gnu: Add r-deco.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-deco): New variable.

gnu: Add ghc-6.10.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-6.10): New variable.

gnu: ghc-6.6: Patch more references to /bin/sh.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-6.6)[arguments]: Patch references to /bin/sh
in Cabal and process internals.

gnu: Add wipe.

* gnu/packages/disk.scm (wipe): New variable.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: Add cl-airship-scheme.

* gnu/packages/scheme.scm (cl-airship-scheme, sbcl-airship-scheme): New
  variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add cl-zr-utils.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (cl-zr-utils, ecl-zr-utils, sbcl-zr-utils): New
  variables.

Co-authored-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: stumpwm: Update to 22.05-1.ff6cb73.

* gnu/packages/wm.scm (stumpwm): Update to 22.05-1.ff6cb73.

gnu: sbcl: Update to 2.2.10.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl): Update to 2.2.10.
  [arguments]: Remove obsolete fix from 'build-doc' phase.

gnu: Add x11vnc.

* gnu/packages/vnc.scm (x11vnc): New variable.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>
Modified-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: silkaj: Update to 0.10.0.

* gnu/packages/finance.scm (silkaj): Update to 0.10.0.
[build-system]: Use PYPROJECT-BUILD-SYSTEM.
[arguments]: Remove it.
[native-inputs]: Add PYTHON-POETRY-CORE.
[inputs]: Remove input labels. Remove PYTHON-PYNACL. Add PYTHON-PENDULUM.
[description]: Do not overemphasize project name.

gnu: kicad: Update to 6.0.8.

* gnu/packages/engineering.scm (kicad): Update to 6.0.8.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add emacs-hare-mode.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-hare-mode): New variable.

Co-authored-by: ( <paren@disroot.org>
Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: emacs-pyim: Update to 5.2.7.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-pyim): Update to 5.2.7.

gnu: emacs-mint-mode: Remove unnecessary #:INCLUDE.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-mint-mode)[arguments]: Remove it.
Upstream provides no ".txt" and ".el" files are matched in %DEFAULT-INCLUDE.

gnu: emacs-mint-mode: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-mint-mode): Update to 2.0.0.
[description]: Update description for accuracy with current version.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

installer: parted: Retry failing read-partition-uuid call.

Fixes: <https://issues.guix.gnu.org/53541>.

* gnu/installer/parted.scm (read-partition-uuid/retry): New procedure.
(check-user-partitions): Use it.

gnu: mpv-mpris: Update to 0.9.

* gnu/packages/video.scm (mpv-mpris): Update to 0.9.

* gnu/packages/golang.scm (notmuch-fixtures): New variable here...
(go-github-com-zenhack-go-notmuch): ...and here.

Signed-off-by: Raghav Gururajan <rg@raghavgururajan.name>

gnu: jo: Update to 1.7.

* gnu/packages/web.scm (jo): Update to 1.7.

gnu: hamlib: Fix inputs.

* gnu/packages/radio.scm (hamlib)[native-inputs]: Move lua and tcl…
[inputs]: …here.  Add python.

gnu: hamlib: Rebuild broken configure script.

* gnu/packages/radio.scm (hamlib)[native-inputs]: Add autoconf, automake, and libtool.
[arguments]: Add a new 'force-bootstrap phase.

gnu: sdrangel: Don't detect CPU extensions at build time.

* gnu/packages/radio.scm (sdrangel)[arguments]:
Add a new 'fix-CPU-extension-detection phase.

gnu: tar: Add chained renames and Directory to hurd skipped tests.

* gnu/packages/base.scm (tar)[arguments]: Include chained renames and
Directory in the tests skipped for when building for the hurd.

gnu: diffutils: Add large-subopt to XFAIL_TESTS for the hurd.

* gnu/packages/base.scm (diffutils)[arguments]: Add large-subopt to
XFAIL_TESTS for the hurd.

gnu: coreutils: Remove test-tls from XFAIL_TESTS for the hurd.

As this test passes.

