gnu: mesa: Add input s2tc.

* gnu/packages/gl.scm (mesa): Add input s2tc, patch sources to make the
  reference to libtxc_dxtn.so absolute since it's passed to dlopen(3).

gnu: Add s2tc.

* gnu/packages/gl.scm (s2tc): New variable.
(mesa-headers): New variable.

gnu: msmtp: Use mirror:// URI.

* gnu/packages/mail.scm (msmtp): Use a mirror:// URI for the source.

gnu: claws-mail: Use mirror:// URI.

* gnu/packages/mail.scm (claws-mail): Use a mirror:// URI for the source.

gnu: procps: Explain why a mirror:// URI isn't used.

* gnu/packages/linux.scm (procps): Add a comment explaining why we don't use a
  mirror:// URI.

gnu: lcms: Use mirror:// URI.

* gnu/packages/ghostscript.scm (lcms): Use a mirror:// URI for the source.

gnu: wxwidgets-2: Use mirror:// URI.

* gnu/packages/wxwidgets.scm (wxwidgets-2): Use a mirror:// URI for the
  source.

gnu: liba52: Fix source URI.

* gnu/packages/video.scm (liba52): Fix the source URI; SourceForge mirror URIs
  don't work for this project presumably because it's misconfigured.

substitute-binary: Fix recently-introduced regression.

* guix/scripts/substitute-binary.scm (%cache-url): Fix regression
  introduced in 41c45e7.

store: Remove debugging leftover.

* guix/store.scm (set-build-options): Remove leftover 'pk' call from
  41c45e7.

store: Add preliminary support for client-supplied substitute URLs.

* guix/store.scm (set-build-options): Rename #:binary-caches to
  #:substitute-urls.  Actually pass it in 'pairs' under the
  "substitute-urls" key.
* guix/scripts/substitute-binary.scm (%cache-url): Add comment for
  "untrusted-substitute-urls".

pk-crypto: Improve documentation of 'key-type'.

* guix/pk-crypto.scm (key-type): Improve docstring.

gnu: Add agg.

* gnu/packages/graphics.scm (agg): New variable.
* gnu/packages/patches/agg-am_c_prototype.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: Add xcape.

* gnu/packages/xdisorg.scm (xcape): New variable.

build: ruby: Set $GEM_HOME that matches Ruby's $GEM_PATH.

* guix/build/ruby-build-system.scm (install): Ignore the Ruby patch version
  when creating $GEM_HOME.

services: guix-service: Remove extraneous monadism.

* gnu/services/base.scm (guix-build-accounts): Remove unneeded
  'with-monad'.
  (guix-service): Adjust accordingly.

gexp: Move the package and origin compilers to (guix packages).

From now own, (guix packages) depends on (guix gexps); it was the other
way around now.  This means that (guix packages) code can use gexps.

* guix/gexp.scm (origin-compiler, package-compiler): Remove.
  (default-guile-derivation): New procedure.
  (gexp->derivation): Use it instead of 'default-guile' +
  'package->derivation'.
* guix/packages.scm (default-guile-derivation): New procedure.
  (package-compiler, origin-compiler): New variables.
* doc/guix.texi (G-Expressions): Mention extensibility.

packages: Move grafting parameter to (guix derivations).

* guix/packages.scm (%graft?, set-grafting): Move to...
* guix/derivations.scm: ... here.

gexp: Separate "compilers" for origins and packages from the core.

* guix/gexp.scm (<gexp-compiler>): New record type.
  (%gexp-compilers): New variable.
  (register-compiler!, lookup-compiler): New procedures.
  (define-gexp-compiler): New macro.
  (origin-compiler, package-compiler): New compilers.
  (lower-inputs): Remove clauses for 'origin?' and 'package?'.  Add
  clause with 'lookup-compiler' instead.
  (lower-references): Likewise.
  (gexp-inputs)[add-reference-inputs]: Likewise.
  (gexp->sexp)[reference->sexp]: Likewise.

gexp: Remove special meaning of forms (PACKAGE OUTPUT) in ungexp.

* guix/gexp.scm (gexp-inputs)[add-reference-inputs]: Remove clause for
  inputs of the form (PACKAGE OUTPUT).
  (gexp->sexp)[reference->sexp]: Likewise.
* tests/gexp.scm ("input list splicing"): Change 'list' to 'gexp-input'
  for glibc:debug.
  ("text-file*"): Likewise for %bootstrap-guile:out.
  ("input list splicing + gexp-input + ungexp-native-splicing"): Remove,
  now redundant.

profiles: Use 'gexp-input' instead of two-element lists.

