system: hurd: Add hurd-default-essential-services.

* gnu/system.scm (hurd-default-essential-services): New procedure.

image: Add Hurd support.

* gnu/system/image.scm (hurd-disk-image): New exported variable,
(root-offset, root-label): new variables,
(esp-partition, root-partition): adapt accordingly,
(find-image): add Hurd support.

linux-boot: Update 'make-hurd-device-nodes'.

* gnu/build/linux-boot.scm (make-hurd-device-nodes): Avoid de-duplication of
device mount points; also create mount points for /servers/.

syscalls: set-thread-name, thread-name: Stub for the Hurd.

Avoid crash

    Backtrace:
    guix/build/syscalls.scm:405:8: In procedure prctl: Function not implemented

because of missing prctl on the Hurd.

* guix/build/syscalls.scm (set-thread-name, thread-name): Rename to ...
(set-thread-name!/linux,thread-name/linux): ...this.
(set-thread-name, thread-name): Swtich between linux implementation and or
stub.

gnu: hurd: Update to upstream Hurd-reserved xattr index.

This enables setting (and reading) passive translators when preparing a Hurd
file system from GNU/Linux.

* gnu/packages/patches/hurd-xattr.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/hurd.scm (hurd): Use it.

gnu: x265: Build with assembly files.

* gnu/packages/video.scm (x265)[native-inputs]: Add nasm.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

system: bare-bones: Remove dependency to X libraries.

Use "openssh-sans-x" to prevent the inclusion of X libraries to the bare-bones
system closure.

* gnu/system/examples/bare-bones.tmpl (operating-system)[services]: Use
openssh-sans-x instead of openssh.

gnu: Add openssh-sans-x.

* gnu/packages/ssh.scm (openssh-sans-x): New variable.

gnu: sudo: Separate Python output.

The Python plugin of "sudo" drags the Python interpreter to the closure of
Guix System. Put it in a separate output.

* gnu/packages/admin.scm (sudo)[arguments]: Add a 'separate-python-output
phase, that's populating ...
[outputs]: ... the new "python" output.

system: install: Add default libcs to gc-roots.

During the installation, it may be needed to build locales that are not
covered by glibc-utf8-locales. Make sure that the libraries required to build
locales are available.

This is a follow-up of 0eed77127592323d89f56c215a15374a1aaae110.

* gnu/system/install.scm (installation-os)[services]: Add
%default-locale-libcs to gc-root-service-type.

gnu: rtl8821ce-linux-module: Use MAKE-FLAGS.

* gnu/packages/linux.scm (rtl8821ce-linux-module)[arguments]: Use
MAKE-FLAGS keyword.  Make CC environment variable a make flag.

gnu: rtl8812au-aircrack-ng-linux-module: Use MAKE-FLAGS.

* gnu/packages/linux.scm (rtl8812au-aircrack-ng-linux-module)
[arguments]: Use MAKE-FLAGS keyword.

gnu: rtl8812au-aircrack-ng-linux-module: Update to 5.6.4.2-1.df2b8df.

* gnu/packages/linux.scm (rtl8812au-aircrack-ng-linux-module):
Update to 5.6.4.2-1.df2b8df.

gnu: mu: Update to 1.4.9.

* gnu/packages/mail.scm (mu): Update to 1.4.9.

gnu: v4l2loopback-linux-module: Edit synopsis and description.

* gnu/packages/linux.scm (v4l2loopback-linux-module)
[synopsis, description]: Edit.

gnu: v4l2loopback-linux-module: Disable ‘test’.

It simply built the test programme but nothing more.

* gnu/packages/linux.scm (v4l2loopback-linux-module)[arguments]:
Remove the ‘check’ phase.

gnu: Add v4l2loopback-linux-module.

* gnu/packages/linux.scm (v4l2loopback-linux-module): New variable.

gnu: linux-libre: Update to 5.4.45.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.45.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@5.6: Update to 5.6.17.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.6-version): Update to 5.6.17.
(linux-libre-5.6-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.127.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.127.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

git-authenticate: Prevent removal of '.guix-authorizations'.

* guix/git-authenticate.scm (commit-authorized-keys)
[parents-have-authorizations-file?, assert-parents-lack-authorizations]:
New procedures.
Use the latter before returning DEFAULT-AUTHORIZATIONS.
* guix/git.scm (false-if-git-not-found): Export.
* guix/tests/git.scm (populate-git-repository): Add 'remove' clause.
* tests/git-authenticate.scm ("signed commits, .guix-authorizations removed"):
New test.

git: 'update-cached-checkout' gracefully handles missing starting commit.

