gnu: python-aiohttp-socks: Update to 0.7.1.

* gnu/packages/python-web.scm (python-aiohttp-socks): Update to 0.7.1.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: python-socks: Update to 2.0.3.

* gnu/packages/python-web.scm (python-socks): Update to 2.0.3.
[arguments]<#:phases>: Remove trailing #t.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add go-1.19.

* gnu/packages/golang (go-1.19,go-std-1.19): New variables.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add go-1.18.

* gnu/packages/golang (go-1.18,go-std-1.18): New variables.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add ghc-9.0.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-9.0): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: csound: Update to 6.16.2.

* gnu/packages/audio.scm (csound): Update to 6.16.2.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: units: Update to 2.22.

* gnu/packages/maths.scm (units): Update to 2.22.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: neovim: Update to 0.8.0.

* gnu/packages/vim.scm (neovim): Update to 0.8.0.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: libvterm: Update to 0.3.0.

* gnu/packages/terminals.scm (libvterm): Update to 0.3.0.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: ungoogled-chromium: Update to 106.0.5249.91-1.

* gnu/packages/chromium.scm (%chromium-version): Set to 106.0.5249.91.
(%ungoogled-origin, ungoogled-chromium): Update hashes.

gnu: exercism: Remove input labels.

* gnu/packages/education.scm (exercism)[inputs]: Remove input labels.

gnu: exercism: Update home-page.

* gnu/packages/education.scm (exercism)[home-page]: Follow redirect.

gnu: exercism: Install shell completions.

* gnu/packages/education.scm (exercism)[arguments]: Add a phase to build
and install shell completions.

gnu: nanovna-saver: Update to 0.5.3.

* gnu/packages/radio.scm (nanovna-saver): Update to 0.5.3.

gnu: komikku: Update to 1.0.0.

* gnu/packages/gnome.scm (komikku): Update to 1.0.0.
[arguments]<#:meson>: Use meson-0.63.
<#:phases>: Adjust ‘skip-gtk-update-icon-cache’
[inputs]: Replace gtk+ with gtk.
Replace libhandy with libadwaita.
Replace webkitgtk-with-libsoup2 with webkitgtk-next.

gnu: komikku: Use G-Expressions.

* gnu/packages/gnome.scm (komikku)[arguments]: Convert to list of G-Expressions.

gnu: gfeeds: Update to 1.0.3.

* gnu/packages/syndication.scm (gfeeds): Update to 1.0.3.
[arguments]<#:phases>: Add ‘skip-icon-cache’.
[native-inputs]: Remove gtk+:bin.  Add blueprint-compiler.
[inputs]: Replace gtk+ with gtk.
Replace libhandy with libadwaita.
Replace python-readability with python-readability-lxml.
Replace webkitgtk with webkitgtk-next.
Add python-humanize, python-magic, python-pygobject, and
syndication-domination.

gnu: gfeeds: Modernize package description.

* gnu/packages/syndication.scm (gfeeds)[arguments]: Convert to list of
G-Expressions.  Drop trailing #t.
[native-inputs]: Drop labels.
[inputs]: Add bash-minimal.

gnu: gfeeds: Use git origin.

* gnu/packages/syndication.scm (gfeeds)[origin]: Use git-fetch and
git-reference.

gnu: Add syndication-domination.

* gnu/packages/syndication.scm (syndication-domination): New variable.

gnu: Add python-readability-lxml.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-readability-lxml): New variable.

gnu: Add python-timeout-decorator.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-timeout-decorator): New variable.

gnu: pugixml: Update to 1.12.1.

* gnu/packages/xml.scm (pugixml): Update to 1.12.1.

gnu: blueprint-compiler: Wrap GUIX_PYTHONPATH and GI_TYPELIB_PATH.

* gnu/packages/gnome.scm (blueprint-compiler)[arguments]: Add
python-build-system's wrap phase, as well as a phase for GI_TYPELIB_PATH.

gnu: libadwaita: Update to 1.2.0.

* gnu/packages/gnome.scm (libadwaita): Update to 1.2.0.

gnu: webkitgtk: Update to 2.38.0.

* gnu/packages/webkit.scm (webkitgtk): Update to 2.38.0.

gnu: gtk: Update to 4.8.1.

* gnu/packages/gtk.scm (gtk): Update to 4.8.1.

gnu: monero-gui: Update to 0.18.1.2.

* gnu/packages/finance.scm (monero-gui): Update to 0.18.1.2.

gnu: monero: Update to 0.18.1.2.

