store: Add 'store-lower'.

* guix/store.scm (store-lower): New procedure.
* tests/store.scm ("store-lower"): New test.

monads: Move '%store-monad' and related procedures where they belong.

This turns (guix monads) into a generic module for monads, and moves the
store monad and related monadic procedures in their corresponding
module.

* guix/monads.scm (store-return, store-bind, %store-monad, store-lift,
  text-file, interned-file, package-file, package->derivation,
  package->cross-derivation, origin->derivation, imported-modules,
  compiled, modules, built-derivations, run-with-store): Move to...
* guix/store.scm (store-return, store-bind, %store-monad, store-lift,
  text-file, interned-file): ... here.
  (%guile-for-build): New variable.
  (run-with-store): Moved from monads.scm.  Remove default value for
  #:guile-for-build.
* guix/packages.scm (default-guile): Export.
  (set-guile-for-build): New procedure.
  (package-file, package->derivation, package->cross-derivation,
  origin->derivation): Moved from monads.scm.
* guix/derivations.scm (%guile-for-build): Remove.
  (imported-modules): Rename to...
  (%imported-modules): ... this.
  (compiled-modules): Rename to...
  (%compiled-modules): ... this.
  (built-derivations, imported-modules, compiled-modules): New
  procedures.
* gnu/services/avahi.scm, gnu/services/base.scm, gnu/services/dbus.scm,
  gnu/services/dmd.scm, gnu/services/networking.scm,
  gnu/services/ssh.scm, gnu/services/xorg.scm, gnu/system/install.scm,
  gnu/system/linux-initrd.scm, gnu/system/shadow.scm, guix/download.scm,
  guix/gexp.scm, guix/git-download.scm, guix/profiles.scm,
  guix/svn-download.scm, tests/monads.scm: Adjust imports accordingly.
* guix/monad-repl.scm (default-guile-derivation): New procedure.
  (store-monad-language, run-in-store): Use it.
* build-aux/hydra/gnu-system.scm (qemu-jobs): Add explicit
  'set-guile-for-build' call.
* guix/scripts/archive.scm (derivation-from-expression): Likewise.
* guix/scripts/build.scm (options/resolve-packages): Likewise.
* guix/scripts/environment.scm (guix-environment): Likewise.
* guix/scripts/system.scm (guix-system): Likewise.
* doc/guix.texi (The Store Monad): Adjust module names accordingly.

doc: Move 'text-file*' to the gexp section.

This is a follow-up to commit 462a3fa.

* doc/guix.texi (The Store Monad): Move 'text-file*'...
  (G-Expressions): ... to here.

gnu: Add zerofree.

* gnu/packages/linux.scm (zerofree): New variable.

gnu: e2fsprogs: Install libext2fs.

* gnu/packages/linux.scm (e2fsprogs)[source]: Add 'snippet'.
  [arguments]: Add --enable-elf-shlibs to #:configure-flags.
  Add #:make-flags.

gnu: Add GLEW.

* gnu/packages/gl.scm (glew): New variable.

services: user-processes: Really honor the grace delay.

* gnu/services/base.scm (user-processes-service): Change #:grace-delay
  default value to 4.  Define 'sleep*' and use it.

system: Add iw to '%base-packages'.

* gnu/system.scm (%base-packages): Add IW.

gnu: wireless-tools: Describe it as deprecated.

* gnu/packages/linux.scm (wireless-tools)[description]: Explain that it
  is deprecated in favor of 'iw'.

gnu: guix: Update snapshot.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-devel): Update snapshot.
  Remove now-unneeded sub-module stuff in the 'bootstrap' phase.

gnu: Add QPDF.

* gnu/packages/pdf.scm (qpdf): New variable.

tests: Properly synchronize threads in the 'home-page' lint tests.

* tests/lint.scm (%http-server-lock, %http-server-ready): New
  variables.
  (http-open): New procedure.
  (stub-http-server): Use it.
  (call-with-http-server): Wrap body in 'with-mutex'.  Call
  'wait-condition-variable' after 'make-thread'.

doc: Change some occurrences of "the GNU system" to "Guixotic".

* doc/guix.texi (GNU Distribution): Explain what "Guixotic" is.
  (System Installation): Replace "the GNU system" by "Guixotic".
  (System Configuration): Likewise.
  (Invoking guix system): Likewise.

build/glib-or-gtk-build-system: Fix 'generate-icon-cache'.

Reported by Mark H Weaver <mhw@netris.org>

* guix/build/glib-or-gtk-build-system.scm (generate-icon-cache): Add check for
  existence of icons directory.

gnu: Add iw.

