gnu: tzdata: Update to 2020a.

* gnu/packages/base.scm (tzdata): Update to 2020a.

build-system/go: Allow providing additional build flags

* guix/build-system/go.scm (build-flags): New argument.
* guix/build/go-build-system.scm (build): Use apply to pass the
  additional arguments to invoke.

gnu: IBus: Build with 'gettext-minimal'.

* gnu/packages/ibus.scm (ibus)[native-inputs]: Change from GNU-GETTEXT to
GETTEXT-MINIMAL.

gnu: ibus: Make some inputs native.

* gnu/packages/ibus.scm (ibus)[inputs]: Move gettext from here...
[native-inputs]: ...to here.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: gdb: Make some inputs native.

* gnu/packages/gdb.scm (gdb)[inputs]: Move dejagnu from here...
[native-inputs]: ...to here.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: graphviz: Make some inputs native.

* gnu/packages/graphviz.scm (graphviz)[inputs]: Move swig from here...
[native-inputs]: ...to here.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: Use rust 1.39 as the default for package builds

* gnu/packages/rust.scm (rust): Point to rust-1.39.

Merge branch 'master' into staging

gnu: Add wol.

* gnu/packages/networking.scm (wol): New public variable.

Signed-off-by: Jakub Kądziołka <kuba@kadziolka.net>

gnu: emacs-csv: Use proper Texinfo markup in description.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-csv)[description]: Use proper Texinfo
markup.

Update email address and Savannah handle for Amin Bandali.

* .mailmap, gnu/local.mk, gnu/packages/emacs-xyz.scm, gnu/packages/emacs.scm,
gnu/packages/fonts.scm, gnu/packages/fpga.scm, gnu/packages/lean.scm,
gnu/packages/maths.scm, gnu/packages/pulseaudio.scm: Update my email address.
* build-aux/git-authenticate.scm: Update my Savannah handle.

gnu: armadillo: Fix typo in description.

* gnu/packages/maths.scm (armadillo): Fix spaces after "eg.".

gnu: KOrganizer: Fix typo in description.

* gnu/packages/kde-pim.scm (korganizer)[description]: clanedaring -> calendaring.

gnu: youtube-viewer: Add missing comment.

This is a follow-up to 315b98b9eb71e1a56de6a49ffbfed0af3c92be7e.

* gnu/packages/video.scm (youtube-viewer)[arguments]: Add comment
explaining why we don't install the gtk3 variant.

Revert "gnu: gnupg: Use ~/.guix-profile/bin/pinentry by default."

This commit didn't work:

https://issues.guix.gnu.org/issue/24076#13

This reverts commit c7af9d0b5ebaa1fdb08ff5d8a56004998bcd8103.

deploy: Remove use of '~*' in format string.

...since 'msgfmt' fails to interpret it.  Reported by Vagrant Cascadian
in <https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2020-03/msg00340.html>.
See also <https://bugs.gnu.org/37505>.

* guix/scripts/deploy.scm (show-what-to-deploy): Use ~d instead of ~* when
displaying machines that will be deployed.

gnu: pagekite: Update to 1.5.0.200327.

* gnu/packages/networking.scm (pagekite): Update to 1.5.0.200327.

gnu: python-socksipychain: Update to 2.1.1-1.eb5ee87.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-socksipychain): Update to 2.1.1-1.eb5ee87.

gnu: sbcl-cl-containers: Update to 20200212.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-containers): Update to 20200212.

gnu: lollypop: Update to 1.2.32.

* gnu/packages/gnome.scm (lollypop): Update to 1.2.32.

gnu: r-curl: Fix patch to respect CURL_CA_BUNDLE.

Fixes <https://debbugs.gnu.org/40262>.

* gnu/packages/cran.scm (r-curl)[arguments]: Ensure CURLOPT_CAINFO actually
gets set.

gnu: grammalecte: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/dictionaries.scm (grammalecte): Update to 1.8.0.

gnu: fet: Update to 5.44.0.

* gnu/packages/education.scm (fet): Update to 5.44.0.

gnu: emacs-flycheck-grammalecte: Update to 1.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-flycheck-grammalecte): Update to 1.0.

gnu: tmate: Update to 2.4.0.

* gnu/packages/terminals.scm (tmate): Update to 2.4.0.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Neofetch: Update to 7.0.0.

* gnu/packages/admin.scm (neofetch): Update to 7.0.0.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: mailutils: Update to 3.9.