* gnu/packages/finance.scm (monero): Update to 0.18.1.2.

news: Add 'de' translation.

* etc/news.scm: Add German translation of '--with-source' entry.

gnu: salmon: Update to 1.9.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (salmon): Update to 1.9.0.
[arguments]: Remove -DTBB_LIBRARIES from configure flags; copy pufferfish
itlib headers.
[inputs]: Use new label-less list; move pufferfish origin from here...
[native-inputs]: ...to here.

gnu: Add centrifuge.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (centrifuge): New variable.

gnu: newsboat: Update to 2.29.

* gnu/packages/syndication.scm (newsboat): Update to 2.29.
[cargo-development-inputs]: Move rust-cxx-build-1 ...
[cargo-inputs]: ... to here.

gnu: rust-unicode-width-0.1: Update to 0.1.10.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-unicode-width-0.1): Update to 0.1.10.

gnu: rust-regex-syntax-0.6: Update to 0.6.27.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-regex-syntax-0.6): Update to 0.6.27.

gnu: rust-regex-1: Update to 1.6.0.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-regex-1): Update to 1.6.0.

gnu: rust-quote-1: Update to 1.0.21.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-quote-1): Update to 1.0.21.

gnu: rust-percent-encoding-2: Update to 2.2.0.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-percent-encoding-2): Update to 2.2.0.

gnu: rust-lexopt-0.2: Update to 0.2.1.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-lexopt-0.2): Update to 0.2.1.

gnu: rust-fastrand-1: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-fastrand-1): Update to 1.8.0.

gnu: rust-url-2: Update to 2.3.1.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-url-2): Update to 2.3.1.
[arguments]: Don't skip build.
[cargo-inputs]: Replace rust-idna-0.2 with 0.3. Remove rust-matches-0.1.
[cargo-development-inputs]: Remove rust-rustc-test-0.3. Add
rust-debugger-test-0.1, rust-debugger-test-parser-0.1.

gnu: Add rust-tester-0.9.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-tester-0.9): New variable.
(rust-tester-0.5): Inherit from rust-tester-0.9.

gnu: Add rust-idna-0.3.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-idna-0.3): New variable.
(rust-idna-0.2): Inherit from rust-idna-0.3.

gnu: rust-xdg-2: Update to 2.4.1.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-xdg-2): Update to 2.4.1.
[cargo-inputs]: Replace rust-dirs-3 with 4.

gnu: rust-rustversion-1: Update to 1.0.9.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-rustversion-1): Update to 1.0.9.
[cargo-inputs]: Remove rust-proc-macro2-1, rust-quote-1, rust-syn-1.
[cargo-development-inputs]: Add rust-trybuild-1.

gnu: rust-form-urlencoded-1: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-form-urlencoded-1): Update to 1.1.0.
[cargo-inputs]: Remove rust-matches-0.1.

gnu: rust-anyhow-1: Update to 1.0.65.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-anyhow-1): Update to 1.0.65.
[cargo-inputs]: Add rust-backtrace-0.3.
[cargo-development-inputs]: Add rust-syn-1.

gnu: Add rust-debugger-test-0.1.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-debugger-test-0.1): New variable.

gnu: Add rust-debugger-test-parser-0.1.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-debugger-test-parser-0.1): New
variable.

gnu: rust-dirs-3: Update to 3.0.2.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-dirs-3): Update to 3.0.2.

gnu: Add rust-dirs-4.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-dirs-4): New variable.
(rust-dirs-3): Inherit from rust-dirs-4.

gnu: rust-once-cell-1: Update to 1.15.0.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-once-cell-1): Update to 1.15.0.
[cargo-inputs]: Replace rust-atomic-polyfill-0.1 with 1.

gnu: rav1e: Force building with rust edition 2018.

* gnu/packages/video.scm (rav1e)[arguments]: Add phase to force all
input crates to be built with rust edition 2018.

gnu: linux-libre 4.9: Update to 4.9.330.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9-version): Update to 4.9.330.
(linux-libre-4.9-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 4.14: Update to 4.14.295.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.295.
(linux-libre-4.14-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 4.19: Update to 4.19.260.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.260.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.4: Update to 5.4.215.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.215.
(linux-libre-5.4-pristine-source, deblob-scripts-5.4): Update hashes.

gnu: linux-libre 5.10: Update to 5.10.146.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.10-version): Update to 5.10.146.
(linux-libre-5.10-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.15: Update to 5.15.71.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.15-version): Update to 5.15.71.
(linux-libre-5.15-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre: Update to 5.19.12.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.19-version): Update to 5.19.12.
(linux-libre-5.19-pristine-source): Update hash.

scripts: build: Format strings before calling display-hint.

