doc: Move "Commit Access" section from 'HACKING' to the manual.

* HACKING (Commit Access): Remove.
(Contributing): Update URL of the manual.
* doc/contributing.texi (Commit Access): New section.
(Submitting Patches): Add cross reference.

doc: Add "Tracking Bugs and Patches" section.

* doc/contributing.texi (Tracking Bugs and Patches): New section.
(Submitting Patches): Refer to it.
* doc/guix.texi: Update copyright line.
* HACKING (Using emacs-debbugs): Remove.

channels: Provide a hint when the 'guix' channel is lacking.

Fixes <https://bugs.gnu.org/39043>.
Reported by Jesse Gibbons <jgibbons2357@gmail.com>.

* guix/channels.scm (channel-instance-derivations): Raise '&fix-hint'
condition in addition to the '&message' condition.

lint: Check for more packages which should be native.

* guix/lint.scm (check-inputs-should-be-native): Add autoconf, automake,
bison, dejagnu, desktop-file-utils, doxygen, flex, gettext,
gobject-introspection, googletest-source, groff, help2man, libtool, swig,
qmake, qttools, texinfo, xorg-server-for-tests, yelp-tools.

gnu: linux-libre: Update to 5.4.10.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.10.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.94.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.94.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.163.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.163.
(linux-libre-4.14-pristine-source): Update hash.

gnu: icecat: Update to 68.4.1-guix0-preview1 [fixes CVE-2019-17026].

* gnu/packages/gnuzilla.scm (%icecat-version, %icecat-build-id): Update.
(icecat-source): Update hash of upstream firefox source tarball,
'upstream-icecat-base-version', and commit and hash of gnuzilla checkout.
* gnu/packages/patches/icecat-makeicecat.patch: Adapt to upstream changes.

gnu: dillo: Fix SSL support.

* gnu/packages/web-browsers.scm (dillo)[inputs]: Use openssl-1.0
in place of openssl.

gnu: emacs-ledger-mode: Fix autoload failure.

* gnu/packages/finance.scm (emacs-ledger-mode)[arguments]: Replace the
  'relocate-elisp' phase by a 'patch-site-dir' phase to put the files in the
  right directory and a 'generate-autoload' phase to make the autoload file.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add gnome-color-manager.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-color-manager): New variable.

gnu: qtxmlpatterns: Build QML plugin for XmlListModel.

* gnu/packages/qt.scm (qtdeclarative)[native-inputs]: Remove qtxmlpatterns.
  (qtxmlpatterns)[native-inputs]: Add qtdeclarative.

gnu: Add gnome-online-miners.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-online-miners): New variable.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: Add emacs-ebib.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ebib): New variable.

gnu: smithwaterman: Update to 0.0.0-2.2610e25.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (smithwaterman): Update to 0.0.0-2.2610e25.
[arguments]: Add make-flags to build static library. Adjust custom
'install phase to install static library.

gnu: vcflib: Update to 1.0.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (vcflib): Update to 1.0.1.
[source]: Download using url-fetch.
[native-inputs]: Sort alphabetically. Move perl, python ...
[inputs]: ... to here.
[arguments]: Add make-flags. Update custom 'build phase.

(tabixpp-freebayes): Remove variable.
(freebayes)[native-inputs]: Use tabixpp-source over tabixpp-freebayes.

gnu: fastahack: Update to 1.0.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (fastahack): Update to 1.0.0.

gnu: Add intervaltree.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (intervaltree): New variable.
(vcflib, freebayes)[native-inputs]: Use packaged intervaltree's source.

gnu: tabixpp: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (tabixpp): Update to 1.1.0.
[source]: Add snippet to remove vendored library.
[arguments]: Adjust custom 'build phase to fix INCLUDES.

gnu: bwa: Install static library.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (bwa)[arguments]: Install static
library.

gnu: emacs-cyberpunk-theme: Update to 1.21.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-cyberpunk-theme): Update to 1.21.

gnu: emacs-helm-org: Update to 20191229.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-helm-org): Update to 20191229.

gnu: u-boot-2019.10: Remove obsolete version.

* gnu/packages/bootloaders (u-boot-2019.10): Remove variable.
  (u-boot-firefly-rk3399): Use default u-boot version.
  (u-boot-rockpro64-rk3399): Use default u-boot version.
  (u-boot-rock64-rk3328): Use default u-boot version.
  [arguments]: Remove add-u-boot-itb phase.

gnu: u-boot: Update to 2020.01.

