services: gnome-desktop-service-type: Extend setuid-program-service-type.

* gnu/services/desktop.scm (gnome-setuid-programs): New variable.
(gnome-desktop-service-type): Extend setuid-program-service-type with it.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

services: desktop: Extract a new gnome-package procedure.

* gnu/services/desktop.scm (<gnome-desktop-configuration>): Rename gnome
package accessor to gnome-desktop-configuration-gnome, to avoid name conflict.
(gnome-packages): Change first argument from a config object to a the gnome
package used.  Rename second argument from package to name.  Extract core
logic into...
(gnome-package): ... this.
(gnome-udev-rules, gnome-polkit-settings): Adjust accordingly.
(gnome-desktop-service-type): Likewise.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

services: gnome-polkit-settings: Add spice-gtk.

* gnu/services/desktop.scm (gnome-polkit-settings): Add spice-gtk to the GNOME
packages providing polkit rules.
(package-direct-input-selector): Allow passing a list corresponding to the
dependency tree, so that non-propagated transitive inputs can be specified.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: gnome-boxes: Update to 43.3.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-boxes): Update to 43.3.
[arguments]: Remove configure-flags.  Adjust disable-gtk-update-icon-cache
phase.
[inputs]: Replace gtk+ with gtk, libsoup-minimal-2 with libsoup,
webkitgtk-with-libsoup2 with webkitgtk.
[native-inputs]: Replace vala with vala-next.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: osinfo-db: Use libsoup 3.

* gnu/packages/virtualization.scm (libosinfo) [inputs]: Replace libsoup2 with libsoup.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: spice-gtk: Enable support for polkit, webdav and others.

* gnu/packages/spice.scm (spice-gtk) [arguments]: Add the correct-polkit-dir
and fake-pkexec phases.
[inputs]: Add acl, cyrus-sasl, libcap-ng, polkit and usbutils.
[propagated-inputs]: Add libcacard and phodav.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: phodav: Propagate glib, libsoup and libxml2.

* gnu/packages/gnome.scm (phodav) [inputs]: Move libsoup to...
[propagated-inputs]: ... here.  Add glib and libxml2.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: usbutils: Update to 015.

* gnu/packages/linux.scm (usbutils): Update to 015.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: spice-vdagent: Update to 0.22.1.

* gnu/packages/spice.scm (spice-vdagent): Update to 0.22.1.
[source]: Delete patch.
* gnu/packages/patches/spice-vdagent-glib-2.68.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): De-register it.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: spice: Update to 0.15.1.

* gnu/packages/spice.scm (spice): Update to 0.15.1.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: libcacard: Remove obsolete configure flags.

* gnu/packages/spice.scm (libcacard) [arguments]: Delete field.
[propagated-inputs]: Reword comment.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: virglrenderer: Update to 0.7.0.

* gnu/packages/spice.scm (virglrenderer): Update to 0.7.0.  Remove
patch. Re-indent and sort inputs.
* gnu/packages/patches/virglrenderer-CVE-2017-6386.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): De-register it.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: usbredir: Update to 0.13.0.

* gnu/packages/spice.scm (usbredir): Update to 0.13.0.
[inputs]: Add glib.
[native-inputs]: Remove autoconf, automake, and libtool.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: spice-protocol: Update to 0.14.4.

* gnu/packages/spice.scm (spice-protocol): Update to 0.14.4.
[arguments]: Use gexps.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: spice-gtk: Propagate libjpeg-turbo, lz4, opus, and usbredir.

* gnu/packages/spice.scm (spice-gtk)
[inputs]: Move libjpeg-turbo, lz4, opus, and usbredir to...
[propagated-inputs]: ... here.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: spice-gtk: Update to 0.42.

* gnu/packages/spice.scm (spice-gtk): Update to 0.42.
[build-system]: Use meson-build-system.
[arguments]: Remove configure-flags.
Rename disable-session-test phase to disable-problematic-tests, and adjust.
Remove the patch-la-files phase.
[native-inputs]: Add python, python-pyparsing and python-six.
[inputs]: Remove python.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: spice-gtk: Use gexps.