* guix/scripts/build.scm(%standard-cross-build-options): Format hint string.
%standard-cross-build-options: Ditto.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: quodlibet: Fix build.

Some tests fail because adwaita-icon-theme doesn't ship legacy icons
anymore since version 42.  Application runs fine without visual defects.

* gnu/packages/music.scm (quodlibet): Skip trayicon tests.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: picard: Update to 2.8.3, modernize package.

* gnu/packages/music.scm (picard): Update to 2.8.3.
[source]: Remove patch.
[arguments]: Use G-expressions. Remove trailing #t.
[native-inputs]: Remove input labels.
[inputs]: Add python-fasteners, python-pyyaml, python-markdown, python-pyjwt. Remove a transitive
dependency on QtWebKit. See <https://issues.guix.gnu.org/53289> for more information about this change.
* gnu/packages/patches/picard-fix-id3-rename-test.patch: Remove it.
* gnu/local.mk (dist_path_DATA): Update accordingly.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

tests: install: Fix iso-image-installer test.

This is a follow-up of: 45eac6cdf5c8d9d7b0c564b105c790d2d2007799.
It fixes the following error:

+ mkfs.ext4 -L my-root /dev/vda2
sh: line 12: mkfs.ext4: command not found

* gnu/tests/install.scm (%test-iso-image-installer): Add e2fsprogs to the
appended packages.

gnu: Add qdmr.

* gnu/packages/radio.scm (qdmr): New variable.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add emacs-new-purescript-mode.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-new-purescript-mode): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: emacs-tuareg: Update to 3.0.1.

* gnu/packages/ocaml.scm (emacs-tuareg): Update to 3.0.1.

gnu: emacs-ement: Update to 0.3.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ement): Update to 0.3.

gnu: emacs-tramp: Update to 2.5.3.3.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-tramp): Update to 2.5.3.3.

gnu: emacs-taxy-magit-section: Update to 0.11.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-taxy-magit-section): Update to 0.11.

gnu: emacs-helm: Update to 3.8.8.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-helm): Update to 3.8.8.

gnu: emacs-pg: Update to 0.16.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-pg): Update to 0.16.
[source]<origin>: Change upstream repository, the older one being
unmaintained.
[home-page]: Update accordingly.
[description]: Expound it.
[license]: Set to GPL2+.

gnu: Add qtwayland, version 6.3.1.

* gnu/packages/qt.scm (qtwayland): New variable.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: qtwayland: Rename to qtwayland-5.

Automated via:

  git grep -l qtwayland | xargs sed 's/\qtwayland\b/\0-5/g' -i
  git checkout NEWS

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: blast+: Build reproducibly.

Fixes <https://issues.guix.gnu.org/42141>.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (blast+)[source]: Do not record kernel
version and use fix set of random numbers.

news: Add entry for '--with-source'.

* etc/news.scm: Add entry.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

transformations: '--with-source' now operates in depth.

The '--with-source' option is the first one that was implemented, and
it's the only one that would operate only on leaf packages rather than
traversing the dependency graph.  This change makes it consistent with
the rest of the transformation options.

* guix/transformations.scm (evaluate-source-replacement-specs): New
procedure.
(transform-package-source): Rewrite using it.
* tests/transformations.scm ("options->transformation, with-source, no
matches"): Rewrite since we no longer get a warning.
("options->transformation, with-source, in depth"): New test.
* doc/guix.texi (Package Transformation Options): Adjust examples.

services: certbot: Create "live" directory during activation.

When trying to run certbot, the mcron command fails, as
/etc/letsencrypt/live is missing.  This patch adds it into the certbot
activation service.

* gnu/services/certbot.scm (certbot-activation): Make /etc/letsencrypt/live.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add lite-xl.

* gnu/packages/text-editors.scm (lite-xl): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

import: print: Quasiquote properties

* guix/import/print.scm (package->code): Quasiquote properties.
* tests/print.scm (pkg-with-properties, pkg-with-properties-source):
New variables.
("package with properties"): New test

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

import/utils: alist->package: Include properties.

* guix/import/utils.scm (alist->package): Process properties field in input
data and include it in the generated package.
* tests/import-utils.scm ("alist->package with properties"): New test.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

services: shepherd: Leave the finalization thread in peace.

