gnu: r-ropls: Update to 1.18.6.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-ropls): Update to 1.18.6.

gnu: r-mlinterfaces: Update to 1.66.2.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-mlinterfaces): Update to 1.66.2.
[propagated-inputs]: Remove r-rda.

gnu: r-clusterprofiler: Update to 3.14.3.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-clusterprofiler): Update to 3.14.3.

gnu: r-inspect: Update to 1.16.2.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-inspect): Update to 1.16.2.

gnu: r-regioner: Update to 1.18.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-regioner): Update to 1.18.1.

gnu: r-affycoretools: Update to 1.58.4.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-affycoretools): Update to 1.58.4.
[propagated-inputs]: Add r-glimma.

gnu: r-delayedarray: Update to 0.12.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-delayedarray): Update to 0.12.2.

gnu: r-iranges: Update to 2.20.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-iranges): Update to 2.20.2.

gnu: r-s4vectors: Update to 0.24.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-s4vectors): Update to 0.24.2.

gnu: r-biocstyle: Update to 2.14.4.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biocstyle): Update to 2.14.4.

gnu: r-poibin: Update to 1.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-poibin): Update to 1.5.

gnu: r-gdina: Update to 2.7.8.

* gnu/packages/cran.scm (r-gdina): Update to 2.7.8.

gnu: r-desolve: Update to 1.27.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-desolve): Update to 1.27.1.

gnu: r-parameters: Update to 0.4.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-parameters): Update to 0.4.0.

gnu: r-umap: Update to 0.2.4.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-umap): Update to 0.2.4.1.

gnu: r-batchtools: Update to 0.9.12.

* gnu/packages/cran.scm (r-batchtools): Update to 0.9.12.

gnu: r-rttf2pt1: Update to 1.3.8.

* gnu/packages/cran.scm (r-rttf2pt1): Update to 1.3.8.

gnu: r-bookdown: Update to 0.17.

* gnu/packages/cran.scm (r-bookdown): Update to 0.17.

gnu: r-shinyjs: Update to 1.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-shinyjs): Update to 1.1.

gnu: r-future-apply: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-future-apply): Update to 1.4.0.

gnu: r-tmb: Update to 1.7.16.

* gnu/packages/cran.scm (r-tmb): Update to 1.7.16.

gnu: r-multcomp: Update to 1.4-12.

* gnu/packages/cran.scm (r-multcomp): Update to 1.4-12.

gnu: r-proc: Update to 1.16.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-proc): Update to 1.16.1.

gnu: r-sjmisc: Update to 2.8.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-sjmisc): Update to 2.8.3.

gnu: r-insight: Update to 0.8.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-insight): Update to 0.8.0.

gnu: r-hdf5r: Update to 1.3.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-hdf5r): Update to 1.3.1.

gnu: r-fansi: Update to 0.4.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-fansi): Update to 0.4.1.

gnu: r-bibtex: Update to 0.4.2.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-bibtex): Update to 0.4.2.2.

gnu: r-trend: Update to 1.1.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-trend): Update to 1.1.2.

gnu: r-tinytex: Update to 0.19.

* gnu/packages/cran.scm (r-tinytex): Update to 0.19.

gnu: r-xfun: Update to 0.12.

* gnu/packages/cran.scm (r-xfun): Update to 0.12.

gnu: r-cli: Update to 2.0.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-cli): Update to 2.0.1.

gnu: r-ggridges: Update to 0.5.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggridges): Update to 0.5.2.

gnu: r-vcd: Update to 1.4-5.

* gnu/packages/cran.scm (r-vcd): Update to 1.4-5.

gnu: r-recipes: Update to 0.1.9.

* gnu/packages/cran.scm (r-recipes): Update to 0.1.9.

gnu: r-psych: Update to 1.9.12.31.

* gnu/packages/cran.scm (r-psych): Update to 1.9.12.31.
[propagated-inputs]: Remove r-foreign.

gnu: r-ddalpha: Update to 1.3.11.