* gnu/packages/spice.scm (spice-gtk) [arguments]: Streamline and use gexps.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: spice-gtk: Remove input labels.

* gnu/packages/spice.scm (spice-gtk): Remove input labels.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: spice-gtk: Fix indentation and normalize field order.

* gnu/packages/spice.scm (spice-gtk): Fix indentation.  Move and re-order
inputs below arguments.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: guix: Update to 1.4.0-4.01fd830.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 1.4.0-4.01fd830.

gnu: texlive-xstring: Supersed texlive-generic-xstring.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-xstring): New variable.
(texlive-generic-xstring): Deprecate in favour of the above.
(texlive-minted): Use new name.

gnu: texlive-soul: Supersede texlive-generic-soul.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-soul): New variable.
(texlive-generic-soul): Deprecate in favour of the above.

gnu: u-boot-ts7970-q-2g-1000mhz-c: Adjust description.

* gnu/packages/bootloaders.scm (u-boot-ts7970-q-2g-1000mhz-c): Adjust the
u-boot.imx file name on the SD card to the default one used by the
'u-boot-ts7970-q-2g-1000mhz-c-bootloader' bootloader.

offload: Increase initial SSH connection timeout.

Fixes <https://issues.guix.gnu.org/61646>.

* guix/scripts/offload.scm (open-ssh-session): Increase connection timeout
from 10 s to 30 s.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-spherical-geometry.

* gnu/packages/astronomy.scm (python-spherical-geometry): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add postmarketos-theme.

* gnu/packages/gnome-xyz.scm (postmarketos-theme): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

services: console-font, kmscon: Refer to native 'font-gnu-unifont' builds.

Fixes a regression introduce in 01334a61c7541d8ae29c5252e2e5b3ed7a59c552
that would prevent system cross-compilation (with "guix system image
--target=...") due to 'font-gnu-unifont' depending on 'perl-gd', which
currently cannot be cross-compiled.

* gnu/services/base.scm (%default-console-font, kmscon-service-type):
Refer to 'font-gnu-unifont' with 'ungexp-native'.

gnu: guix-icons: Never cross-compile.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-icons)[arguments]:
Add #:target #f.

gnu: python-paste: Update to 3.5.2.

* gnu/packages/python-web.scm (python-paste): Update to 3.5.2.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: libgc: Define properties for the 'generic-html' updater.

* gnu/packages/bdw-gc.scm (libgc)[source]: Add second URL.
[properties]: New field.

gnu: goffice@0.8: Remove input labels.

* gnu/packages/gnome.scm (goffice-0.8)[inputs]: Remove label, use
'modify-inputs'.

gnu: perl-gd: Use gexps.

This helps cross-compilation: in that case, '%build-inputs' was unbound.

* gnu/packages/gd.scm (perl-gd)[arguments]: Rewrite using gexps.

gnu: perl-gd: Remove input labels.

* gnu/packages/gd.scm (perl-gd)[inputs]: Remove labels.

gnu: binutils-gold: Remove input label.

* gnu/packages/base.scm (binutils-gold)[native-inputs]: Remove label.

gnu: python: Remove input labels.

* gnu/packages/python.scm (python-3.9)[native-inputs]: Remove labels.
(python2-minimal)[inputs]: Likewise.
(python-minimal)[inputs]: Likewise.

gnu: u-boot-rock64-rk3328: Fix typo that causes boot failure.

* gnu/packages/bootloaders.scm (u-boot-rock64-rk3328)[arguments]: Fix typo.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: qpdfview: Use new package style.

* gnu/packages/pdf.scm (qpdfview)[arguments]: Use gexps.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: qpdfview: Update to 0.5.0.

* gnu/packages/pdf.scm (qpdfview): Update to 0.5.0.
* gnu/packages/patches/qpdfview-qt515-compat.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

Revert "gnu: cl-mcclim: Enable Freetype renderer."