* gnu/packages/base.scm (coreutils)[arguments]: Remove test-tls from
XFAIL_TESTS for the hurd.

gnu: linux-libre 4.9: Update to 4.9.331.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9-version): Update to 4.9.331.
(linux-libre-4.9-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 4.14: Update to 4.14.296.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.296.
(linux-libre-4.14-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 4.19: Update to 4.19.262.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.262.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.4: Update to 5.4.221.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.221.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.10: Update to 5.10.152.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.10-version): Update to 5.10.152.
(linux-libre-5.10-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.15: Update to 5.15.76.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.15-version): Update to 5.15.76.
(linux-libre-5.15-pristine-source): Update hash.

gnu: Add emacs-flymake-collection.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-flymake-collection): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: emacs-plz: Remove unnecessary call to MAKE-FILE-WRITABLE.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-plz)[arguments]: Remove unnecessary
MAKE-FILE-WRITABLE call.

gnu: emacs-plz: Patch path to curl.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-plz)[arguments]: Add phase substitute-curl-path.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: emacs-mentor: Update to 0.5.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-mentor): Update to 0.5.

gnu: wireshark: Update to 4.0.1.

* gnu/packages/networking.scm (wireshark): Update to 4.0.1.

gnu: keepassxc: Update to 2.7.4.

* gnu/packages/password-utils.scm (keepassxc): Update to 2.7.4.

gnu: vim: Update to 9.0.0820.

* gnu/packages/vim.scm (vim): Update to 9.0.0820.

gnu: vim: Patch another '/bin/sh' shebang.

* gnu/packages/vim.scm (vim)[arguments]: Adjust custom phase
'patch-absolute-paths to use absolute value when checking for custom
cscope command.

gnu: nginx-documentation: Update to 1.23.1-2898-0b7e004b5061.

* gnu/packages/web.scm (nginx-documentation): Update to 1.23.1-2898-0b7e004b5061.

gnu: nginx: Update to 1.23.2.

* gnu/packages/web.scm (nginx): Update to 1.23.2.

gnu: pgloader: Update to 3.6.9.

* gnu/packages/databases.scm (pgloader): Update to 3.6.9.

etc: systemd services shouldn't ‘RemainAfterExit’.

* etc/guix-daemon.service.in (RemainAfterExit): Don't.
* etc/guix-publish.service.in (RemainAfterExit): Likewise don't.

etc: Add ‘Restart=always’ to both systemd services.

* etc/guix-daemon.service.in (Restart): ‘Always’ do.
* etc/guix-publish.service.in (Restart): Likewise.

etc: Add ‘OOMPolicy=continue’ to guix-daemon.service.

* etc/guix-daemon.service.in (OOMPolicy): Continue.

gnu: libgphoto2: Update to 2.5.30.

* gnu/packages/photo.scm (libgphoto2): Update to 2.5.30.

gnu: rsync: Update to 3.2.7.

* gnu/packages/rsync.scm (rsync): Update to 3.2.7.

gnu: helm: Improve package style.

* gnu/packages/music.scm (helm)[arguments]: Use G-expressions.  Remove trailing  #T from phases.
[inputs]: Remove labels.  Sort alphabetically.
[native-inputs]: Sort alphabetically.

gnu: helm: fix not finding Factory Presets

* gnu/packages/music.scm (helm): Fix not finding Factory Presets.
  This change fixes hardcoded paths so that Factory Presets can be found.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: emacs-tmr: Update arguments and license.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-trm): [arguments]:
Rename PATCH-FFPLAY phase to PATCH-PATHS and substitute
TMR-SOUND-FILE variable. Add MAKEINFO phase;
[inputs]: Add SOUND-THEME-FREEDESKTOP;
[license]: Add fdl1.3+;
[use-modules]: Add (gnu packages libcanberra).

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: wesnoth: Update to 1.16.6.

* gnu/packages/games.scm (wesnoth): Update to 1.16.6.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: rapidjson: Fix powerpc64le-linux build.

…by avoiding ‘-march=native’, which is an unnecessary risk even if the
result is not installed.

* gnu/packages/web.scm (rapidjson)[arguments]: Replace the outdated
'patch-aarch-march-detection phase with an unconditional
'fix-march=native one.

gnu: dehydrated: ‘Build’ reproducibly.

* gnu/packages/tls.scm (dehydrated)[arguments]: Invoke gzip with ‘-n’.

gnu: dehydrated: Use G-expressions.

* gnu/packages/tls.scm (dehydrated)[arguments]:
Rewrite as G-expressions.

gnu: dehydrated: Update to 0.7.0-0.6fb8eba.

