gnu: transcode: Build without faac.

* gnu/packages/video.scm (transcode)[#:configure-flags]: Remove
“--enable-faac”.
[inputs]: Remove faac.

gnu: ffmpeg: Don't mention libfaac.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg-5): Remove comment mentioning faac.

gnu: lablgtk3: Update to 3.1.3.

* gnu/packages/ocaml.scm (lablgtk3): Update to 3.1.3.
[propagated-inputs]: Add ocaml-camlp-streams.

gnu: ocaml-core: Update to 0.15.1.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-core): Update to 0.15.1.

gnu: emacs: Update to 28.2.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs): Update to 28.2.

gnu: man-pages: Use LIST of arguments.

We're already using a Gexp for #:make-flags; this unweirds that ,#~.

* gnu/packages/man.scm (man-pages)[arguments]: Use LIST & G-expressions.

gnu: man-pages: Update to 6.00.

* gnu/packages/man.scm (man-pages): Update to 6.00.
[arguments]: Add a new 'skip-html phase.

gnu: emacs-puni: Update to 0-1.28836e98.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-puni): Update to 0-1.28836e98.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: emacs-evil-nerd-commenter: Update to 3.5.8.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-evil-nerd-commenter): Update to 3.5.8.

gnu: emacs-geiser: Update to 0.27.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-geiser): Update to 0.27.

gnu: emacs-taxy-magit-section: Update to 0.12.1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-taxy-magit-section): Update to 0.12.1.

gnu: Add guile-dns.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-dns): New variable.

gnu: mes: Update to 0.24.1.

* gnu/packages/mes.scm (mes): Update to 0.24.1.

gnu: icedove: Update to 102.3.3.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icedove): Update to 102.3.3.

gnu: kwayland: Skip flaky test.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm (kwayland)[source](patches): New field.
* gnu/packages/patches/kwayland-skip-flaky-test.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.

gnu: kwayland: Use qt-build-system and enable all tests.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm (kwayland)[build-system]: Change to
QT-BUILD-SYSTEM to avoid overriding the check phase, and to get verbose output
on failure.
[arguments]: Add #:parallel-build?.  Remove skip-specific-tests phase.  Don't
override check phase, but add new to set XDG_RUNTIME_DIR.

Merge branch 'staging'

gnu: ghc-cryptohash-sha256: Update cabal revision metadata.

Before this commit, the .cabal metadata file referred to the previous version,
but was not noticed because it had no incompatible changes, and was 404
upstream (thus falling back to cache) until recently a new metadata revision
was made for 0.11.102.1.

  https://hackage.haskell.org/package/cryptohash-sha256-0.11.102.1/revisions/

This is a follow-up to commit 54f4502e459cf39512e30cbed4fac17c0aabe79d, which
should have reset #:cabal-revision to 0 and changed the hash.

* gnu/packages/haskell-crypto.scm (ghc-cryptohash-sha256)[arguments]: Update
 #:cabal-revision hash.

gnu: fp16: Fix build on i686-linux.

* gnu/packages/patches/fp16-implicit-double.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/maths.scm (fp16)[source](patches): Add it.

gnu: Add r-macrophage.

X-Debbugs-Cc: rekado@elephly.net

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-macrophage): New variable.

gnu: emacs-next: Update to 29.0.50-2.4aeb80c.

* gnu/packages/patches/emacs-native-comp-driver-options.patch: New file.
* gnu/local.mk: Register it here.
* gnu/packages/emacs.scm (emacs-next): Update to 29.0.50-2.4aeb80c.

doc: Explain Emacs native-compilation.

* doc/guix.texi ("Application Setup")["Emacs Packages"]: Add a note
explaining that Emacs can compile packages to native code now.

Signed-off-by: Liliana Marie Prikler <liliana.prikler@gmail.com>

gnu: Add rdkit.

* gnu/packages/chemistry.scm (rdkit): New variable.

Signed-off-by: Liliana Marie Prikler <liliana.prikler@gmail.com>

gnu: Add ringdecomposerlib.

* gnu/packages/chemistry.scm (ringdecomposerlib): New variable.

Signed-off-by: Liliana Marie Prikler <liliana.prikler@gmail.com>

gnu: Add avalon-toolkit.

* gnu/packages/chemistry.scm (avalon-toolkit): New variable.

Signed-off-by: Liliana Marie Prikler <liliana.prikler@gmail.com>

gnu: Add yaehmop.

* gnu/packages/chemistry.scm (yaehmop): New variable.

Signed-off-by: Liliana Marie Prikler <liliana.prikler@gmail.com>

gnu: Add coordgenlibs.

