gnu: PostgreSQL 9: Update to 9.6.22 [fixes CVE-2021-{32027,32028,32029}].

* gnu/packages/databases.scm (postgresql-9.6): Update to 9.6.22.

gnu: PostgreSQL 10: Update to 10.17 [fixes CVE-2021-{32027,32028,32029}].

* gnu/packages/databases.scm (postgresql-10): Update to 10.17.

gnu: PostgreSQL 11: Update to 11.12 [fixes CVE-2021-{32027,32028,32029}].

* gnu/packages/databases.scm (postgresql-11): Update to 11.12.

gnu: PostgreSQL: Update to 13.3 [fixes CVE-2021-{32027,32028,32029}].

* gnu/packages/databases.scm (postgresql-13)[replacement]: Use postgresql-13.3.
(postgresql-13.2): Replace with ...
(postgresql-13.3): ... new variable.

gnu: emacs-libyaml: Adjust to changes in emacs-build-system.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-libyaml)[#:phases]: Move
‘substitute-libyaml-core-path’ after ‘unpack’.

Signed-off-by: Leo Prikler <leo.prikler@student.tugraz.at>

gnu: pigx-chipseq: Update to 0.0.52.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx-chipseq): Update to 0.0.52.

gnu: Add cl-typesetting.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-typesetting, ecl-cl-typesetting,
  cl-typesetting): New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: ecl-xmls: Disable tests.

Upstream doesn't have a test suite adapted for ECL.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (ecl-xmls)[arguments]: Disable tests.

gnu: cl-pdf: Update to 2.0.0-1.dbafd62.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-pdf): Update to 2.0.0-1.dbafd62.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: tsukundere: Update to 0.3.0.

* gnu/packages/game-development.scm (tsukundere): Update to 0.3.0.
[patch-command]: Patch path to guile.  Construct load paths directly from
inputs.
[propagated-inputs]: Remove.
[inputs]: Add guile and guile-sdl2.

publish: Add '--negative-ttl'.

* guix/scripts/publish.scm (show-help, %options): Add '--negative-ttl'.
(render-narinfo, render-narinfo/cached, make-request-handler): Add #:negative-ttl
and honor it.
(run-publish-server): Add #:narinfo-negative-ttl and honor it.
(guix-publish): Honor '--negative-ttl'.
* tests/publish.scm ("negative TTL", "no negative TTL"): New tests.

substitutes: Reduce negative TTLs.

* guix/substitutes.scm (%narinfo-negative-ttl): Change to 15mn.
(%narinfo-transient-error-ttl): Halve.

gnu: mercurial: Patch to make it read HGEXTENSIONPATH.

This will make Mercurial be able to find third-party extensions installed with
Guix, without having to set PYTHONPATH.

* gnu/packages/patches/mercurial-hg-extension-path.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register the patch.
* gnu/packages/version-control.scm (mercurial)[origin](patches): Apply the
patch.
[native-search-paths]: Add HGEXTENSIONPATH.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add hg-commitsigs.

* gnu/packages/version-control.scm (hg-commitsigs): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-orderless: Update to 0.6.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-orderless): Update to 0.6.
[native-inputs]: Add texinfo.
[arguments]<#:phases>: Install manual.

gnu: Add julia-msgpack.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-msgpack): New variable.

gnu: Add julia-suppressor.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-suppressor): New variable.

gnu: Add julia-docstringextensions.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-docstringextensions): New variable.

gnu: Add julia-iocapture.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-iocapture): New variable.

gnu: Add julia-zipfile.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-zipfile): New variable.

gnu: Add julia-zlib-jll.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-zlib-jll): New variable.

gnu: Graphviz: Fix CVE-2020-18032.

* gnu/packages/patches/graphviz-CVE-2020-18032.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/graphviz.scm (graphviz)[replacement]: New field.
(graphviz/fixed): New variable.

gnu: emacs-wucuo: Fix arguments.

I'm looking at this because the profile-collisions linter crashes for this
package, and that currently breaks processing revisions in the Guix Data
Service.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-wucuo)[arguments]: Change #tn to #t.

gnu: re2c: Update to 2.1.1.

* gnu/packages/re2c.scm (re2c): Update to 2.1.1.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: mousepad: Update to 0.5.5.

* gnu/packages/xfce.scm (mousepad): Update to 0.5.5.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: sniffio: Update to 1.2.0

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: sonivox-eas: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/music.scm (sonivox-eas): Update to 1.3.0.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: gcc-8: Update to 8.5.0.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc-8): Update to 8.5.0.

gnu: Add python-graph-tool.