* gnu/packages/cran.scm (r-ddalpha): Update to 1.3.11.

gnu: r-squarem: Update to 2020.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-squarem): Update to 2020.1.

gnu: r-suppdists: Update to 1.1-9.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-suppdists): Update to 1.1-9.5.

gnu: r-bdsmatrix: Update to 1.3-4.

* gnu/packages/cran.scm (r-bdsmatrix): Update to 1.3-4.

gnu: r-prettyunits: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-prettyunits): Update to 1.1.0.
[propagated-inputs]: Remove r-assertthat and r-magrittr.

gnu: r-getoptlong: Update to 0.1.8.

* gnu/packages/cran.scm (r-getoptlong): Update to 0.1.8.

gnu: r-rgooglemaps: Update to 1.4.5.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-rgooglemaps): Update to 1.4.5.1.

gnu: r-ranger: Update to 0.12.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-ranger): Update to 0.12.1.

gnu: r-modelmetrics: Update to 1.2.2.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-modelmetrics): Update to 1.2.2.1.

gnu: r-prabclus: Update to 2.3-2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-prabclus): Update to 2.3-2.

gnu: r-statmod: Update to 1.4.33.

* gnu/packages/statistics.scm (r-statmod): Update to 1.4.33.

gnu: r-zoo: Update to 1.8-7.

* gnu/packages/statistics.scm (r-zoo): Update to 1.8-7.

gnu: r-gplots: Update to 3.0.1.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-gplots): Update to 3.0.1.2.

gnu: r-rsqlite: Update to 2.2.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rsqlite): Update to 2.2.0.

gnu: r-catools: Update to 1.17.1.4.

* gnu/packages/statistics.scm (r-catools): Update to 1.17.1.4.

gnu: r-hms: Update to 0.5.3.

* gnu/packages/statistics.scm (r-hms): Update to 0.5.3.

gnu: r-bh: Update to 1.72.0-3.

* gnu/packages/statistics.scm (r-bh): Update to 1.72.0-3.

gnu: r-stringi: Update to 1.4.5.

* gnu/packages/statistics.scm (r-stringi): Update to 1.4.5.

gnu: r-bit: Update to 1.1-15.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-bit): Update to 1.1-15.1.

gnu: r-mvtnorm: Update to 1.0-12.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mvtnorm): Update to 1.0-12.
[inputs]: Move gfortran from here...
[native-inputs]: ...to here.

gnu: r-caret: Update to 6.0-85.

* gnu/packages/cran.scm (r-caret): Update to 6.0-85.
[propagated-inputs]: Add r-proc.

gnu: r-caret: Do not abbreviate "misc".

* gnu/packages/cran.scm (r-caret)[description]: Replace "misc" with
"miscellaneous".

gnu: r-caret: Move to (gnu packages cran).

* gnu/packages/statistics.scm (r-caret): Move variable from here...
* gnu/packages/cran.scm (r-caret): ...to here.

gnu: icecat: Fix support for ffmpeg codecs.

Fixes <https://bugs.gnu.org/38045>.  Thanks to Jakub Kądziołka
<kuba@kadziolka.net> and Amin Bandali <bandali@gnu.org> for their
helpful observations and suggestions.

This is a followup to commit 8e5567195f5d29301d571612085b5afdb460619d.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat)[inputs]: Add shared-mime-info.
[arguments]: Add elf and binary I/O modules to #:modules.  Add code to
the 'fix-ffmpeg-runtime-linker' phase that sets the sandbox read-path
whitelist to include libavcodec's RUNPATH, as well as shared-mime-info.

gnu: red-eclipse: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/games.scm (red-eclipse): Update to 2.0.0.
[source]: Remove obsolete patch, and fetch submodules by making "recursive?"
true.
[arguments]: Remove "unpack-data" phase and adjust
"add-store-data-package-path-as-default" phase.
[inputs]: Add freetype and remove data-sources.
* gnu/packages/patches/red-eclipse-remove-gamma-name-hack.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Delete file.

clojure-utils: Avoid use of '@@'.

* guix/build/clojure-utils.scm (%doc-regex): Avoid @@, which doesn't
work on Guile 3.
(file-sans-extension): Likewise.

serialize: Export 'dump-port*'.

