gnu: emacs-telega: Properly install alists.

Am Donnerstag, den 05.12.2019, 12:46 -0600 schrieb Brett Gilio:
> That is why I made the note about eventually replacing the
> installation of that directory to use the system usually used by
> `emacs-build-system` because I figure this would cause less issues in
> the future if for some reason the emacs site-lisp directory structure
> were to change again.
>
> --8<---------------cut here---------------start------------->8---
> ;; TODO: Replace with `#:include' method used by
> ;; emacs-build-system.
> --8<---------------cut here---------------end--------------->8---
>
> But I don't think it is a pressing issue to do it so cleanly.
> Or maybe it is. Idk.
Perhaps you're right, but as far as I can see the Emacs build system
does not yet tell us how to proceed with data.  It also has a unique
way of handling documentation, first putting it into site-lisp before
moving it to share/info where it should belong.

> > I still don't feel comfortable with data being at the top of site-
> > lisp,
> > though.  Perhaps something similar to emacs-yasnippet-snippets,
> > where
> > you store the data in share/emacs/telega-data would be more
> > appropriate.
>
> I was ACTUALLY going to do it this way originally, but I was really
> uncertain of it so I just sent the patch as is. I like the idea more,
> so
> I am going to revise the patch. Otherwise, once I get this revision
> in
> everything should be good to go. I'll also substitute the functions
> to
> reflect that changed path.
>
> [...]
>
> Alright, carry on! Patch will be available soon.
Looking at your revised patch, I still feel a bit uneasy about putting
data into the load-path.  I therefore proprose a revised revised (R^2,
if you will) patch, which I've attached to this message.

Regards,
Leo

From 59918d4a486c453463e6c59487047177f3b54205 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Brett Gilio <brettg@posteo.net>
Date: Thu, 5 Dec 2019 13:51:14 -0600
Subject: [PATCH 3/3] gnu: emacs-telega: Install telega-data to site-lisp.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-telega)[arguments]: This commit revises a
  previous patch and gives the source etc/ directory a unique installation pth
  in the site-lisp directory stucture.

Co-authored-by: Leo Prikler <leo.prikler@student.tugraz.at>
Signed-off-by: Brett Gilio <brettg@posteo.net>

gnu: emacs-telega: Update to 0.4.4-2

--
Brett M. Gilio
https://git.sr.ht/~brettgilio/

>From 04e417466dcd7e1a39ce69d04b9afc60c41bd603 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Brett Gilio <brettg@posteo.net>
Date: Mon, 2 Dec 2019 15:28:39 -0600
Subject: [PATCH 2/2] gnu: emacs-telega: Update to 0.4.4-2

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-telega): Bump the package to use a newer
  git revision, which includes additional client features.

Signed-off-by: Brett Gilio <brettg@posteo.net>

gnu: emacs-telega: Use test suites.

--
Brett M. Gilio
https://git.sr.ht/~brettgilio/

>From 03a2617b29c92dc83828495305d73ec4074a5102 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Brett Gilio <brettg@posteo.net>
Date: Mon, 2 Dec 2019 15:26:27 -0600
Subject: [PATCH 1/2] gnu: emacs-telega: Use test suites.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-telega)[arguments]: Adds support for
  running the ert and server test suites.

Signed-off-by: Brett Gilio <brettg@posteo.net>

gnu: Add lrslib.

* gnu/packages/maths.scm (lrslib): New variable.

gnu: Add ghc-happstack-server.

* gnu/packages/haskell-web.scm (ghc-happstack-server): New variable.

Signed-off-by: Brett Gilio <brettg@posteo.net>

gnu: Add ghc-sendfile.

* gnu/packages/haskell-web.scm (ghc-sendfile): New variable.

Signed-off-by: Brett Gilio <brettg@posteo.net>

gnu: guile-file-names: Update to 0.3.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-file-names): Update to 0.3.

gnu: emacs-org-contrib: Update to 20191203.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org-contrib): Update to 20191203.

gnu: emacs-org: Update to 9.3.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org): Update to 9.3.

gnu: r-r-cache: Update to 0.14.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-r-cache): Update to 0.14.0.

gnu: r-r-utils: Update to 2.9.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-r-utils): Update to 2.9.1.

gnu: r-rsqlite: Update to 2.1.4.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rsqlite): Update to 2.1.4.

gnu: r-plotrix: Update to 3.7-7.

