build-system: Add pyproject-build-system.

This is an experimental build system based on python-build-system
that implements PEP 517-compliant builds.

* doc/guix.texi (Build Systems): Add pyproject-build-system section.
* doc/contributing.texi (Python Modules): Mention pyproject.toml and the
PYTHON-TOOLCHAIN package, as well as differences to python-build-system.
* guix/build-system/pyproject.scm,
guix/build/pyproject-build-system.scm,
gnu/packages/aux-files/python/sanity-check-next.py,
gnu/packages/python-commencement.scm: New files.
* Makefile.am (MODULES): Register the new build systems.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add python-commencement.scm.
* gnu/packages/python.scm (python-sans-pip, python-sans-pip-wrapper): New
variables.

Co-authored-by: Marius Bakke <marius@gnu.org>

gnu: python-pip: Move to (gnu packages python-build).

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pip): Move from here ...
* gnu/packages/python-build.scm (python-pip): ... to here.

gnu: pypy: Move to separate module.

This removes the need to import (gnu packages python-xyz) in (gnu packages
python), avoiding issues with circular imports.

* gnu/packages/python.scm (pypy): Move…
* gnu/packages/pypy.scm (pypy): …here
* gnu/local.mk: Register new file.

Co-authored-by: Marius Bakke <marius@gnu.org>

gnu: python-setuptools: Move to python-build.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-setuptools): Move…
* gnu/packages/python-build.scm: …here.
* gnu/packages/chemistry.scm,
gnu/packages/messaging.scm,
gnu/packages/sequoia.scm,
tests/lint.scm: Adjust module imports accordingly.

Co-authored-by: Marius Bakke <marius@gnu.org>

gnu: Zabbix: Update to 6.0.9.

* gnu/packages/monitoring.scm (zabbix-agentd): Update to 6.0.9.

gnu: zabbix-agentd: Enable TLS support.

* gnu/packages/monitoring.scm (zabbix-agentd)[arguments]: Pass "--with-gnutls"
in #:configure-flags.
[inputs]: Add GNUTLS.
(zabbix-server): Inherit these changes.

gnu: flair: Add missing R packages.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (flair)[propagated-inputs]: Add python-rpy2.
[inputs]: Add r-minimal, r-deseq2, r-drimseq, r-ggplot2, r-lazyeval, r-qqman,
and r-rlang.
[arguments]: Add phase "wrap-executable".

gnu: emacs-buttercup: Update to 1.28.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-buttercup): Update to 1.28.

gnu: Add r-aseb.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-aseb): New variable.

gnu: Add r-asgsca.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-asgsca): New variable.

gnu: Add r-aspli.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-aspli): New variable.

gnu: Add r-assessorf.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-assessorf): New variable.

gnu: Add r-asset.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-asset): New variable.

gnu: Add r-atena.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-atena): New variable.

gnu: Add r-atsnp.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-atsnp): New variable.

gnu: Add r-attract.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-attract): New variable.

gnu: Add r-awfisher.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-awfisher): New variable.

gnu: Add r-awst.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-awst): New variable.

gnu: ungoogled-chromium: Update to 107.0.5304.68-1.

* gnu/packages/chromium.scm (%preserved-third-party-files): Adjust for M107.
(%chromium-version): Set to 107.0.5304.68.
(%ungoogled-origin): Update hash.
(%chromium-gcc-patchset, gcc-patch): Remove.
(%gcc-patches): Empty list.
(ungoogled-chromium)[source]: Update hash.
[arguments]: Add clang_base_path and use_system_libwayland_server to
 #:configure-flags.  Adjust substitutions.
[inputs]: Add QTBASE-5.

gnu: Add r-barcodetrackr.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-barcodetrackr): New variable.

gnu: Add r-banocc.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-banocc): New variable.

gnu: Add r-bandits.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bandits): New variable.

gnu: Add r-bambu.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bambu): New variable.

gnu: Add r-badregionfinder.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-badregionfinder): New variable.

gnu: Add r-bader.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bader): New variable.

gnu: Add r-bac.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bac): New variable.

gnu: Add r-basespacer.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-basespacer): New variable.

gnu: Add r-eulerr.