* gnu/packages/bootloaders (u-boot): Update to 2020.01.
  [source]: Remove patch u-boot-fix-mkimage-header-verification.
  [native-inputs]: Update to use python 3 and add perl.
  (u-boot-tools)[configure]: Use tools-only_defconfig.
  [arguments]: Update phase updating python-coverage to work with python 3.
  Drop obsolete substitution for test_ofplatdata.
  Disable code coverage tests and binman tests.
* gnu/packages/patches/u-boot-fix-mkimage-header-verification.patch: Remove file.
* gnu/local.mk [dist_patch_DATA]: Update accordingly.

gnu: arm-trusted-firmware: Update to 2.2.

* gnu/packages/firmware (make-arm-trusted-firmware): Update to 2.2.
  [source]: Update URL.
  [homepage]: Update URL.
* gnu/packages/patches/arm-trusted-firmware-optional-bin-generation.patch:
  Remove patch.
* gnu/packages/patches/arm-trusted-firmware-rockchip-disable-binary.patch:
  Remove patch.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Update accordingly.

gnu: system-config-printer: Update to 1.5.12.

* gnu/packages/gnome.scm (system-config-printer): Update to 1.5.12.

gnu: sysstat: Update to 12.3.1.

* gnu/packages/linux.scm (sysstat): Update to 12.3.1.

gnu: streamlink: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/video.scm (streamlink): Update to 1.3.0.
[source]: Remove patch.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove this.

gnu: tigervnc-client: Update to 1.10.1.

* gnu/packages/tigervnc.scm (tigervnc-client): Update to 1.10.1.
(tigervnc-server): Update to 1.10.1.

gnu: teeworlds: Fix install phase on i386 architecture.

* gnu/packages/games.scm (teeworlds)[arguments]: Fix install phase on i386
architecture.

gnu: font-iosevka: Update to 2.3.3.

* gnu/packages/fonts.scm (font-iosevka): Update to 2.3.3.

gnu: font-comic-neue: Add a note about versions.

* gnu/packages/fonts.scm (font-comic-neue): Add a comment about the
‘v2.4’ tag.

gnu: font-inconsolata: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/fonts.scm (font-inconsolata)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: font-inconsolata: Update to 3.000.

* gnu/packages/fonts.scm (font-inconsolata): Update to 3.000.
[source]: Fetch from the author's new repository.

gnu: font-ibm-plex: Update to 4.0.2.

* gnu/packages/fonts.scm (font-ibm-plex): Update to 4.0.2.

gnu: font-gnu-unifont: Update to 12.1.04.

* gnu/packages/fonts.scm (font-gnu-unifont): Update to 12.1.04.

gnu: font-terminus: Update to 4.48.

* gnu/packages/fonts.scm (font-terminus): Update to 4.48.

gnu: font-lato: Update version number to 2.015.

Both the README and the Web site identify this as version 2.015.

* gnu/packages/fonts.scm (font-lato)[version]: Correct.

gnu: mate-terminal: Update to 1.23.0.

* gnu/packages/mate.scm (mate-terminal): Update to 1.23.0.

gnu: mate-terminal: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/mate.scm (mate-terminal)[source]: Hard-code NAME.

gnu: sdl2-image: Update to 2.0.5.

* gnu/packages/sdl.scm (sdl2-image): Update to 2.0.5.

gnu: s6-rc: Update to 0.5.1.1.

* gnu/packages/skarnet.scm (s6-rc): Update to 0.5.1.1.

gnu: s6-portable-utils: Update to 2.2.2.1.

* gnu/packages/skarnet.scm (s6-portable-utils): Update to 2.2.2.1.

gnu: s6-networking: Update to 2.3.1.1.

* gnu/packages/skarnet.scm (s6-networking): Update to 2.3.1.1.

gnu: s6-linux-utils: Update to 2.5.1.1.

* gnu/packages/skarnet.scm (s6-linux-utils): Update to 2.5.1.1.

gnu: s6-linux-init: Update to 1.0.3.1.

* gnu/packages/skarnet.scm (s6-linux-init)[version]: Update to 1.0.3.1.
[inputs]: Add execline and s6.
[arguments]: Add '--with-lib=' for execline and s6.

gnu: s6-dns: Update to 2.3.1.1.

* gnu/packages/skarnet.scm (s6-dns): Update to 2.3.1.1.

gnu: skalibs: Update to 2.9.1.0.