* gnu/packages/statistics.scm (r-plotrix): Update to 3.7-7.

gnu: r-uwot: Update to 0.1.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-uwot): Update to 0.1.5.

gnu: r-irkernel: Update to 1.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-irkernel): Update to 1.1.

gnu: r-listenv: Update to 0.8.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-listenv): Update to 0.8.0.

gnu: r-spam: Update to 2.5-0.

* gnu/packages/cran.scm (r-spam): Update to 2.5-0.

gnu: r-multicool: Update to 0.1-11.

* gnu/packages/cran.scm (r-multicool): Update to 0.1-11.

gnu: r-factoextra: Update to 1.0.6.

* gnu/packages/cran.scm (r-factoextra): Update to 1.0.6.

gnu: r-renv: Update to 0.9.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-renv): Update to 0.9.0.

gnu: r-openxlsx: Update to 4.1.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-openxlsx): Update to 4.1.4.
[propagated-inputs]: Remove r-rlang.

gnu: r-heatmaply: Update to 1.0.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-heatmaply): Update to 1.0.0.
[propagated-inputs]: Add r-egg.

gnu: Add r-egg.

* gnu/packages/cran.scm (r-egg): New variable.

gnu: r-cubature: Update to 2.0.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-cubature): Update to 2.0.4.

gnu: r-geometry: Update to 0.4.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-geometry): Update to 0.4.5.

gnu: r-htmltable: Update to 1.13.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-htmltable): Update to 1.13.3.

gnu: ruby-i18n: Update to 1.7.0.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-i18n): Update to 1.7.0.
[home-page]: Update to new location.

gnu: ruby-public-suffix: Update to 4.0.1.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-public-suffix): Update to 4.0.1.

gnu: ruby-addressable: Update to 2.7.0.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-addressable): Update to 2.7.0.

gnu: ruby-rspec-its: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-rspec-its): Update to 1.3.0.
[source]: Remove patch.
[arguments]: Add phase to fix ffi-dependency-version.
[native-inputs]: Add ruby-ffi.

gnu: Add python-geoip2.

* gnu/packages/geo.scm (python-geoip2): New variable.

gnu: Add python-maxminddb.

* gnu/packages/geo.scm (python-maxminddb): New variable.

gnu: Add libmaxminddb.

* gnu/packages/geo.scm (libmaxminddb): New variable.

gnu: Add gunicorn.

* gnu/packages/python-web.scm (gunicorn): New variable

gnu: Add ncompress.

* gnu/packages/compression.scm (ncompress): New variable.
* gnu/packages/patches/compress-fix-softlinks.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: linux-libre: Update to 5.3.15.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.3-version): Update to 5.3.15.
(linux-libre-5.3-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.88.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.88.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.158.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.158.
(linux-libre-4.14-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.206.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9-version): Update to 4.9.206.
(linux-libre-4.9-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.206.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4-version): Update to 4.4.206.
(linux-libre-4.4-pristine-source): Update hash.

gnu: Add west.

* gnu/packages/embedded.scm (west): New variable.

gnu: Add python-pykwalify.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pykwalify): New variable.

gnu: Really move lisp libraries to lisp-xyz, uglify-js to javascript and stumpwm to wm.

* gnu/local.mk: Include lisp-xyz.scm.
* gnu/packages/lisp-xyz.scm: New file.
* gnu/packages/lisp.scm: Move all lisp libraries to lisp-xyz.scm, uglify-js to
  javascript.scm and stumpwm to wm.scm.
* gnu/packages/javascript.scm: Add uglify-js.
* gnu/packages/wm.scm: Add stumpwm.
* gnu/packages/bioinformatics.scm: Find uglify-js in javascript.scm.
* gnu/packages/machine-learning.scm: Depend on lisp-xyz.scm instead of lisp.scm.
* gnu/packages/web.scm: Find uglify-js in javascript.scm.
* gnu/packages/web-browsers.scm: Depend on lisp-xyz.scm instead of lisp.scm.
* guix/build-system/minify.scm (default-uglify-js): Find uglify-js in
  javascript module instead of lisp.

gnu: libimagequant: Update to 2.12.5.

* gnu/packages/image.scm (libimagequant): Update to 2.12.5.

gnu: procenv: Update to 0.51.

* gnu/packages/linux.scm (procenv): Update to 0.51.