* gnu/packages/cran.scm (r-eulerr): New variable.

gnu: Add r-tximportdata.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-tximportdata): New variable.

gnu: Add r-fishpond.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-fishpond): New variable.

gnu: Add python-multivelo.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-multivelo): New variable.

gnu: Add r-seuratwrappers.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-seuratwrappers): New variable.

gnu: r-seurat: Update to 4.2.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-seurat): Update to 4.2.0.

gnu: r-seuratobject: Update to 4.1.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-seuratobject): Update to 4.1.2.

gnu: Add r-baalchip.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-baalchip): New variable.

gnu: Add python-jupytext.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-jupytext): New variable.

gnu: Add python-mdit-py-plugins.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-mdit-py-plugins): New variable.

gnu: Add python-markdown-it-py.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-markdown-it-py): New variable.

gnu: Add python-mdurl.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-mdurl): New variable.

gnu: Add ghc-6.0.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-6.0): New variable.

gnu: ghc-4: Build full compiler using provided *.hc files.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-4)[source]: Remove patch.
[arguments]: Change to build full compiler.
[native-inputs]: Remove default binutils and gcc; add tarball for hc files.
* gnu/packages/patches/ghc-4.patch: Delete patch.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: python-afdko: Skip a test.

* gnu/packages/fontutils.scm (python-afdko)[arguments]: Adjust custom
'check phase to skip a test.

gnu: Add emacs-clj-refactor.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-clj-refactor): New variable.

gnu: Add emacs-inflections.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-inflections): New variable.

gnu: xorriso: Update to 1.5.4.

* gnu/packages/cdrom.scm (xorriso): Update to 1.5.4.

gnu: sudo: Update to 1.9.12.

* gnu/packages/admin.scm (sudo): Update to 1.9.12.

gnu: mpv: Prepare for cross-compilation.

* gnu/packages/video.scm (mpv)[arguments]: Use CC-FOR-TARGET.

gnu: mpv: Use G-expressions.

* gnu/packages/video.scm (mpv)[arguments]:
Rewrite as G-expressions.

gnu: mpv: Remove input labels.

* gnu/packages/video.scm (mpv)[inputs]: Remove input labels.
[arguments]: Use SEARCH-INPUT-FILE instead.

gnu: mpv: Remove trailing #t from phases.

* gnu/packages/video.scm (mpv)[arguments]: Don't explicitly return #t
from phases.

system: Support bare-bones serial console.

* gnu/system/examples/bare-bones.tmpl (operating-system):
Add a ttyS0 console to kernel-arguments.

gnu: memtest86+: Include a GRUB-based ISO image.

* gnu/packages/hardware.scm (memtest86+)[arguments]: Add a new 'patch-broken-Makefiles and custom 'build phase.
Add "grub-memtest.iso" to the list of files to 'install.
[native-inputs]: Add dosfstools, grub-hybrid, mtools, and xorriso.

gnu: memtest86+: Use G-expressions.

* gnu/packages/hardware.scm (memtest86+)[arguments]:
Rewrite as G-expressions.

gnu: memtest86+: Update to 6.00.

* gnu/packages/hardware.scm (memtest86+): Update to 6.00.
[source]: Use GIT-FETCH & GIT-FILE-NAME.
[arguments]: Stop forcing #:system i686-linux.  Instead, honour the
target word size in a new 'enter-build-directory phase.
Remove custom 'build phase: ‘memtest’ was replaced by ‘memtest.efi’.
Adjust the 'install phase accordingly, and install only ‘README.md’.
[native-inputs]: Remove gcc-4.9.
[description]: Remove obsolete BIOS limitation.

gnu: mu: Update to 1.8.11.

* gnu/packages/mail.scm (mu): Update to 1.8.11.

gnu: oil: Update to 0.12.7.

* gnu/packages/shells.scm (oil): Update to 0.12.7.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: git-remote-gcrypt: Update to 1.5.