Fixes <https://bugs.gnu.org/41604>
Reported by John Soo <jsoo1@asu.edu> and zimoun <zimon.toutoune@gmail.com>.

* guix/git.scm (false-if-git-not-found): New macro.
(reference-available?): Use it.
(update-cached-checkout): Use it when looking up STARTING-COMMIT.
Set RELATION to 'unrelated when OLD is #false.

gnu: go-github-com-stretchr-testify: Update to 1.5.1.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-stretchr-testify):
  Update to 1.5.1.

gnu: go-github-com-davecgh-go-spew: Update to 1.1.1.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-davecgh-go-spew):
  Update to 1.1.1.

gnu: Add go-github-com-stretchr-objx.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-stretchr-objx): New variable.

gnu: Add epour.

* gnu/packages/enlightenment.scm (epour): New variable.

gnu: Add vim-dispatch.

* gnu/packages/vim.scm (vim-dispatch): New variable.

gnu: emacs-lua-mode: Update to 20200508-0.35b6e4c.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-lua-mode): Update to 20200508-0.35b6e4c.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add emacs-flymake-shellcheck.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-flymake-shellcheck): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: docker, docker-cli: Update to 19.03.11.

* gnu/packages/docker.scm (%docker-version): Update to 19.03.11.
(docker, docker-cli): Update hashes.

gnu: qwt: Update to 6.1.5.

* gnu/packages/qt.scm (qwt): Update to 6.1.5.

gnu: python-mwclient: Update to 0.10.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-mwclient): Update to 0.10.1.

gnu: libgit2: Update to 1.0.1.

* gnu/packages/version-control.scm (libgit2): Update to 1.0.1.

gnu: s6-portable-utils: Update to 2.2.2.3.

* gnu/packages/skarnet.scm (s6-portable-utils): Update to 2.2.2.3.

gnu: wireguard-linux-compat: Update to 1.0.20200520.

* gnu/packages/vpn.scm (wireguard-linux-compat): Update to 1.0.20200520.

gnu: Add vala-language-server.

* gnu/packages/gnome-xyz.scm (vala-language-server): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add vala-0.48.

* gnu/packages/gnome.scm (vala-0.48): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: youtube-dl: Update to 2020.06.06.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2020.06.06.

gnu: emacs-lispyville: Update to 20200605.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-lispyville): Update to 20200605.
[arguments]: Remove obsolete workaround for tests.

gnu: Add cl-rdkafka.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-rdkafka, cl-rdkafka): New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: sbcl-cl-random-forest: Remove obsolete fix.

* gnu/packages/machine-learning.scm (sbcl-cl-random-forest)[arguments]: Remove
  'add-sb-cltl2-dependency' phase.

gnu: sbcl-lparallel: Modify system definition to require sb-cltl2.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-lparallel)[arguments]: Add 'fix-dependency'
  phase to modify system definition to require sb-cltl2.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: streamlink: Update to 1.4.1.

* gnu/packages/video.scm (streamlink): Update to 1.4.1.

gnu: emacs-realgud: Fix realgud:run-process problem.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-realgud)[phases]
{fix-realgud:run-process-void-error}: New phase.
{fix-autogen-script}: Return #t.
{autogen}: Likewise.
{set-home}: Likewise.
{remove-realgud-pkg.el}: Likewise.

gnu: guix: Update to d445c30ea6.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 1.1.0-7.d445c30.

daemon: Handle EXDEV when moving to trash directory.

Fixes <https://bugs.gnu.org/41607>.
Reported by Stephen Scheck <singularsyntax@gmail.com>.

* nix/libstore/gc.cc (LocalStore::deletePathRecursive): When we try to
move a dead directory into the trashDir using rename(2) but it returns
an EXDEV error, just delete the directory instead.  This can happen in a
Docker container when the directory is not on the "top layer".

ui: 'display-search-results' automatically invokes the pager.

* guix/ui.scm (call-with-paginated-output-port): New procedure.
(with-paginated-output-port): New macro.
(display-search-results): Use it instead of displaying a hint.

utils: Add 'with-environment-variables'.

* guix/tests/gnupg.scm (call-with-environment-variables)
(with-environment-variables): Move to...
* guix/utils.scm: ... here.
* guix/tests/git.scm: Adjust accordingly.

gnu: guile-static: Disable JIT on ARMv7.

* gnu/packages/make-bootstrap.scm (make-guile-static): Pass
"--disable-jit" when 'target-arm32?' is true.

vm: Shared-store script runs the native QEMU and Bash.

* gnu/system/vm.scm (system-qemu-image/shared-store-script): Use #+ for
QEMU and BASH.

vm: <virtual-machine> compiler honors system and target.