This gets rid of that (in)famous at boot time:

  error in finalization thread: Success

This was caused by the file-descriptor closing loop, which would clause
the finalization pipe, leading the finalization thread to (erroneously)
error out.

Thanks to Josselin Poiret for locating the problem!

* gnu/services/shepherd.scm (shepherd-boot-gexp): In 'loop', replace
'close-fdes' with a pair of 'fcntl' calls to add FD_CLOEXEC.

gnu: Add emacs-cov.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-cov): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add emacs-elquery.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-elquery): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: emacs-popup: Update to 0.5.9.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-popup): Update to 0.5.9.

gnu: emacs-async: Update to 1.9.7.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-async): Update to 1.9.7.

services: Add file system utilities to profile.

* gnu/services/base.scm (file-system-type->utilities)
(file-system-utilities): New procedures.
(file-system-service-type): Extend 'profile-service-type' with
'file-system-utilities'.
* gnu/system.scm (boot-file-system-service): New procedure.
(operating-system-default-essential-services): Use it.
(%base-packages): Remove 'e2fsprogs'.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>
Modified-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: icecat: Remove leftovers from version 91.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (all-mozilla-91-locales, %icecat-91-version,
icecat-91-source): Remove variables.

gnu: icedove: Update to 102.3.0.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icedove): Update to 102.3.0.
[source]: Use icecat-source again.
[arguments]: Remove `--frozen` flag from cargo invokation.
Remove `--with-user-appdir` flag (no longer honoured since TB91). Disable
WASM sandbox for now (needs more dependencies).
[inputs]: Add alsa-lib. Use icu4c-71.
[native-inputs]: Update hg-reference link. Use rust@1.59 and
rust-cbindgen@0.23.

gnu: Add gnome-shell-extension-unite-shell.

* gnu/packages/gnome-xyz.scm (gnome-shell-extension-unite-shell): New
variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add texlive-babel-czech.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-babel-czech): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Tweak wsdd wording.

* doc/guix.texi (Samba Services)[Web Service Discovery Daemon]: Tweak
wording.

doc: Fix syntax for 'wsdd-configuration'.

* doc/guix.texi (Samba Services): Fix syntax of 'wsdd-configuration'
data type definition.

gnu: wpa-supplicant: Enable OWE support.

With OWE support users are enable to connect to "Opportunistic Wireless
Encryption" networks. This means users are able to have an encrypted
data channel in an otherwise open wireless network.

* gnu/packages/admin.scm (wpa-supplicant)[arguments]: Rename
'configure-for-dbus' phase to 'set-config-options'.  Set CONFIG_OWE=y.
Remove trailing #t.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

substitute: Retry downloading when a nar is unavailable.

Fixes <https://issues.guix.gnu.org/57978>
Reported by Attila Lendvai <attila@lendvai.name>.

Previously, if a narinfo was available but its corresponding nar was
missing (for instance because the narinfo was cached and the server
became unreachable in the meantime), 'guix substitute --substitute'
would try to download the nar from its preferred location and abort when
that fails.  This change forces one retry with each of the URLs.

* guix/scripts/substitute.scm (download-nar): Do not catch
'http-get-error?' exceptions.
(system-error?, network-error?, process-substitution/fallback): New
procedures.
(process-substitution): Call 'process-substitution/fallback' upon
'network-error?'.
* tests/substitute.scm ("substitute, first URL has narinfo but lacks nar, second URL unauthorized")
("substitute, first URL has narinfo but nar is 404, both URLs authorized")
("substitute, first URL has narinfo but nar is 404, one URL authorized")
("substitute, narinfo is available but nar is missing"): New tests.

substitute: Split nar download.

* guix/scripts/substitute.scm (download-nar): New procedure, with most
of the code moved from...
(process-substitution): ... here.  Call it.

import/cran: Process more complex license strings.

* guix/import/cran.scm (string->license): Add more match clauses.
(string->licenses): Split license conjunctions at "|" and apply
string->license on each license.
(description->package): Use string->licenses.

import/cran: Use beautify-synopsis.

* guix/import/cran.scm (description->package): Use beautify-synopsis.

import/utils: Add beautify-synopsis.

* guix/import/utils.scm (beautify-synopsis): New procedure.

import/cran: Transform external package names to Guix names.

* guix/import/cran.scm (transform-sysname): New procedure.
(description->package): Use it on inputs that are derived from "sysdepends".