* gnu/packages/skarnet.scm (skalibs): Update to 2.9.1.0.

gnu: abiword: Update to 3.0.4.

* gnu/packages/abiword.scm (abiword): Update to 3.0.4.
[source](patches): Remove "abiword-black-drawing-with-gtk322.patch" patch.
Delete merged to upstream patch hunks in "abiword-explictly-cast-bools.patch"
patch.
* gnu/packages/patches/abiword-black-drawing-with-gtk322.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove this.

gnu: emacs-treemacs: Refactor "install-data" phase.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-treemacs)[arguments]: Refactor
"install-data" phase.

gnu: util-linux: Rename udev variant.

Some packages propagate util-linux, so make sure that that manifests and
similar choose the same version to avoid conflicts.

* gnu/packages/linux.scm (util-linux)[properties]: Remove.
(util-linux+udev)[name]: Set to "util-linux-with-udev".
[properties]: Remove.

services: nfs: Add nfs-service-type.

* gnu/services/nfs.scm (<nfs-configuration>): New record.
(nfs-configuration, nfs-configuration?, nfs-configuration-nfs-utils,
nfs-configuration-nfs-version, nfs-configuration-exports,
nfs-configuration-rpcmountd-port, nfs-configuration-rpcstatd-port,
nfs-configuration-rpcbind, nfs-configuration-idmap-domain,
nfs-configuration-nfsd-port, nfs-configuration-nfsd-threads,
nfs-configuration-pipefs-directory, nfs-configuration-debug,
nfs-shepherd-services): New procedures.
(nfs-service-type): New variable.
* doc/guix.texi (Network File System): Document it.
* gnu/tests/nfs.scm (%test-nfs-server): New variable.
(%base-os): Use default value of rpcbind-service-type.

services: nfs: Allow gss-service-type to be extended.

* gnu/services/nfs.scm (gss-service-type): Rewrite using SERVICE-TYPE to add
ability to extend the service.

services: nfs: Add verbosity control to idmap-service-type.

* gnu/services/nfs.scm (<idmap-configuration>)[verbosity]: New field.
(idmap-configuration-verbosity): New procedure.
(idmap-service-type): Use it.
* doc/guix.texi (Network File System): Document it.

services: nfs: Allow idmap-service-type to be extended.

* gnu/services/nfs.scm (idmap-service-type): Rewrite using SERVICE-TYPE to add
ability to extend the service.

services: nfs: Fix indentation and typo.

* gnu/services/nfs.scm (<gss-configuration>, <idmap-configuration>): Fix
indentation.
(<idmap-configuration>): Rename accessor for NFS-UTILS field to
IDMAP-CONFIGURATION-NFS-UTILS.
(idmap-service-type): Use IDMAP-CONFIGURATION-NFS-UTILS.

services: nfs: Allow pipefs-service-type to be extended.

* gnu/services/nfs.scm (pipefs-service-type): Rewrite using SERVICE-TYPE to
add ability to extend the service.

services: nfs: Allow rpcbind-service-type to be extended.

* gnu/services/nfs.scm (rpcbind-service-type): Rewrite using SERVICE-TYPE to
add ability to extend the service.

services: nfs: Fix name of package variable.

* gnu/services/nfs.scm (rpcbind-service-type): Correct name from nfs-utils to
rpcbind.

git-authenticate: Add daviwil to the list of committers.

This is a followup to a587bb23b79eae5dd3fa3acb06d0b533c93fd562, first
commit signed by daviwil.

* build-aux/git-authenticate.scm (%committers): Add "daviwil".

build-system/clojure: Provide only the right modules in scope.

Previously, we used to have a whole bunch of (guix build *-build-system)
modules in scope, which, for example, meant that '%standard-phases' was
clashing.  This change clarifies it.

* guix/build-system/clojure.scm (%default-modules): New variable.
(clojure-build): Change the default value of #:modules and that of
 #:phases.

gnu: Add clojure-tools-cli.

* gnu/packages/clojure.scm (clojure-tools-cli): New variable.

system: Use the udev-enabled util-linux variant.

Fixes <https://bugs.gnu.org/37931>.
Reported by Bengt Richter <bokr@bokr.com>.

* gnu/system.scm (%base-packages): Change from UTIL-LINUX to UTIL-LINUX+UDEV.

gnu: util-linux: Add variant with udev support.

* gnu/packages/linux.scm (util-linux)[properties]: New field.
(util-linux+udev): New public variable.

gnu: psyclpc: Build with OpenSSL 1.0.

