ci: Introduce new subsets.

Introduce 'images, 'system-tests and 'tarball subsets.

* gnu/ci.scm (cuirass-jobs): Break the 'all subset into smaller subsets.

ci: Remove the job period argument.

Cuirass now deals with periodicity directly on specifications.

* gnu/ci.scm (derivation->job): Remove the period argument.
(image-jobs, system-test-jobs, tarball-jobs): Adapt them.

gnu: r-genomicfeatures: Update to 1.42.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicfeatures): Update to 1.42.3.

gnu: r-gviz: Update to 1.34.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-gviz): Update to 1.34.1.

gnu: r-universalmotif: Update to 1.8.4.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-universalmotif): Update to 1.8.4.

gnu: r-rsubread: Update to 2.4.3.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-rsubread): Update to 2.4.3.

gnu: r-chippeakanno: Update to 3.24.2.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-chippeakanno): Update to 3.24.2.
[propagated-inputs]: Add r-dplyr.

gnu: r-diffbind: Update to 3.0.15.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-diffbind): Update to 3.0.15.

gnu: r-genomeinfodb: Update to 1.26.6.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-genomeinfodb): Update to 1.26.6.

gnu: r-delayedarray: Update to 0.16.3.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-delayedarray): Update to 0.16.3.

gnu: Add texlive-mweights.

* gnu/packages/tex.scm: New variable.

gnu: axoloti-runtime: Simplify build.

* gnu/packages/axoloti.scm (axoloti-runtime)[arguments]: Remove
unnecessary environment variable assignments in custom 'build phase.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: gcc-arm-none-eabi: Fix C++ header location.

Previously the C++ headers where installed in the include folder, overwriting
some C headers.

* gnu/packages/embedded.scm (gcc-arm-none-eabi-4.9)
[native-search-paths]: Add C++ header locations.
(gcc-arm-none-eabi-7-2018-q2-update)[native-search-paths]: Add C++
header locations.
(make-libstdc++-arm-none-eabi)[arguments]: Change C++ header install
location to include/c++.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

etc/committer: Recompute hunks before processing changes.

* etc/committer.scm.in (main): Re-evaluate diff-info after processing
insertions.

etc/committer: Record minimal context for hunks to avoid problems.

With zero context new definitions would be applied to the wrong location in
the file.  More context lines lead to larger hunks, though, so we use just one
line of context.

* etc/committer.scm.in (diff-info): Invoke "git diff" with one line of
context.
[info]: Merge line break and first line.
(lines-to-first-change): New procedure.
(old-sexp, new-sexp): Use it.

etc/committer: Define delay duration as a variable.

* etc/committer.scm.in (%delay): New variable.
(main): Use it.

etc/committer: Handle package additions.

* etc/committer.scm.in (<hunk>)[diff]: Rename this field...
[diff-lines]: ...to this.
[definition?]: New field.
(hunk->patch): Join diff lines.
(diff-info): Do not join diff lines; record whether a hunk is a new
definition.
(commit-message): Rename this procedure...
(change-commit-message): ...to this.
(add-commit-message): New procedure.
(main): Handle new package definitions before changes.

gnu: r-sn: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-sn): Update to 2.0.0.

gnu: r-sfsmisc: Update to 1.1-10.

* gnu/packages/statistics.scm (r-sfsmisc): Update to 1.1-10.

gnu: r-e1071: Update to 1.7-6.

* gnu/packages/statistics.scm (r-e1071): Update to 1.7-6.
[propagated-inputs]: Add r-proxy.

gnu: r-xml: Update to 3.99-0.6.

* gnu/packages/statistics.scm (r-xml): Update to 3.99-0.6.

gnu: r-rsqlite: Update to 2.2.5.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rsqlite): Update to 2.2.5.

gnu: r-catools: Update to 1.18.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-catools): Update to 1.18.2.

gnu: r-dbplyr: Update to 2.1.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-dbplyr): Update to 2.1.1.

gnu: r-survival: Update to 3.2-10.

* gnu/packages/statistics.scm (r-survival): Update to 3.2-10.

gnu: r-stars: Update to 0.5-2.

* gnu/packages/cran.scm (r-stars): Update to 0.5-2.

gnu: r-lwgeom: Update to 0.2-6.

