gnu: Add r-htqpcr.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-htqpcr): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: openmpi: Add dependency on UCX when supported.

* gnu/packages/mpi.scm (openmpi)[inputs]: Add UCX conditionally.

gnu: Add ucx.

* gnu/packages/fabric-management.scm (ucx): New variable.

ssh: Add a longer SSH timeout by default.

* guix/ssh.scm (open-ssh-session): Add #:timeout parameter, and add call
to 'session-set!' to honor it.

offload: Set a longer SSH session timeout.

Fixes <https://bugs.gnu.org/37762>.

* guix/scripts/offload.scm (open-ssh-session): Add 'max-silent-time'
parameter.  Add call to 'session-set!' before returning SESSION.
(transfer-and-offload): Pass MAX-SILENT-TIME to 'open-ssh-session'.
(%short-timeout): New variable.
(choose-build-machine): Pass %SHORT-TIMEOUT to 'open-ssh-session'.
(check-machine-availability): Likewise.
(check-machine-status): Likewise.

tests: Skip container test when lacking kernel support.

This is a followup to 96b35998e610c7fc37bf87bf9e07e63d3bebd0a3.

* tests/containers.scm ("eval/container, non-empty load path"): Add
missing 'skip-if-unsupported' call.

gnu: guix: Update to 88da011.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 88da011.

gnu: emacs-magit: Add patch for compatibility with emacs-forge.

* gnu/local.mk (emacs-magit-format-author-margin.patch): Add patch.
* gnu/packages/emacs-xyz.scm: Add.
* gnu/packages/patches/emacs-magit-log-format-author-margin.patch: Add.

gnu: emacs-prescient: Update to 3.3-1.9505658.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-prescient): Update to 3.3-1.9505658.

gnu: emacs-ghub: Update to 3.2.0-2.e19cd86.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ghub): Update to 3.2.0-2.e19cd86.
[propagated-inputs]: Add emacs-let-alist.

gnu: emacs-markdown-preview: Fix synopsis.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-markdown-preview): Fix synopsis.

gnu: clamav: Update to 0.102.0.

* gnu/packages/antivirus.scm (clamav): Update to 0.102.0.

gnu: xfsprogs: Install Python script to :python output.

* gnu/packages/linux.scm (xfsprogs)[outputs]: Add ‘python’.
[arguments]: Move ‘xfs_scrub_all’ to :python.
[inputs]: Add python-wrapper to make it actually run.

gnu: xfsprogs: Update to 5.2.1.

* gnu/packages/linux.scm (xfsprogs): Update to 5.2.1.

gnu: quaternion: Wrap with extra inputs.

* gnu/packages/messaging.scm (quaternion)[inputs]: Add qtquickcontrols2.
[arguments]: Use WRAP-QT-PROGRAM.

gnu: zenity: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/gnome.scm (zenity)[source]: Hard-code NAME.

gnu: zenity: Update to 3.32.0.

* gnu/packages/gnome.scm (zenity): Update to 3.32.0.

gnu: r-cmprsk: Update to 2.2-9.

* gnu/packages/cran.scm (r-cmprsk): Update to 2.2-9.

gnu: r-pkgbuild: Update to 1.0.6.

* gnu/packages/cran.scm (r-pkgbuild): Update to 1.0.6.

gnu: python-git-review: Update to 1.28.0.

* gnu/packages/openstack.scm (python-git-review): Update to 1.28.0.

gnu: python-django-override-storage: Update to 0.1.6.

* gnu/packages/django.scm (python-django-override-storage): Update to 0.1.6.

gnu: python-crate: Update to 0.23.2.

* gnu/packages/databases.scm (python-crate): Update to 0.23.2.

gnu: pioneer: Update to 20190203.

* gnu/packages/games.scm (pioneer): Update to 20190203.
[build-system]: Switch from gnu- to cmake-build-system.
[native-inputs]: Remove autoconf and automake.
[inputs]: Add glew.
[arguments]: Adjust configure-flags for cmake.  Remove phase modification.

packages: 'fold-available-packages' uses 'supported-package?'.

Fixes <https://bugs.gnu.org/37748>.
Reported by Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>.