This reverts commit 67e4596781e11cd93b1fc6708484b6468388a18a.
This will need more work to work properly.

gnu: cl-mcclim: Enable Freetype renderer.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-mcclim)[arguments]: Add
  'enable-freetype-renderer' phase.

gnu: cl-mcclim: Update to 0.9.7-3.ece91cf.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-mcclim): Update to 0.9.7-3.ece91cf.
  [inputs]: Add cl-base64 and cl-who.
  [arguments]: Remove 'fix-build' phase.

gnu: cl-zpb-ttf: Update to 1.0.6.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-zpb-ttf): Update to 1.0.6.

gnu: cl-slime-swank: Update to 2.28.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-slime-swank): Update to 2.28.

gnu: cl-log4cl: Update to 1.1.4-1.75c4184.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-log4cl): Update to 1.1.4-1.75c4184.

gnu: cl-clx: Update to 0.7.5-1.3840045.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-clx): Update to 0.7.5-1.3840045.
  [native-inputs]: Add xorg-server-for-tests.
  [arguments]: Add 'prepare-test-environment' phase.

gnu: cl-pdf: Update to 2.0.0-3.ee904a1.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-pdf): Update to 2.0.0-3.ee904a1.

gnu: cl-freetype2: Update to 1.1-1.8bcb232.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-freetype2): Update to 1.1-1.8bcb232.
  [inputs]: Remove labels.

gnu: cl-djula: Update to 0.2.0-2.6f14259.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-djula): Update to 0.2.0-2.6f14259.

gnu: cl-collectors: Update to 1.0-1.748f0a1.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-collectors): Update to 1.0-1.748f0a1.

gnu: cl-introspect-environment: Update to 0.1-2.8fb20a1.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-introspect-environment): Update to
  0.1-2.8fb20a1.

gnu: cl-trivial-utf-8: Update to 0.0.0-2.6ca9943.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-trivial-utf-8): Update to 0.0.0-2.6ca9943.

gnu: cl-fast-io: Update to 1.0.0-3.a4c5ad6.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-fast-io): Update to 1.0.0-3.a4c5ad6.
  [arguments]: Enable tests.

gnu: cl-lisp-namespace: Update to 0.1-2.699fccb.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-lisp-namespace): Update to 0.1-2.699fccb.

gnu: cl-let-plus: Update to 0.0.0-2.455e657.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-let-plus): Update to 0.0.0-2.455e657.

gnu: cl-trivial-indent: Update to 1.0.0-1.f252750.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-trivial-indent): Update to 1.0.0-1.f252750.

gnu: cl-anaphora: Update to 0.9.8.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-anaphora): Update to 0.9.8.

gnu: cl-local-time: Update to 1.0.6-3.40169fe.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-local-time): Update to 1.0.6-3.40169fe.

gnu: cl-cl+ssl: Update to 0.0.0-5.1e2ffc9.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl+ssl): Update to 0.0.0-5.1e2ffc9.

gnu: cl-named-readtables: Update to 0.9-4.d5ff162.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-named-readtables): Update to 0.9-4.d5ff162.
  [arguments]: Disable tests.

gnu: cl-cffi: Remove input labels.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cffi)[source]: Fix file name.
  [inputs, native-inputs]: Remove labels.

gnu: cl-usocket: Update to 0.8.5.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-usocket): Update to 0.8.5.

gnu: cl-closer-mop: Update to 1.0.0-3.7b86f2a.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-closer-mop): Update to 1.0.0-3.7b86f2a.

gnu: cl-babel: Update to 0.5.0-3.627d6a6.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-babel): Update to 0.5.0-3.627d6a6.

scripts: home: Move ensure-profile-directory to a better place.

The profile directory is usually created by daemon, when user opens a
connection.  Ideally, we would like to remove ensure-profile-directory call at
all, but daemon doesn't handle case with custom $GUIX_STATE_DIRECTORY yet.
More information in: <https://issues.guix.gnu.org/61717>

* guix/scripts/home.scm (process-action): Move ensure-profile-directory call
to the place, where connection to the daemon is already open.