* gnu/packages/cran.scm (r-lwgeom): Update to 0.2-6.
[inputs]: Add zlib.

gnu: r-ragg: Update to 1.1.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-ragg): Update to 1.1.2.

gnu: r-textshaping: Update to 0.3.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-textshaping): Update to 0.3.3.

gnu: r-bbotk: Update to 0.3.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-bbotk): Update to 0.3.2.

gnu: r-mlr3learners: Update to 0.4.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-mlr3learners): Update to 0.4.5.

gnu: r-mlr3misc: Update to 0.8.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-mlr3misc): Update to 0.8.0.

gnu: r-phangorn: Update to 2.6.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-phangorn): Update to 2.6.3.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-qtl: Update to 1.48-1.

* gnu/packages/cran.scm (r-qtl): Update to 1.48-1.

gnu: r-altmeta: Update to 3.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-altmeta): Update to 3.3.

gnu: r-tidyposterior: Update to 0.1.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-tidyposterior): Update to 0.1.0.
[propagated-inputs]: Remove r-lifecycle; add r-tune and r-workflowsets.

gnu: r-slider: Update to 0.2.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-slider): Update to 0.2.1.
[propagated-inputs]: Add r-ellipsis.

gnu: r-yardstick: Update to 0.0.8.

* gnu/packages/cran.scm (r-yardstick): Update to 0.0.8.
[propagated-inputs]: Add r-vctrs.

gnu: r-muhaz: Update to 1.2.6.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-muhaz): Update to 1.2.6.3.

gnu: r-cpp11: Update to 0.2.7.

* gnu/packages/cran.scm (r-cpp11): Update to 0.2.7.

gnu: r-spatstat: Update to 2.1-0.

* gnu/packages/cran.scm (r-spatstat): Update to 2.1-0.

gnu: r-spatstat-linnet: Update to 2.1-1.

* gnu/packages/cran.scm (r-spatstat-linnet): Update to 2.1-1.

gnu: r-spatstat-core: Update to 2.0-0.

* gnu/packages/cran.scm (r-spatstat-core): Update to 2.0-0.

gnu: r-spatstat-geom: Update to 2.0-1.

* gnu/packages/cran.scm (r-spatstat-geom): Update to 2.0-1.
[propagated-inputs]: Remove r-spatstat-sparse.

gnu: r-spatstat-data: Update to 2.1-0.

* gnu/packages/cran.scm (r-spatstat-data): Update to 2.1-0.

gnu: r-spatstat-sparse: Update to 2.0-0.

* gnu/packages/cran.scm (r-spatstat-sparse): Update to 2.0-0.

gnu: r-spatstat-utils: Update to 2.1-0.

* gnu/packages/cran.scm (r-spatstat-utils): Update to 2.1-0.

gnu: r-shapforxgboost: Update to 0.1.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-shapforxgboost): Update to 0.1.1.
[propagated-inputs]: Remove r-lightgbm.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-lightgbm: Update to 3.2.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-lightgbm): Update to 3.2.0.

gnu: r-latex2exp: Update to 0.5.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-latex2exp): Update to 0.5.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-packrat: Update to 0.6.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-packrat): Update to 0.6.0.

gnu: r-quanteda: Update to 3.0.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-quanteda): Update to 3.0.0.
[propagated-inputs]: Remove r-data-table, r-digest, r-extrafont, r-ggplot2,
r-ggrepel, r-jsonlite, r-network, r-proxyc, and r-sna.

gnu: r-shapes: Update to 1.2.6.

* gnu/packages/cran.scm (r-shapes): Update to 1.2.6.

gnu: r-univoutl: Update to 0.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-univoutl): Update to 0.3.

gnu: r-imager: Update to 0.42.8.

* gnu/packages/cran.scm (r-imager): Update to 0.42.8.

gnu: r-actuar: Update to 3.1-2.

* gnu/packages/cran.scm (r-actuar): Update to 3.1-2.

gnu: r-gamlss: Update to 5.3-4.

* gnu/packages/cran.scm (r-gamlss): Update to 5.3-4.

gnu: r-gamlss-data: Update to 6.0-1.

* gnu/packages/cran.scm (r-gamlss-data): Update to 6.0-1.

gnu: r-dalex: Update to 2.2.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-dalex): Update to 2.2.0.

gnu: r-dae: Update to 3.1-37.

* gnu/packages/cran.scm (r-dae): Update to 3.1-37.

gnu: r-styler: Update to 1.4.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-styler): Update to 1.4.1.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-tweenr: Update to 1.0.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-tweenr): Update to 1.0.2.

gnu: r-rms: Update to 6.2-0.