* guix/profiles.scm (package->manifest-entry): Use 'gexp-input' instead
  of two-element lists to denote specific package outputs.
  (manifest-inputs): Likewise.
  (profile-derivation)[info-dir]: Likewise.

gexp: Export 'gexp-input' constructor.

* guix/gexp.scm (<gexp-input>)[gexp-input]: Rename to...
  [%gexp-input]: ... this.  Adjust callers accordingly.
  (gexp-input): New procedure.
  (gexp-inputs)[add-reference-inputs]: When the input is a list, check
  whether each item is already 'gexp-input?' and to not rewrap those.
  (gexp-outputs)[add-reference-output]: Likewise.
  (gexp->sexp): Likewise.
* tests/gexp.scm ("input list splicing + gexp-input +
  ungexp-native-splicing"): New test.

gexp: Add <gexp-input>.

* guix/gexp.scm (<gexp-input>): New record type.
  (gexp-inputs)[add-reference-inputs]: Adjust clauses to expect
  <gexp-input> objects.
  (gexp-outputs)[add-reference-output]: Likewise.
  (gexp->sexp)[reference->sexp]: Likewise.
  (canonicalize-reference): Remove.
  (gexp)[escape->ref]: Use 'gexp-input' for all the references.
  Remove use of 'canonicalize-reference'.

gexp: Rename <output-ref> to <gexp-output>.

* guix/gexp.scm (<output-ref>): Rename to...
  (<gexp-output>): ... this.  Adjust constructor/accessor names and
  users accordingly.

tests: Add an indirection for white-box testing.

* tests/gexp.scm (gexp-inputs, gexp-native-inputs, gexp-outputs,
  gexp->sexp): Make an indirection, to facilitate live testing with
  Geiser.

gnu: Add DBIx-Class-Schema-Loader.

* gnu/packages/databases.scm (perl-dbix-class-schema-loader): New variable.

gnu: Add String-ToIdentifier-EN.

* gnu/packages/language.scm (perl-string-toidentifier-en): New variable.

gnu: Add Text-Unidecode.

* gnu/packages/perl.scm (perl-text-unidecode): New variable.

gnu: Add String-CamelCase.

* gnu/packages/perl.scm (perl-string-camelcase): New variable.

gnu: Add Lingua-EN-Inflect-Phrase.

* gnu/packages/language.scm (perl-lingua-en-inflect-phrase): New variable.

gnu: Add Lingua-EN-Tagger.

* gnu/packages/language.scm (perl-lingua-en-tagger): New variable.

gnu: Add Lingua-Stem.

* gnu/packages/language.scm (perl-lingua-stem): New variable.

gnu: Add Text-German.

* gnu/packages/language.scm (perl-text-german): New variable.

gnu: Add Snowball-Swedish.

* gnu/packages/language.scm (perl-snowball-swedish): New variable.

gnu: Add Snowball-Norwegian.

* gnu/packages/language.scm (perl-snowball-norwegian): New variable.

gnu: Add Lingua-Stem-Snowball-Da.

* gnu/packages/language.scm (perl-lingua-stem-snowball-da): New
  variable.

gnu: Add Lingua-Stem-Ru.

* gnu/packages/language.scm (perl-lingua-stem-ru): New variable.

gnu: Add Lingua-Stem-It.

* gnu/packages/language.scm (perl-lingua-stem-it): New variable.

gnu: Add Lingua-Stem-Fr.

* gnu/packages/language.scm (perl-lingua-stem-fr): New variable.

gnu: Add Lingua-PT-Stemmer.

* gnu/packages/language.scm (perl-lingua-pt-stemmer): New variable.

gnu: Add Memoize-ExpireLRU.

* gnu/packages/perl.scm (perl-memoize-expirelru): New variable.

gnu: Add Lingua-EN-Number-IsOrdinal.

* gnu/packages/language.scm (perl-lingua-en-number-isordinal): New
  variable.

gnu: Add Lingua-EN-Inflect-Number.

* gnu/packages/language.scm (perl-lingua-en-inflect-number): New
  variable.

gnu: Add Lingua-EN-Inflect.