* gnu/packages/mail.scm (mailutils): Update to 3.9.
[arguments]: In 'prepare-test-suite' phase, adjust name of the mda
'testsuite' files.

packages: Use Guile 3.0 for grafts.

* guix/packages.scm (guile-2.0): Rename to...
(guile-for-grafts): ... this, and adjust callers.  Refer to 'guile-3.0'
instead of 'guile-2.0'.

gnu: guile-next: Update to 3.0.2.

* gnu/packages/guile.scm (guile-3.0): Update to 3.0.2.
* gnu/packages/patches/guile-3.0-crash.patch: Remove.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: Add trivial-package-local-nicknames.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (cl-trivial-package-local-nicknames,
  sbcl-trivial-package-local-nicknames): New variables.

services/nfs: Replace nfs-version with nfs-versions.

Instead of accepting a string for just one protocol version accept a list of
supported versions.

* gnu/services/nfs.scm (<nfs-configuration>)[nfs-version]: Remove field and
replace...
[nfs-versions]: ...with this new field.
(nfs-shepherd-services): Pass as many "--nfs-version" options as there are
supported versions.
* doc/guix.texi (Network File System): Document nfs-versions.

gnu: rust: Add 1.39

* gnu/packages/rust.scm (rust-1.39): New variable.
  (%cargo-reference-hash): Add a comment explaining the role of the
  variable.

gnu: rust: Add 1.38

All packages are still built with rustc 1.37, but users will see rustc
1.38 in their profiles, and packages that require newer compiler
versions will be possible to add.

* gnu/packages/rust.scm (rust-1.31): Factor out the
  patch-command-exec-tests phase to a separate procedure.
  (patch-command-exec-tests-phase): New procedure.
  (rust): Rename to rust-1.37, make rust an alias.
  (rust-1.38): New variable.

gnu: asymptote: Update to 2.65.

* gnu/packages/plotutils.scm (asymptote): Update to 2.65.

gnu: r-multiassayexperiment: Update to 1.12.6.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-multiassayexperiment): Update to 1.12.6.

gnu: r-locfit: Update to 1.5-9.4.

* gnu/packages/statistics.scm (r-locfit): Update to 1.5-9.4.

gnu: r-class: Update to 7.3-16.

* gnu/packages/statistics.scm (r-class): Update to 7.3-16.

gnu: r-xgboost: Update to 1.0.0.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-xgboost): Update to 1.0.0.2.

gnu: r-rjava: Update to 0.9-12.

* gnu/packages/cran.scm (r-rjava): Update to 0.9-12.

gnu: r-sf: Update to 0.9-0.

* gnu/packages/cran.scm (r-sf): Update to 0.9-0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-bayestestr: Update to 0.5.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-bayestestr): Update to 0.5.3.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-hdf5r: Update to 1.3.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-hdf5r): Update to 1.3.2.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-ggally: Update to 1.5.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggally): Update to 1.5.0.

gnu: guix-data-service: Update to 0.0.1-19.d1c243f.

These changes support the guix-data-service-backup-database and
guix-data-service-create-small-backup scripts. These are shell scripts, so
require coreutils from the build environment at runtime as well as binaries
from postgresql, ephemeralpg and optionally util-linux (for ionice and
renice).

* gnu/packages/web.scm (guix-data-service): Update to 0.0.1-19.d1c243f.
[arguments]: Add (ice-9 ftw) and (ice-9 match) to #:modules, change the
'install phase to wrap all bin files with some inputs as well.
[inputs]: Add util-linux, include ephemeralpg from native-inputs and switch
postgresql for postgresql-11.
[native-inputs]: Move ephemeralpg to inputs.

gnu: Add python-json5.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-json5): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-pytest-check-links.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pytest-check-links): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

vm: Distinguish between success and failure of the guest code.

Fixes <https://bugs.gnu.org/34276>.
Reported by Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>.

* gnu/system/vm.scm (expression->derivation-in-linux-vm)[loader]:
Produce '/xchg/.exit-status' file upon success.
* gnu/build/vm.scm (load-in-linux-vm): Check for 'xchg/.exit-status'
once QEMU has completed and respond accordingly.

gnu: Add ROPgadget.

* gnu/packages/cybersecurity.scm: New file.
(ropgadget): New variable.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Register the file.

gnu: java-tomcat: Update to 8.5.53.

