gnu: Add python-daiquiri.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-daiquiri): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add python-json-logger.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-json-logger): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add python-xattr.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-xattr): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: python-fakeredis: Update to 1.2.1.

* gnu/packages/databases.scm (python-fakeredis): Update to 1.2.1.
[propagated-inputs]: Add python-sortedcontainers.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: python-clikit: Update to 0.4.2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-clikit): Update to 0.4.2.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: python-sortedcontainers: Add missing propagated-inputs.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-sortedcontainers):
[propagated-inputs] Add python-appdirs, python-distlib, python-filelock,
python-importlib-metadata and python-six.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: python-cachecontrol: Add missing propagated-input.

* gnu/packages/python-web.scm (python-cachecontrol):
[propagated-inputs]: Add python-msgpack.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: python-msgpack: Update to 1.0.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-msgpack): Update to 1.0.0.
(python-msgpack-transitional)[version,source]: New fields to avoid updating this
package.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: python-pastel: Update to 0.2.0.

* gnu/packages/graphics.scm (python-pastel): Update to 0.2.0.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: python-jsonschema: Update to 3.2.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-jsonschema): Update to 3.2.0.
[propagated-inputs]: Add python-importlib-metadata.
[arguments]: Use add-installed-pythonpath to make a test pass.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: python-pexpect: Update to 4.8.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pexpect): Update to 4.8.0.
[arguments]: Disable failing test.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: perl-mail-sendmail: Add line above definition.

* gnu/packages/perl.scm (perl-mail-sendmail): Add line.

gnu: Add perl-mail-sendmail.

* gnu/packages/perl.scm (perl-mail-sendmail): New variable.

scripts: lint: Handle store connections for lint checkers.

Rather than individual checkers opening up a connection to the store for each
package to check, if any checker requires a store connection, open a
connection and pass it to all checkers that would use it. This makes running
the derivation checker much faster for multiple packages.

* guix/scripts/lint.scm (run-checkers): Add a #:store argument, and pass the
store to checkers if they require a store connection.
(guix-lint): Establish a store connection if any checker requires one, and
pass it through to run-checkers.

lint: Add a #:store argument to check-derivation

This can then be used to avoid opening up a store connection each time a
package needs checking.

* guix/lint.scm (check-derivation): Add a #:store argument, and pull the
handling of the store connection out of the try function.

lint: Mark the derivation checker as requiring a store connection.

* guix/lint.scm (%local-checkers): Mark the derivation checker as requiring a
store connection.

lint: Add a requires-store? field to the checker record.

This can then be used to mark checkers that require a store connection, which
will enable passing a connection in, avoiding the overhead of establishing a
connection inside the check function when it's run for lots of different
packages.

* guix/lint.scm (<lint-checker>): Add requires-store? to the record type.

gnu: Add Docusign API Python client.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-docusign-esign): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

doc: Document that a working environment for building Guix requires "--pure".

* doc/guix.texi (Invoking guix environment): Document that a working
environment for building Guix requires "--pure".

guix system: Fix mistaken 'guix pull' warning upon 'reconfigure'.

Fixes <https://bugs.gnu.org/38196>.
Reported by Florian Pelz <pelzflorian@pelzflorian.de>.

* guix/scripts/system.scm (maybe-suggest-running-guix-pull): Check
whether 'current-profile' returns true instead of checking for the
existence of ~root/.config/guix/current.  That way, "sudo guix system
reconfigure" no longer emits a warning in that case.

gnu: automake: Add version 1.16.2.

* gnu/packages/autotools.scm (automake-1.16.2): New variable.

pack: Do not store extended attributes in squashfs images.

* guix/scripts/pack.scm (squashfs-image)[build](mksquashfs): Pass "-no-xattrs".

ui: 'show-manifest-transaction' tabulates package lists for install/remove.

It also removes the store file name from the output.

* guix/ui.scm (show-manifest-transaction)[package-strings]: Rewrite to
use 'tabulate'.  Remove 'item' parameter and adjust callers.

ui: 'show-manifest-transaction' tabulates upgraded package lists.

This also changes "1.0.0 → 1.0.0" to "(dependencies changed)", which is
probably less confusing.

* guix/ui.scm (tabulate): New procedure.
(show-manifest-transaction)[upgrade-string]: Rewrite to take lists of
names, versions, and outputs instead of single elements.  Use
'tabulate'.  Adjust callers accordingly.

import: crate: Deduplicate dependencies.