* gnu/system/vm.scm (system-qemu-image/shared-store): Add #:system
and #:target.  Pass it down.
(system-qemu-image/shared-store-script): Likewise.
(virtual-machine-compiler): Likewise.

vm: 'qemu-image' preserves the cross-compilation target of the OS.

* gnu/system/vm.scm (qemu-image)[preserve-target, inputs*]: New variables.
In gexp, use INPUTS* instead of INPUTS.  Wrap OS and BOOTCFG-DRV in
'preserve-target'.  Pass INPUTS* instead of INPUTS as the #:references-graphs.

vm: 'qemu-image' uses the native partitioning tools and bootloader.

* gnu/system/vm.scm (qemu-image): Use #+ for Parted, the bootloader, etc.

vm: 'expression->derivation-in-linux-vm' always returns a native build.

* gnu/system/vm.scm (expression->derivation-in-linux-vm): Remove #:target.
[builder]: Use #+.  Don't pass #:target-arm32? and #:target-aarch64? to
'load-in-linux-vm'.
Pass #:target #f to 'gexp->derivation'.
(qemu-image): Adjust accordingly.
* gnu/build/vm.scm (load-in-linux-vm): Remove #:target-aarch64?
and #:target-arm32?.  Define them as local variables.

system: 'system-linux-image-file-name' takes an optional parameter.

* gnu/system.scm (system-linux-image-file-name): Make 'target' an
optional parameter.

packages: Make 'bag-grafts' insensitive to '%current-target-system'.

Fixes <https://bugs.gnu.org/41713>.
Reported by Mathieu Othacehe.

* guix/packages.scm (bag-grafts): Wrap 'fold-bag-dependencies' calls in
'parameterize'.
* tests/packages.scm ("package->bag, sensitivity to
%current-target-system"): New test.

grafts: Improve performance for derivations with many inputs.

Partly fixes <https://bugs.gnu.org/41702>.
Reported by Lars-Dominik Braun <ldb@leibniz-psychology.org>.

Previously we'd potentially traverse the same sub-graph of DEPS several
times.

With this patch, command:

  guix environment --ad-hoc r-learnr --search-paths

goes from 11.3s to 4.6s.

* guix/grafts.scm (reference-origin): Rename to...
(reference-origins): ... this.  Change 'item' parameter to 'items'.
[lookup-derivers]: New procedure.
(cumulative-grafts)[dependency-grafts]: Change 'item' to 'items' and use
'reference-origins'.
Remove 'mapm' around 'dependency-grafts' call.

gnu: libqmi: Update to 1.24.14.

* gnu/packages/freedesktop.scm (libqmi): Update to 1.24.14.

gnu: klavaro: Update to 3.10.

* gnu/packages/education.scm (klavaro): Update to 3.10.

gnu: burp: Update to 2.3.28.

* gnu/packages/backup.scm (burp): Update to 2.3.28.

gnu: di: Cross-compile.

* gnu/packages/admin.scm (di)[arguments]: Use CC-FOR-TARGET.

gnu: di: Update to 4.48.

* gnu/packages/admin.scm (di): Update to 4.48.

gnu: Add kpeoplevcard.

* gnu/packages/kde-pim.scm (kpeoplevcard): New public variable.

gnu: KContacts: Propagate required inputs.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm (kcontacts)[inputs]: Move KCODECS,
KCOREADDONS, KCONFIG, and KI18N ...
[propagated-inputs]: ... here.  New field.

gnu: kdevelop: Update to 5.5.2.

* gnu/packages/kde.scm (kdevelop): Update to 5.5.2.

gnu: akonadi-search: Enable tests.

* gnu/packages/kde-pim.scm (akonadi-search)[native-inputs]: Add DBUS.
[arguments]: Add #:phases.

gnu: grantlee: Correct license.

* gnu/packages/qt.scm (grantlee)[license]: Set to LGPL2.1+.

gnu: rust-rpassword-4: Update to 4.0.5.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-rpassword-4): Update to 4.0.5.

gnu: emacs-with-editor: Update to 2.9.2.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-with-editor): Update to 2.9.2.

gnu: emacs-nhexl-mode: Update to 1.5.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-nhexl-mode): Update to 1.5.
[description]: Remove trailing newline character.

gnu: emacs-mmm-mode: Update to 0.5.8.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-mmm-mode): Update to 0.5.8.
[source]: Use GNU ELPA repository instead of GitHub.
[build-system]: Switch to emacs-build-system.
[native-inputs]: Remove.

gnu: emacs-zones: Update to 2019.7.13.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-zones): Update to 2019.7.13.
[source]: Use GNU ELPA repository instead of GitHub.  Remove unnecessary
patch.
* gnu/packages/patches/emacs-zones-called-interactively.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Apply file deletion.

gnu: emacs-howm: Update to 1.4.6.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-howm): Update to 1.4.6.

gnu: emacs-frog-menu: Update to 0.2.11.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-frog-menu): Update to 0.2.11.
[source]: Use GNU ELPA repository instead of GitHub.

gnu: emacs-ebdb: Update to 0.6.18.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ebdb): Update to 0.6.18.
[source]: Use GNU ELPA repository instead of GitHub.

gnu: GnuTLS: Update replacement to 3.6.14 [fixes CVE-2020-13777].