Revert "gnu: Properly move lisp libraries to lisp-xyz, uglify-js to javascript and stumpwm to wm."

This reverts commit ac1ee30f4f7f9d0ae2a655676b0e8b9eb90a35dd, which
still breaks ‘guix pull’.

gnu: librsvg-next: Use generate-all-checksums.

* gnu/packages/gnome.scm (librsvg-next)[arguments]: Use
generate-all-checksums instead of manually traversing the directories.

Revert "build-system/linux-module: Accept a #:make-flags keyword."

I should've tested this better before pushing the commit.

This reverts commit fabd4900d8fb739a55e2dff76dee3a29b2a90bb1.

gnu: Properly move lisp libraries to lisp-xyz, uglify-js to javascript and stumpwm to wm.

* gnu/local.mk: Include lisp-xyz.scm.
* gnu/packages/lisp-xyz.scm: New file.
* gnu/packages/lisp.scm: Move all lisp libraries to lisp-xyz.scm, uglify-js to
  javascript.scm and stumpwm to wm.scm.
* gnu/packages/javascript.scm: Add uglify-js.
* gnu/packages/wm.scm: Add stumpwm.
* gnu/packages/bioinformatics.scm: Find uglify-js in javascript.scm.
* gnu/packages/machine-learning.scm: Depend on lisp-xyz.scm instead of lisp.scm.
* gnu/packages/web.scm: Find uglify-js in javascript.scm.
* gnu/packages/web-browsers.scm: Depend on lisp-xyz.scm instead of lisp.scm.
* guix/build-system/minify.scm (default-uglify-js): Find uglify-js in
  javascript module instead of lisp.

gnu: Remove unused module import.

* gnu/packages/image.scm: Do not import (gnu packages gcc).

gnu: libjpeg-turbo: Fix CVE-2019-13960 and CVE-2019-2201.

* gnu/packages/patches/libjpeg-turbo-CVE-2019-2201.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/image.scm (libjpeg-turbo/fixed): New variable.
(libjpeg-turbo)[replacement]: New field.

gnu: pd: Update to 0.50-2.

* gnu/packages/music.scm (pd): Update to 0.50-2.

gnu: libgig: Update to 4.2.0.

* gnu/packages/music.scm (libgig): Update to 4.2.0.

gnu: imapfilter: Update to 2.6.16.

* gnu/packages/mail.scm (imapfilter): Update to 2.6.16.
[arguments]: Remove ‘fix-include-path’ phase.

gnu: mpop: Update to 1.4.6.

* gnu/packages/mail.scm (mpop): Update to 1.4.6.

gnu: girara: Fetch sources from git.

The tarball URI is having server issues.  Use the upstream git
repository instead until this is resolved.

Reported by Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>.

* gnu/packages/gtk.scm (girara)[source]: Switch to GIT-FETCH.

gnu: emacs-org-contrib: Fix build.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org-contrib): Refer to the updated
installation directory.

gnu: emacs-scel: Fix build.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-scel): Refer to the updated installation
directory.

gnu: knot: Update to 2.9.1 [fixes CVE-2019-19331].

* gnu/packages/dns.scm (knot): Update to 2.9.1.

gnu: notmuch: Fix build.

* gnu/packages/mail.scm (notmuch): Refer to the updated installation
directory.

gnu: ffmpeg: Update to 3.4.7.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg-3.4): Update to 3.4.7.

gnu: feh: Update to 3.3.

* gnu/packages/patches/feh-fix-tests-for-imlib2-1.6.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/image-viewers.scm (feh): Update to 3.3.
[source](patches): Remove.

Merge branch 'staging'

gnu: Remove duplicate nlohmann-json-cpp package.

* gnu/packages/serialization.scm (nlohmann-json-cpp): Move variable ...
* gnu/packages/cpp.scm (nlohmann-json-cpp): ... here.  Mark as deprecated by
JSON-MODERN-CXX.
* gnu/packages/jupyter.scm (xeus)[inputs]: Change NLOHMANN-JSON-CPP to
JSON-MODERN-CXX.
* gnu/packages/video.scm (mkvtoolnix)[inputs]: Likewise.

gnu: sunxi-tools: Simplify build.

