gnu: Add python-ueberzug.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-ueberzug): New variable.

Co-authored-by: Raghav Gururajan <rg@raghavgururajan.name>
Co-authored-by: jgart <jgart@dismail.de>

guix: Delete duplicates from emacs-load-path.

It has been reported in IRC, that directories may show up multiple times in
subdirs.el, probably a result of propagation.  This can for instance be seen
by ‘guix environment --ad-hoc emacs emacs-guix’, which will generate multiple
references to dash.  With this patch only one reference per package is
generated.

* guix/profiles.scm (emacs-subdirs): wrap subdirs added to
‘normal-top-level-add-to-load-path’ in ‘delete-duplictes’.

gnu: Add go-1.16.

Add go@1.16 as a non-default go. Changes from 1.14: Use now-supported GO_LDSO
configuration option for setting the interpreter. Bootstrap with gccgo on
platforms which do not support go-1.4. Fix and re-enable cmd/go script tests.
Fix typo in cgoldflags patch. Break out tests into "check" phase. Remove
references to perl to reduce closure size by ~10%. Set GOCACHE so go doesn't
attempt to access $HOME.

* gnu/packages/patches/go-fix-script-tests.patch: New file.
* local.mk (dist_patch_DATA): Register it.
* gnu/packages/golang.scm (go-1.16): New variable. Use the patch.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add gccgo-10.

Generate gccgo with MAKE-GCCGO to factorize phases, and to fix the
cyclic dependency between out and lib (caused by libgo embedding the
gotools path) that was worked around in
<https://issues.guix.gnu.org/18101>.

* gnu/packages/gcc.scm (custom-gcc-gccgo): New procedure.
(make-gccgo): New procedure.
(gccgo-10): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add oneko.

* gnu/packages/toys.scm (oneko): New variable.

Signed-off-by: Leo Prikler <leo.prikler@student.tugraz.at>

gnu: r-cistopic: Update to 2.1.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-cistopic): Update to 2.1.0.

gnu: Add librem-ec-acpi-linux-module.

* gnu/packages/linux.scm (librem-ec-acpi-linux-module): New public variable.

gnu: srain: Update to 1.2.3.

* gnu/packages/irc.scm (srain): Update to 1.2.3.

gnu: totem-pl-parser: Update to 3.26.6.

* gnu/packages/gnome.scm (totem-pl-parser): Update to 3.26.6.

gnu: upower: Update to 0.99.12.

* gnu/packages/gnome.scm (upower): Update to 0.99.12.

gnu: libgudev: Update to 236.

* gnu/packages/gnome.scm (libgudev): Update to 236.
[build-system]: Use Meson.
[arguments]: Drop obsolete #:configure-flags.
[propagated-inputs]: Add eudev.

gnu: upower: Build from Git sources.

* gnu/packages/gnome.scm (upower)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.  Adjust snippet.
[native-inputs]: Add autoconf, automake, gtk-doc, libtool, and which.
* gnu/packages/patches/upower-builddir.patch: Adjust to Makefile.am.

gnu: gnome-autoar: Update to 0.3.3.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-autoar): Update to 0.3.3.

gnu: drawing: Update to 0.8.1.

* gnu/packages/gnome.scm (drawing): Update to 0.8.1.

gnu: Add xkbprint.

* gnu/packages/xorg.scm (xkbprint): New public variable.

gnu: stellarium: Update to 0.21.1.

* gnu/packages/astronomy.scm (stellarium): Update to 0.21.1.

gnu: indi: Update to 1.9.1.

* gnu/packages/astronomy.scm (indi): Update to 1.9.1.

gnu: acpica: Update to 20210604.

* gnu/packages/admin.scm (acpica): Update to 20210604.

gnu: Add mda-lv2.

* gnu/packages/audio.scm (mda-lv2): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: vim-guix-vim: Update to 0.2.0.

* gnu/packages/vim.scm (vim-guix-vim): Update to 0.2.0.
[arguments]: Also install autoload, plugin directories.

import: go: Fix match-error in 'go-package-description'

* guix/import/go.scm (go-package-description): Make sure description* is
always a list, so the result is properly matched.

Signed-off-by: Björn Höfling <bjoern.hoefling@bjoernhoefling.de>

gnu: opensurge: Update to 0.5.2.1.