* gnu/packages/version-control.scm (git-remote-gcrypt): Update to 1.5.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: git-crypt: Update to 0.7.0.

* gnu/packages/version-control.scm (git-crypt): Update to 0.7.0.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: qpwgragh: Update to 0.3.7.

* gnu/packages/audio.scm (qpwgragh): Update to 0.3.7.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: komikku: Update to 1.2.0.

* gnu/packages/gnome.scm (komikku): Update to 1.2.0.
[inputs]: Add ‘python-rarfile’.

gnu: tinmop: Update to 0.9.9.

* gnu/packages/web-browsers.scm (tinmop): Update to 0.9.9.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: five-or-more: Fix build.

* gnu/packages/gnome.scm (five-or-more)[inputs]: Replace
libgnome-games-support with libgnome-games-support-1.

gnu: xpad: Fix build.

* gnu/packages/gnome.scm (xpad)[inputs]: Add gtk+. Replace gtksourceview
with gtksourceview-4.

gnu: rust-git2: Adjust inputs.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-git2-0.15)[inputs]: Replace
libgit2-1.3 with libgit2.
(rust-git2-0.13)[inputs]: Continue with libgit2-1.3.

Merge remote-tracking branch 'origin/staging'

gnu: emacs-projectile: Update to 2.6.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-projectile): Update to 2.6.0.

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into staging

gnu: emacs-git-gutter: Update to 0.92-0.ec28e85.

0.92 fails on recent emacs versions because of missing global-linum-mode.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-git-gutter): Update to 0.92-0.ec28e85.

gnu: guile-chickadee: Update to 0.9.0.

* gnu/packages/game-development.scm (guile-chickadee): Update to 0.9.0.

gnu: plover: Update to 4.0.0.dev12.

* gnu/packages/stenography.scm (plover): Update to 4.0.0.dev12.
[arguments]<#:phases>: Add phase to properly run tests, and skip failing one.
[native-inputs]: Add PYTHON-BABEL, PYTHON-MOCK, PYTHON-PYTEST-QT,
PYTHON,PYTEST-XVFB.
[inputs]: Remove PYTHON-PYQT, PYTHON-BABEL. Add PYTHON-PLOVER-STROKE,
PYTHON-PYQT, PYTHON-RTF-TOKENIZE, QTSVG-5.
(python-plover-stroke): New variable.

gnu: Add python-rtf-tokenize.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-rtf-tokenize): New variable.

gnu: emacs-git-gutter-fringe: Update to 0.23-2.648cb5b.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-git-gutter-fringe): Update to
0.23-2.648cb5b.

gnu: emacs-subed: Update to 1.0.12.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-subed): Update to 1.0.12.

gnu: emacs-csound-mode: Improve package style.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-csound-mode)[arguments]: Use
G-expressions.
<phases>: Use MAKE-FILE-WRITABLE instead of CHMOD. Remove trailing #T.
[description]: Use complete sentences.

gnu: emacs-csound-mode: Update to 0.2.3.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-csound-mode): Update to 0.2.3.
[inputs]: Remove EMACS-HIGHLIGHT, EMACS-MULTI, EMACS-SHUT-UP.
[propagated-inputs]: Add EMACS-DASH, EMACS-HIGHLIGHT, EMACS-MULTI,
EMACS-SHUT-UP.

gnu: emacs-highlight: Update to 0-2.24366df.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-highlight): Update to 0-2.24366df.
[version]: Use GIT-VERSION.

gnu: gron: Update to 0.7.1

* gnu/packages/golang.scm (gron): Update to 0.7.1.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: go-github-com-sabhiram-go-gitignore: 1.0.2-1.525f6e1.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-sabhiram-go-gitignore): Update to
1.0.2-1.525f6e1.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: guix: Update to 682639c.

This should fix the guix package building on powerpc64le-linux.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 682639c.

maint: Tweak release manifest special case for armhf-linux.

Don't remove the emacs package, as it does build and substitutes are
available. Do remove the guix package though, as it doesn't build due to Guile
memory issues while compiling the package modules.