* gnu/packages/graph.scm (python-graph-tool): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <marius@gnu.org>

gnu: libcdr: Update to 0.1.7.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libcdr): Update to 0.1.7.

gnu: arpack-ng@3.3: Don't use unstable source tarball.

* gnu/packages/maths.scm (arpack-ng-3.3.0)[name, home-page]: Remove.
[source]: Switch to GIT-FETCH.  Inline uses of NAME and HOME-PAGE.

gnu: arpack-ng: Update to 3.8.0.

* gnu/packages/maths.scm (arpack-ng): Update to 3.8.0.
[native-inputs]: Add PKG-CONFIG.
[inputs]: Add EIGEN.

gnu: pybind11: Update to 2.6.2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (pybind11): Update to 2.6.2.

gnu: wl-clipboard: Don't require helper tools in $PATH.

* gnu/packages/xdisorg.scm (wl-clipboard)[arguments]: Add a new
'patch-file-names phase.
[inputs]: Add coreutils and xdg-utils.

Reported by pineapples in #guix.

gnu: Add vim-solarized.

* gnu/packages/vim.scm (vim-solarized): New public variable.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

tests: Conditionally include tests/go.scm.

The Go importer module requires a recent guile-glib; the test should only be
run when such requirement is met.

* Makefile.am (SCM_TESTS)[HAVE_GUILE_LIB]: Add tests/go.scm only if this
condition is met.

Reported-by: Chris Marusich <cmmarusich@gmail.com>

gnu: sbcl-static-dispatch: Update to 0.5.1.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-static-dispatch): Update to 0.5.1.
  [inputs]: Replace trivia by optima.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: emacs-vertico: Update to 0.9.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-vertico): Update to 0.9.

gnu: emacs-corfu: Update to 0.7.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-corfu): Update to 0.7.

inferior: Support querying package replacements.

I'm looking at this to help with adding support for looking up package
replacements to store in the Guix Data Service.

* guix/inferior.scm (inferior-package-replacement): New procedure.
* tests/inferior.scm ("inferior-package-replacement"): New test.

gnu: monero-gui: Update to 0.17.2.2.

* gnu/packages/finance.scm (monero-gui): Update to 0.17.2.2.
  [arguments]: Update 'fix-build' phase.

gnu: bitcoin-unlimited: Update to 1.9.2.0.

* gnu/packages/finance.scm (bitcoin-unlimited): Update to 1.9.2.0.

gnu: sbcl-mito: Update to 0.1-2.2fbfc8a.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-mito): Update to 0.1-2.2fbfc8a.
  [inputs]: Remove optima. Add cl-package-locks and trivia.

gnu: sbcl-dbi: Update to 0.9.5-1.7ba050d.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-dbi): Update to 0.9.5-1.7ba050d.
  [native-inputs]: Add alexandria.

gnu: sbcl-sxql: Update to 0.1.0-2.acdd183.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-sxql): Update to 0.1.0-2.acdd183.
  [arguments]: Remove unnecessary '#:test-asd-file'.
  [inputs]: Add cl-package-locks.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add cl-package-locks.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-package-locks,
  ecl-cl-package-locks, cl-package-locks): New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: komikku: Update to 0.28.1.

* gnu/packages/gnome.scm (komikku): Update to 0.28.1.

gnu: guile-chickadee: Update to 0.7.0.

* gnu/packages/game-development.scm (guile-chickadee): Update to 0.7.0.

gnu: guile-sdl2: Update to 0.6.0.

* gnu/packages/sdl.scm (guile-sdl2): Update to 0.6.0.

gnu: Add interbench.

* gnu/packages/benchmark.scm (interbench): New variable.

gnu: Use gr- prefix for GNU Radio blocks.

Almost all GNU Radio blocks use "gr-" as prefix, so let's use that.

* gnu/packages/radio.scm (gnuradio-osmosdr): Rename to ...
  (gr-osmosdr): ... this.
  (gnuradio-osmosdr): Redefine as a deprecated alias.
  (gnuradio-iqbalance): Rename to ...
  (gr-iqbal): ... this.
  (gnuradio-iqbalance): Redefine as a deprecated alias.
  (gqrx)[inputs]: Replace gnuradio-iqbalance by gr-iqbal. Replace
  gnuradio-osmosdr by gr-osmosdr.

gnu: linux-libre 5.4: Update to 5.4.119.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.119.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.10: Update to 5.10.37.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.10-version): Update to 5.10.37.
(linux-libre-5.10-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre: Update to 5.11.21.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.11-version): Update to 5.11.21.
(linux-libre-5.11-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.12: Update to 5.12.4.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.12-version): Update to 5.12.4.
(linux-libre-5.12-pristine-source): Update hash.

gnu: Add emacs-tshell.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-tshell): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add emacs-wucuo.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-wucuo): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: emacs-ledger-mode: Simplify build.