* gnu/packages/linux.scm (iw): New variable.

gnu: libnl: Update to 3.2.25.

* gnu/packages/linux.scm (libnl): Update to 3.2.25.

monads: Remove 'derivation-expression'.

* guix/monads.scm (lower-inputs, derivation-expression): Remove.
* tests/monads.scm (derivation-expression, "mlet* +
  derivation-expression"): Remove.

monads: Rewrite 'text-file*' using gexps.

* guix/monads.scm (text-file*): Move to...
* guix/gexp.scm (text-file*): ... here.  Rewrite using gexps.
* tests/monads.scm ("text-file*"): Move to...
* tests/gexp.scm ("text-file*"): ... here.

services: user-processes: Write debugging messages to the output port.

* gnu/services/base.scm (user-processes-service): Write "sending all
  processes..." message to the current output port, not to /dev/console.

gnu: Move xlockmore to (gnu packages xdisorg).

* gnu/packages/xlockmore.scm: Remove.
* gnu/packages/xdisorg.scm (xlockmore): New variable, from
  xlockmore.scm.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Remove xlockmore.scm.

gnu: xlockmore: Update to 5.45.

* gnu/packages/xlockmore.scm (xlockmore): Update to 5.45.
  [arguments]: Add #:configure-flags.

gnu: evince: Add inputs.

* gnu/packages/gnome.scm (evince): Add 'dconf' and 'libcanberra' inputs.
  Remove custom phase 'set-mime-search-path which is now handled by
  glib-or-gtk-build-system.

gnu: libcanberra: Add default sounds support.

* gnu/packages/libcanberra.scm (libcanberra): Add input
  'sound-theme-freedesktop'.  Add "libcanberra-sound-theme-freedesktop.patch"
  and related phase 'patch-default-sounds-directory to patch the default
  sounds directory.

gnu: dconf: Add dconf.

* gnu/packages/gnome.scm (dconf): New variable.

guix: build/glib-or-gtk-build-system: Add support for GIO and XDG theming.

* guix/build/glib-or-gtk-build-system.scm (data-directories): Rename
  'schemas-directories' to 'data-directories' and add support for XDG theming
  data.

* guix/build/glib-or-gtk-build-system.scm (gio-module-directories): New
  function.

* guix/build/glib-or-gtk-build-system.scm (wrap-all-programs): Update names to
  reflect that we are dealing with more types of data and not only with
  schemas.  Add handling of GIO modules.

* guix/build-system/glib-or-gtk.scm (lower): Import the 'bin' output of GLib
  instead of 'out'.  This was an error since we need the program
  'glib-compile-schemas'.  Update the description.

gnu: ffmpeg: Update to 2.5.3

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg): Update to version 2.5.3.

gnu: ffmpeg-2.2: Update to 2.2.11

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg-2.2): Update to version 2.2.11.

gnu: gp2c: Update to 0.0.9pl2.

* gnu/packages/algebra.scm (gp2c): Update to 0.0.9pl2.

gnu: pari-gp: Update to 2.7.2.

* gnu/packages/algebra.scm (pari-gp): Update to 2.7.2.

derivations: Use a set for 'substitution-oracle'.

* guix/derivations.scm (substitution-oracle): Use sets instead of lists.

derivations: Use sets for 'derivations-prerequisites'.

This yields a 46% improvement in 'derivation-prerequisites' invocations
on the Emacs derivation.

* guix/derivations.scm (derivation-prerequisites): Add 'input-set'
  variable, and use it in iterations.

Add (guix sets).

* guix/sets.scm, tests/sets.scm: New files.sets
* Makefile.am (MODULES, SCM_TESTS): Add them.

gnu: qt: Add more inputs.

* gnu/packages/qt.scm (qt): Add expat, pciutils, libxcomposite, libxcursor,
  libxfixes, libxinerama, libxml2, libxrandr, libxslt, libxtst, mtdev, nss,
  pcre, sqlite, eudev to 'inputs'.
  Add bison, flex, gperf, ninja, python-2, ruby, which to 'native-inputs'.

gnu: qt: Update to 5.4.0.

* gnu/packages/qt.scm (qt): Update to 5.4.0.
  [origin]: Add snippet.

gnu: Add ninja.

* gnu/packages/ninja.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: Add nss.

* gnu/packages/patches/nss-pkgconfig.patch: New file.
* gnu-system.scm (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/gnuzilla.scm (nss): New variable.

gnu: Move mozjs and nspr to (gnu packages gnuzilla).