* etc/release-manifest.scm (%base-packages/armhf): Don't replace the emacs
package, remove the guix package.
(%base-manifest): Remove FIXME comment as %base-packages/armhf doesn't relate
to build power.

installer: welcome: Warn when uvesafb gets used.

There will be false positives: Because the Guix installer uses the
kernel argument modprobe.blacklist=radeon,amdgpu and some AMD graphics
actually work okay according to h-node, these users will get a
false alarm.

* gnu/installer/newt/welcome.scm (run-welcome-page): Warn before showing
the welcome page.

gnu: font-gnu-unifont: Build from source.

* gnu/packages/fonts.scm (font-gnu-unifont)[source]: Add snippet to
remove precompiled fonts.
[arguments]: Add make-flag to build fonts. Add custom phase to adjust
shell invocations.
[native-inputs]: Add bdftopcf, console-setup, fontforge.
[inputs]: Add perl-gd.

gnu: font-gnu-unifont: Update to 15.0.01.

* gnu/packages/fonts.scm (font-gnu-unifont): Update to 15.0.01.
[arguments]: Adjust custom 'install phase to set install directory for
OTF fonts.

gnu: console-font: Install bdf2psf.

* gnu/packages/xorg.scm (console-font)[arguments]: Add custom
'install-bdf2psf phase to install bdf2psf and its manpage.

gnu: gama: Update to 2.23.

* gnu/packages/gps.scm (gama): Update to 2.23.

gnu: freeipmi: Update to 1.6.10.

* gnu/packages/freeipmi.scm (freeipmi): Update to 1.6.10.

gnu: gnuastro: Update to 0.19.

* gnu/packages/astronomy.scm (gnuastro): Update to 0.19.

gnu: Various typo fixes.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-popup-kill-ring)[description]: Fix very
  sneaky "This packages" variant. Thanks to nckhexen!
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-icellnet)[description]: Fix use of
  "allows to".
* gnu/packages/check.scm (python-pytest-freezegun)[description]: Ditto.
* gnu/packages/linux.scm (tp-smapi-module)[description]: Ditto.
* gnu/packages/mail.scm (procmail): Ditto.
* gnu/packages/maths.scm (maxima): Ditto.
* gnu/packages/samba.scm (wsdd)[description]: Ditto.
* gnu/packages/ssh.scm (openssh): Ditto.

gnu: version-control: Add make-gitolite procedure.

* gnu/packages/version-control.scm (make-gitolite): New procedure.
(gitolite): Use make-gitolite.
* doc/guix.texi (Gitolite service): Document how to use make-gitolite.

gnu: Add sumo.

* gnu/packages/simulation.scm (sumo): New variable.

gnu: ruby-ruby-prof: Skip tests on i686-linux.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-ruby-prof)[arguments]: Skip the tests when
cross-compiling or when targeting i686-linux.

gnu: rust-camino-1: Update to 1.1.1.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-camino-1): Update to 1.1.1.
[arguments]: Don't skip build. Remove custom phase.
[cargo-inputs]: Add rust-proptest-1.
[cargo-development-inputs]: Remove field.

Revert "gnu: rust-camino-1: Update to 1.1.1."

This reverts commit 0d9d36d91362ffea1bb1de7f471d8c32e9cfb0a3.

Revert "gnu: rust-cargo-platform-0.1: Update to 0.1.2."

This reverts commit e7bca94dae2d832ccd07ef553a86040d473e91e2.

Revert "gnu: rust-semver-1: Update to 1.0.14."

This reverts commit 70467596b26b37f85fa3a029a01faed06c45da59.

gnu: Remove rust-polars-io-0.14.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-polars-io-0.14): Delete variable.

gnu: Remove rust-polars-lazy-0.15.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-polars-lazy-0.15): Delete variable.

gnu: Remove rust-rustc-ap-rustc-data-structures-654.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-rustc-ap-rustc-data-structures-654): Delete variable.

gnu: Remove rust-sha2-asm-0.3.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-sha2-asm-0.3): Delete variable.

gnu: Remove rust-smallvec-0.2.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-smallvec-0.2): Delete variable.