This fixes CVE-2020-1938 ("Ghostcat").

* gnu/packages/web.scm (java-tomcat): Update to 8.5.53.
[properties]: Add cpe-name.

gnu: icu4c: Explicitly add patch flags in replacement package.

This is to prevent a build failure when this gets merged to 'core-updates'
which does not have any patch-flags to inherit.

* gnu/packages/icu4c.scm (icu4c/fixed)[source](patch-flags): New field.

gnu: help2man: Update to 1.47.13.

* gnu/packages/man.scm (help2man/latest): Update to 1.47.13.

gnu: Add python-pywinrm.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pywinrm): New variable.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: Add python-requests_ntlm.

* gnu/packages/python-web.scm (python-requests_ntlm): New variable.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: Add python-ntlm-auth.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-ntlm-auth): New variable.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: Add python-kerberos.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-kerberos): New variable.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: Update sambamba to 0.7.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (sambamba): Update to 0.7.1;
  Remove unneeded undead input.

gnu: Add 7kaa.

* gnu/packages/games.scm (7kaa): New variable.

gnu: boinc-client: Update to 7.16.5.

* gnu/packages/distributed.scm (boinc-client): Update to 7.16.5.

gnu: boinc-server: Fix build.

* gnu/packages/distributed.scm (boinc-server)[inputs]: Replace openssl
with openssl-1.0, mariadb with mariadb:dev.

status: Display synthetic information about profiles being built.

* guix/status.scm (print-build-event): Add 'profile case.
* guix/scripts/package.scm (build-and-use-profile): Remove now redundant
message.

profiles: 'profile-derivation' sets a 'type' property.

* guix/profiles.scm (profile-derivation): Pass #:properties to
'gexp->derivation'.

gnu: gnupg: Use ~/.guix-profile/bin/pinentry by default.

Fixes <https://bugs.gnu.org/24076>.
Reported by Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>.

* gnu/packages/patches/gnupg-default-pinentry.patch: New file.
* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg)[source]: Use it.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: youtube-viewer: Don't build gtk3 front-end.

* gnu/packages/video.scm (youtube-viewer)[arguments]: Update
module-build-flags to only build gtk2 front-end.

gnu: youtube-viewer: Update to 3.7.5.

* gnu/packages/video.scm (youtube-viewer): Update to 3.7.5.
[inputs]: Add perl-json-xs.

tests: install: Add %test-gui-installed-desktop-os-encrypted.

* gnu/tests/install.scm (gui-test-program): Add a desktop? argument, and pass it to choose-services,
(installation-target-os-for-gui-tests): new procedure,
(installation-target-desktop-os-for-gui-tests): new procedure,
(guided-installation-test): add target-os and desktop? arguments. Use
target-os instead of the previous os variable. Pass desktop? argument to
gui-test-program.
(%test-gui-installed-os): Adapt accordingly,
(%test-gui-installed-os-encrypted): ditto,
(%test-gui-installed-desktop-os-encrypted): new exported variable.

installer: tests: Use a filter to select desktop-environments.

* gnu/installer/tests.scm (choose-services): Turn desktop-environments list
into a choose-desktop-environment procedure. This way, it is easier to select
all desktop-environments or none, in the same way as choose-network-service?
and choose-network-management-tool? arguments.

gnu: emacs-helm-exwm: Update to 0.0.2.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-helm-exwm): Update to 0.0.2.

gnu: r-argon2: Fix case in synopsis and use full sentence in description.

* gnu/packages/cran.scm (r-argon2)[synopsis]: Use lower case.
[description]: Use full sentence.

gnu: r-getpass: Change case in synopsis and adjust indentation.

* gnu/packages/cran.scm (r-getpass): Adjust indentation.
[synopsis]: Do not capitalize all words.

gnu: r-remoter: Fix indentation.

* gnu/packages/cran.scm (r-remoter): Fix indentation.

gnu: r-remoter: Use lower case in the synopsis.

* gnu/packages/cran.scm (r-remoter)[synopsis]: Do not capitalize all words.

gnu: linux-libre-5.4-source: Add patch to support pinebook pro.

* gnu/packages/patches/linux-libre-support-for-Pinebook-Pro.patch:
  New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Update accordingly.
* gnu/packages/linux (linux-libre-5.4-source): Add patch.

gnu: linux-libre: Update deblob scripts.