This is a followup to d2d63e20d5b981009b61bf416b4d7b516e8f1f34.

* gnu/packages.scm (fold-available-packages): Use 'supported-package?'
instead of (member ... (package-supported-systems ...)) to match what
'generate-package-cache' does.

gnu: Add emacs-git-link.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-git-link): New variable.

gnu: Add emacs-apheleia.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-apheleia): New variable.

gnu: Add emacs-git-gutter-fringe.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-git-gutter-fringe): New variable.

gnu: Add emacs-fringe-helper.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-fringe-helper): New variable.

gnu: Add methyldackel.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (methyldackel): New variable.

gnu: vim-fugitive: Update to 3.1.

* gnu/packages/vim.scm (vim-fugitive): Update to 3.1.

gnu: ddcutil: Update to 0.9.7.

* gnu/packages/hardware.scm (ddcutil): Update to 0.9.7.

gnu: python-py3status: Update to 3.21.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-py3status): Update to 3.21.

gnu: python-colorspacious: Update to 1.1.2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-colorspacious): Update to 1.1.2.

gnu: python-glob2: Update to 0.7.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-glob2): Update to 0.7.

gnu: sqitch: Remove perl-file-homedir input.

* gnu/packages/databases.scm (perl-file-homedir)[inputs]: Remove perl-file-homedir.

gnu: Add enlightenment-wayland.

* gnu/packages/enlightenment.scm (enlightenment-wayland): New variable.

gnu: gtkmm: Update to 3.24.1.

* gnu/packages/gtk.scm (gtkmm): Update to 3.24.1.

gnu: gspell: Update to 1.8.2.

* gnu/packages/gnome.scm (gspell): Update to 1.8.2.

gnu: gfortran: Add version 9.x.

* gnu/packages/gcc.scm (gfortran-9): New variable.

gnu: mumps: Build and install shared libraries.

* gnu/packages/patches/mumps-shared-libseq.patch,
gnu/packages/patches/mumps-shared-mumps.patch,
gnu/packages/patches/mumps-shared-pord.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/maths.scm (mumps)[source](patches): Add them.
[arguments]: In 'configure' phase, adjust "Makefile.inc" for shared
library support.  In 'install' phase, install libmpiseq.so when it
exists.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludovic.courtes@inria.fr>

gnu: mumps: Update to 5.2.1.

* gnu/packages/maths.scm (mumps): Update to 5.2.1.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludovic.courtes@inria.fr>

gnu: Add r-velocyto.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-velocyto): New variable.

gnu: Add r-phastcons100way-ucsc-hg19.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-phastcons100way-ucsc-hg19): New variable.

gnu: Add emacs-sly-package-inferred.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-sly-package-inferred): New variable.

gnu: Add emacs-sly-macrostep.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-sly-macrostep): New variable.

gnu: Add emacs-sly-named-readtables.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-sly-named-readtables): New variable.

gnu: emacs-sly-asdf: Update to 20191013.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-sly-asdf): Update to 20191013.

gnu: Add emacs-dimmer.

    * gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-dimmer): New variable.

gnu: sudo: Update to 1.8.28 [fixes CVE-2019-14287].

* gnu/packages/admin.scm (sudo): Update to 1.8.28.

gnu: r-fields: Use HTTPS home-page.

* gnu/packages/cran.scm (r-fields)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: r-fields: Update to 9.9.

* gnu/packages/cran.scm (r-fields): Update to 9.9.

gnu: sqitch: Update to 1.0.0.

* gnu/packages/databases.scm (sqitch): Update to 1.0.0.

gnu: network-manager-applet: Update to 1.8.24.

* gnu/packages/gnome.scm (network-manager-applet): Update to 1.8.24.

gnu: poedit: Update to 2.2.4.

* gnu/packages/poedit.scm (poedit): Update to 2.2.4.

gnu: perl-cache-fastmmap: Update to 1.48.

* gnu/packages/perl.scm (perl-cache-fastmmap): Update to 1.48.

gexp: Use cross extensions when cross-compiling.