* gnu/packages/finance.scm (emacs-ledger-mode)
[build-system]: Use emacs-build-system instead of cmake.
[arguments]: Remove modules and imported-modules; move patch-path phase to
after unpack so that the substitution actually causes a change; remove
generate-autoload phase as that's built into the build system; remove
patch-site-dir as that only affected cmake things; set #:exclude to '() so we
install ledger-test.el.
[native-inputs]: Remove emacs-minimal.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

swh: 'lookup-origin-revision' ignores partial visits.

* guix/swh.scm (lookup-origin-revision): Filter out visits with a status
different from 'full.

self: Add dependency on Disarchive.

This enables the Disarchive fallback implemented in commit
fbc2a52a32ddc664db8ebab420c2e17b1432c744 (on foreign distros).

* guix/self.scm (specification->package): Add "disarchive".
(compiled-guix): Add DISARCHIVE to DEPENDENCIES in the #:dependencies
argument to 'guix-command'.

gnu: guix: Add dependency on Disarchive.

This enables the Disarchive fallback implemented in commit
fbc2a52a32ddc664db8ebab420c2e17b1432c744.

* gnu/packages/package-management.scm (guix)[inputs]: Add DISARCHIVE.
[arguments]: In 'wrap-program' phase, add DISARCHIVE to the search path.

gnu: sdcc: Build sdcdb debugger.

* gnu/packages/embedded.scm (sdcc)[arguments]<phases>: Add sdcc-misc target.

gnu: ucsim: Update to 0.6-pre68.

* gnu/packages/embedded.scm (ucsim): Update to 0.6-pre68.

gnu: Add python-fb-re2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-fb-re2): New variable.

gnu: alacritty: Update to 0.7.2.

* gnu/packages/terminals.scm (alacritty): Update to 0.7.2.

gnu: Add rust-alacritty-terminal-0.13.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-alacritty-terminal-0.13): New variable.
(rust-alacritty-terminal-0.12): Remove variable.

gnu: bat: Update to 0.18.1.

* gnu/packages/rust-apps.scm (bat): Update to 0.18.1.

gnu: Add rust-bugreport-0.4.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-bugreport-0.4): New variable.
(rust-bugreport-0.3): Inherit from above.

gnu: Add rust-git-version-0.3.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-git-version-0.3): New variable.

gnu: Add rust-git-version-macro-0.3.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-git-version-macro-0.3): New variable.

gnu: Add rust-sys-info-0.9.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-sys-info-0.9): New variable.
(rust-sys-info-0.7): Inherit from above.

gnu: rust-console-0.14: Update to 0.14.1.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-console-0.14): Update to 0.14.1.

gnu: prinseq: Fix references to perl executable.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (prinseq)[arguments]: Embed concrete
references to the "perl" executable.

gnu: nushell: Update to 0.31.0.

* gnu/packages/shells.scm (rust-nu-plugin-query-json-0.31):
(rust-nu-pretty-hex-0.31): New variables.
(nushell):
(rust-nu-ansi-term-0.31):
(rust-nu-cli-0.31):
(rust-nu-command-0.31):
(rust-nu-data-0.31):
(rust-nu-engine-0.31):
(rust-nu-errors-0.31):
(rust-nu-json-0.31):
(rust-nu-parser-0.31):
(rust-nu-plugin-0.31):
(rust-nu-plugin-binaryview-0.31):
(rust-nu-plugin-chart-0.31):
(rust-nu-plugin-fetch-0.31):
(rust-nu-plugin-from-bson-0.31):
(rust-nu-plugin-from-sqlite-0.31):
(rust-nu-plugin-inc-0.31):
(rust-nu-plugin-match-0.31):
(rust-nu-plugin-post-0.31):
(rust-nu-plugin-ps-0.31):
(rust-nu-plugin-sys-0.31):
(rust-nu-plugin-textview-0.31):
(rust-nu-plugin-to-bson-0.31):
(rust-nu-plugin-to-sqlite-0.31):
(rust-nu-plugin-tree-0.31):
(rust-nu-plugin-xpath-0.31):
(rust-nu-protocol-0.31):
(rust-nu-source-0.31):
(rust-nu-stream-0.31):
(rust-nu-test-support-0.31): Update to 0.31.0.