* gnu/packages/linux.scm (deblob-scripts-5.4): Update to 5.4.28.

gnu: linux-libre: Update to 5.4.28.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.28.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.113.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.113.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

gnu: icu4c: Fix CVE-2020-10531.

* gnu/packages/patches/icu4c-CVE-2020-10531.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/icu4c.scm (icu4c)[replacement]: New field.
(icu4c/fixed): New variable.

gnu: Add r-remoter.

* gnu/packages/cran.scm (r-remoter): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add r-getpass.

* gnu/packages/cran.scm (r-getpass): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add r-argon2.

* gnu/packages/cran.scm (r-argon2): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: ImageMagick: Build reproducibly.

Fixes <https://bugs.gnu.org/38449>.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick)[arguments]: In #:configure-flags,
add "--enable-reproducible-build".

gnu: Add emacs-chronometrist.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-chronometrist): New variable.

gnu: abseil-cpp: Update to 20200225.1.

* gnu/packages/cpp.scm (abseil-cpp): Update to 20200225.1.

import/cran: Import missing module.

This is a follow-up to commit b005c240bb5e436ffe9d55c2dd75c9af85aa0fdd.

Reported-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>
* guix/import/cran.scm: Import (guix ui) module.

gnu: gnu-pw-mgr: Build reproducibly.

* gnu/packages/gnu-pw-mgr.scm (gnu-pw-mgr)[native-inputs]: Remove
AUTOGEN so that man pages are not regenerated with a fresh date.

tests: Adjust to 'show-manifest-transaction' changes.

This is a followup to 3e5ab0a7a9399bb098b9ced46bf3cbf4085c6bab.

* tests/ui.scm ("show-manifest-transaction"): Update regexp.
* tests/guix-package.sh: Adjust Emacs regexp in --with-source test.

environment: Use 'with-build-handler'.

* guix/scripts/environment.scm (build-environment): Remove.
(guix-environment): Wrap 'with-status-verbosity' in
'with-build-handler'.  Remove 'dry-run?' conditional.  Use
'built-derivations' instead of 'build-environment'.

archive: Use 'with-build-handler'.

* guix/scripts/archive.scm (export-from-store): Remove call to
'show-what-to-build' and dry-run? condition.
(guix-archive): Wrap 'cond' in 'with-build-handler'.

tests/nfs: Fix use of WAIT-FOR-FILE.

* gnu/tests/nfs.scm ("nfs services are running"): Pass marionette to
WAIT-FOR-FILE.

services/nfs: Mount nfsd pseudo file system.

* gnu/services/nfs.scm (nfs-shepherd-services): Add shepherd-service providing
/proc/fs/nfsd and make other shepherd services require it.

gnu: electron-cash: Update to 4.0.14.

* gnu/packages/finance.scm (electron-cash): Update to 4.0.14.

import/cran: Support importing from Mercurial repositories.

* guix/import/cran.scm (download): Accept keyword #:method; add case for hg
method.
(fetch-description): Handle hg repository.
(description->package): Add cases for hg repositories and update call of
DOWNLOAD procedure.
(cran->guix-package): Retry importing from Bioconductor when hg import failed.

gnu: r-shiny: Add missing inputs.

* gnu/packages/cran.scm (r-shiny)[propagated-inputs]: Add r-later, r-promises,
r-rlang, and r-withr.
[native-inputs]: Add gfortran.

gnu: r-mast: Add r-knitr to native inputs.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-mast)[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: poetry: Update to 1.0.5.

* gnu/packages/python-xyz.scm (poetry): Update to 1.0.5.
[propagated-inputs] Add python-clikit, python-importlib-metadata,
python-keyring, and python-pexpect. Remove python-msgpack and python-glob2.
[home-page] Update URL.
[arguments] Remove 'patch-setup-py' phase, and adjust required versions of
keyring, pyrsistent and importlib-metadata.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: python-cachy: Update to 0.3.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-cachy): Update to 0.3.0.
[arguments]: Replace the 'check' phase.
[native-inputs]: Add memcached and python-pifpaf.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add python-pifpaf.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pifpaf): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add python-daiquiri.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-daiquiri): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add python-json-logger.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-json-logger): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add python-xattr.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-xattr): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: python-fakeredis: Update to 1.2.1.

* gnu/packages/databases.scm (python-fakeredis): Update to 1.2.1.
[propagated-inputs]: Add python-sortedcontainers.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>