* gnu/packages/games.scm (opensurge): Update to 0.5.2.1.
[arguments]: Keep installing into /bin.

gnu: freeciv: Update to 2.6.5.

* gnu/packages/games.scm (freeciv): Update to 2.6.5.

gnu: extremetuxracer: Update to 0.8.1.

* gnu/packages/games.scm (extremetuxracer): Update to 0.8.1.

gnu: nyacc: Add final upstream description line, too.

* gnu/packages/mes.scm (nyacc)[description]: Mention compilers,
languages.

gnu: Add ocaml-cohttp.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-cohttp): New variable.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: Add ocaml-uri-sexp.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-uri-sexp): New variable.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: ocaml-uri: Update to 4.2.0.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-uri): Update to 4.2.0.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: rust-stackvector-1: Don't skip build.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-stackvector-1)[arguments]: Remove
skip-build.

gnu: rust-stackvector: Update to 1.1.1 [fixes CVE-2021-29939].

* gnu/packages/mail.scm (rust-stackvector-1): Update to 1.1.1.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: jami-qt: Add support for desktop notifications.

* gnu/packages/jami.scm (jami-qt)[inputs]: Add libnotify.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add blastem.

* gnu/packages/emulators.scm (blastem): New variable.

gnu: Add cl-markup-reader.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-markup-reader, ecl-markup-reader,
  cl-markup-reader): New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add ruby-taskjuggler.

[[PGP Signed Part:Good signature from D37D0EA7CECC3912 Giovanni Biscuolo (Xelera) <g@xelera.eu> (trust undefined) created at 2021-06-16T13:00:30+0200 using RSA]]
[1. text/x-diff; 0001-gnu-Add-ruby-taskjuggler.patch]
From 46aacfc1ab93166a289f8edb1fcd119e9145840c Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Giovanni Biscuolo <g@xelera.eu>
Date: Wed, 9 Jun 2021 11:57:12 +0200
Subject: [PATCH] gnu: Add ruby-taskjuggler.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-taskjuggler): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: ruby-term-ansicolor: Update to 1.7.1.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-term-ansicolor): Update to 1.7.1.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add texlive-latex-ebproof.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-ebproof): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: python-rpy2: Update to 3.4.5.

* gnu/packages/statistics.scm (python-rpy2): Update to 3.4.5
[source]: Remove the patches.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: php: Build sodium.

* gnu/packages/php.scm (php): Build sodium extension.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

etc: snippets: Use ‘hg-file-name’ when origin uses ‘hg-fetch’

Adjust to changes in commit aaafd19bd1e37265de07e246286a6819792c25b4.

* etc/snippets/scheme-mode/guix-origin: Use ‘hg-file-name’ instead of
‘string-append’ when ‘method’ for origin is ‘hg-fetch’.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-fire.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-fire): New variable.

Signed-off-by: Raghav Gururajan <rg@raghavgururajan.name>

gnu: youtube-dl-gui: Update to 4.0.

This new version requires gettext and twodict.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl-gui)[version]: Update to 4.0.
[native-inputs]: Add gettext-minimal.
[inputs]: Add python2-twodict.

gnu: Add python2-twodict.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-twodict): New variable.

gnu: Add python-twodict.

* gnu/packages/python-xyz (python-twodict): New variable.

gnu: brightnessctl: Fix installing udev rules.

* gnu/packages/linux.scm (brightnessctl)[arguments]: Preprend
"adjust-udev-rules" to force installation of udev rules.

gnu: nyacc: Update description for versions >= 1.00.

Fixes <http://issues.guix.gnu.org/49230>.

* gnu/packages/mes.scm (nyacc)[description]: Adopt current upstream text.

gnu: dosbox-staging: Build with upstream's release options.

* gnu/packages/emulators.scm (dosbox-staging)[arguments]: Produce a more
optimised binary without run-time debugging overhead.

gnu: emacs-circe: Update to 2.11-0.d6f1fa1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-circe): Update to 2.11-0.d6f1fa1.
[arguments]<#:phases>: Remove three failing tests.

gnu: emacs-rg: Update to 2.1.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-rg): Update to 2.1.0.

gnu: libmpdel: Use complete sentences in description.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-libmpdel)[description]: Use complete
sentences.

gnu: emacs-libmpdel: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-libmpdel): Update to 1.3.0.

download: 'tls-wrap' retries handshake upon non-fatal errors.