* guix/gexp.scm (load-path-expression): Use ungexp-splicing instead of
ungexp-native-splicing so that the cross extensions are used when target is
set.

gnu: emacs-unpackaged-el: Update to 0-3.746801a.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-unpackaged-el): Update to 0-3.746801a.

gnu: emacs-ivy-rich: Update to 0.1.4-2.7a667b1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ivy-rich): Update to 0.1.4-2.7a667b1.

gnu: HandBrake: Update to 1.2.2.

* gnu/packages/video.scm (handbrake): Update to 1.2.2.

gnu: stress-make: Fix build and update.

* gnu/packages/debug.scm (stress-make)[version]: Update to latest upstream
commit.  Bump revision.  Use 'git-version'.
[source]: Update url.  Use 'git-file-name'.
[home-page]: Update url likewise.
[arguments]: Add 'setup-go' phase.
[license]: Update license file name.

gnu: xwd: Fix typo in description.

* gnu/packages/xorg.scm (xwd)[description]: Fix typo.

gnu: xwininfo: Update to 1.1.5.

* gnu/packages/xorg.scm (xwininfo): Update to 1.1.5.

gnu: emacs-nhexl-mode: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-nhexl-mode)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: emacs-nhexl-mode: Update to 1.3.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-nhexl-mode): Update to 1.3.

gnu: emacs-darkroom: Update to 0.2.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-darkroom): Update to 0.2.

gnu: emacs-let-alist: Update to 1.0.6.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-let-alist): Update to 1.0.6.

gnu: emacs-csv-mode: Use HTTPS.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-csv-mode)[source, home-page]: Use HTTPS.

gnu: emacs-csv-mode: Update to 1.9.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-csv-mode): Update to 1.9.

gnu: emacs-load-relative: Update to 1.3.1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-load-relative): Update to 1.3.1.

gnu: emacs-debbugs: Update to 0.20.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-debbugs): Update to 0.20.

gnu: starman: Update to 0.4015.

* gnu/packages/web.scm (starman): Update to 0.4015.

gnu: Add playerctl.

* gnu/packages/music.scm (playerctl): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: git-annex: Update to 7.20191009.

* gnu/packages/haskell-apps.scm (git-annex): Update to 7.20191009.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: commencement: Use 'package-with-explicit-inputs' for Hurd packages.

* gnu/packages/commencement.scm (with-boot0): New procedure.
(gnumach-headers-boot0, mig-boot0)
(hurd-headers-boot0, hurd-minimal-boot0)
(hurd-core-headers-boot0): Use it instead of 'package-with-explicit-inputs'.

gnu: commencement: Further optimize the package object graph.

For a package like:

  (define-public xxx
    (package
      (inherit (@ (gnu packages base) coreutils))
      (name "xxx")
      (inputs (@ (gnu packages commencement) %final-inputs))
      (native-inputs '())
      (propagated-inputs '())
      (arguments '(#:implicit-inputs? #f))))

this reduces the package object graph from 176 nodes (1852 edges) to 113
nodes (1114 edges).

The number of 'add-data-to-store' calls in "guix build coreutils -nd"
drops from 2045 to 1301, and the number of memoization tables drops from
102 to 40.

"guix build libreoffice -nd" goes from 2.40s to 2.27s.

* gnu/packages/commencement.scm (with-boot4): New variable.
(guile-final, glibc-utf8-locales-final): Use it.
(with-boot4, with-boot5): New variable.
(gnu-make-final): Rewrite to avoid 'package-with-explicit-inputs'.
(coreutils-final): Use 'with-boot5' instead of
'package-with-explicit-inputs'.
(grep-final): Likewise.
(with-boot6): New variable.
(sed-final, %final-inputs): Use it.

build-system/gnu: 'package-with-explicit-inputs' uses 'package-mapping'.

* guix/build-system/gnu.scm (package-with-explicit-inputs): Rename to...
(package-with-explicit-inputs/deprecated): ... this.
(package-with-explicit-inputs*): New procedure.
(package-with-explicit-inputs): Define as a 'case-lambda*'.

gnu: librsvg: Update to 2.46.0.