* gnu/packages/tls.scm (gnutls-3.6.13): Rename to ...
(gnutls-3.6.14): ... this.  Update to 3.6.14.
(gnutls)[replacement]: Adjust accordingly.
* gnu/packages/package-management.scm (guix)[propagated-inputs]: Likewise.
* gnu/packages/vpn.scm (openconnect)[propagated-inputs]: Likewise.

gnu: rcas-web: Use guile2.2 version of Guile-Redis.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (rcas-web)[inputs]: Change from GUILE-REDIS
to GUILE2.2-REDIS.  While at it, rename the GUILE input to "guile" instead
of "guile-next".

gnu: emacs-exwm: Update to 0.24.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-exwm): Update to 0.24.

gnu: openconnect: Add a comment about the gnutls version.

* gnu/packages/vpn.scm (openconnect): Add said comment.
* gnu/packages/tls.scm (gnutls): Add backlink to optimise SEO.

gnu: emacs-web-server: Update to 0.1.2.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-web-server): Update to 0.1.2.
[source]: Use GNU ELPA repository instead of GitHub.
[native-inputs]: Remove unnecessary native inputs.
[arguments]: Do not run tests, which do not exist in ELPA.

gnu: openscad: Add patch to fix build.

* gnu/packages/patches/openscad-parser-boost-1.72.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/engineering.scm (openscad)[source]: Use it.

gnu: emacs-rainbow-mode: Update to 1.0.4.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-rainbow-mode): Update to 1.0.4.

gnu: emacs-stream: Update to 2.2.5.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-stream): Update to 2.2.5.  [source]: Use
GNU ELPA repository instead of GitHub.
[arguments]: Skip tests, which do not exist on ELPA.

gnu: emacs-posframe: Update to 0.7.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-posframe): Update to 0.7.0.
[source]: Use GNU Elpa repository instead of GitHub.

gnu: emacs-highlight-escape-sequences: Fix version number.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-highlight-escape-sequences): Extract
appropriate version number from main file.

gnu: emacs-multi-term: Update to 1.5.0.017c77c.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-multi-term): Update to 1.5.0.017c77c.

gnu: emacs-edit-server: Update to 1.15.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-edit-server): Update to 1.15.

gnu: Add cl-ascii-table.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-ascii-table, cl-ascii-table,
  ecl-cl-ascii-table): New variables.

gnu: emacs-haskell-mode: Update to 17.1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-haskell-mode): Update to 17.1.
[arguments]: Add phase to skip failing tests.
* gnu/packages/patches/haskell-mode-make-check.patch:
* gnu/packages/patches/haskell-mode-unused-variables.patch: Delete files.
* gnu/local.mk: Apply files removal.

gnu: emacs-jsonrpc: Update to 1.0.12.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-jsonrpc): Update to 1.0.12.

gnu: emacs-ghub: Update to 3.3.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ghub): Update to 3.3.0.

gnu: emacs-oauth2: Update to 0.13.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-oauth2): Update to 0.13.

gnu: emacs-darkroom: Update to 0.3.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-darkroom): Update to 0.3.

gnu: emacs-cider: Update to 0.25.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-cider): Update to 0.25.0.
[propagated-inputs]: Reorder entries.  Remove emacs-seq, built-in.

gnu: emacs-beginend: Update to 2.1.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-beginend): Update to 2.1.0.

gnu: emacs-magit-popup: Update to 2.13.2.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-magit-popup): Update to 2.13.2.

gnu: emacs-clojure-mode: Update to 5.11.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-clojure-mode): Update to 5.11.0.
[native-inputs]: Add emacs-buttercup, remove emacs-ert-runner.  [arguments]:
Update test command.  [description]: Small typographic fixes.

gnu: emacs-php-mode: Update to 1.23.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-php-mode): Update to 1.23.0.

gnu: emacs-undo-tree: Update to 0.7.4.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-undo-tree): Update to 0.7.4.
[source]: Use GNU ELPA repository.

gnu: emacs-websocket: Update to 1.12.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-websocket): Update to 1.12.
[source]: Use ELPA repository instead of GitHub.