* guix/serialization.scm (dump): Export as 'dump-port*'.
* guix/scripts/challenge.scm (dump-port*): Remove.

gnu: Add rcm.

* gnu/packages/rcm.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add rcm.scm.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add sushi.

* gnu/packages/gnome.scm (sushi): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add rygel.

* gnu/packages/gnome.scm (rygel): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add libnma.

* gnu/packages/gnome.scm (libnma): New variable.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add liquid-dsp.

* gnu/packages/sdr.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-telega: Update to 0.5.4-4.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-telega): Update to 0.5.4-4.
[propagated-inputs]: Add emacs-company to provide completions in telega-based
buffers.

gnu: mpop: Mark up description.

* gnu/packages/mail.scm (mpop)[description]: Use @acronym.

gnu: mercurial: Raise test time-outs.

Let Guix handle them.  Fixes <https://paste.debian.net/plain/1126159>.

* gnu/packages/version-control.scm (mercurial)[arguments]:
Raise individual test time-outs to 1 day.

gnu: Add manuskript.

* gnu/packages/text-editors.scm (manuskript): New variable.

gnu: mercurial: Run tests verbosely and respect settings.

* gnu/packages/version-control.scm (mercurial)[arguments]:
Invoke ‘run-tests.py’ directly and verbosely.
Respect #:tests? and parallel-job-count.

gnu: mpop: Update to 1.4.7.

* gnu/packages/mail.scm (mpop): Update to 1.4.7.

gnu: mpop: Remove unnecessary libidn input.

gnu/packages/mail.scm (mpop)[inputs]: Remove libidn.

gnu: asymptote: Update to 2.62.

* gnu/packages/plotutils.scm (asymptote): Update to 2.62.

gnu: Add python-xmlschema.

* gnu/packages/xml.scm (python-xmlschema): New public variable.

gnu: python-lxml: Move to (gnu packages xml).

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-lxml): Move from here ...
* gnu/packages/xml.scm (python-lxml): ... to here.
* gnu/packages/django.scm, gnu/packages/drones.scm,
gnu/packages/libreoffice.scm, gnu/packages/nutrition.scm,
gnu/packages/openstack.scm, gnu/packages/pulseaudio.scm,
gnu/packages/python-science.scm, gnu/packages/tryton.scm,
gnu/packages/wireservice.scm: Adjust module imports.

gnu: python-elementpath: Update to 1.3.3.

* gnu/packages/xml.scm (python-elementpath): Update to 1.3.3.

gnu: python-elementpath: Move to (gnu packages xml).

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-elementpath): Move from here ...
* gnu/packages/xml.scm (python-elementpath): ... to here.

gnu: Add python2-importlib-metadata.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-importlib-metadata): New public variable.

gnu: Add python2-zipp.

* gnu/packages/python-compression.scm (python2-zipp): New public variable.

gnu: Add python2-importlib-resources.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-importlib-resources): New public variable.

gnu: python-wheel: Update to 0.33.6.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-wheel): Update to 0.33.6.
[arguments]: Explicitly disable tests (they never ran before).
[native-inputs, properties]: Remove.
(python2-wheel): Use PACKAGE-WITH-PYTHON2.

gnu: python-zipp: Update to 1.0.0.

* gnu/packages/python-compression.scm (python-zipp): Update to 1.0.0.
[propagated-inputs]: Remove PYTHON-RST.LINKER.  Add PYTHON-MORE-ITERTOOLS.
Move PYTHON-CONTEXTLIB2 and PYTHON-PATHLIB2 ...
[native-inputs]: ... here.  Remove PYTHON-SPHINX.

gnu: python-importlib-metadata: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-importlib-metadata): Update to 1.4.0.
[propagated-inputs]: Remove PYTHON-CONFIGPARSER, PYTHON-CONTEXTLIB2,
PYTHON-DOCUTILS, PYTHON-PATHLIB2, and PYTHON-RST.LINKER.
[native-inputs]: Remove PYTHON-SPHINX.  Add PYTHON-PACKAGING.

gnu: python-pytest-checkdocs: Add missing input.