* gnu/packages/polkit.scm (mozjs, nspr): Move to...
* gnu/packages/gnuzilla.scm (mozjs, nspr): ... here. New variables.

gnu: linux-libre: Update to 3.18.2

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre): Update to version 3.18.2.

derivations: Add 'substitution-oracle' and use it.

This makes 'guix environment PACKAGE' significantly faster when
substitutes are enabled.  Before that, it would lead to many invocations
of 'guix substitute-binary', one per 'derivation-prerequisites-to-build'
call.  Now, all these are replaced by a single invocation.

* guix/derivations.scm (derivation-output-paths, substitution-oracle):
  New procedures.
  (derivation-prerequisites-to-build): Replace #:use-substitutes? with
  #:substitutable?.  Remove the local 'derivation-output-paths' and
  'substitutable?'.
* guix/ui.scm (show-what-to-build): Add 'substitutable?'.  Pass it to
  'derivation-prerequisites-to-build'.
  [built-or-substitutable?]: Use it instead of 'has-substitutes?'.
* tests/derivations.scm ("derivation-prerequisites-to-build and
  substitutes"): Use #:substitutable? instead of #:use-substitutes?.

derivations: Add 'derivation-output-names'.

* guix/derivations.scm (derivation-output-names): New procedure.
  (derivation-prerequisites-to-build): Use it for #:outputs.
  (map-derivation): Likewise.
* tests/derivations.scm ("derivation-output-names"): New test.

nls: Update 'eo' translation.

import: Add CPAN importer.

* guix/import/cpan.scm, guix/scripts/import/cpan.scm, tests/cpan.scm:
  New files.
* Makefile.am (MODULE)[HAVE_GUILE_JSON]: Add them.
* guix/scripts/import.scm (importers): Add cpan.
* doc/guix.texi (Requirements): Mention `guix import cpan` as a user
  of guile-json.
  (Invoking guix import): Document new `guix import cpan` command.

tests: import: Factorize utility function.

* tests/pypi.scm (mock): Move this...
* guix/tests.scm: to here.

import: Factorize utility functions.

* guix/import/pypi.scm (hash-table->alist, flatten, assoc-ref*,
  url-fetch, json-fetch): Pull procedures from here into...
* guix/import/utils.scm: Here and...
* guix/import/json.scm: Here.  New file.
* Makefile.am (MODULE)[HAVE_GUILE_JSON]: Add it.
* guix/import/gnu.scm (file-sha256): Move from here to...
* guix/hash.scm: Here.
* tests/pypi.scm (pypi->guix-package): Update mock module reference.

import: gnu: Propagate the key-download argument.

* guix/import/gnu.scm (gnu->guix-package): Pass the key-download
  argument on to gnu-package->sexp.

gnu: poppler: build with openjpeg and lcms

* gnu/packages/pdf.scm (poppler): build poppler with openjpeg 1.5 and lcms.

gnu: openjpeg: Update to 2.0.1.

* gnu/packages/image.scm (openjpeg): Update to 2.0.1.

gnu: Add openjpeg-1.

* gnu/packages/image.scm (openjpeg-1): New variable.

gnu: openjpeg: update home page URL.

* gnu/packages/image.scm (openjpeg)[home-page]: Update URL.

substitute-binary: Micro-optimize 'narinfo-sha256'.

* guix/scripts/substitute-binary.scm (narinfo-signature->canonical-sexp):
  Change "~a" to "~s" in error message.
  (%signature-line-rx): Remove.
  (narinfo-sha256): Use 'string-contains' instead of 'regexp-exec', and
  'string-take' instead of 'match:substring'.

records: Optimize 'recutils->alist' by avoiding regexps.

* guix/records.scm (%recutils-field-rx, %recutils-comment-rx,
  %recutils-plus-rx): Remove.
  (%recutils-field-charset): New variable.
  (recutils->alist): Adjust to use tests (string-ref line 0) instead of
  regexps.

base64: Inline arithmetic operations.

* guix/base64.scm (define-alias): New macro.
  (fxbit-field, fxarithmetic-shift, fxarithmetic-shift-left, fxand,
  fxior, fxxor): New aliases.

tests: Add missing copyright line.

* tests/lint.scm: Add missing copyright line for commit 907c98ac and
  others.

gnu: automake: Update to 1.15.

* gnu/packages/autotools.scm (automake): Update to 1.15.

gnu: git-manpages: Install under $out/share/man, not $out/share.

* gnu/packages/version-control.scm (git-manpages)[argument]: Install
  under $out/share/man, not $out/share.

gnu: Add git-manpages.

* gnu/packages/version-control.scm (git-manpages): New variable.

gnu: git: Update to 2.2.1.