* gnu/packages/cran.scm (r-rms): Update to 6.2-0.

gnu: r-spdep: Update to 1.1-7.

* gnu/packages/cran.scm (r-spdep): Update to 1.1-7.

gnu: r-sf: Update to 0.9-8.

* gnu/packages/cran.scm (r-sf): Update to 0.9-8.

gnu: r-units: Update to 0.7-1.

* gnu/packages/cran.scm (r-units): Update to 0.7-1.

gnu: r-rmpfr: Update to 0.8-3.

* gnu/packages/cran.scm (r-rmpfr): Update to 0.8-3.

gnu: r-gargle: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-gargle): Update to 1.1.0.
[propagated-inputs]: Add r-cli, r-rappdirs, and r-rstudioapi.

gnu: r-tiff: Update to 0.1-8.

* gnu/packages/cran.scm (r-tiff): Update to 0.1-8.
[native-inputs]: Add pkg-config.

gnu: r-biocmanager: Update to 1.30.12.

* gnu/packages/cran.scm (r-biocmanager): Update to 1.30.12.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-summarytools: Update to 0.9.9.

* gnu/packages/cran.scm (r-summarytools): Update to 0.9.9.

gnu: r-remotes: Update to 2.3.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-remotes): Update to 2.3.0.

gnu: r-gert: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-gert): Update to 1.3.0.

gnu: r-gh: Update to 1.2.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-gh): Update to 1.2.1.

gnu: r-effectsize: Update to 0.4.4-1.

* gnu/packages/cran.scm (r-effectsize): Update to 0.4.4-1.

gnu: r-ggeffects: Update to 1.0.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggeffects): Update to 1.0.2.

gnu: r-emmeans: Update to 1.5.5-1.

* gnu/packages/cran.scm (r-emmeans): Update to 1.5.5-1.

gnu: r-magick: Update to 2.7.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-magick): Update to 2.7.1.

gnu: r-insight: Update to 0.13.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-insight): Update to 0.13.2.

gnu: r-officer: Update to 0.3.18.

* gnu/packages/cran.scm (r-officer): Update to 0.3.18.

gnu: r-rbibutils: Update to 2.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-rbibutils): Update to 2.1.

gnu: r-renv: Update to 0.13.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-renv): Update to 0.13.2.

gnu: r-rastervis: Update to 0.50.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-rastervis): Update to 0.50.1.

gnu: r-arules: Update to 1.6-7.

* gnu/packages/cran.scm (r-arules): Update to 1.6-7.

gnu: r-sapa: Update to 2.0-3.

* gnu/packages/cran.scm (r-sapa): Update to 2.0-3.

gnu: r-tinytex: Update to 0.31.

* gnu/packages/cran.scm (r-tinytex): Update to 0.31.

gnu: r-vctrs: Update to 0.3.7.

* gnu/packages/cran.scm (r-vctrs): Update to 0.3.7.
[propagated-inputs]: Remove r-digest.

gnu: r-processx: Update to 3.5.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-processx): Update to 3.5.1.

gnu: r-cli: Update to 2.4.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-cli): Update to 2.4.0.
[propagated-inputs]: Remove r-assertthat.

gnu: r-vioplot: Update to 0.3.6.

* gnu/packages/cran.scm (r-vioplot): Update to 0.3.6.

gnu: r-broom: Update to 0.7.6.

* gnu/packages/cran.scm (r-broom): Update to 0.7.6.

gnu: r-psych: Update to 2.1.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-psych): Update to 2.1.3.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-callr: Update to 3.6.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-callr): Update to 3.6.0.

gnu: r-reprex: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-reprex): Update to 2.0.0.
[propagated-inputs]: Add r-rstudioapi.

gnu: r-oenb: Update to 0.0.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-oenb): Update to 0.0.2.

gnu: r-ggpmisc: Update to 0.3.9.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggpmisc): Update to 0.3.9.

gnu: r-diffobj: Update to 0.3.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-diffobj): Update to 0.3.4.

gnu: Add r-workflowsets.

* gnu/packages/cran.scm (r-workflowsets): New variable.

gnu: r-seurat: Update to 4.0.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-seurat): Update to 4.0.1.
[arguments]: Remove.
[propagated-inputs]: Replace r-spatstat with r-spatstat-core and
r-spatstat-geom.

gnu: libxlsxwriter: Update to 1.0.1.

* gnu/packages/xml.scm (libxlsxwriter): Update to 1.0.1.