* gnu/packages/chemistry.scm (coordgenlibs): New variable.

Signed-off-by: Liliana Marie Prikler <liliana.prikler@gmail.com>

gnu: Add maeparser.

* gnu/packages/chemistry.scm (maeparser): New variable.

Signed-off-by: Liliana Marie Prikler <liliana.prikler@gmail.com>

gnu: Add freesasa.

* gnu/packages/chemistry.scm (freesasa): New variable.

Signed-off-by: Liliana Marie Prikler <liliana.prikler@gmail.com>

gnu: Add gemmi.

* gnu/packages/patches/gemmi-fix-pegtl-usage.patch: New file.
* gnu/packages/patches/gemmi-fix-sajson-types.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register them here.
* gnu/packages/chemistry.scm (gemmi): New variable.

Signed-off-by: Liliana Marie Prikler <liliana.prikler@gmail.com>

gnu: Add sajson-for-gemmi.

* gnu/packages/cpp.scm (sajson-for-gemmi): New variable.

Signed-off-by: Liliana Marie Prikler <liliana.prikler@gmail.com>

gnu: Add optionparser.

* gnu/packages/cpp.scm (optionparser): New variable.

Signed-off-by: Liliana Marie Prikler <liliana.prikler@gmail.com>

gnu: Add tinydir.

* gnu/packages/c.scm (tinydir): New variable.

Signed-off-by: Liliana Marie Prikler <liliana.prikler@gmail.com>

gnu: Add cbehave.

* gnu/packages/check.scm (cbehave): New variable.

Signed-off-by: Liliana Marie Prikler <liliana.prikler@gmail.com>

gnu: Add sajson.

* gnu/packages/cpp.scm (sajson): New variable.

Signed-off-by: Liliana Marie Prikler <liliana.prikler@gmail.com>

gnu: Add pocketfft-cpp.

* gnu/packages/patches/pocketfft-cpp-prefer-preprocessor-if.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it here.
* gnu/packages/cpp.scm (pocketfft-cpp): New variable.

Signed-off-by: Liliana Marie Prikler <liliana.prikler@gmail.com>

gnu: Add fast-float.

* gnu/packages/cpp.scm (fast-float-test-files, fast-float): New variables.

Signed-off-by: Liliana Marie Prikler <liliana.prikler@gmail.com>

gnu: ghc-lucid: Fix cabal-revision.

Was not updated after update in commit b97f549b14402421fcfb360ddd4cff7de93b9af0.

* gnu/packages/haskell-xyz.scm (ghc-lucid)[arguments]: Update
cabal-revision.

Signed-off-by: Lars-Dominik Braun <lars@6xq.net>

gnu: font-ibm-plex: Use git source.

* gnu/packages/fonts.scm (font-ibm-plex)[source]: Use git source.

gnu: Add python-crossenv.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-crossenv): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: bemenu: Update to 0.6.10, use new package style.

* gnu/packages/xdisorg.scm (bemenu): Update to 0.6.10.
[arguments]: Use G-expressions. Use #$output instead of assoc-ref.
[inputs]: Remove labels.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: libglvnd: Update to 1.5.0.

* gnu/packages/gl.scm (libglvnd): Update to 1.5.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

git: 'update-cached-checkout' recognizes truncated commit IDs.

Fixes a regression introduced in
602527ab9778165ca9a8f9cb62036038b5354688 that broke
'tests/guix-build-branch.sh'.

* guix/git.scm (resolve-reference): Revert change from
602527ab9778165ca9a8f9cb62036038b5354688.

gnu: emacs-eval-in-repl-erlang: Fix unbound variable.

Commit 0b120ad5f88d32e0c716b1442fe1ea3c562b5586 introduced a circular
dependency where (gnu packages erlang) would transitively load
(gnu packages emacs-xyz) before the emacs-erlang package was defined.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-eval-in-repl-erlang)[#:inputs]: Wrap in
delay.

Signed-off-by: Liliana Marie Prikler <liliana.prikler@gmail.com>

gnu: emacs-ido-completing-read+: Disable native compilation.

This fixes an issue, wherein inadvertent native compilation leads to
system crashes.  See <https://bugs.gnu.org/57878> for a discussion.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ido-completing-read+)[arguments]:
Add a phase to disable native compilation.

guix: emacs-utils: Support disabling native-compilation.

* guix/build/emacs-utils.scm (emacs-batch-disable-compilation): Add ‘native?’
argument and honour it.

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into staging

Conflicts:
gnu/packages/gnuzilla.scm
gnu/packages/graphics.scm
gnu/packages/gstreamer.scm
gnu/packages/gtk.scm
gnu/packages/kde-frameworks.scm
gnu/packages/video.scm

gnu: Register (gnu packages bqn) in build infrastructure.