Reported-by: wolf <wolf@wolfsden.cz>

gnu: Fix texlive-minted build.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-fancyvrb): New variable.
(texlive-minted): Fix hash.

gnu: emacs-suneater-theme: Update to 2.2.1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-suneater-theme): Update to 2.2.1.

gnu: emacs-taxy-magit-section: Update to 0.12.2.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-taxy-magit-section): Update to 0.12.2.

gnu: Add tofi.

* gnu/packages/xdisorg.scm (tofi): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add emacs-display-wttr.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-display-wttr): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: freeciv: Update to 3.0.6.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: r-tximeta: Update to 1.16.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-tximeta): Update to 1.16.1.

gnu: r-gviz: Update to 1.42.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-gviz): Update to 1.42.1.

gnu: r-scran: Update to 1.26.2.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-scran): Update to 1.26.2.

gnu: r-scuttle: Update to 1.8.4.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-scuttle): Update to 1.8.4.

gnu: r-preprocesscore: Update to 1.60.2.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-preprocesscore): Update to 1.60.2.

gnu: r-variancepartition: Update to 1.28.4.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-variancepartition): Update to 1.28.4.

gnu: r-biocfilecache: Update to 2.6.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biocfilecache): Update to 2.6.1.

gnu: r-massspecwavelet: Update to 1.64.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-massspecwavelet): Update to 1.64.1.

gnu: r-lpsymphony: Update to 1.26.3.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-lpsymphony): Update to 1.26.3.

gnu: r-dnacopy: Update to 1.72.3.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-dnacopy): Update to 1.72.3.

gnu: r-interactionset: Update to 1.26.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-interactionset): Update to 1.26.1.

gnu: r-oligo: Update to 1.62.2.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-oligo): Update to 1.62.2.

gnu: r-variantannotation: Update to 1.44.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-variantannotation): Update to 1.44.1.

gnu: r-stringdb: Update to 2.10.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-stringdb): Update to 2.10.1.

gnu: r-limma: Update to 3.54.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-limma): Update to 3.54.1.

gnu: r-impute: Update to 1.72.3.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-impute): Update to 1.72.3.

gnu: r-genomicfeatures: Update to 1.50.4.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-genomicfeatures): Update to 1.50.4.

gnu: r-genomeinfodb: Update to 1.34.9.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-genomeinfodb): Update to 1.34.9.

gnu: r-genefilter: Update to 1.80.3.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-genefilter): Update to 1.80.3.

gnu: r-edger: Update to 3.40.2.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-edger): Update to 3.40.2.

gnu: r-deseq2: Update to 1.38.3.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-deseq2): Update to 1.38.3.

gnu: r-bsgenome: Update to 1.66.3.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bsgenome): Update to 1.66.3.

gnu: r-annotationforge: Update to 1.40.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-annotationforge): Update to 1.40.1.

gnu: r-cytolib: Update to 2.10.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-cytolib): Update to 2.10.1.
[propagated-inputs]: Remove r-rcpp, r-rcpparmadillo and r-rcppparallel.

git: Make better use of the better progress bar.

Commit 189525412e3d803f3f77e15ec4a62aaa57f65a2d introduced
‘high-resolution’ Unicode progress bars, but these require more granular
calls to reach their full potential.

* guix/git.scm (show-progress): Derive the number of PROGRESS-BAR
updates from its maximum resolution, rather than hard-coding 100.

git: Factor out INDEXER-PROGRESS-TOTAL-OBJECTS access.

* guix/git.scm (show-progress): Reuse the result of the first call.

ssh: Factor out progress % calculation.

* guix/ssh.scm (notify-transfer-progress): Trust its % argument.

gnu: bees: Drop ‘dedupe’ slang.

* gnu/packages/file-systems.scm (bees)[synopsis, description]: Write out
‘deduplication’ in full.  Expand @acronym in description rather than
synopsis.  Drop filler words.

gnu: bees: Update to 0.9.2.

* gnu/packages/file-systems.scm (bees): Update to 0.9.2.
[license]: Add two individual licences.
* gnu/packages/patches/bees-beesd-honor-destdir-on-installation.patch:
Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: homebank: Update to 5.6.2.

* gnu/packages/finance.scm (homebank): Update to 5.6.2.