* gnu/packages/language.scm (perl-lingua-en-inflect): New variable.

gnu: Add Lingua-EN-FindNumber.

* gnu/packages/language.scm (perl-lingua-en-findnumber): New variable.

gnu: Add Lingua-EN-Words2Nums.

* gnu/packages/language.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: Add Class-Unload.

* gnu/packages/perl.scm (perl-class-unload): New variable.

gnu: Add Test-Pod.

* gnu/packages/perl.scm (perl-test-pod): New variable.

gnu: Add MooseX-NonMoose.

* gnu/packages/perl.scm (perl-moosex-nonmoose): New variable.

gnu: Add MooseX-MarkAsMethods.

* gnu/packages/perl.scm (perl-moosex-markasmethods): New variable.

gnu: Add DBIx-Class-IntrospectableM2M.

* gnu/packages/databases.scm (perl-dbix-class-introspectablem2m): New
  variable.

gnu: Add Config-General.

* gnu/packages/perl.scm (perl-config-general): New variable.

gnu: Add BRDF Explorer.

* gnu/packages/graphics.scm (brdf-explorer): New variable.

licenses: Add the Ms-PL.

* guix/licenses.scm (ms-pl): New variable.

gnu: agg: reverting commit d2c89faa8876dbcafcd213a0050f286377cec056

commit was still missing gnu-system.am sections and added patches

gnu: Add sdcv.

* gnu/packages/dictionaries.scm (sdcv): New variable.

gnu: Add agg.

* gnu/packages/graphics.scm (agg): New variable.

gnu: Add key-mon.

* gnu/packages/key-mon.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: Add python2-rsvg.

* gnu/packages/gnome.scm (python2-rsvg): New variable.

gnu: Add python2-xlib.

* gnu/packages/python.scm (python2-xlib): New variable.

gnu: Add CUnit.

* gnu/packages/check.scm (cunit): New variable.

gnu: Add MISO.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (miso): New variable.

gnu: Add bwa.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (bwa): New variable.

scripts: environment: Improve error messages.

* guix/scripts/environment.scm (guix-environment): Wrap procedure body with
  error handling form.

system: Skeleton '.bashrc' now exports the 'SHELL' variable.

* gnu/system/shadow.scm (default-skeletons)[bashrc]: Export 'SHELL'.

gnu: texlive: Make the package structure more modular.

* gnu/packages/texlive.scm (texlive-bin, texlive-texmf): New variables.
  The first one contains the binaries; the second one the texmf tree.
  (texlive): Drop output "data". Create the output "out" as the union
  of the suitable subdirectories of texlive-bin and texlive-texmf, and
  wrap the binaries, setting TEXMFCNF to the value corresponding to
  texlive-texmf.

gnu: pavucontrol: Work around segmentation fault.

* gnu/packages/patches/pavucontrol-sigsegv.patch: New file.
* gnu/packages/pulseaudio.scm (pavucontrol)[source]: Use it.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: Add Lilypond.

* gnu/packages/music.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

pulseaudio: Update to 6.0; add dependency on eudev.

* gnu/packages/pulseaudio.scm (pulseaudio)[source]: Update to 6.0.
  [arguments]: Pass --with-udev-rules-dir.
  [inputs]: Add eudev.

gnu: openconnect: Update to 7.05.

* gnu/packages/vpn.scm (openconnect): Update to 7.05, replace openssl with
  gnutls.

gnu: Add tig.

* gnu/packages/version-control.scm (tig): New variable.

gnu: bind-utils: Add new variable.

* gnu/packages/dns.scm (bind-utils): New variable.

gnu: Rename module dnsmasq to dns.

* gnu/packages/dnsmasq.scm: Rename to...
* gnu/packages/dns.scm: ... this.  Change module name accordingly.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Rename dnsmasq module to dns.

gnu: c-reduce: Use llvm and clang 3.5.

* gnu/packages/debug.scm (c-reduce)[intputs]: Use llvm and clang 3.5.

gnu: Update packages to use 'non-copyleft' instead of 'bsd-style'.