This is a follow-up to commit 9aa2a41b475ff04ed32cc450e8a9120e18720e83.

* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add gnu/packages/bqn.scm.

gnu: ungoogled-chromium: Update to 106.0.5249.103-1.

* gnu/packages/chromium.scm (%chromium-version): Set to 106.0.5249.103.
(%ungoogled-origin, ungoogled-chromium): Update hashes.

guix-install.sh: Restore compatibility with "yes" invocation.

Commit 6a2e303d3a had modified prompt_yes_no to only read a single character,
aiming to ease the user experience.  This was, in retrospect, a bad idea, as
it makes user input error more likely and introduces complexity.

This commit reverts to line-oriented input, while preserving the default yes
value so that a user can simply hit 'Enter' at the prompt in place of typing
"yes".

* etc/guix-install.sh (_flush): Delete function.
(prompt_yes_no): Restore line-oriented read.  Remove loop.  Make anything else
than yes means no.  Use Bash features to streamline definition.

Reported-by: Lars-Dominik Braun <lars@6xq.net> and others.

gnu: Add libskk.

* gnu/packages/language.scm (libskk): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: profanity: Update to 0.13.0.

* gnu/packages/messaging.scm (profanity): Update to 0.13.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: libstrophe: Update to 0.12.2.

* gnu/packages/messaging.scm (libstrophe): Update to 0.12.2.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: mmg: Add dependency on Perl.

* gnu/packages/graphics.scm (mmg)[native-inputs]: Add PERL.

gnu: gtkwave: Update to 3.3.113.

* gnu/packages/fpga.scm (gtkwave): Update to 3.3.113.
[inputs]: Use new style.
[arguments]: Use gexp.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: python-pydyf: Update to 0.3.0.

* gnu/packages/pdf.scm (python-pydyf): Update to 0.3.0.
[arguments]: Add phases to replace build and install phases.
[native-inputs]: Add python-flit-core, python-pypa-build.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-guix: Remove input labels.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-guix)[inputs]: Remove labels.

gnu: emacs-guix: Update to cf5b7a4.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-guix): Update to cf5b7a4.
[home-page]: Update.

Revert "guix system: Remove unused 'read-operating-system' procedure."

This reverts commit d11a432adffe9308eafec6b77cddd3145029109e.

The 'read-operating-system' is used in Emacs-Guix.

git: Factorize 'commit-id?' predicate.

* guix/git.scm (commit-id?): New procedure, copied from (guix swh).
(resolve-reference): Use it instead of inline code.
* guix/inferior.scm (channel-full-commit): Likewise.

guix import: Add a blank line after each package definition.

Starting from commit 371a83b764c4993d198666e1674454eecbefcdf1, 'guix
import crate -r' (or similar) would no longer print a blank line in
between definitions.  This patch fixes it.

Reported by jgart <jgart@dismail.de>.

* guix/scripts/import.scm (guix-import): Add second 'newline' call.

system: operating-system: Make the timezone field default to Etc/UTC.

* gnu/system.scm (<operating-system>) [timezone]: Default to "Etc/UTC".

services: slim-service-type: Do not extend profile with xterm.

This is not done for gdm-service-type, so do not do it here either, for
consistency.  Perhaps that change had been motivated by the fact that using
ratpoison without a default terminal makes for a poor user experience (one
cannot even view the help screen without a terminal); this was fixed with the
preceding commit.

* gnu/services/xorg.scm (slim-service-type)
[profile-service-type]: Remove extension.

gnu: ratpoison: Reference xterm absolutely.

* gnu/packages/ratpoison.scm (ratpoison) [configure-flags]: Specify the
'--with-xterm' configure flag.
[inputs]: Add xterm.

gnu: ratpoison: Use gexps and remove input labels.

* gnu/packages/ratpoison.scm (ratpoison) [phases]: Use gexps.
[inputs, native-inputs]: Remove input labels.

gnu: icedove: Use gexps.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icedove) [arguments]: Use gexps, adjusting phases
as needed.

gnu: libreoffice: Move inputs below arguments and fix indentation.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libreoffice) Fix indentation.
[native-inputs, inputs]: Move below...
[arguments]: ... this field.

gnu: Update guile-eris to 1.0.0.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-eris): Update to 1.0.0.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: Add python-cobib.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-cobib): New variable.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: Add python-pylatexenc.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pylatexenc): New variable.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: base: Add greetd-wlgreet-sway-session.