* guix/import/crate.scm (crate-version-dependencies): Deduplicate crate dependencies.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add guile3.0-semver.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile3.0-semver): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: nano: Update to 4.9.

* gnu/packages/nano.scm (nano): Update to 4.9.

doc: Fix typo in example.

* doc/guix.texi (Base Services)[file->udev-rule]: Correct misspelt
"user-account".

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

doc: Fix typo.

* doc/guix.texi (Invoking guix time-machine): Fix typo.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: Add qgis.

* gnu/packages/geo.scm (qgis): New variable.

Co-authored-by: Wiktor Żelazny <wzelazny@vurv.cz>
Co-authored-by: Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net>

licenses: Add QWT 1.0 license.

* guix/licenses.scm (qwt1.0): New variable.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

licenses: Add Open Government Licence for Public Sector Information.

* guix/licenses.scm (ogl-psi1.0): New variable.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add saga.

* gnu/packages/geo.scm (saga): New variable.

gnu: Add grass.

* gnu/packages/geo.scm (grass): New variable.

gnu: Add python-owslib.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-owslib): New variable.

gnu: r-harmony: Update to 0.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-harmony): Update to 0.1.
[native-inputs]: Add autoconf.

gnu: r-shiny: Update to 1.4.0.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-shiny): Update to 1.4.0.2.

gnu: r-multiassayexperiment: Update to 1.12.5.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-multiassayexperiment): Update to 1.12.5.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-bigpint: Update to 1.2.2.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bigpint): Update to 1.2.2.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-biosigner: Update to 1.14.4.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biosigner): Update to 1.14.4.

gnu: r-gosemsim: Update to 2.12.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-gosemsim): Update to 2.12.1.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-tximport: Update to 1.14.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-tximport): Update to 1.14.2.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-caret: Update to 6.0-86.

* gnu/packages/cran.scm (r-caret): Update to 6.0-86.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-batchtools: Update to 0.9.13.

* gnu/packages/cran.scm (r-batchtools): Update to 0.9.13.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-mcmc: Update to 0.9-7.

* gnu/packages/cran.scm (r-mcmc): Update to 0.9-7.

gnu: r-proc: Update to 1.16.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-proc): Update to 1.16.2.

gnu: r-xgboost: Update to 1.0.0.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-xgboost): Update to 1.0.0.1.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-radiant-data: Update to 1.3.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-radiant-data): Update to 1.3.4.
[propagated-inputs]: Remove r-gridextra; add r-mass, r-patchwork, and
r-randomizr.

gnu: r-patchwork: Update to 1.0.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-patchwork): Update to 1.0.0.
[source]: Fetch from CRAN.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-igraph: Update to 1.2.5.

* gnu/packages/graph.scm (r-igraph): Update to 1.2.5.

gnu: r-robustbase: Update to 0.93-6.

* gnu/packages/statistics.scm (r-robustbase): Update to 0.93-6.

gnu: r-hmisc: Update to 4.4-0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-hmisc): Update to 4.4-0.

gnu: r-pkgmaker: Update to 0.31.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-pkgmaker): Update to 0.31.1.

gnu: r-dt: Update to 0.13.

* gnu/packages/statistics.scm (r-dt): Update to 0.13.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-locfit: Update to 1.5-9.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-locfit): Update to 1.5-9.2.

gnu: Add r-randomizr.

* gnu/packages/cran.scm (r-randomizr): New variable.

gnu: sbcl: Increase maximum heap size to 2Gb.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl)[arguments]: Add the "--dynamic-space-size=2Gb"
  option in the build phase.

gnu: dialog: Update to 1.3-20200228.

* gnu/packages/ncurses.scm (dialog): Update to 1.3-20200228.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Git: Update to 2.26.0.

* gnu/packages/version-control.scm (git): Update to 2.26.0.
[arguments]: Adjust the 'install-credential-netrc' phase to upstream changes.

Revert "gnu: youtube-dl: Add 'ffmpeg' as input."

This reverts commit 4233e74b39635d5ef4dde204ecc26dcc894d9467.

gnu: Mutt: Update to 1.13.4.

* gnu/packages/mail.scm (mutt): Update to 1.13.4.
[source]: Prefer HTTPS URL and replace FTP URL with HTTP.

gnu: sord: Add pcre to inputs.