Fixes <https://bugs.gnu.org/49223>.
Reported by Domagoj Stolfa <ds815@gmx.com>.

* guix/build/download.scm (tls-wrap): Retry up to 5 times when
'handshake' throws a non-fatal error.

guix substitute: Adjust comment about GnuTLS bug.

* guix/scripts/substitute.scm (call-with-cached-connection): Adjust
comment.

gnu: connman: Update to 1.40.

* gnu/packages/connman.scm (connman): Update to 1.40.
[source]: Remove upstreamed patch.
[inputs]: Add lz4, rather than propagate it from openconnect.
* gnu/packages/patches/connman-CVE-2021-33833.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: mariadb-connector-c: Update to 3.1.13.

* gnu/packages/databases.scm (mariadb-connector-c): Update to 3.1.13.

gnu: Add dosbox-staging.

* gnu/packages/emulators.scm (dosbox-staging): New public variable.

gnu: libredwg: Update to 0.12.4.

* gnu/packages/engineering.scm (libredwg): Update to 0.12.4.

gnu: exfat-utils: Move to (gnu packages file-systems).

* gnu/packages/mtools.scm (exfat-utils): Move from here…
* gnu/packages/file-systems.scm (exfat-utils): …to here.

gnu: postgis: Update to 3.1.2.

* gnu/packages/geo.scm (postgis): Update to 3.1.2.

gnu: zfs: Update to 2.0.5.

* gnu/packages/file-systems.scm (zfs): Update to 2.0.5.

gnu: nix: Use a source URL that doesn't break Guix.

Works around <http://issues.guix.gnu.org/49223>.

* gnu/packages/package-management.scm (nix)[source]: Tweak URL.

gnu: totem: Update to 3.38.1.

* gnu/packages/gnome.scm (totem): Update to 3.38.1.
[arguments]: Remove obsolete 'patch-failing-test phase.

build: Build guix.scm and gnu.scm.

Fixes a regression introduced in
ef82ba9dd94369926eb13325d5e7da4306d23dd7 that was causing these two
files to not be built.  In turn, 'tests/inferior.scm' would determine
the wrong %TOP-BUILDDIR value, causing the "&inferior-exception" test to
fail because for lack of an inferior stack trace.

* Makefile.am (MODULES_CORE): Add guix.scm.
(MODULES_SYSTEM): Add gnu.scm.

import: hackage: Support "common" field and imports

Fixes <https://issues.guix.gnu.org/48701>.

* guix/import/cabal.scm (make-cabal-parser): Modify.
(is-common): New variable.
(lex-common): New procedure.
(is-id): Modify.
(eval-cabal): Modify.
* tests/hackage.scm ("hackage->guix-package test cabal import") New test.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

reconfigure: Use 'formatted-message'.

* guix/scripts/system/reconfigure.scm (ensure-forward-reconfigure): Use
'formatted-message'.
* guix/scripts/deploy.scm (deploy-machine*): Handle it.

deploy: Leave on hard error.

Previously, the error message would be displayed, followed by a
backtrace ending in &non-continuable.

* guix/scripts/deploy.scm (deploy-machine*): Call 'leave' rather than
'report-error' when C is a &message.

gnu: suitesparse: Update to 5.10.1.

* gnu/packages/maths.scm (suitesparse): Update to 5.10.1.

gnu: suitesparse: Link against OpenBLAS rather than LAPACK.

* gnu/packages/maths.scm (suitesparse)[inputs]: Replace LAPACK with
OPENBLAS.
[arguments]: Add "BLAS"and "LAPACK" to #:make-flags.

gnu: sbcl-rss: Update to 0.9.1.1.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-rss): Update to 0.9.1.1.
[source]: Use upstream URL instead of GitHub mirror.
[arguments]: Missing tests are no longer an issue with latest version.

gnu: mpd: Update to 0.22.9.

* gnu/packages/mpd.scm (mpd): Update to 0.22.9.

gnu: interception-tools: Update to 0.6.6.

* gnu/packages/linux.scm (interception-tools): Update to 0.6.6.

gnu: krita: Update to 4.4.5.