* gnu/packages/python-check.scm (python-pytest-checkdocs)[propagated-inputs]:
Add PYTHON-DOCUTILS.

gnu: python-sortedcontainers: Update to 2.1.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-sortedcontainers): Update to 2.1.0.

gnu: popt: Add a source file name.

* gnu/packages/popt.scm (popt)[source](file-name): New field.

gnu: guix: Update to 4aea90b.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 4aea90b.

import: cpan: Rewrite tests to use an HTTP server instead of mocking.

* guix/import/cpan.scm (%metacpan-base-url): New variable.
(module->dist-name, cpan-fetch): Refer to it instead of the hard-coded URL.
* tests/cpan.scm ("cpan->guix-package"): Use 'with-http-server' instead
of 'mock'.

import: cpan: Rewrite to use 'define-json-mapping'.

* guix/import/cpan.scm (<cpan-dependency>, <cpan-release>): New
JSON-mapped record types.
(metacpan-url->mirror-url): New procedure.
(cpan-source-url): Rewrite in terms of it.
(cpan-version): Remove.
(cpan-module->sexp): Rewrite to take a <cpan-release> instead of an
alist, and rename 'meta' to 'release'.
[convert-inputs]: Rewrite to use 'cpan-release-dependencies'.
Update calls to 'convert-inputs' to pass a list of symbols.
Replace 'assoc-ref' calls with the appropriate field accessors.
(cpan->guix-package): Rename 'module-meta' to 'release'.
(latest-release): Likewise, and use the appropriate accessors.
* tests/cpan.scm (test-json): Remove "prereqs" record; add "dependency"
list.
("source-url-http", "source-url-https"): Remove.
("metacpan-url->mirror-url, http")
("metacpan-url->mirror-url, https"): New tests.

More module autoload adjustments.

This is a followup to 7a0836cffdfe3ab9ee899602f218277646959144.

* guix/scripts/package.scm: Adjust binding list of the (guix store roots)
autoload.
* guix/inferior.scm: Adjust binding list of the (guix cache) autoload.

Avoid warnings for the 'delete' binding of (guix build utils).

On Guile 3, importing (guix build utils) leads to warnings such as:

  WARNING: (gnu packages embedded): imported module (guix build utils) overrides core binding `delete'

* gnu/packages/embedded.scm: Select 'alist-replace' from (guix build utils).
* guix/ui.scm: Hide 'delete' from (guix build utils).

gnu: Remove unnecessary uses of (guix build utils).

* gnu/packages/crypto.scm: Remove use of (guix build utils).
* gnu/packages/databases.scm: Likewise.

substitute: 'http-multiple-get' processes each request only once.

Fixes <https://bugs.gnu.org/39090>.
Reported by Gábor Boskovits <boskovits@gmail.com>.
Fixes a regression introduced in 9e3f9ac3c00906f5bc647ea8398e4ed5a370614e.

* guix/scripts/substitute.scm (http-multiple-get): In the "Connection: close"
case, pass (drop requests (+ 1 processed)) to 'loop' as the remaining
REQUESTS value.

Previously, we would pass a list containing duplicates, and thus the
final result would also contain duplicates.  When sent to the daemon,
that list would lead to a daemon error:

  got unexpected path `/gnu/store/…' from substituter

gnu: qutebrowser: Update to 1.9.0.

* gnu/packages/web-browsers.scm (qutebrowser): Update to 1.9.0.

qutebrowser no longer uses qtwebkit by default. It now defaults to qtwebengine.

gnu: Add python-pyqtwebengine.

* gnu/packages/qt.scm (python-pyqtwebengine): New variable.

gnu: python-pyqt: Substitute the full path of <qprinter.h>.

* gnu/packages/qt.scm (python-pyqt)[phases]: When building
  python-pyqtwebengine, qprinter.h can not be found.  This substitutes the full
  path of qprinter.h in the qprinter sip specification file.

gnu: keepassxc: Update to 2.5.2.

* gnu/packages/password-utils.scm (keepassxc): Update to 2.5.2.