* gnu/packages/rdf.scm (sord)[inputs]: Add pcre needed for sord_validate.

gnu: youtube-dl: Add zsh completion.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl)[arguments]: Add phase
install-completion.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: youtube-dl: Add 'ffmpeg' as input.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl)[arguments]: Add phase
wrap-executable.
[inputs]: Add ffmpeg.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

doc: Fix typo in example.

* doc/guix.texi (Invoking guix deploy): Fix example to use '%user'
variable defined above.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

system: Export 'operating-system-kernel-loadable-modules'.

* gnu/system.scm: Export 'operating-system-kernel-loadable-modules'.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: emacs-lua-mode: Update to 20191204.

* (emacs-lua-mode): Update to 20191204.

gnu: emacs-ert-runner: Update to 0.8.0.

* (emacs-ert-runner): Update to 0.8.0.

gnu: emacs-dash: Update to 2.17.0.

* (emacs-dash): Update to 2.17.0.

installer: Fix cow-store umount issue.

* gnu/installer/final.scm (kill-cow-users): Ignore exception that could be
raised if a process disappears between reading its pid and its maps file.

gnu: parallel: Update to 20200322.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20200322.

gnu: extremetuxracer: Update to 0.8.0.

* gnu/packages/games.scm (extremetuxracer): Update to 0.8.0.

gnu: Add zlfo.

* gnu/packages/music.scm (zlfo): New variable.

Signed-off-by: Jakub Kądziołka <kuba@kadziolka.net>

gnu: Add ztoolkit-rsvg.

* gnu/packages/audio.scm (ztoolkit-rsvg): New variable.

Signed-off-by: Jakub Kądziołka <kuba@kadziolka.net> [with modifications]

gnu: Add ztoolkit.

* gnu/packages/audio.scm (ztoolkit): New variable.

Signed-off-by: Jakub Kądziołka <kuba@kadziolka.net>

gnu: Add circos.

* gnu/local.mk: Register circos-remove-findbin.patch.
* gnu/packages/patches/circos-remove-findbin.patch: New file.
* gnu/packages/perl.scm: New variable.

gnu: Add python-gcovr.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-gcovr): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add lv2toweb.

* gnu/packages/audio.scm (lv2toweb): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

machine: ssh: Better report missing initrd modules.

* gnu/machine/ssh.scm (machine-check-initrd-modules): Improve message
upon module mismatch.

deploy: Write a message upon successful deployment.

* guix/scripts/deploy.scm (guix-deploy): Write message upon successful
deployment.

deploy: Show what machines will be deployed.

* guix/scripts/deploy.scm (show-what-to-deploy): New procedure.
(guix-deploy): Call it.

ui: Add 'indented-string'.

* guix/scripts/pull.scm (display-news-entry): Remove extra space in
format string for 'indented-string'.
(indented-string): Remove.
(display-new/upgraded-packages)[pretty]: Pass #:initial-indent? to
'indented-string'.
* guix/ui.scm (indented-string): New procedure.

machine: ssh: Make sanity checks in a single round trip.

* gnu/machine/ssh.scm (<remote-assertion>): New record type.
(remote-let): New macro.
(machine-check-file-system-availability): Rewrite to use 'remote-let'
instead of 'mlet' and 'machine-remote-eval'.
(machine-check-initrd-modules): Likewise.
(machine-check-building-for-appropriate-system): Make non-monadic.
(check-deployment-sanity): Rewrite to gather all the assertions as a
single gexp and pass it to 'machine-remote-eval'.

ssh: 'send-files' reports missing modules on the remote host.

Reported by Mikael Djurfeldt <mikael@djurfeldt.com>
in <https://bugs.gnu.org/40125>.

* guix/ssh.scm (send-files)[inferior-remote-eval*]: New procedure.
[missing]: Use it.  Add an explicit 'resolve-module' call.
(report-inferior-exception): New procedure.

Re-order the armhf linux-libre kernel packages to fix the build.

This is a followup to commit 37f8c50cdc2e99189c74999319f3a1854d419546.

Previously, building Guix crashed like this:

------
In ice-9/eval.scm:
    619:8  4 (_ #f)
   626:19  3 (_ #<directory (gnu packages linux) 7fcf3e526c80>)
    159:9  2 (_ #<directory (gnu packages linux) 7fcf3e526c80>)
   223:20  1 (proc #<directory (gnu packages linux) 7fcf3e526c80>)
In unknown file:
           0 (%resolve-variable (7 . linux-libre-arm-generic) #<directory (gnu packages linux) 7fcf3e526c80>)

ERROR: In procedure %resolve-variable:
error: linux-libre-arm-generic: unbound variable
------

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-arm-veyron): Move after
linux-libre-arm-generic.

gnu: Add linux-libre-arm64-generic.