* gnu/packages/tls.scm (dehydrated): Update to 0.7.0-0.6fb8eba.
[source]: Use GIT-FETCH & GIT-FILE-NAME.
[arguments]: Adjust accordingly.  Don't explicitly return #t from phases.
[native-inputs]: Remove tar.

gnu: pinentry-tty: Update to 1.2.1.

* gnu/packages/gnupg.scm (pinentry-tty): Update to 1.2.1.

gnu: goffice: Update to 0.10.53.

* gnu/packages/gnome.scm (goffice): Update to 0.10.53.

gnu: memtest86+: Build reproducibly.

* gnu/packages/hardware.scm (memtest86+)[source]: Add patch.
* gnu/packages/patches/memtest86+-build-reproducibly.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: Add ndppd.

* gnu/packages/admin.scm (ndppd): New variable.

gnu: emacs-nano-modeline: Update to 0.7.2.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-nano-modeline): Update to 0.7.2.

gnu: guix-build-coordinator: Update to 0-68.3768aec.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-build-coordinator): Update to
0-68.3768aec.

gnu: bzip2: Fix script interpreters when cross-compiling.

Add bash-minimal as an input fixes the interpreters for various scripts (like
bzdiff and bzgrep) when cross-compiling.

* gnu/packages/compression.scm (bzip2)[inputs]: Add bash-minimal when cross
compiling.

gnu: xz: Fix script interpreters when cross-compiling.

Add bash-minimal as an input fixes the interpreters for various scripts (like
xzgrep and xzless) when cross-compiling.

* gnu/packages/compression.scm (xz)[inputs]: Add bash-minimal when cross
compiling.

gnu: gzip: Fix script interpreters when cross-compiling.

Add bash-minimal as an input fixes the interpreters for various scripts (like
zcat and zless) when cross-compiling.

* gnu/packages/compression.scm (gzip)[inputs]: Add bash-minimal when cross
compiling.

gnu: gnome-control-center: Update to 42.4.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-control-center): Update to 42.4.

gnu: Add seer-gdb.

* gnu/packages/debug.scm (seer-gdb): New variable.

gnu: texlive-latex-atveryend: Fix typo.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-atveryend)[description]: Fix incorrectly
  pluralized use of "package".

gnu: python-rpy2: Update to 3.5.5.

* gnu/packages/statistics.scm (python-rpy2): Update to 3.5.5.
[arguments]: Run all tests; run them conditionally.

doc: contributing: Expand "Sending a Patch Series".

* doc/contributing.texi: Expand on sending patches and using
  git send-email.

Signed-off-by: Liliana Marie Prikler <liliana.prikler@gmail.com>

gnu: sed: Skip failing test on GNU/Hurd.

* gnu/packages/base.scm (sed)[arguments]: Add #:make-flags.

gnu: diffutils: Skip failing test on GNU/Hurd.

* gnu/packages/base.scm (diffutils)[arguments]: Add #:make-flags.
* gnu/packages/commencement.scm (diffutils-boot0)[arguments]: Adjust to always
use substitute-keyword-arguments.

gnu: Add r-damefinder.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-damefinder): New variable.

gnu: Add r-dama.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-dama): New variable.

gnu: Add ghc-6.6.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-6.6): New variable.

gnu: ghc-6.0: Adjust configuration.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-6.0)[arguments]: Pass --enable-src-tree-happy
option; remove --with-hc option because we use the same GHC for everything;
add --with-gcc option to embed absolute file name of GCC.
[native-inputs]: Remove unused python-2.

gnu: ghc-4: Embed absolute file name of GCC in GHC.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-4)[arguments]: Pass "--with-gcc" option to
configure script.

gnu: flair: Update to 1.6.4.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (flair): Update to 1.6.4.
[propagated-inputs]: Add python-numpy and python-scipy.

gnu: flair: Set R_HOME.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (flair)[arguments]: Set R_HOME.

gnu: flair: Add missing R package.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (flair)[inputs]: Add r-apeglm.

gnu: Add r-debcam.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-debcam): New variable.

gnu: Add r-dmwr2.