* gnu/packages/admin.scm (sunxi-tools-source): New procedure.
(sunxi-target-tools): New variable.
(sunxi-tools)[source]: Use sunxi-tools-source.
[native-inputs]: Remove cross-gcc, cross-libc, cross-libc-static.
Add sunxi-target-tools.
[arguments]<#:make-flags>: Modify.
[arguments]<#:phases>[set-environment-up]: Delete phase.
[build-armhf]: Delete phase.
[install]: Modify.

machine: ssh: <machine-ssh-configuration> can include the host key.

* gnu/machine/ssh.scm (<machine-ssh-configuration>)[host-key]: New field.
(machine-ssh-session): Pass #:host-key to 'open-ssh-session'.
* doc/guix.texi (Invoking guix deploy): Document it.

ssh: 'open-ssh-session' can be passed the expected host key.

* guix/ssh.scm (open-ssh-session): Add #:host-key parameter.
Pass #:knownhosts to 'make-session'.  When HOST-KEY is true, call
'authenticate-server*' instead of 'authenticate-server'.

ssh: Always authenticate the server [security fix].

Until now, users of 'open-ssh-session', including "guix deploy" and
"GUIX_DAEMON_SOCKET=ssh://…" (but not "guix offload"), would not
authenticate the SSH server they're talking to.

* guix/ssh.scm (open-ssh-session): Call 'authenticate-server'.

ssh: Add 'authenticate-server*' and use it for offloading.

* guix/scripts/offload.scm (host-key->type+key): Remove.
(open-ssh-session): Replace server authentication code with a call to
'authenticate-server*'.
* guix/ssh.scm (host-key->type+key, authenticate-server*): New
procedures.

gnu: bitlbee: Use Python 3.

* gnu/packages/messaging.scm (bitlbee)[inputs]: Replace python-2 with python.
[arguments]: Set the PYTHON environment variable before configuring.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

services: Add GNOME Keyring service.

* gnu/services/desktop.scm: (<gnome-keyring-configuration>): New record type.
(pam-gnome-keyring): New procedure.
(gnome-keyring-service-type): New variable.
* doc/guix.texi (Desktop Services): Document it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

substitute: Remove unused procedure.

This became unused with commit
a9468b422b6df2349a3f4d1451c9302c3d77011b.

* guix/scripts/substitute.scm (assert-valid-signature): Remove.

gnu: ncmpc: Update to 0.36.

* gnu/packages/mpd.scm (ncmpc): Update to 0.36.

gnu: MPD: Update to 0.21.16.

* gnu/packages/mpd.scm (mpd): Update to 0.21.16.

gnu: tmux: Update to 3.0a.

* gnu/packages/tmux.scm (tmux): Update to 3.0a.

services: SSH services: Provide 'ssh' and 'sshd' Shepherd services.

* gnu/services/ssh.scm (lsh-shepherd-service, dropbear-shepherd-service,
openssh-sheperd-service): Add 'ssh' and 'sshd' to provision.

gnu: icecat: Update to 68.3.0-guix0-preview1 [security fixes].

Includes fixes for CVE-2019-11745, CVE-2019-17005, CVE-2019-17008,
CVE-2019-17009, CVE-2019-17010, CVE-2019-17011, and CVE-2019-17012.

* gnu/packages/patches/icecat-gnuzilla-fixes.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.
* gnu/packages/gnuzilla.scm (%icecat-version, %icecat-build-id): Update.
(icecat-source): Update hash for the firefox source tarball.  Update to the
latest from gnuzilla.git.  Don't apply icecat-gnuzilla-fixes.patch.  Remove
determinism fix in makeicecat that is now upstream.  Tweak a status message.
(icecat)[arguments]: Add "--with-unsigned-addon-scopes=app" configure flag.
* gnu/packages/patches/icecat-makeicecat.patch: Adapt.

gnu: emacs-transient: Refer to the updated installation directory.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-transient)[arguments]: Refer to the
updated installation directory.

gnuL librsvg-next: Unvendor some rust crates.

* gnu/packages/gnome.scm (computed-origin-method, librsvg-next-source):
New variables.
(librsvg-next)[source]: Use computed librsvg-next-source.
[arguments]: Import %cargo-build-modules. Enable 'patch-source-shebangs,
'patch-generated-source-shebangs, 'patch-user-bin-file phases. Change
custom phase to patch cargo checksums and Cargo.lock.

gnu: emacs-emacsql: Fix build.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-emacsql): Refer to the updated
installation directory.