* gnu/packages/gnome.scm (librsvg-next): Update to 2.46.0.
[arguments]: Patch SHELL in "po/Makefile.in.in".
[native-inputs]: Replace RUST-1.27 with RUST-1.34.

gnu: expat: Replace with 2.2.9 [fixes CVE-2019-15903].

* gnu/packages/xml.scm (expat-2.2.9): New variable.
(expat)[replacement]: New field.

gnu: libgcrypt: Replace with 1.8.5 [fixes CVE-2019-13627].

* gnu/packages/gnupg.scm (libgcrypt-1.8.5): New variable.
(libgcrypt)[replacement]: New field.

gnu: curl: Replace with 7.66.0 [fixes CVE-2019-5481, CVE-2019-5482].

* gnu/packages/curl.scm (curl-7.66.0): New variable.
(curl)[replacement]: New field.

gnu: nghttp2: Replace with 1.39.2 [fixes CVE-2019-9511, CVE-2019-9513].

* gnu/packages/web.scm (nghttp2-1.39.2): New variable.
(nghttp2)[replacement]: New field.

gnu: OpenSSL@1.0: Replace with 1.0.2t [fixes CVE-2019-1547, CVE-2019-1563].

* gnu/packages/tls.scm (openssl-1.0.2t): New variable.
(openssl-1.0)[replacement]: New field.

gnu: Add emacs-forge.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-forge): New variable.

gnu: emacs-closql: Update to 1.0.0-1.70b98db.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-closql): Update to 1.0.0-1.70b98db.

gnu: emacs-ghub: Update to 3.2.0-1.cf0b13a.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ghub): Update to 3.2.0-1.cf0b13a.

Signed-off-by: Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>

gnu: emacs-magit: Update to 2.90.1-2.c761d28.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-magit): Update to 2.90.1-2.c761d28.
[arguments]: Add patch phase.

gnu: ao: Update to 1.2.2-5-g20dc8ed [fixes CVE-2017-11548].

* gnu/packages/xiph.scm (ao): Update to 1.2.2-5-g20dc8ed.
[source]: Switch to GIT-FETCH.
[native-inputs]: Add AUTOCONF, AUTOMAKE and LIBTOOL.

gnu: ao: Specify CPE name.

* gnu/packages/xiph.scm (ao)[properties]: New field.

gnu: tcl: Update home page.

* gnu/packages/tcl.scm (tcl)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: util-linux: Adjust indentation.

* gnu/packages/linux.scm (util-linux): Re-indent.

gnu: Add pragha.

* gnu/packages/music.scm (pragha): New variable.

gnu: easytag: Fix mp3 support.

* gnu/packages/music.scm (easytag)[arguments]: Add 'Name', 'Description' and
'Version' entries to temporary id3tag.pc pkg-config file.  Terminate phases
with #t.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: id3lib: Apply patch for UTF16 writing bug.

* gnu/packages/patches/id3lib-UTF16-writing-bug.patch: New file.
* gnu/packages/mp3.scm (id3lib)[source](patches): Add it.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: parted: End phases on #t.

* gnu/packages/disk.scm (parted)[arguments]: End phase on #t and reindent.

gnu: parted: Complete the 3.3 update.

Fixes <https://bugs.gnu.org/37721>.
Reported by Jesse Gibbons <jgibbons2357@gmail.com>.

This is a follow-up to commit 6ad7e3578b6ec924ceddabc908decdab8e453eca.

* gnu/packages/patches/parted-glibc-compat.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/disk.scm (parted)[source](patches): Remove.
[native-inputs]: Add E2FSPROGS.

gnu: Add emacs-sly-asdf.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-sly-asdf): New variable.

gnu: Add emacs-sly-quicklisp.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-sly-quicklisp): New variable.

gnu: emacs-sly: Update to 20191003.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-sly): Update to 20191003.
[native-inputs]: Add texinfo to build doc.
[arguments]: Include "contrib" and "slink" folders so that SLY can start.
Add "install-doc" phase.

gnu: shotwell: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/gnome.scm (shotwell)[source]: Hard-code NAME.

gnu: shotwell: Update to 0.30.7.

* gnu/packages/gnome.scm (shotwell): Update to 0.30.7.