* gnu/packages/kde.scm (krita): Update to 4.4.5.

gnu: gpodder: Update to 3.10.20.

* gnu/packages/gpodder.scm (gpodder): Update to 3.10.20.

gnu: mtools: Update to 4.0.31.

* gnu/packages/mtools.scm (mtools): Update to 4.0.31.

Remove unused module imports from (gnu services vpn).

* gnu/services/vpn.scm: Remove (gnu packages networking) and (guix utils) imports.

gnu: Add cl-rss, sbcl-rss.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (cl-rss, sbcl-rss): New variables.

gnu: Add aserve.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (cl-aserve, sbcl-aserve): New variables.

gnu: Add acl-compat.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (cl-acl-compat, sbcl-acl-compat): New variables.

gnu: Add r-vroom.

* gnu/packages/cran.scm (r-vroom): New variable.

gnu: Add r-tzdb.

* gnu/packages/cran.scm (r-tzdb): New variable.

gnu: Add labelme.

* gnu/packages/image-processing.scm (labelme): New variable.

gnu: Add python-imgviz.

* gnu/packages/image-processing.scm (python-imgviz): New variable.

gnu: emacs-package-build: Update to 2.4.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-package-build): Update to 2.4.

gnu: emacs-helm: Make description more focused.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-helm)[description]: Shorten and keep
it focused on Helm, not Anything.

gnu: emacs-helm: Update to 3.8.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-helm): Update to 3.8.0.

gnu: nix: Update to 2.3.13.

* gnu/packages/package-management.scm (nix): Update to 2.3.13.

gnu: parallel: Update to 20210622.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20210622.

gnu: rlwrap: Update to 0.45.2.

* gnu/packages/readline.scm (rlwrap): Update to 0.45.2.

gnu: vlc: Update to 3.0.16.

* gnu/packages/video.scm (vlc): Update to 3.0.16.

gnu: apache-thrift: Update to 0.14.2.

* gnu/packages/rpc.scm (apache-thrift): Update to 0.14.2.

gnu: libzim: Update to 6.3.2.

* gnu/packages/web.scm (libzim): Update to 6.3.2.

gnu: strongswan: Invoke absolute file names in ‘ipsec’ launcher.

* gnu/packages/vpn.scm (strongswan)[arguments]: Include the ‘ipsec’
launcher script in the 'patch-command-file-names phase.
[inputs]: Add coreutils.

gnu: Add strongswan service.

* gnu/services/vpn.scm (<strongswan-configuration>): New record type.
(charon-plugins, strongswan-configuration-file)
(strongswan-shepherd-service, strongswan-service-type): New variables.
* doc/guix.tex (VPN Services): Document them all.

vm: Update deprecated QEMU option syntax.

Fixes:
  warning: short-form boolean option 'readonly' deprecated
  Please use readonly=on instead

* gnu/system/vm.scm (common-qemu-options): Use it instead.

services: certbot: Add option to use CSR file.

* gnu/services/certbot.scm (<certificate-configuration>): Add csr field.
(certbot-command): Modify.
* doc/guix.texi (Certificate Services): Document it.

gnu: Add ausweisapp2.

* gnu/packages/security-token.scm (ausweisapp2): New variable.
* guix/licenses.scm (eupl1.2): New variable.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

lint: 'github-url' checker gracefully handles networking errors.

Fixes <https://bugs.gnu.org/49114>.
Reported by Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>.

* guix/lint.scm (call-with-networking-fail-safe, with-networking-fail-safe):
Move higher in the file.
* guix/lint.scm (check-github-url): Wrap call to
'follow-redirects-to-github' in 'with-networking-fail-safe'.

lint: 'with-networking-fail-safe' handles 'gnutls-error' exceptions.

* guix/lint.scm (call-with-networking-fail-safe): Add clause for 'gnutls-error'.

gnu: maxima: Update to 5.45.1.

* gnu/packages/maths.scm (maxima): Update to 5.45.1.
[home-page]: Follow redirect.

gnu: linux-libre 5.4: Update to 5.4.128.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.128.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.10: Update to 5.10.46.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.10-version): Update to 5.10.46.
(linux-libre-5.10-pristine-source): Update hash.