* gnu/packages/avr.scm, gnu/packages/compression.scm,
  gnu/packages/curl.scm, gnu/packages/cyrus-sasl.scm,
  gnu/packages/databases.scm, gnu/packages/firmware.scm,
  gnu/packages/flex.scm, gnu/packages/fontutils.scm,
  gnu/packages/gd.scm, gnu/packages/ghostscript.scm,
  gnu/packages/gnunet.scm, gnu/packages/graphics.scm,
  gnu/packages/hugs.scm, gnu/packages/image.scm,
  gnu/packages/linux.scm, gnu/packages/mail.scm,
  gnu/packages/maths.scm, gnu/packages/mit-krb5.scm,
  gnu/packages/python.scm, gnu/packages/rdf.scm,
  gnu/packages/ssh.scm, gnu/packages/tcl.scm,
  gnu/packages/xdisorg.scm, gnu/packages/xiph.scm,
  gnu/packages/yasm.scm, gnu/packages/zip.scm: Use 'non-copyleft'
  instead of 'bsd-style'.

licenses: Rename 'bsd-style' to 'non-copyleft'.

* guix/licenses.scm (bsd-style): Rename to...
  (non-copyleft): ... this.  Clarify docstring.
  (bsd-style): Introduce as an alias for 'non-copyleft'.

gnu: minetest: Swap input libjpeg-8 for current libjpeg-9.

* gnu/packages/games.scm (minetest): Swap input libjpeg-8 for current
  libjpeg-9.

gnu: minetest: Update to 0.4.12.

* gnu/packages/games.scm (minetest, minetest-data): Update to 0.4.12.

gnu: minetest: Fix build with modified cmake build system.

* gnu/packages/games.scm (minetest)[arguments]: Instead of setting CPATH,
  which is no more used by the cmake build system since commit 0d6f936, set
  the include directories for irrlicht and curl directly via configure flags.

gnu: Add glm.

* gnu/packages/maths.scm (glm): New variable.

Co-authored-by: John Darrington <john@darrington.wattle.id.au>

gnu: boost: Update to 1.57.0.

* gnu/packages/boost.scm (boost): Update to 1.57.0.

gnu: cmake: Add CMAKE_PREFIX_PATH as a native search path, and drop
CMAKE_LIBRARY_PATH and CMAKE_INCLUDE_PATH from the cmake build system.

* gnu/packages/cmake.scm (cmake)[native-search-paths]: New field.
* guix/build/cmake-build-system.scm (configure): Drop environment variables
  CMAKE_LIBRARY_PATH and CMAKE_INCLUDE_PATH.

gnu: ffmpeg: Update to 2.6.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg): Update to 2.6.

gnu: clalsadrv: Move snippet to build phase and set LIBDIR.

* gnu/packages/audio.scm (clalsadrv): Move snippet to build phase and set
  LIBDIR.

gnu: zita-alsa-pcmi: Move snippet to build phase and set LIBDIR.

* gnu/packages/audio.scm (zita-alsa-pcmi): Move snippet to build phase
  and set LIBDIR.

gnu: Add DBIx-Class.

* gnu/packages/databases.scm (perl-dbix-class): New variable.

gnu: Add SQL-Abstract.

* gnu/packages/databases.scm (perl-sql-abstract): New variable.

gnu: Add Text-Balanced.

* gnu/packages/perl.scm (perl-text-balanced): New variable.

gnu: Add Scope-Guard.

* gnu/packages/perl.scm (perl-scope-guard): New variable.

gnu: Add Moo.

* gnu/packages/perl.scm (perl-moo): New variable.

gnu: Add strictures.

* gnu/packages/perl.scm (perl-strictures): New variable.

gnu: Add Role-Tiny.

* gnu/packages/perl.scm (perl-role-tiny): New variable.

gnu: Add Import-Into.

* gnu/packages/perl.scm (perl-import-into): New variable.

gnu: Add Class-Method-Modifiers.

* gnu/packages/perl.scm (perl-class-method-modifiers): New variable.

gnu: Add Module-Find.

* gnu/packages/perl.scm (perl-module-find): New variable.

gnu: Add Hash-Merge.

* gnu/packages/perl.scm (perl-hash-merge): New variable.

gnu: Add Data-Page.

* gnu/packages/perl.scm (perl-data-page): New variable.

gnu: Add Class-Accessor-Chained.

* gnu/packages/perl.scm (perl-class-accessor-chained): New variable.

gnu: Add Data-Dumper-Concise.

* gnu/packages/perl.scm (perl-data-dumper-concise): New variable.

gnu: Add Context-Preserve.

* gnu/packages/perl.scm (perl-context-preserve): New variable.