Signed-off-by: Clément Lassieur <clement@lassieur.org>

gnu: emacs-ert-runner: Fix build.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ert-runner): Refer to the updated
installation directory.

Signed-off-by: Clément Lassieur <clement@lassieur.org>

gnu: emacs: Use load-path instead of EMACSLOADPATH.

This enables the use of the subdirs.el feature of Emacs, where specifying a
directory in EMACSLOADPATH translates into a `load-path' variable containing
the directory and all its sub-directories.

* gnu/packages/aux-files/emacs/guix-emacs.el (guix-emacs-autoload-packages):
Use `load-path' directly instead of parsing EMACSLOADPATH.

Reported-by: Leo Prikler <leo.prikler@student.tugraz.at>
Signed-off-by: Clément Lassieur <clement@lassieur.org>

gnu: emacs: Fix guix-emacs.el indentation.

* gnu/packages/aux-files/emacs/guix-emacs.el: Fix indentation.

Signed-off-by: Clément Lassieur <clement@lassieur.org>

gnu: emacs: Simplify the EMACSLOADPATH search path specification.

The EMACSLOADPATH can be greatly simplified by relying on a subdirs.el file
that causes Emacs to search recursively a directory found in EMACSLOADPATH.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs)[native-search-paths]: Remove the match-all
file pattern regexp.  Remove the versioned site-lisp directory from searched
files, as it appears unused by Emacs.

Reported-by: Leo Prikler <leo.prikler@student.tugraz.at>
Signed-off-by: Clément Lassieur <clement@lassieur.org>

build: emacs-build-system: Unify the installation directory.

This change aims to reduce the length of the EMACSLOADPATH environment
variable, which was found to cause issues such as
<https://bugs.gnu.org/38309>.

It should also enable discovery of newly installed packages without refreshing
the session's EMACSLOADPATH of the user profile (e.g., when launching Emacs
from the desktop manager application launcher), as discussed in
<https://bugs.gnu.org/38309>.

* guix/build/emacs-build-system.scm (%legacy-install-suffix): Rename to...
(%install-dir): ...this.
(%install-suffix): Remove variable.
(build): Adjust installation target directory.
(patch-el-files): Likewise.
(install): Likewise.
(move-doc): Likewise.
(make-autoloads): Likewise.

Signed-off-by: Clément Lassieur <clement@lassieur.org>

build-system/linux-module: Accept a #:make-flags keyword.

Fixes bug#37882.

* guix/build-system/linux-module.scm (linux-module-build): Accept a
MAKE-FLAGS argument.
<builder>: Pass it on.

gnu: r-catterplots: Update to 0-3.ae17cd5.

* gnu/packages/statistics.scm (r-catterplots): Update to 0-3.ae17cd5.

gnu: hexchat: Fix up inputs.

* gnu/packages/messaging.scm (hexchat)[inputs]: Move glib:bin ...
[native-inputs]: ... to here.

gnu: ocaml-gen: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-gen)[source]: Download using git-fetch.

gnu: p7zip: Move *asm inputs to native-inputs.

* gnu/packages/compression.scm (p7zip)[inputs]: Move yasm, nasm ...
[native-inputs]: ... to here.

gnu: lablgtk: Use a source file-name.

* gnu/packages/ocaml.scm (lablgtk)[source]: Add 'file-name'.

gnu: r-rversions: Update to 2.0.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rversions): Update to 2.0.1.

gnu: r-survival: Update to 3.1-8.

* gnu/packages/statistics.scm (r-survival): Update to 3.1-8.

gnu: r-all: Use bioconductor-uri.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-all)[source]: Use bioconductor-uri.

gnu: r-hsmmsinglecell: Use bioconductor-uri.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-hsmmsinglecell)[source]: Use
bioconductor-uri.

gnu: r-arrmdata: Use bioconductor-uri.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-arrmdata)[source]: Use bioconductor-uri.

gnu: r-abadata: Use bioconductor-uri.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-abadata)[source]: Use bioconductor-uri.

gnu: r-do-db: Use bioconductor-uri.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-do-db)[source]: Use bioconductor-uri.

gnu: r-illuminahumanmethylationepicmanifest: Use bioconductor-uri.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-illuminahumanmethylationepicmanifest)[source]:
Use bioconductor-uri.

gnu: r-fdb-infiniummethylation-hg19: Use bioconductor-uri.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-fdb-infiniummethylation-hg19)[source]: Use
bioconductor-uri.