Fixes <https://bugs.gnu.org/39019>.  Reported by symphonia@disroot.org.

* gnu/packages/messaging.scm (psyclpc)[inputs]: Change from OPENSSL to
OPENSSL-1.0.

build: asdf-build-system: Make sbcl-* Lisp packages reproducible.

The '*.fasl' files produced by SBCL contain the mtime of the source file (see
commit 72843d7ce32bd615f64a0326cf891658b5724ead of SBCL's code repository).
As asdf-build-system makes a copy of the source files before compiling them,
we must set the mtime of these copies to the same date as the originals for
the build to be reproducible.

* guix/build/asdf-build-system.scm (copy-files-to-output): Keep the
  modification time of the original source files.

gnu: emacs-git-auto-commit-mode: Update to 4.5.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-git-auto-commit-mode): Update to 4.5.0.

gnu: emacs-undo-tree: Update to 0.7.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-undo-tree): Update to 0.7.

gnu: keepalived: Update to 2.0.19.

* gnu/packages/cluster.scm (keepalived): Update to 2.0.19.

gnu: irssi: Update to 1.2.2.

* gnu/packages/irc.scm (irssi)[version]: Update to 1.2.2.
[arguments]: Set HOME environment variable to current working directory before
'check' phase.

gnu: iperf: Update to 3.7.

* gnu/packages/networking.scm (iperf): Update to 3.7.

gnu: neofetch: Update to 6.1.0-1.501d6b7.

Fix Guix ascii not shown.

* gnu/packages/admin.scm (neofetch): Update to 6.1.0-1.501d6b7.

gnu: inxi-minimal: Update to 3.0.37-1.

* gnu/packages/admin.scm (inxi-minimal): Update to 3.0.37-1.

gnu: tome4: Update to 1.6.6.

* gnu/packages/games.scm (tome4): Update to 1.6.6.

services: Add pulseaudio service.

* gnu/services/sound.scm (pulseaudio-environment): New procedure.
(pulseaudio-service-type): New variable.
* doc/guix.texi (Sound Services): Document it.

gnu: harmonist: Update to 0.3.0.

* gnu/packages/games.scm (harmonist): Update to 0.3.0.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: exim: Build (more) reproducibly.

* gnu/packages/mail.scm (exim)[arguments]: Add a ‘build-reproducibly’
phase.

gnu: exim: Use XZ-compressed sources.

* gnu/packages/mail.scm (exim)[source]: Fetch the .tar.xz archive.

gnu: exim: Update to 4.93.0.4.

* gnu/packages/mail.scm (exim): Update to 4.93.0.4.
[source]: Add /fixes/ URI to the list.
[inputs]: Use gnutls/dane variant.
[native-inputs]: Add pkg-config.
[arguments]: Set USE_GNUTLS* variables to use the new inputs..
Add CC=gcc to #:make-flags.

gnu: system-config-printer: Use new upstream URI.

* gnu/packages/gnome.scm (system-config-printer)[source]: Switch to
the OpenPrinting repository.

gnu: gambit-c: Update to 4.9.3.

* gnu/packages/scheme.scm (gambit-c): Update to 4.9.3.

gnu: cloc: Update to 1.84.

* gnu/packages/code.scm (cloc): Update to 1.84.

Revert "bootloader: grub: Add gfxmode (resolution) override."

This reverts commit a23091880d4dc6115acbfa3b7ef09d731fc5abb0.
It causes ‘guix pull’ to fail: <https://paste.debian.net/plain/1125061>.

bootloader: grub: Add gfxmode (resolution) override.

* gnu/bootloader/grub.scm (<grub-theme>): Add `gfxmode' entry.
(eye-candy): Use it.
* doc/guix.texi (Bootloader Configuration): Document it.

gnu: Add ghc-pointedlist.

* gnu/packages/haskell-xyz.scm (ghc-pointedlist): New variable.

Signed-off-by: Brett Gilio <brettg@gnu.org>

gnu: Add ghc-pipes.

* gnu/packages/haskell-xyz.scm (ghc-pipes): New variable.

Signed-off-by: Brett Gilio <brettg@gnu.org>

gnu: coq-stdpp: Reword comment.

* gnu/packages/coq.scm (coq-stdpp)[arguments]: Reword comment about tests
  being executed during build phase, to read more fluently.

gnu: coq-stdpp: Update to 1.2.1.