* gnu/packages/cran.scm (r-dmwr2): New variable.

gnu: emacs-modus-themes: Update to 3.0.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-modus-themes): Update to 3.0.0.

gnu: emacs-ediprolog: Update to 2.2.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ediprolog): Update to 2.2.

gnu: emacs-subed: Update to 1.0.16.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-subed): Update to 1.0.16.

gnu: emacs-mmm-mode: Update to 0.5.9.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-mmm-mode): Update to 0.5.9.

gnu: emacs-ement: Update to 0.4.1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ement): Update to 0.4.1.

gnu: r-mixedpower: Fix faulty commit.

Fix previous commit, which did not contain the following changes:

* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/statistics.scm (r-mixedpower)[source]: Use it.

gnu: icedove: Update to 102.4.1.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (%icedove-build-id, %icedove-version) Update to 102.4.1.

gnu: r-mixedpower: Improve compatibility with R>=4.2.

Upstream’s fix is incomplete and thus commit
7871447cf5d9fc5a7b5fe5277fc5e111e5ce32d7 was insufficient.

* gnu/packages/patches/r-mixedpower-r2power.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/statistics.scm (r-mixedpower)[source]: Use it.

gnu: rottlog: Apply patch adding a Texinfo direntry.

Relates to <https://issues.guix.gnu.org/58821>.

* gnu/packages/patches/rottlog-direntry.patch: Add patch.
* gnu/packages/admin.scm (rottlog): Apply it.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.

gnu: rottlog: Use gexps and bootstrap Autotools build system.

* gnu/packages/admin.scm (rottlog) [snippet]: Delete build system files.
Delete trailing #t.  Patch Makefile.am instead of Makefile.in.  Do not patch
INSTALL_RC and INSTALL_SCRIPT variables default values.
[arguments]: Use gexps.  Delete trailing #t.
[make-flags]: Override INSTALL_RC and INSTALL_SCRIPT.
[phases]{fix-configure}: Delete phase.
[native-inputs]: Add autoconf.  Sort inputs.

profiles: info-dir-file: Remove install-info '--silent' option.

Relates to <https://issues.guix.gnu.org/58821>.

Revert 4fef1e850e4872f2bc7c1f0a10cbac176b50895f, which silenced useful
information such as the following warning:

   install-info: warning: no info dir entry in
   `/gnu/store/...-rottlog-0.72.2/share/info/rottlog.info.gz'

Rationale: profile hooks output is now hidden by default, and can be made
visible via the --verbosity option.

gnu: linux-libre: Update to 5.19.17.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.19-version): Update to 5.19.17.
(linux-libre-5.19-pristine-source): Update hash.

gnu: findutils: Skip failing test on GNU/Hurd.

* gnu/packages/base.scm (findutils)[arguments]: Add #:make-flags.
* gnu/packages/commencement.scm (findutils-boot0)[arguments]: Likewise.

gnu: grep: Skip failing tests on GNU/Hurd.

* gnu/packages/base.scm (grep)[arguments]: Add #:make-flags.

gnu: coreutils: Skip failing tests on GNU/Hurd.

* gnu/packages/base.scm (coreutils)[arguments]: Add
"tests/df/unreadable.sh" and "test-perror2" to the 'XFAIL_TESTS' list.

gnu: swftools: Fix typos.

* gnu/packages/animation.scm (swftools)[description]: Avoid uses of "allows
  to".

gnu: pypy: Remove unused module imports.

This is a follow-up to commit 6e7ed040339d815c3a3f72706b75bd0162969c9d.

* gnu/packages/pypy.scm: Remove unused modules.

build-system/pyproject: Always run tests verbosely for supported backends.

* guix/build-system/pyproject.scm (pyproject-build): Default to '() instead of
 #false for TEST-FLAGS.
* guix/build/pyproject-build-system.scm (check): Unconditionally enable
verbose test flags.
* doc/guix.texi (Build Systems): Document this change.
* gnu/packages/fontutils.scm (python-glyphslib)[arguments]: Remove verbosity
from #:test-flags.
* gnu/packages/pdf.scm (python-pydyf, weasyprint)[arguments]: Likewise.
* gnu/packages/python-web.scm (python-openapi-spec-validator)[arguments]: Likewise.
* gnu/packages/python-xyz.scm (python-path, python-tempora)[arguments]: Likewise.

build-system/pyproject: Adjust indentation.

* guix/build/pyproject-build-system.scm: Adjust indentation.