* gnu/packages/linux (linux-libre-arm64-generic): New variable.

gnu: linux-libre-arm-veyron: Deprecate package.

* gnu/packages/linux (linux-libre-arm-veyron): Mark as deprecated package.
  (kernel-config-veyron): Remove obsolete function.
* gnu/system/examples/asus-c201.tmpl: Update to use linux-libre-arm-generic.
* gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.4-arm-veyron.conf: Delete file.
* Makefile.am (AUX_FILES): Update accordingly.

gnu: emacs-elpy: Update to 1.32.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-elpy): Update to 1.32.0.
[phases]{fake-virtualenv}: Rename to 'do-not-use-virtualenv.  Use the new
ELPY_TEST_DONT_USE_VIRTUALENV environment variable to skip tests using
virtualenv, and set the elpy-rpc-virtualenv-path default value to 'system so
that a virtualenv is not needed.
[native-inputs]: Move the Python dependencies to...
[propagated] ...here.  This is so that Elpy doesn't nag users with fetching
those from PyPI.   Add python-rope.

Fixes <https://bugs.gnu.org/40079>.
Reported-by: sirgazil <sirgazil@zoho.com>

gnu: emacs: Patch references to /bin/sh.

When attempting to run ert-runner in the build side environment where /bin/sh
doesn't exist as part of the emacs-elpy test suite, Emacs was throwing the
error "Searching for program: No such file or directory, /bin/sh".  This is
because the default shell when SHELL is not set was "/bin/sh", as can be seen
in callproc.c:

  sh = getenv ("SHELL");
  Vshell_file_name = build_string (sh ? sh : "/bin/sh");

Thus, patch the occurrences of "/bin/sh" in the source files of Emacs to refer
to their correct store location.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs)[phases]{patch-program-file-names}: Add phase.

gnu: emacs-minimal: Install the custom site-start file.

This makes the EMACS-MINIMAL package more generally useful, by adding support
to load autoload definitions.  Note that this doesn't negatively impact the
performance of the emacs-build-system, because at that time the --quick option
is used, which disables loading site-start.el (which is the one calling
GUIX-EMACS-AUTOLOAD-PACKAGES).

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-minimal)[phases]: Do not delete the
'install-site-start phase.
[inputs]: Add the emacs/guix-emacs.el auxiliary file.

gnu: emacs: Re-indent.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs): Fix indentation.

gnu: emacs: Byte compile the site-lisp directory, without coupling.

This re-instates what the previously reverted commit did, but without adding
a dependency on the (guix build emacs-utils) module.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs)[phases]{install-site-start}: Define a
EMACS-BYTE-COMPILE-DIRECTORY procedure, and use it.

Revert "gnu: emacs: Byte compile the site-lisp directory."

This reverts commit 4714d0fc1a96eb6d421b64b0b585fe8043dcd07b.

Rational: Having to rebuild Emacs every time (guix build emacs-utils) changes
is not great.

gnu: emacs: Remove obsolete FIXME comment.

* gnu/packages/aux-files/emacs/guix-emacs.el: Remove comment.

build: emacs-utils: Add an option to select scoping for batch eval.

In Emacs 27, --eval now evaluates using lexical scoping.  This change adds an
option to select dynamic scoping, by using a workaround proposed in
<https://bugs.gnu.org/39823>.

* guix/build/emacs-utils.scm (emacs-batch-eval): Add a DYNAMIC? keyword
argument.  Wrap the EXPR with a call to EVAL that makes use of the argument
to select the scoping mode.
(emacs-generate-autoloads): Use it.

gnu: wxmaxima: Update to 20.03.1.

* gnu/packages/maths.scm (wxmaxima): Update to 20.03.1.

nls: Update.

services: console-font: Fix docstring.

* gnu/services/base.scm (console-font-service-type): Use quasiquote and
unquote appropriately in docstring.

doc: Add console-font-service-type to Base Services.

* doc/guix.texi (Base Services): Add console-font-service-type.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

tests: Use the same source as ci.guix.gnu.org.

* etc/system-tests.scm (system-test-manifest): In 'local-file' call, use
a name that is a function of COMMIT to match what Cuirass does.