* gnu/packages/version-control.scm (git): Update to 2.2.1.

gnu: libtool-2.4.4: Disable tests on MIPS.

* gnu/packages/autotools.scm (libtool-2.4.4)[arguments]: New field.

linux-boot: Make /etc/mtab a symlink to /proc/self/mounts.

Fixes <http://bugs.gnu.org/19491>.

* gnu/build/linux-boot.scm (mount-root-file-system): Make /root/etc/mtab
  a symlink to /proc/self/mounts.
* gnu/build/file-systems.scm (mount-file-system): Don't update /etc/mtab.
* guix/build/syscalls.scm (mount, umount): Have #:update-mtab? default to
  #f.

doc: guix-daemon now automatically creates '…/profiles/per-user'.

Fixes <http://bugs.gnu.org/19315>.
Reported by rekado <rekado@elephly.net>.

* doc/guix.texi (Invoking guix package): Adjust text to new guix-daemon
  behavior introduced in commit 15ddeff.

build: Check for <tr1/unordered_set>, now used by the daemon.

* config-daemon.ac: Check for <tr1/unordered_set>.

Merge commit a1dd396cc02922372314c35c8035a38bfeea08df of branch 'nix'.

pk-crypto: Improve docstring of signature-related procedures.

* guix/pk-crypto.scm (bytevector->hash-data, sign): Augment docstring.

gnu: gcc-4.9: Fix build on MIPS.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc-4.9): Add 'join-two-line-dynamic-linker-defns
  phase.

gnu: Search for patches under $GUIX_PACKAGE_PATH.

Fixes <http://bugs.gnu.org/19364>.
Reported by Tomáš Čech <sleep_walker@suse.cz>
and Mark H Weaver <mhw@netris.org>.

* gnu/packages.scm (%patch-path): Move after definition of
  %package-module-path'.  Append "/gnu/packages/patches" only to
  %DISTRO-ROOT-DIRECTORY.
* tests/guix-package.sh: Add 'emacs-foo-bar-patched' test.

gnu: libtool: Add 2.4.4.

* gnu/packages/patches/libtool-2.4-skip-tests.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/autotools.scm (libtool-2.4.4): New variable.

gnu: minetest: Update to 0.4.11.

* gnu/packages/patches/minetest-subgame-env-var.patch: Delete.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Remove patch.
* gnu/packages/games.scm (minetest, minetest-data): Update to 0.4.11.

gnu: icon-naming-utils: Wrap with PERL5LIB to find XML::Simple.

Fixes <http://bugs.gnu.org/19367>.

* gnu/packages/gnome.scm (icon-naming-utils)[arguments]: New field.

gnu: perl-xml-simple: Propagate XML::Parser.

* gnu/packages/xml.scm (perl-xml-simple): Move XML::Parser from 'inputs'
  to 'propagated-inputs'.

gnu: mesa: Fix build on non-intel systems.

* gnu/packages/gl.scm (mesa): On non-intel systems, pass
  "--with-dri-drivers=" configure flag with i915 and i965 removed.

gnu: libdrm: Remove old version 2.4.33.

* gnu/packages/xdisorg.scm (libdrm-2.4.33): Remove, as it is no longer needed.

gnu: mutt: Add fix for CVE-2014-9116.

* gnu/packages/patches/mutt-CVE-2014-9116.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/mail.scm (mutt): Add patch.

gnu: Import (gnu packages) into (gnu packages zip).

Should have been included in: e5da2f38c3ca8d4626c1b87e045d00d28c1bf4d0.

* gnu/packages/zip.scm: Import (gnu packages).

gnu: unzip: Add fixes for CVE-2014-{8139,8140,8141}.

* gnu/packages/patches/unzip-CVE-2014-8139.patch,
  gnu/packages/patches/unzip-CVE-2014-8140.patch,
  gnu/packages/patches/unzip-CVE-2014-8141.patch: New files.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/zip.scm (unzip): Add patches.

gnu: cpio: Add fixes for CVE-2014-9112.

* gnu/packages/patches/cpio-CVE-2014-9112-pt1.patch,
  gnu/packages/patches/cpio-CVE-2014-9112-pt2.patch,
  gnu/packages/patches/cpio-CVE-2014-9112-pt3.patch,
  gnu/packages/patches/cpio-CVE-2014-9112-pt4.patch,
  gnu/packages/patches/cpio-CVE-2014-9112-pt5.patch: New files.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/cpio.scm (cpio): Add patches.  Add 'autoconf' to
  native-inputs.

list-packages: Expand 'mirror://' URIs for patches.

