to 19.10b0.
[arguments]: Patch tests.
[propagated-inputs]: Add python-pathspec, python-regex, and python-typed-ast.
[native-inputs]: Add python-setuptools-scm.

gnu: Add python-pathspec.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pathspec): New variable.

gnu: python-tables: Use later hdf5 version.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-tables)[inputs]: Replace hdf5 with
hdf5-1.10.

gnu: python-tables: Do not detect CPU features.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-tables)[arguments]: Add phase
"disable-tuning".

scripts: Show disk-space warning when under the min of the thresholds.

Follow-up to 71c3c3df92375ca9b4bd28b2be90dda67288fa5c which got the logic
wrong.

* guix/scripts.scm (warn-about-disk-space): Compare AVAILABLE to the min of
RELATIVE-THRESHOLD-IN-BYTES and ABSOLUTE-THRESHOLD-IN-BYTES, not the max.

ci: Adjust 'channel-build-system' for when the source is a file name.

Fixes an evaluation error introduced in
dd1ee160be8ba4e211432c08e161c24901cd670e: when invoked via
'build-aux/cuirass/gnu-system.scm', SOURCE is a store file name, not a
<local-file> as it is when invoked via 'etc/system-tests.scm'.

* gnu/ci.scm (channel-build-system)[build]: Call 'lower-object' only
when SOURCE is not a string.

hydra: Remove uses of _IOLBF.

_IOLBF & co. were deprecated in Guile 2.2 and removed in 3.0.

* build-aux/hydra/gnu-system.scm: Pass 'line instead of _IOLBF to 'setvbuf'.
* build-aux/hydra/guix-modular.scm: Likewise.

tests: install: Add %test-gui-installed-os-encrypted.

* gnu/tests/install.scm (%test-gui-installed-os-encrypted): New variable,
(guided-installation-test): set a swap-device only if there is no encryption.

installer: Fix cow-store umount.

This fixes <https://bugs.gnu.org/39712>.

The guix-daemon was preventing the cow-store umount, so restart it.  Some
udevd workers, using cow-store files might also still be around, so have some
umount retries.

* gnu/installer/final.scm (kill-cow-users): New procedure,
(umount-cow-store): restart guix-daemon and kill all processes started from
within the cow-store before trying to umount the store overlay. Also try 5
times to umount the overlay in case it is still busy.

tests: install: Add "gui-installed-os".

* gnu/installer/tests.scm: New file.
* gnu/local.mk (INSTALLER_MODULES): Add it.
* gnu/tests/install.scm (run-install): Add #:gui-test.  Add (gnu
installer tests) to the marionette imported modules.  Honor GUI-TEST.
Check whether SCRIPT is true.
(%root-password, %syslog-conf): New variable.
(operating-system-with-console-syslog, gui-test-program)
(guided-installation-test): New procedures.
(%extra-packages, installation-os-for-gui-tests)
(%test-gui-installed-os): New variable.

installer: Honor /tmp/installer-system-init-options.

* gnu/installer/final.scm (install-system): Honor
"/tmp/installer-system-init-options".

installer: Run commands without hopping through the shell.

* gnu/installer/utils.scm (run-shell-command): Rename to...
(run-command): Remove call to 'call-with-temporary-output-file' and hop
through Bash.  Expect COMMAND to be a list of strings rather than a
string.
* gnu/installer/final.scm (install-system): Turn INSTALL-COMMAND into a
list of strings and pass it to 'run-command'.
* gnu/installer/newt/page.scm (edit-file): Likewise.

installer: Bypass connectivity check when /tmp/installer-assume-online exists.

This is useful for automated tests.

* gnu/installer/newt/network.scm (wait-service-online)[online?]: New
procedure.  Check for /tmp/installer-assume-online.
Use it instead of 'connman-online?'.

installer: Implement a dialog on /var/guix/installer-socket.

This will allow us to automate testing of the installer.

* gnu/installer/utils.scm (%client-socket-file)
(current-server-socket, current-clients): New variables.
(open-server-socket, call-with-server-socket): New procedure.
(with-server-socket): New macro.
(run-shell-command): Add call to 'send-to-clients'.  Select on both
current-input-port and current-clients.
* gnu/installer/steps.scm (run-installer-steps): Wrap 'call-with-prompt'
in 'with-socket-server'.  Call 'sigaction' for SIGPIPE.
* gnu/installer/newt/page.scm (watch-clients!, close-port-and-reuse-fd)
(run-form-with-clients, send-to-clients): New procedures.
(draw-info-page): Add call to 'run-form-with-clients'.
(run-input-page): Likewise.  Handle EXIT-REASON equal to 'exit-fd-ready.
(run-confirmation-page): Likewise.
(run-listbox-selection-page): Likewise.  Define 'choice->item' and use it.
(run-checkbox-tree-page): Likewise.
(run-file-textbox-page): Add call to 'run-form-with-clients'.  Handle
'exit-fd-ready'.
* gnu/installer/newt/partition.scm (run-disk-page): Pass
 #:client-callback-procedure to 'run-listbox-selection-page'.
* gnu/installer/newt/user.scm (run-user-page): Call
'run-form-with-clients'.  Handle 'exit-fd-ready'.
* gnu/installer/newt/welcome.scm (run-menu-page): Define
'choice->item' and use it.  Call 'run-form-with-clients'.
* gnu/installer/newt/final.scm (run-install-success-page)
(run-install-failed-page): When (current-clients) is non-empty, call
'send-to-clients' without displaying a choice window.

installer: Use a Guile-Newt snapshot that supports 'form-watch-fd'.

* gnu/installer.scm (guile-newt): New variable.

tests: 'run-basic-test' can enter a root password.

* gnu/tests/base.scm (run-basic-test): Add #:root-password and honor it.

gnu: java-openjfx-build: Add snippet.

* gnu/packages/java.scm (java-openjfx-build)[source]: Add snippet to remove
bundled gradle.

gnu: python-anndata: Update to 0.7.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-anndata): Update to 0.7.1.
[arguments]: Move check phase after install phase; delete one test.
[propagated-inputs]: Add python-importlib-metadata, python-numcodecs,
python-packaging, and python-zarr.
[native-inputs]: Add python-joblib, python-pytest, and python-setuptools-scm.

gnu: Add python-zarr.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-zarr): New variable.

gnu: Add python-asciitree.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-asciitree): New variable.

gnu: Add python-numcodecs.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-numcodecs): New variable.

gnu: python-h5py: Update to 2.10.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-h5py): Update to 2.10.0.
[inputs]: Use hdf5-1.10.
[native-inputs]: Add pkg-config.

gnu: Add emacs-ddskk.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ddskk): New variable.

gnu: libraqm: Parametrize version.

* gnu/packages/fontutils.scm (libraqm)[source]: Parametrize version.

gnu: Add libraqm.

* gnu/packages/fontutils.scm (libraqm): New variable.

tests: Add a manifest for system tests.

The manifest can be passed to 'guix build -m', 'guix weather -m', and so
on.  It can also be passed to an installed 'guix' (without
./pre-inst-env), with the exception so far of installation tests.

* build-aux/run-system-tests.scm: Remove.  Move interesting bits move
to...
* etc/system-tests.scm: ... here.  New file.
* Makefile.am (EXTRA_DIST): Remove 'build-aux/run-system-tests.scm' and
add 'etc/system-tests.scm'.
(check-system): Rewrite to run 'guix build -m etc/system-tests.scm'.

tests: Add <system-test> gexp compiler.

* gnu/tests.scm (compile-system-test): New gexp compiler.