* gnu/packages/coq.scm (coq-stdpp): Update to 1.2.1.
[arguments]: Remove redundant COQLIB variable.

gnu: coq-bignums: Fix comment spacing.

* gnu/packages/coq.scm (coq-bignums)[arguments]: Fix comment spacing after
  disabling test phase.

gnu: coq-bignums: Update to 8.10.0.

* gnu/packages/coq.scm (coq-bignums): Update to 8.10.0.

gnu: appstream-glib: Fix test failure.

* gnu/packages/patches/appstream-glib-2020.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/glib.scm (appstream-glib)[source](patches): New field.

gnu: libgeotiff: Do not build static library.

* gnu/packages/geo.scm (libgeotiff)[arguments]: Add "--disable-static" in
 #:configure-flags.

gnu: libgeotiff: Propagate proj.

* gnu/packages/geo.scm (libgeotiff)[inputs]: Move PROJ ...
[propagated-inputs]: ... here.  New field.

gnu: colord: Adjust inputs.

* gnu/packages/gnome.scm (colord)[native-inputs]: Remove unused LIBTOOL and
INTLTOOL.  Add previously propagated GETTEXT-MINIMAL.

gnu: ungoogled-chromium: Lower resource limits.

* gnu/packages/chromium.scm (ungoogled-chromium)[arguments]: Decrease maximum
number of open files from 4096 to 2048.

gnu: ungoogled-chromium: Do not set LD_LIBRARY_PATH in wrapper.

* gnu/packages/chromium.scm (ungoogled-chromium)[arguments]: Add phase
'add-absolute-references'.  Don't wrap with LD_LIBRARY_PATH.

gnu: Ceph: Update to 14.2.5.

This also removes test-specific code to ease the Python 3 transition, and
because it is mostly obsolete.

* gnu/packages/patches/ceph-detect-rocksdb.patch,
gnu/packages/patches/ceph-skip-unittest_blockdev.patch,
gnu/packages/patches/ceph-skip-collect-sys-info-test.patch: Delete files.
* gnu/packages/patches/ceph-boost-compat.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/storage.scm (ceph): Update to 14.2.5.
[source](patches): Adjust as above.
[source](snippet): Remove bundled "fmt", "c-ares" and "googletest".
[arguments]: Add "-DCMAKE_INSTALL_DATADIR" and "-DWITH_RADOSGW_AMQP_ENDPOINT"
and "-DWITH_TESTS" in #:configure-flags; remove "-DWITH_XIO".  Remove obsolete
substitutions.  Don't install 'ceph-disk' and 'ceph-detect-init', which no
longer exists.  Remove test-specific substitutions and phases.  Adjust for
Python 2->3 in inputs.
[native-inputs]: Remove INETUTILS, JQ, PERL, XMLSTARLET, PYTHON2-CRAM,
PYTHON2-VIRTUALENV, PYTHON2-CONFIGOBJ, PYTHON2-COVERAGE, PYTHON2-DISCOVER,
PYTHON2-FLAKE8, PYTHON2-MOCK, PYTHON2-NOSE, PYTHON2-PIP, PYTHON2-PYTEST,
PYTHON2-SUBUNIT PYTHON2-TESTREPOSITORY, PYTHON2-TESTTOOLS, and PYTHON2-TOX.
[inputs]: Change from BOOST to BOOST-WITH-PYTHON3.  Remove GPTFDISK, PARTED,
PYTHON-2, PYTHON2-SIX, PYTHON2-PRETTYTABLE, and PYTHON-3.  Add PYTHON-SIX,
PYTHON-PRETTYTABLE, PYTHON-WRAPPER, LIBCAP-NG, LIBNL, NCURSES, and RDMA-CORE.

gnu: rocksdb: Update to 6.5.2.

* gnu/packages/databases.scm (rocksdb): Update to 6.5.2.

gnu: python-patsy: Update to 0.5.1.

* gnu/packages/statistics.scm (python-patsy): Update to 0.5.1.
[source](uri): Adjust for new archive.
[native-inputs]: Remove UNZIP.

gnu: googletest: Update to 1.10.0.

* gnu/packages/check.scm (googletest): Update to 1.10.0.
(googletest-1.8): New public variable.
* gnu/packages/audio.scm (cli-visualizer)[inputs]: Change from GOOGLETEST to GOOGLETEST-1.8.
* gnu/packages/serialization.scm (msgpack)[native-inputs]: Likewise.