* build-aux/list-packages.scm (package->sxml)[patches](patch-url): Use
  'maybe-expand-mirrors' to get the real URL.

download: Export 'maybe-expand-mirrors'.

* guix/build/download.scm (uri-vicinity, maybe-expand-mirrors): New
  procedures.
  (url-fetch): Remove them from here.

tests: Make the 'lint' tests slightly more concise.

* tests/lint.scm (with-warnings): New macro.
  Replace all uses of 'call-with-warnings' with the corresponding
  'with-warnings' form.

tests: Factorize the 'dummy-package' macro.

* guix/tests.scm (dummy-package): New macro.
* tests/lint.scm (dummy-package): Remove.
* tests/packages.scm (dummy-package): Remove.

lint: Add tests for the 'home-page' checker.

Suggested by Cyril Roelandt <tipecaml@gmail.com>.

* tests/lint.scm (%http-server-port, %http-server-socket, %local-url,
  stub-http-server): New variables.
  (http-write, call-with-http-server): New procedures.
  (with-http-server): New macro.
  ("home-page: wrong home-page", "home-page: invalid URI", "home-page:
  host not found", "home-page: Connection refused", "home-page: 200",
  "home-page: 404"): New tests.
* guix/scripts/lint.scm (check-home-page): Export.

gnu: Fix misuses of 'x11-style' licenses.

* gnu/packages/xorg.scm (libevdev)[license]: Actually call
  'license:x11-style'.
  (libxshmfence): Likewise.

lint: Report on the package being checked.

* guix/scripts/lint.scm (run-checkers): Check
  whether (current-error-port) is a tty, and print the package being
  checked and the checker currently running when it is.

gnu: Fix or update a number of 'home-page' fields.

* gnu/packages/fltk.scm (fltk): Fix 'home-page'.
* gnu/packages/fonts.scm (font-bitstream-vera): Likewise, and fix
  license URL.
* gnu/packages/games.scm (gnubg, cmatrix, chess): Fix 'home-page'.
* gnu/packages/kde.scm (attica): Likewise.
* gnu/packages/mail.scm (fetchmail): Likewise.
* gnu/packages/popt.scm (popt): Likewise.
* gnu/packages/python.scm (python-mock): Likewise.
* gnu/packages/stalonetray.scm (stalonetray): Likewise.

lint: Add 'home-page' checker.

* guix/build/download.scm (open-connection-for-uri): Export.
* guix/scripts/lint.scm (probe-uri, check-home-page): New procedures.
  (%checkers): Add 'home-page' checker.

Merge branch 'xorg-updates'

gnu: vtk: Fix build with mesa-10.

* gnu/packages/patches/vtk-mesa-10.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/vtk.scm (vtk): Add patch.  Add glu to inputs.

gnu: gmsh: Add glu to inputs.

* gnu/packages/maths.scm (gmsh): Add glu to inputs.

nls: Add French translation for packages.

gnu: Add pysam.

* gnu/packages/python.scm (python-pysam, python2-pysam): New variables.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add fastjar.

* gnu/packages/compression.scm (fastjar): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: irrlicht: Fix build with mesa-10.

* gnu/packages/patches/irrlicht-mesa-10.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/games.scm (irrlicht): Add patch.  Add glu to inputs.

Merge branch 'master' into xorg-updates

gnu: qemu: Update to 2.2.0.

* gnu/packages/qemu.scm (qemu): Update to 2.2.0.

gnu: pingus: Add glu to inputs.

* gnu/packages/games.scm (pingus): Add glu to inputs.

gnu: gnubik: Add glu to inputs.

* gnu/packages/games.scm (gnubik): Add glu to inputs.

gnu: gnubg: Add glu to inputs.

* gnu/packages/games.scm (gnubg): Add glu to inputs.

gnu: sdl: Fix incompatibility with libx11-1.6.

* gnu/packages/patches/sdl-libx11-1.6.patch: New file
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/sdl.scm (sdl): Add patch.

gnu: gtkglext: Add glu to inputs.

* gnu/packages/gnome.scm (gtkglext): Add glu to inputs.

gnu: ntp: Update to 4.2.8.

* gnu/packages/ntp.scm (ntp): Update to 4.2.8.  Add openssl to inputs.
  Add pkg-config to native-inputs.  Change source URI to archive.ntp.org.

gnu: ntp: Update to 4.2.8.

* gnu/packages/ntp.scm (ntp): Update to 4.2.8.  Add openssl to inputs.
  Add pkg-config to native-inputs.  Change source URI to archive.ntp.org.