gnu: Add rust-heapless-0.6.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-heapless-0.6): New variable.
(rust-heapless-0.5): Inherit from above.

gnu: rust-as-slice-0.1: Update to 0.1.5.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-as-slice-0.1): Update to 0.1.5.

gnu: rust-generic-array-0.12: Update to 0.12.4.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-generic-array-0.12): Update to 0.12.4.

gnu: rust-generic-array-0.14: Update to 0.14.4.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-generic-array-0.14): Update to 0.14.4.

gnu: rust-generic-array-0.13: Update to 0.13.3.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-generic-array-0.13): Update to 0.13.3.

gnu: Add rust-common-path-1.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-common-path-1): New variable.

gnu: rust-dyn-clone-1: Update to 1.0.4.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-dyn-clone-1): Update to 1.0.4.

gnu: rust-which-4: Update to 4.1.0.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-which-4): Update to 4.1.0.
[inputs]: Add rust-either-1. Remove rust-thiserror-1.

gnu: rust-either-1: Update to 1.6.1.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-either-1): Update to 1.6.1.

gnu: rust-sysinfo-0.16: Update to 0.16.5.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-sysinfo-0.16): Update to 0.16.5.

gnu: Add rust-gjson-0.7.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-gjson-0.7): New variable.

gnu: Add rust-webbrowser-0.5.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-webbrowser-0.5): New variable.

gnu: gnuradio-osmosdr: Fix Python tools.

* gnu/packages/radio.scm (gnuradio-osmosdr)[native-inputs]: Move python to ...
  [inputs]: ... here. Add python-numpy and python-pyqt.
  [arguments]: Add Python wrapping phase.

gnu: python-jupyter-core: Disable config migration.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-jupyter-core) [#:phases]: Add new
phase 'disable-migration, which disables migration of Guix-owned
configuration directories.

gnu: Add seatd.

* gnu/packages/freedesktop.scm (seatd): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

import: go: Fix goproxy option argument's format.

Commit a8b927a562 Added new procedure go-module-available-versions use
'string-append' to GOPROXY, but 'string->symbol' let GOPROXY is a symbol (it
must be a string), which would lead to wrong-type-arg errors in the
'string-append' procedure.

* guix/scripts/import/go.scm (%options)[goproxy]: Remove call to
'string->symbol'.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: rss-bridge: Update to 2020-11-10.

* gnu/packages/web.scm (rss-bridge): Update to 2020-11-10.
[build-system]: Switch to copy-build-system.
[arguments]: Adjust to new build system. Add phase "patch-paths".

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add xdg-desktop-portal-wlr.

* gnu/packages/freedesktop.scm (xdg-desktop-portal-wlr): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: mercurial: Update to 5.8.

* gnu/packages/version-control.scm (mercurial): Update to 5.8.
[build-system]: Switch from ‘python-build-system’ to ‘gnu-build-system’, this
will install additional things like man pages.
[arguments]<#:make-flags>: Set PREFIX argument.
[native-inputs]: Add ‘python-docutils’ for generating man pages.
[inputs]: Add ‘python’.
[description]: Fix formatting.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add guile-raw-strings.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-raw-strings): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: mediainfo: Update to 21.03.

* gnu/packages/video.scm (mediainfo): Update to 21.03.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: libmediainfo: Update to 21.03.

* gnu/packages/video.scm (libmediainfo): Update to 21.03.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: guile@3.0.7: Remove pre-built .go files.

Commit 47d48f0c43c13c0b43bc3e37b6239efd4bf2f74c unintentionally removed
the 'snippet' of GUILE-3.0-LATEST's origin, meaning that the pre-built
bootstrap .go files would be used.

* gnu/packages/guile.scm (guile-3.0-latest)[source]: Inherit
from (package-source guile-3.0), thereby restoring snippet.

gnu: emacs-pyim: Update to 3.7.6.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-pyim): Update to 3.7.6.

gnu: Add cawbird.

* gnu/packages/syndication.scm (cawbird): New variable.

gnu: xfe: Update to 1.44 and adjust potfiles.

* gnu/packages/disk.scm (xfe)[version]: Update to 1.44.
[phases](patch-potfiles): New phase.