* gnu/services/base.scm (greetd-wlgreet-session): New data type.
(greetd-wlgreet-sway-session): Likewise.
* doc/guix.texi ("Base Services")[greetd-service-type]: Document
  them.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

services: guix: Include max-allocated-builds gbc agent option.

* gnu/services/guix.scm (guix-build-coordinator-agent-configuration-max-allocated-builds):
New procedure.
(guix-build-coordinator-agent-shepherd-services): Use max-allocated-builds.
* doc/guix.texi (Guix Build Coordinator): Document this new field.

gnu: guix-build-coordinator: Update to 0-62.2cd06f2.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-build-coordinator): Update to
0-62.2cd06f2.

gnu: vim: Update to 9.0.0719.

* gnu/packages/vim.scm (vim): Update to 9.0.0719.
[arguments]: Adjust custom 'skip-or-fix-failing-tests to skip another
test assuming shell path filelength.

gnu: texlive-apa6: Propagate dependencies.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-apa6)[propagated-inputs]: Add runtime
dependencies loaded via \RequirePackage.

gnu: Add texlive-substr.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-substr): New variable.

gnu: Add texlive-apacite.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-apacite): New variable.

gnu: Add texlive-endnotes.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-endnotes): New variable.

gnu: public-inbox: Fix build on 32-bit systems.

* gnu/packages/mail.scm (public-inbox)[inputs]: Add perl-file-fcntllock
on all 32-bit systems.

gnu: open-adventure: Improve package style.

* gnu/packages/games.scm (open-adventure)[arguments]: Use G-expressions.
<#:make-flags>: Be nicer with cross-compilation.
<#:phases>: Remove trailing #T.
[native-inputs]: Remove labels.  Re-order alphabetically.

gnu: open-adventure: Update to 1.11.

* gnu/packages/games.scm (open-adventure): Update to 1.11.
[arguments]<#:parallel-tests>: Set to #F.
<#:phases>: Fix ECHO filename in an additional file.

gnu: emacs-eglot: Update to 1.9.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-eglot): Update to 1.9.
[source]<origin>: Switch URL to GitHub.
[arguments]: Activate tests.

gnu: pdfarranger: Improve package style.

* gnu/packages/pdf.scm (pdfarranger)[arguments]: Use G-expressions.

gnu: pdfarranger: Update to 1.9.1.

* gnu/packages/pdf.scm (pdfarranger): Update to 1.9.1.

gnu: python-folium: Update to 0.13.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-folium): Update to 0.13.0.

gnu: ocaml-cairo2: Update to 0.6.4.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-cairo2): Update to 0.6.4.

gnu: ocaml-ppx-tools: Update to 6.6.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppx-tools): Update to 6.6.

gnu: emacs-password-store: Fix license.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-password-store)[license]: Set to GPL3+.

gnu: emacs-ivy-pass: Don't propagate password-store.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ivy-pass)[propagated-inputs]:
Delete PASSWORD-STORE.
[synopsis, description]: Use @code when referring to pass.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: emacs-password-store: Refer directly to password-store.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-password-store)[arguments]:
  Use gexp style.
<#:phases>{'extract-el-file}: New phase.
[propagated-inputs]<password-store>: Move it...
[inputs]: ...here.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: wireshark: Update to 4.0.0.

* gnu/packages/networking.scm (wireshark): Update to 4.0.0.
[arguments]<#:phases>: Skip checks differently, as the previous way doesn't
work anymore.
[inputs]: Add pcre2.

gnu: fet: Update to 6.6.2.

* gnu/packages/education.scm (fet): Update to 6.6.2.

gnu: emacs-posframe: Update to 1.1.8.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-posframe): Update to 1.1.8.

gnu: Add pacemaker.

* gnu/pacemaker/high-availability.scm (pacemaker): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add corosync.

* gnu/packages/high-availability.scm (corosync): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add kronosnet.

* gnu/packages/high-availability.scm (kronosnet): New variable.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: libqb: Update to 2.0.6.

* gnu/packages/high-availability.scm (libqb): Update to 2.0.6.
  Run `guix style'  over the package.
  [native-inputs]: Add autoconf, automake, libtools to fix configure and
  build phases.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Move libqb to high-availability.

* gnu/packages/hardware.scm (libqb): Move to high-availability.scm.
* gnu/packages/high-availability.scm: New file.
* gnu/local.mk: Add high-availability.scm to GNU_SYSTEM_MODULES list.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add nm-tray.

* gnu/packages/networking.scm (nm-tray): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gtk: Use librsvg-2.40 for non-x86_64.

* gnu/packages/gtk.scm (gtk)[propagated-inputs]:
Use librsvg-2.40 for non-x86_64.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>